用于SNP基因分型的方法和装置制造方法及图纸

本发明专利技术涉及使用侧流试验装置对单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型的方法。本发明专利技术还涉及包含所述侧流试验装置的试剂盒及其用于对单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于SNP基因分型的方法和装置本专利技术涉及一种用于单核苷酸多态性(SNP)基因分型的新方法。
技术介绍
单核苷酸多态性(SNP)是在同一物种的个体之间的基因组中或同一对染色体之间的单一碱基对变异。SNP占所有人类遗传变异的90％。它们在人类基因组中约每1000个碱基存在一个，并且到目前为止有超过180万个SNP在专门数据库中列出并可用。这些数据库的使用显示，这些SNP不仅可用于法医学目的以鉴别个体，而且可用于诊断或确定某些疾病的易感性，预测病症的严重性或患者对治疗的响应，或确定个体的血型。有许多方法可用于检测SNP，例如DNA微阵列、等位基因特异性寡核苷酸(ASO)杂交、DNA测序和单链构象多态性(SSCP)分析、质谱术、引物延伸、限制性片段长度多态性分析和等位基因特异性寡核苷酸连接。然而，这些技术大多昂贵，建立起来复杂，并且不能使用易于使用的过程进行一次性分析。因此，近年中已开发了新的简化的技术，其中使用简单的试条试验(或侧流测定法)来检测SNP，这允许通过目测检查获得结果(Litos等，2009；Sapountzi等，2015)。这些新技术本质上基于使用目标等位基因特异性引物对靶DNA进行PCR扩增。这意味着所述扩增反应只有在所述引物的3’区与靶序列完全互补时才会发生。因此，用于等位基因的每个特异性引物包含与所述SNP位点相邻的序列和与所述等位基因变体互补的3’核苷酸、间隔臂和5’标志物，所述5’标志物允许它与固定化在所述试条上的探针杂交。Litos等提出了一种可以在同一试条上对几个SNP同时进行基因分型的技术。为此目的，每种等位基因特异性引物包含不同的5’标记物，其将与固定化在所述试条上的探针之一特异性杂交。然而，尽管已取得进展，但这些技术仍然执行起来复杂，特别是因为两个连续的扩增技术(PCR，然后是是引物延伸反应)的使用和/或偶联到待检测的每个等位基因的特异性序列的微球的生产和这些微球在硝酸纤维素膜上的沉积。
技术实现思路
现在，本专利技术人显示，可以使用侧流测定装置从单一扩增产物区分同一SNP的不同等位基因变体。因此，根据第一方面，本专利技术涉及一种对核酸样品中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型的体外方法，所述方法包括：a)扩增含有待基因分型的SNP的所述核酸的一个或多个区域，扩增产物包含能够直接或间接地产生可检测信号的标记物，以及b)使用侧流测定装置分析在步骤(a)中获得的扩增产物，所述侧流测定装置包含优选地由硝酸纤维素制成的反应区，所述反应区包含固定化在不同位点上的一种或多种核苷酸探针、优选地至少两种核苷酸探针，每种探针具有与待基因分型的SNP的等位基因变体互补的序列，在所述探针固定化位点处检测到信号指示所述核酸包含所述探针的特异性等位基因变体。所述扩增优选地通过不对称PCR来进行，更特别优选地通过LATE–PCR来进行。所述核酸的几个区域的同时扩增可以通过多重PCR来进行。所述扩增产物可以是5’–标记的，优选地通过在所述扩增期间使用5’–标记的引物进行5’–标记。所述扩增产物可以用有色、发光、荧光、磷光或放射活性化合物，用酶或配体/抗配体对的第一个成员，优选地用生物素来标记。优选地，所述可检测信号是肉眼可见的有色信号，并且所述检测通过简单的目测检查来进行。优选地，所述信号通过使用有色粒子例如胶体金粒子来获得。优选地，在本专利技术的方法期间使用的侧流测定装置包含：多孔基质，其包含：(i)迁移缓冲液施加区，(ii)扩增产物施加区，其位于所述迁移缓冲液施加区下游，和(iii)反应区，其位于所述扩增产物施加区下游，以及(iv)任选的试剂迁移监测区，其位于所述反应区下游，和/或(v)任选的标记区，其包含对能够直接或间接地产生可检测信号的扩增产物标记物特异的底物或结合配偶体，所述标记区位于所述迁移缓冲液施加区下游和所述扩增产物施加区上游，和/或(vi)任选的吸收垫，其位于所述反应区下游或如果存在监测区的话就位于所述监测区下游，所述多孔基质的各个不同区与相邻的区流体连通，并且所述吸收垫与所述多孔基质流体连通。所述扩增产物可以不需初步的纯化或变性步骤，使用所述侧流测定装置直接分析。所述扩增产物的分析通常包括：(i)将在步骤(a)中获得的扩增产物装载到所述侧流测定装置上，ii)在所述装置上施加迁移缓冲液，iii)将所述装置温育，直至在所述反应区中检测到由所述扩增产物标记物直接或间接地产生的信号，和/或当存在所述迁移监测区时在所述迁移监测区中检测到信号，以及iv)读取并解释结果。所述侧流测定装置的基质可以由硝酸纤维素、聚酯、玻璃纤维、纤维素纤维、聚醚砜(PES)和/或纤维素酯制成。优选地，所述基质是或包含硝酸纤维素膜。优选地，所述基质的反应区由硝酸纤维素制成。特别优选地，所述基质的扩增产物施加区和/或监测区、优选地所述基质的扩增产物施加区和监测区，也由硝酸纤维素制成。这意味着根据某些实施方式，所述基质包含硝酸纤维素膜，其包含所述基质的扩增产物施加区、反应区和监测区。可替选地，所述基质的反应区和监测区可以由硝酸纤维素制成，并且所述扩增产物施加区由纤维素纤维制成。所述基质的迁移缓冲液施加区和/或所述吸收垫优选地由纤维素纤维制成，并且所述基质的标记区优选地由玻璃纤维制成。所述迁移缓冲液优选地包含用于维持中性pH的缓冲系统、一种或多种表面活性剂和/或使氢键和非特异性相互作用去稳定化的一种或多种变性剂。所述样品中包含的待基因分型的核酸优选为基因组DNA，更特别优选为人类基因组DNA。具体来说，所述核酸样品可以是全血、血清或血浆样品。在这种情况下，扩增含有待基因分型的SNP的所述核酸的一个或多个区域的步骤可以在所述全血、血清或血浆样品上进行，不需所述核酸的部分或完全纯化的初步步骤。根据优选实施方式，所述扩增产物标记物是生物素，并且所述迁移缓冲液或标记区包含与可检测标记物偶联、优选地与金粒子偶联的抗生物素抗体。根据第二方面，本专利技术还涉及一种试剂盒，其包含如上所定义的侧流测定装置和用于扩增含有SNP的基因组区域的至少一个引物对。任选地，所述试剂盒还可以包含迁移缓冲液，扩增试剂，优选为dNTP、聚合酶和/或缓冲液，和/或解释所述试剂盒的使用的说明书散页。根据优选实施方式，所述试剂盒包含用于扩增一个或多个基因组区域的一个或多个引物对，所述基因组区域含有与血型抗原系统、优选为Duffy、MNS和/或Kidd系统相关的一个或多个SNP。具体来说，所述试剂盒可以包含选自SEQIDNO：1至8的一个或多个引物，更特别地是一个或多个下述引物对：(1)SEQIDNO：1和2，(2)SEQIDNO：3和4，(3)SEQIDNO：5和6，以及(4)SEQIDNO：7和8。本专利技术还涉及本专利技术的试剂盒的用途，其用于按照本专利技术的方法对一个或多个SNP、优选为与血型抗原系统相关的一个或多个SNP进行基因分型。附图说明图1：在将通过单重和多重LATE–PCR流程从具有不同基因型的基因组DNA样品扩增的生物素化的靶在硝酸纤维素膜上迁移后，获得的基因分型结果。从来自于各种不同LATE–PCR流程的样品的扩增后获得的结果：(i)单重，(A)FY(样品#1至#6)和(B)JK(样品#7至#12)血型系统，和(ii)多重(C)(样品#13、#14和#15)本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种对核酸样品中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型的体外方法，所述方法包括：a)扩增含有待基因分型的SNP的所述核酸的一个或多个区域，扩增产物包含能够直接或间接地产生可检测信号的标记物，以及b)使用侧流测定装置分析在步骤(a)中获得的扩增产物，所述侧流测定装置包含反应区，所述反应区包含固定化在不同位点上的一种或多种核苷酸探针、优选地至少两种核苷酸探针，每种探针具有与待基因分型的SNP的等位基因变体互补的序列，在所述探针固定化位点处检测到信号指示所述核酸包含对所述探针特异的等位基因变体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.09.11 FR 15584651.一种对核酸样品中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型的体外方法，所述方法包括：a)扩增含有待基因分型的SNP的所述核酸的一个或多个区域，扩增产物包含能够直接或间接地产生可检测信号的标记物，以及b)使用侧流测定装置分析在步骤(a)中获得的扩增产物，所述侧流测定装置包含反应区，所述反应区包含固定化在不同位点上的一种或多种核苷酸探针、优选地至少两种核苷酸探针，每种探针具有与待基因分型的SNP的等位基因变体互补的序列，在所述探针固定化位点处检测到信号指示所述核酸包含对所述探针特异的等位基因变体。2.权利要求1的方法，其中所述扩增通过不对称PCR、优选地通过LATE–PCR来进行。3.权利要求1或2的方法，其中所述核酸的几个区域的同时扩增通过多重PCR来进行。4.前述权利要求任一项的方法，其中所述扩增产物是5’–标记的，优选地通过在所述扩增期间使用5’–标记的引物进行5’–标记。5.前述权利要求任一项的方法，其中所述扩增产物用有色、发光、荧光、磷光或放射活性化合物，用酶或配体/抗配体对的第一个成员，优选地用生物素来标记。6.前述权利要求任一项的方法，其中所述侧流测定装置包含：多孔基质，其包含：(i)迁移缓冲液施加区，(ii)扩增产物施加区，其位于所述迁移缓冲液施加区下游，和(iii)反应区，其位于所述扩增产物施加区下游，以及(iv)任选的试剂迁移监测区，其位于所述反应区下游，和/或(v)任选的标记区，其包含对能够直接或间接地产生可检测信号的扩增产物标记物特异的底物或结合配偶体，所述标记区位于所述迁移缓冲液施加区下游和所述扩增产物施加区上游，和/或(vi)任选的吸收垫，其位于所述反应区下游或如果存在监测区的话就位于所述监测区下游，所述多孔基质的各个不同区与相邻的区流体连通，并且所述吸收垫与所述多孔基质流体连通。7.前述权利要求任一项的方法，其中所述扩增产物不需初步的纯化或变性步骤，使用所述侧流测定装置直接分析。8.前述权利要求任一项的方法，其中所述分析包括：i)将在步骤(a)中获得的扩增产物装载到所述侧流测定装置上，ii)在所述装置上施加迁移缓冲液，iii)将所述装置温育，直至在所述反应区中检测到由所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：让查里斯·布莱斯，朱利安·戈麦斯马蒂，
申请(专利权)人：法国血液机构，
类型：发明
国别省市：法国,FR