核小体-转录因子复合体用于癌症检测的用途制造技术

本发明专利技术涉及组织特异性转录因子‑核小体加合物或转录辅因子‑核小体加合物作为生物学流体中的生物标志用于检测或诊断受试者中的癌症的用途。本发明专利技术进一步涉及使用所述组织特异性转录因子或辅因子加合物鉴定受试者中的癌症发展位点。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核小体-转录因子复合体用于癌症检测的用途专利
本专利技术涉及用于通过最小侵入性血液检验的手段检测癌症，特别是鉴定具有未知原发的转移癌疾病的受试者中的原发癌的方法。专利技术背景广泛范围的免疫测定血液检验在临床上常用，以解决广泛范围的临床需求。几个说明性的实例包括检测或研究病毒疾病、心肌梗塞、甲状腺疾病、不育、妇科病况、炎症应答、免疫状态、变态反应、药物状态(药物的、雄激素的、性能增强的和消遣性的)等的用途。大的诊断公司提供的自动化免疫测定系统具有数百个免疫测定检验的项目单。免疫测定检验的许多优点包括其极端的分析灵敏性与特异性，组合稳健性和可靠性；连同最小侵入性的患者形式，其仅需一滴血，极端的灵活性，允许检验在大实验室中或在医生办公室中或以家用形式并且均以低成本进行。尽管如此，对于癌症检测，仅一种免疫测定血液检验在临床上常用；用于前列腺癌的前列腺特异性抗原(PSA)检验。其它典型的蛋白癌生物标志，例如CA125、CA19.9、CEA(癌胚抗原)和AFP(α-甲胎蛋白)用于监测癌症治疗但由于其临床准确度差不推荐用于癌症检测。基于循环肿瘤细胞检测的非免疫测定的基于血液的癌症检测方法正在开发中，但在临床上没有普遍使用。相似地，用于循环肿瘤DNA(ctDNA)、RNA或其它循环核酸的方法正在开发中，但这些在临床上也没有广泛使用。存在各种各样的循环核酸方法。一些基于检测与癌症相关的ctDNA序列突变，或与癌症相关的其它DNA序列效应。其它实例包括基于检测与癌症相关的甲基化DNA序列或与癌症相关的微RNA序列的方法。DNA异常为所有癌症疾病的特征。癌症细胞的DNA与健康细胞在许多方面不同，包括，但不限于，点突变、甲基化状态、易位、基因拷贝数目、微卫星异常和DNA链完整性。任何这些突变可经受ctDNA检验。当癌症在疾病的早期阶段被检测时，这当前有可能通过粪便检验、侵入性内窥镜检查方法、侵入性活组织检查方法、潜在危险的X射线扫描方法、MRI扫描方法、宫颈涂片检验或根据症状。这些方法均具有侵入性、不愉快、患者风险、患者依从性和/或高费用的缺点。一旦检出，癌症当前通常通过在活组织检查处移除的肿瘤组织的免疫组织化学(IHC)检验确认和诊断。早期检测癌症导致改善的患者结果和对健康护理提供者的财务效益，避免昂贵的晚期住院和治疗。不幸地，当前癌症常常未检出，直至其达到疾病发展晚期，此时其可能已经扩散超出原发肿瘤的位点，治疗选择更受限、更昂贵和不太有效，导致较差的患者结果。对更多和更好的癌症血液检验存在明确未满足的医疗需求。诊断患有癌症的患者可呈现晚期或转移癌，其已经扩散超出原发癌发展的器官。在许多情况下原发癌最初发展的位点不清楚，这些情况称作未知原发的癌(CUP)或隐匿性肿瘤。在这些情况下原发肿瘤位点的鉴定具有重要的临床意义，因为癌症根据其最初在何处发展治疗，即使其已经扩散至身体的其它部分。对于给予的应靶向原发位点的癌的任何靶向疗法尤其如此。例如，如果原发性肺癌已经扩散至肝脏，其为伴随肝转移或继发的肺癌。其不是肝癌，因为癌细胞为癌性肺细胞。在受试者呈现转移癌的许多情况下，原发癌的位点是清楚的。然而，在CUP中原发癌不能确定。这可能由于许多原因而发生，包括例如，由于继发癌症生长非常迅速，而原发癌仍小并且在扫描上不可见，或由于原发癌消失，可能由于免疫攻击或原发癌脱落(例如结直肠癌可从肠壁脱落并随粪便排出体外)。当前存在转移性疾病的患者中的原发性肿瘤常常通过患者检查、患者症状、扫描和从活组织检查移除的肿瘤组织的免疫组织化学(IHC)检验定位。原发性肿瘤位点可通过组织特异性转录因子的IHC鉴定或确认。循环肿瘤DNA分析或其它生物标志方法可揭示受试者中原发癌的存在情况，而不鉴定癌症位点。这可导致与CUP相似的情况(除了不必有任何转移存在)，其中受试者已知或疑似具有癌症，但不知道癌症位点。例如，使用ctDNA序列技术诊断的癌症可鉴定受试者的血液中与癌症相关的基因突变，指示癌症的存在情况但不指示癌症位点。对于通过循环肿瘤细胞技术或其它癌症检测方法检测癌症，可发生相似的情况，其可能不揭示检出的肿瘤的位点。人体包含数百个细胞类型。所有这些细胞类型包含相同的基因组但在体内广泛不同的表型和不同的功能。该表型多样性是由于不同细胞类型中基因组的差别表达。差别基因表达的控制没有完全被理解，但基本机制包括通过许多与基因相关的互联的表观遗传信号的基因调节，包括控制染色质包装为常染色质或异染色质，控制核小体定位和核酸酶可接近位点、DNA甲基化和周围包裹DNA的核小体的组蛋白结构的变化，以及转录因子和转录辅因子表达和与其所结合的基因的相互作用的变化。核小体是染色质结构的基本单位，并且由8个高度保守的核心组蛋白(包含各组蛋白H2A、H2B、H3和H4的一对)的蛋白复合物组成。在该复合物周围包裹着约146个碱基对的DNA。另一组蛋白H1或H5，作为接头并参与染色质致密化。DNA在通常被称为类似于“串上的珠(beadsonastring)”的结构中缠绕连续核小体周围，并且这形成了开放或常染色质的基本结构。在致密或异染色质中，该串盘绕并超级盘绕成封闭和复杂的结构(Herranz和Esteller,2007)。成年人的正常细胞更新涉及通过细胞分裂每天约1011个细胞的产生并且主要由细胞凋亡导致类似数量的死亡。凋亡过程期间，染色质分解为片段，包括单核小体和寡核小体，其从细胞释放。在正常条件下这些被移除，并且健康受试者中存在的循环核小体的水平低。提高的水平存在于具有各种病况包括许多癌症、自身免疫疾病、炎症性病况、中风和心肌梗塞的受试者中(Holdenrieder&Stieber,2009)。单核小体和寡核小体可通过酶联免疫吸附测定(ELISA)检测，并且已经报道了几种方法(Salgame等人,1997;Holdenrieder等人,2001;vanNieuwenhuijze等人,2003)。这些测定通常使用抗组蛋白抗体(例如，抗H2B、抗H3或抗H1、H2A、H2B、H3和H4)作为捕获抗体，抗DNA或抗H2A-H2B-DNA复合体抗体作为检测抗体。已报道循环无细胞核小体水平的ELISA结果和如实时PCR(聚合酶链反应)所测量的循环DNA水平之间的相关系数为在血清中r=0.531和在血浆中r=0.350(Holdenrieder等人,2005)。核小体ELISA方法在细胞培养物中使用，主要作为检测凋亡的方法(Salgame等人,1997;Holdenrieder等人,2001;vanNieuwenhuijze等人,2003)，并且还用于测量血清和血浆中的循环无细胞核小体(Holdenrieder等人,2001)。濒死细胞所释放入循环中的无细胞血清和血浆核小体水平在许多不同的癌症研究中通过ELISA方法测量以评估其作为潜在的生物标志的用途(Holdenrieder等人,2001)。已经报道平均循环核小体水平在所研究的大多数癌症中高。最高的循环核小体水平在肺癌受试者中观察到。然而，具有恶性肿瘤的受试者据报道具有显著不同的血清核小体浓度，发现一些具有晚期肿瘤疾病的受试者具有低循环核小体水平，在对于健康受试者所测量的范围内(Holdenrieder等人,2001)。由于这本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.组织特异性转录因子‑核小体加合物或转录辅因子‑核小体加合物作为生物学流体中的生物标志用于检测或诊断受试者中的癌症的用途。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.03.22 GB 1604806.81.组织特异性转录因子-核小体加合物或转录辅因子-核小体加合物作为生物学流体中的生物标志用于检测或诊断受试者中的癌症的用途。2.权利要求1的用途，其中组织特异性转录因子-核小体加合物或转录辅因子-核小体加合物用于鉴定受试者中的癌症发展位点。3.组织特异性转录因子-核小体加合物或转录辅因子-核小体加合物作为生物学流体中的生物标志用于鉴定或诊断先前诊断患有癌症的受试者中的癌症发展位点的用途。4.权利要求1-3中任一项的用途，其中所述癌症为原发癌。5.权利要求1-4中任一项的用途，其中所述受试者为具有未知原发的转移癌的受试者。6.权利要求3-5中任一项的用途，其中所述受试者先前使用循环肿瘤DNA(ctDNA)作为生物标志诊断患有癌症。7.用于在受试者中检测癌症和/或测定癌症发展位点的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从所述受试者获得生物学流体样品；(ii)使样品接触结合核小体或其组分的第一结合剂；(iii)使核小体或样品接触结合加合到核小体的组织特异性转录因子或辅因子的第二结合剂；和(iv)检测或定量所述第二结合剂与样品中加合的组织特异性转录因子或辅因子的结合；其中加合到核小体的组织特异性转录因子或辅因子的存在情况或水平用作所述癌症的存在情况和/或发展位点的指示。8.用于在受试者中检测癌症和/或测定癌症发展位点的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从所述受试者获得生物学流体样品；(ii)使样品接触结合组织特异性转录因子或辅因子的第一结合剂；(iii)使核小体或样品接触结合核小体或其组分的第二结合剂；和(iv)检测或定量所述第二结合剂与样品中的核小体或其组分的结合；其中加合到核小体的组织特异性转录因子或辅因子的存在情况或水平用作所述癌症的存在情况和/或发展位点的指示。9.权利要求7或权利要求8的方法，其中所述癌症为原发癌。10.权利要求7-9中任一项的用途，其中所述受试者为具有未知原发的转移癌的受试者。11.权利要求7-10中任一项的方法，其中受试者先前诊断患有癌症。12.权利要求7-11中任一项的方法，其中所述结合剂为抗体、抗体片段或适体。13.权利要求7-12中任一项的方法，其中结合核小体或其组分的结合剂定向结合特定的组蛋白、组蛋白修饰、组蛋白变体或同种型，或者结合DNA或其组分。14.用于评估动物或人受试者对药物治疗的适合性的方法，所述方法包括以下步骤：(i)如权利要求7-13中任一项的方法...

【专利技术属性】
技术研发人员：JV米卡莱夫，J赖斯菲尔霍，
申请(专利权)人：比利时意志有限责任公司，
类型：发明
国别省市：比利时,BE