用于使用错配扩增和统计方法来评估风险的方法技术

本发明专利技术涉及用于评估样品(例如来自对象)中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于在对象中确定病症(例如移植物排斥)的风险。

A method for assessing risk using mismatch augmentation and statistical methods

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于使用错配扩增和统计方法来评估风险的方法相关申请本申请根据35U.S.C.§119(e)要求于2016年11月2日提交的美国临时申请62/416,696和于2017年8月17日提交的美国临时申请62/546,789的申请日的权益，其中的每一个的内容通过引用整体并入本文。专利
本专利技术涉及用于评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法和组合物。本文中提供的方法和组合物可用于确定病症(例如移植物排斥(transplantrejection))的风险。本专利技术还涉及使用多路复用优化的错配扩增(multiplexedoptimizedmismatchamplification，MOMA)来评估非天然无细胞脱氧核糖核酸(非天然无细胞DNA，例如供体特异性无细胞DNA)的量的方法和组合物。专利技术背景检测和量化样品中非天然核酸的能力可允许早期检测病症，例如移植物排斥。然而，当前用于定量分析异质核酸群(例如，天然和非天然核酸的混合物)的方法是有限的。专利技术概述本公开内容至少部分基于以下出乎意料的发现：多路复用优化的错配扩增可用于量化来自对象的样品中的低频非天然核酸。多路复用优化的错配扩增包括引物的设计，所述引物可包含针对特定序列扩增的3’倒数第二位错配(penultimatemismatch)，但包含相对于替代序列的双错配。用这样的引物扩增可允许定量确定样品中非天然核酸的量，即使在异质核酸群中非天然核酸的量例如低于1％，或甚至0.5％。本文中提供了与这种经优化的扩增相关的方法、组合物、试剂盒和报告。所述方法、组合物、试剂盒和报告可分别是本文中提供的方法、组合物、试剂盒和报告中的任一种，包括实施例和附图的那些中的任一种。在一个方面，提供了评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸。该方法可包括从基于错配扩增的定量测定获得结果，并基于结果确定样品中非天然核酸的量，其中确定包括对结果进行平均(averaging)以确定该量，并且进行平均是取中位数(takingthemedian)。在另一个方面，提供了评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于该结果确定样品中非天然核酸的量，其中所述确定包括使用稳健标准偏差(robuststandarddeviation)和/或稳健变异系数(robustcoefficientofvariation)来分析结果。在另一个方面，提供了评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于该结果确定样品中非天然核酸的量，其中所述确定包括使用不一致值(discordancevalue)来分析结果。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述确定包括或者所述方法还包括使用稳健标准偏差和/或稳健变异系数来分析结果。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述确定包括或者所述方法还包括使用不一致值来分析结果。在另一个方面，基于来自对象的一个或更多个样品中的一种或更多种非天然核酸的量来评估对象中风险的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括获得来自对象的一个或更多个样品中的一种或更多种非天然核酸的量，该量是从一种或更多种基于错配扩增的定量测定中确定的，每种测定均如本文中提供的这样的测定中的任一种所限定，以及基于非天然核酸的量来评估风险。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述量是从报告中获得的或在报告中提供的。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述量是非天然核酸与天然核酸或总核酸的比例或百分比。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，还确定了天然核酸或总核酸的量。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定包括，针对多种单核苷酸变体(singlenucleotidevariant，SNV)靶标中的每一种，用至少一种引物对(primerpair)对样品或其一部分进行核酸扩增(例如聚合酶链式反应(PCR))，其中所述至少一种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少一种引物对包含这样的引物，其具有相对于SNV靶标的一种序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位错配)，然而具有相对于SNV靶标的另一种序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一种序列(例如，等位基因)。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定还包括，针对每种SNV靶标，用至少一个另一种引物对进行核酸扩增，其中所述至少一个另一种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少一个另一种引物对特异性地扩增SNV靶标的另一种序列(例如，等位基因)。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定包括，针对多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对样品或其一部分进行核酸扩增(例如PCR)，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种包含相对于SNV靶标的一种序列(例如，等位基因)的3’错配(例如，倒数第二位)，但包含相对于SNV靶标的另一种序列(例如，等位基因)的3’双错配，并且特异性地扩增SNV靶标的一种序列(例如，等位基因)，并且至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标的另一种序列(例如，等位基因)。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定包括，针对多种SNV靶标，针对每个这样的SNV靶标，用如本文所提供的至少一种引物对(例如至少两种引物对)进行样品的核酸扩增(例如PCR)，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，基于天然核酸和/或非天然核酸的基因型选择信息性结果(informativeresult)。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，该方法可包括基于信息性结果确定样品中非天然核酸的量。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定还包括鉴定多种SNV靶标。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，基于错配扩增的定量测定还包括推断非天然核酸的基因型。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述确定该量包括对其进行平均，例如取中位数。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，该量基于结果(例如信息性结果)的平均，例如中位数。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述确定包括或者所述方法还包括使用稳健统计学(RobustStatistics)来分析结果。在所提供的任一种方法的一个实施方案中，可用以下方式来分析结果：标准偏差，例如稳健标准偏差；和/或变异系数，例如稳健变异系数；或％变异系数，例如％稳健变异系数。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述量至少部分地基于或者所述方法还包括使用稳健统计学来分析结果。在所提供的任一种方法的一个实施方案中，分析包括使用：标准偏差，例如稳健标准偏差；和/或变异系数，例如稳健变异系数；或％变异系数，例如％稳健变异系数。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，所述确定包括或者所述方法还包括使用不一致值来分析结果。在所提供的任一种方法的一个实施方案中，可用不一致值来分析结果。在本文中提供的任一种方法的一个实施方案中，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于所述结果确定所述样品中所述非天然核酸的量，其中所述确定包括对所述结果进行平均以确定所述量，并且所述进行平均是取中位数。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.11.02 US 62/416,696;2017.08.17 US 62/546,7891.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于所述结果确定所述样品中所述非天然核酸的量，其中所述确定包括对所述结果进行平均以确定所述量，并且所述进行平均是取中位数。2.权利要求1所述的方法，其中所述确定包括或者所述方法还包括使用稳健标准偏差和/或稳健变异系数来分析所述结果。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述确定包括或者所述方法还包括使用不一致值来分析所述结果。4.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于所述结果确定所述样品中所述非天然核酸的量，其中所述确定包括使用稳健标准偏差和/或稳健变异系数来分析所述结果。5.权利要求4所述的方法，其中所述确定包括或者所述方法还包括使用不一致值来分析所述结果。6.评估来自对象的样品中非天然核酸的量的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：从基于错配扩增的定量测定获得结果，以及基于所述结果确定所述样品中所述非天然核酸的量，其中所述确定包括使用不一致值来分析所述结果。7.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量在报告中提供。8.基于来自对象的一个或更多个样品中的一种或更多种非天然核酸的量来评估对象中风险的方法，所述样品包含非天然和天然核酸，所述方法包括：获得在来自对象的一个或更多个样品中的一种或更多种非天然核酸的量，该量是从一种或更多种基于错配扩增的定量测定的结果确定的，以及基于所述非天然核酸的量来评估风险。9.权利要求8所述的方法，其中所述量从报告中获得。10.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述量是非天然核酸与天然核酸或总核酸的比例或百分比。11.权利要求10所述的方法，其中还确定了所述天然核酸或总核酸的量。12.前述权利要求中任一项所述的方法，其中每种基于错配扩增的定量测定包括：针对多种单核苷酸变体(SNV)靶标中的每一种，用至少两种引物对对所述样品或其一部分的核酸进行扩增，其中每种引物对包含正向引物和反向引物，其中所述至少两种引物对中的一种在引物中包含相对于所述SNV靶标之一种等位基因的3’倒数第二位错配，但包含相对于所述SNV靶标之另一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述一种等位基因，并且所述至少两种引物对中的另一种特异性地扩增SNV靶标之所述另一种等位基因，以及从所述扩增中获得或提供结果。13.权利要求12所述的方法，其中所述至少两种引物对中的所述另一种引物对在引物中还包含相对于所述SNV靶标之所述另一种等位基因的3’倒数第二位错配，但包含相对于所述SNV靶标之所述一种等位基因的3’双错配，并且特异性地扩增所述SNV靶标之所述另一种等位基因。14.权利要求12或13所述的方法，其中所述结果是所述扩增的信息性结果。15.权利要求12至14中任一项所述的方法，其中所述基于错配扩增的定量测定还包括选择所述扩增测定的信息性结果。16.权利要求12至15中任一项所述的方法，其中基于所述非天然核酸和/或天然核酸的基因型选择所述扩增的信息性结果。17.权利要求12至16中任一项所述的方法，其中所述基于错配扩增的定量测定还包括获得所述非天然核酸和/或天然核酸的基因型。18.权利要求12至17中任一项所述的方法，其中所述基于错配扩增的定量测定还包括获得多种SNV靶标。19.权利要求12至18中任一项所述的方法，其中所述基于错配扩增的定量测定还包括获得针对所述多种SNV靶标中的每一种的所述至少两种引物对。20.权利要求12至19中任一项所述的方法，其中所述多种SNV靶标是至少9...

【专利技术属性】
技术研发人员：卡尔·施塔姆，青·富田·米切尔，迈克尔·米切尔，
申请(专利权)人：威斯康星州立大学医学院，
类型：发明
国别省市：美国,US