多重优化错配扩增(MOMA)靶标数目制造技术

本发明专利技术涉及用于评估例如来自对象的样品中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定对象中病症的风险。

Number of multiple optimized mismatch amplification (MOMA) targets

The present invention relates to methods and compositions for evaluating the amount of non-natural nucleic acids in samples, such as from a subject. The methods and compositions provided herein may be used to determine the risk of disease in the subject.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】多重优化错配扩增(MOMA)靶标数目相关申请本申请依据35U.S.C.§119(e)要求于2016年4月29日提交的美国临时申请62/330,053的申请日权益，其内容通过引用整体并入本文。
本专利技术涉及用于评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定病症例如移植排斥或胎儿的不利病症的风险。本专利技术还涉及用于使用多重优化错配扩增(multiplexedoptimizedmismatchamplification，MOMA)用于评估非天然无细胞脱氧核糖核酸(非天然无细胞DNA，例如供体特异性无细胞DNA)的量的方法和组合物。
技术实现思路
本公开内容至少部分地基于以下令人惊讶的发现：可使用多重优化错配扩增(MOMA)来量化来自对象的样品中的低频率非天然核酸。多重优化错配扩增涵盖这样的引物设计，所述引物可包含用于扩增特定序列的3’倒数第二位错配，和相对于另一序列的双错配。用这样的引物进行扩增可允许定量地确定样品中非天然核酸的量，甚至在非天然核酸的量在异质核酸群中为例如1％或甚至0.5％以下的情况下也如此。本文中提供了与这样优化的扩增相关的方法、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：针对至少6种单核苷酸变体(SNV)信息性靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其部分进行基于扩增的定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定的结果以确定所述样品中非天然核酸的量...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.04.29 US 62/330,0531.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：针对至少6种单核苷酸变体(SNV)信息性靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其部分进行基于扩增的定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定的结果以确定所述样品中非天然核酸的量。2.权利要求1所述的方法，其中所述结果在报告中提供。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法还包括基于所述结果确定所述样品中非天然核酸的量。4.权利要求1或2所述的方法，其中所述结果包含所述样品中非天然核酸的量。5.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：获得来自对所述样品或其部分进行的基于扩增的定量测定的结果，其中所述测定包括针对至少6种单核苷酸变体(SNV)信息性靶标中的每一种用至少两种引物对扩增所述信息性靶标，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标的所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及根据所述结果评估所述非天然核酸的量。6.权利要求5所述的方法，其中所述样品中所述非天然核酸的量基于所述基于扩增的定量测定的结果。7.权利要求5或6所述的方法，其中所述结果是从报告获得。8.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少两种引物对中的所述另一种引物对在引物中也包含相对于所述SNV靶之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之所述一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因。9.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量是所述样品中非天然核酸的绝对值。10.权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述量是所述样品中非天然核酸的相对值。11.权利要求10所述的方法，其中所述量是非天然核酸相对于天然核酸或总核酸的比例或百分比。12.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得所述非天然核酸和/或天然核酸的基因型。13.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定所述至少6种SNV信息性靶标。14.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括获得针对所述SNV信息性靶标中每一种的所述至少两种引物对。15.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述至少6种SNV信息性靶标是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31或32种SNV信息性靶标。16.权利要求15所述的方法，其中所述至少6种SNV信息性靶标是少于35、34、33、32、31或30种SNV信息性靶标。17.权利要求16所述的方法，其中所述至少6种SNV信息性靶标是少于25种SNV信息性靶标。18.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品中非天然核酸的量为至少1％。19.权利要求18所述的方法，其中所述样品中非天然核酸的量为至少1.3％。20.权利要求19所述的方法，其中所述样品中非天然核酸的量为至少1.5％。21.权利要求20所述的方法，其中所述样品中非天然核酸的量为至少2％。22.前述权利要求中任一项所述的方法，其中当所述非天然核酸的基因型未知或未获得时，所述方法还包括预测所述非天然基因型或基于所述非天然基因型的预测来评估结果。23.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品包含无细胞DNA样品并且所述量是非天然无细胞DNA的量。24.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述对象是移植接受者。25.权利要求24所述的方法，其中所述非天然核酸的量是供体特异性无细胞DNA的量。26.权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述对象是妊娠对象。27.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述基于扩增的定量测定是定量PCR测定，例如实时PCR测定或数字PCR测定。28.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括基于所述样品中非天然核酸的量确定所述对象中的风险。29.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括基于所述非天然核酸的量来选择用于所述对象的治疗。30.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括基于所述非天然核酸的量来治疗所述对象。31.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括基于所述非天然核酸的量提供关于针对所述对象之治疗的信息，或建议不治疗。32.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括随时间监测或建议监测所述对象中所述非天然核酸的量。33.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括在后续时间点评估所述对象中非天然核酸的量。34.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括基于所述非天然核酸的量评估施用于所述对象之治疗的效果。35.前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括提供或获得所述样品或其部分。36.前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括从所述样品中提取核酸。37.前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括使用针对所述SNV靶标的引物的预扩增步骤。38.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品包含血液、血浆或血清。39.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：针对至少18种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其部分进行基于扩增的定量测定，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的所述另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及获得或提供来自所述基于扩增的定量测定的结果以确定所述样品中所述非天然核酸的量。40.权利要求39所述的方法，其中所述结果在报告中提供。41.权利要求39或41所述的方法，其中所述方法还包括基于所述结果确定所述样品中非天然核酸的量。42.权利要求39或41所述的方法，其中所述结果包括所述样品中非天然核酸的量。43.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：获得来自对所述样品或其部分进行的基于扩增的定量测定的结果，其中所述测定包括针对至少18种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种用至少两种引物对扩增所述靶标，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因，以及根据所述结果评估所述非天然核酸的量。44.权利要求43所述的方法，其中所述样品中非天然核酸的量基于所述基于扩增的定量测定的结果。45.权利要求43或44所述的方法，其中所述结果从报告获得。46.权利要求39至45中任一项所述的方法，其中所述至少两种引物对中的所述另一种引物对在引物中也包含相对于所述SNV靶之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，然而包含相...

【专利技术属性】
技术研发人员：青·富田·米切尔，卡尔·施塔姆，
申请(专利权)人：威斯康星州立大学医学院，
类型：发明
国别省市：美国,US