用于评估癌症的多重优化错配扩增（MOMA）实时PCR制造技术

本发明专利技术涉及用于评估例如来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定对象中例如癌症的病症的风险。

Real-time Multiplex Optimized Mismatch Amplification (MOMA) PCR for Cancer Evaluation

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于评估癌症的多重优化错配扩增(MOMA)实时PCR相关申请本申请依据35U.S.C.§119(e)要求于2016年4月29日提交的美国临时申请62/330,043的申请日权益，其内容通过引用整体并入本文。
本专利技术涉及用于评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定例如癌症的病症的风险。本专利技术还涉及使用多重优化错配扩增(multiplexedoptimizedmismatchamplification，MOMA)以用于评估非天然无细胞脱氧核糖核酸(非天然无细胞DNA，例如癌症特异性无细胞DNA)的量的方法和组合物。
技术实现思路
本公开内容至少部分地基于以下令人惊讶的发现：可使用多重优化错配扩增来量化来自对象的样品中的低频率非天然核酸。多重优化错配扩增涵盖引物的设计，所述引物可包含用于扩增特定序列的3’倒数第二位错配，和相对于另一序列的双错配。用这样的引物进行扩增可允许定量地确定样品中非天然核酸的量，甚至在非天然核酸的量在异质核酸群中为例如1％或甚至0.5％以下的情况下也如此。本文中提供了与这样的扩增测定相关的方法、组合物和试剂盒。所述方法、组合物或试剂盒可以是本文中分别提供的任一种方法、组合物或试剂盒，包括实施例和附图中的那些中的任一种。在一个方面，提供了一种评估来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对于一种或更多种单核苷酸变体(singlenucleotidevariant，SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其部分进行基于扩增的定量测定例如聚合酶链反应(PCR)定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果，以确定样品中癌症特异性核酸的量。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，结果在报告中提供。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括基于所述结果确定样品中癌症特异性核酸的量。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述结果包含样品中癌症特异性核酸的量。在一个方面，提供了一种评估来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法，所述方法包括获得来自对于一种或更多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定例如聚合酶链反应(PCR)定量测定的结果，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及基于所述结果评估癌症特异性核酸的量。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，样品中癌症特异性核酸的量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述结果从报告获得。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述至少两种引物对中的另一种引物对在引物中也包含相对于所述SNV靶标之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之所述一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述量是在测定中测量的癌症特异性核酸与野生型核酸或总核酸的比例或百分比。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述结果是基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括选择基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，对所选的信息结果求平均值。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果是基于对象的基因型选择的。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得所述对象的基因型。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得多种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述方法还包括获得针对一种或更多种SNV靶标中的每一种的至少两种引物对。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少1种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少2种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少3种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少4种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少5种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少6种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少7种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少8种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少9种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少10种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少11种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少12种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少13种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少14种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标是至少15种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，所述一种或更多种SNV靶标各自对相同种类的癌症具有特异性。在任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，癌症的种类是胰腺癌。在任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SNV靶标包含KRAS基因和/或p53基因中的SNV靶标。在任一种方法、组合物或试剂盒的一个实施方案中，一种或更多种SN本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.评估来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法，所述方法包括：对于一种或更多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定，例如聚合酶链反应(PCR)定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果以确定所述样品中癌症特异性核酸的量。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.04.29 US 62/330,0431.评估来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法，所述方法包括：对于一种或更多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定，例如聚合酶链反应(PCR)定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果以确定所述样品中癌症特异性核酸的量。2.权利要求1所述的方法，其中所述结果在报告中提供。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法还包括基于所述结果来确定所述样品中所述癌症特异性核酸的量。4.权利要求1或2所述的方法，其中所述结果包含所述样品中癌症特异性核酸的量。5.评估来自对象的样品中癌症特异性核酸的量的方法，所述方法包括：获得来自对于一种或更多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定例如聚合酶链反应(PCR)定量测定的结果，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及基于所述结果来评估所述癌症特异性核酸的量。6.权利要求5所述的方法，其中所述样品中癌症特异性核酸的量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的结果。7.权利要求5或6所述的方法，其中所述结果从报告获得。8.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少两种引物对中的另一种引物对在引物中也包含相对于所述SNV靶标之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之所述一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因。9.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量是在所述测定中测量的癌症特异性核酸与野生型核酸或总核酸的比例或百分比。10.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述结果是所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。11.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量基于所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。12.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括选择所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果。13.权利要求12所述的方法，其中对所选的信息性结果求平均值。14.权利要求12或13所述的方法，其中所述基于扩增的定量测定例如PCR定量测定的信息性结果是基于所述对象的基因型来选择的。15.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得所述对象的基因型。16.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得该多种SNV靶标。17.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得针对所述一种或更多种SNV靶标中每一种的所述至少两种引物对。18.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标是至少1种SNV靶标。19.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标是至少2种SNV靶标。20.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标是至少3种SNV靶标。21.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标是至少4种SNV靶标。22.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标是至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种SNV靶标。23.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标各自对相同种类的癌症具有特异性。24.权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标中的一种或更多种对胰腺癌具有特异性。25.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标包含KRAS基因和/或p53基因中的SNV靶标。26.权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标各自对所述对象中的癌症具有特异性。27.权利要求26所述的方法，其中所述方法还包括获得所述对象中癌症的基因型。28.权利要求19至22中任一项所述的方法，其中至少一种SNV靶标对一种癌症具有特异性并且至少一种另外的SNV靶标对另一种癌症具有特异性。29.权利要求19至22中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种SNV靶标对多于1、2、3、4或5种癌症具有特异性或来自多于1、2、3、4或5种与癌症特异性突变相关的基因。30.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品中癌症特异性核酸的量为至少0.25％。31.权利要求30所述的方法，其中所述样品中癌症特异性核酸的量为至少0.5％。32.权利要求31所述的方法，其中所述样品中癌症特异性核酸的量为至少0.75％。33...

【专利技术属性】
技术研发人员：青·富田·米切尔，卡尔·斯塔姆，
申请(专利权)人：威斯康星州立大学医学院，
类型：发明
国别省市：美国,US