用于评估胎儿健康的多重优化错配扩增(MOMA)实时PCR制造技术

本发明专利技术涉及用于评估样品中非天然核酸的量的方法和组合物，所述样品例如来自具有胎儿特异性的非天然核酸的妊娠对象。本文中提供的方法和组合物可用于确定妊娠对象中病症(例如胎儿病症)的风险。

Real-time multiple optimized mismatch amplification (MOMA) PCR for fetal health assessment

The present invention relates to a method and composition for evaluating the amount of nonnatural nucleic acids in a sample, such as from a pregnant woman with fetal specificity. The methods and compositions provided herein may be used to determine the risk of diseases (such as fetal diseases) in pregnant women.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于评估胎儿健康的多重优化错配扩增(MOMA)实时PCR相关申请本申请依据35U.S.C.§119(e)要求于2016年4月29日提交的美国临时申请62/330,044的申请日权益，其内容通过引用整体并入本文。
本专利技术涉及用于评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定与胎儿相关的风险。本专利技术还涉及使用多重优化错配扩增(multiplexedoptimizedmismatchamplification，MOMA)来评估非天然无细胞脱氧核糖核酸(非天然无细胞DNA，例如胎儿特异性无细胞DNA)的量的方法和组合物。
技术实现思路
本公开内容至少部分地基于以下令人惊讶的发现：可使用多重优化错配扩增来量化来自对象的样品中的低频率非天然核酸。多重优化错配扩增涵盖这样的引物的设计，其可包含用于扩增特定序列的3’倒数第二位错配，和相对于另一序列的双错配。用这样的引物进行扩增可允许定量地确定样品中非天然核酸的量，甚至在非天然核酸的量在异质核酸群中为例如1％或甚至0.5％以下的情况下也如此。本文中提供了与这样的优化扩增相关的方法、组合物和试剂盒。所述方法本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.评估来自妊娠对象的样品中胎儿特异性核酸的量的方法，所述样品包含胎儿特异性核酸和对象核酸，所述方法包括：针对多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定，例如聚合酶链反应(PCR)定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.04.29 US 62/330,0441.评估来自妊娠对象的样品中胎儿特异性核酸的量的方法，所述样品包含胎儿特异性核酸和对象核酸，所述方法包括：针对多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定，例如聚合酶链反应(PCR)定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果以确定所述样品中胎儿特异性核酸的量。2.权利要求1所述的方法，其中所述结果在报告中提供。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法还包括基于所述结果来确定所述样品中胎儿特异性核酸的量。4.权利要求1或2所述的方法，其中所述结果包含所述样品中胎儿特异性核酸的量。5.评估来自妊娠对象的样品中胎儿特异性核酸的量的方法，所述样品包含胎儿特异性核酸和对象核酸，所述方法包括：获得来自针对多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定例如聚合酶链反应(PCR)定量测定的结果，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及基于所述结果来评估胎儿特异性核酸的量。6.权利要求5所述的方法，其中所述样品中所述胎儿特异性核酸的量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果。7.权利要求5或6所述的方法，其中所述结果从报告获得。8.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少两种引物对中的所述另一种引物对在引物中也包含相对于所述SNV靶标之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之所述一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因。9.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量是胎儿特异性核酸与总核酸的比例或百分比。10.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述结果是所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。11.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。12.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括选择所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。13.权利要求12所述的方法，其中对所选择的信息性结果求平均值。14.权利要求12或13所述的方法，其中所述基于扩增的定量测定的信息性结果基于所述胎儿特异性核酸和/或对象核酸的基因型(或父本基因型)来选择。15.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得所述胎儿特异性核酸和/或对象核酸的基因型(或父本基因型)。16.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得所述多种SNV靶标。17.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得针对所述多种SNV靶标中每一种的所述至少两种引物对。18.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多种SNV靶标是至少18、21、24、27、30、33、36、39、42、45、48、51、54、57、60、63、66、69、72、75、78、81、84、87、90、93或96种SNV靶标。19.权利要求18所述的方法，其中所述多种SNV靶标是少于100、99、98、97、96、95、94、93、92、91或90种SNV靶标。20.权利要求19所述的方法，其中所述多种SNV靶标是少于75种SNV靶标。21.权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述多种SNV靶标是信息性靶标，并且所述多种SNV信息性靶标是至少6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31或32种SNV信息性靶标。22.权利要求21所述的方法，其中所述多种SNV信息性靶标是少于34、33、32、31或30种SNV信息性靶标。23.权利要求22所述的方法，其中所述多种SNV信息性靶标是少于25种SNV信息性靶标。24.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品中胎儿特异性核酸的量小于10％。25.权利要求24所述的方法，其中所述样品中胎儿特异性核酸的量小于5％。26.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述父本基因型未知或未获得时，所述方法还包括：基于所述父本基因型的预测评估结果。27.权利要求26所述的方法，其中用期望最大化算法来进行所述评估。28.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述胎儿特异性核酸是胎儿特异性无细胞DNA。29.权利要求28所述的方法，其中所述量用于确定对所述胎儿的风险。30.权利要求29所述的方法，其中对所述胎儿的风险是本文中提供的任一种病症的风险。31.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多种PCR定量测定是实时PCR测定或数字PCR测定。32.前...

【专利技术属性】
技术研发人员：青·富田·米切尔，卡尔·斯塔姆，
申请(专利权)人：威斯康星州立大学医学院，
类型：发明
国别省市：美国,US