测量嵌合状态的方法技术

本公开涉及使用信息性拷贝数变异(CNV)测量生物样品中的嵌合状态的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】测量嵌合状态的方法专利
本公开涉及使用信息性拷贝数变异(informativecopynumbervariation，CNV)测量生物样品中的嵌合状态的方法。专利技术背景嵌合状态(Chimerism)描述了来源于多于一个个体的细胞的共存。嵌合状态的一个最常见的例子是来自接受造血干细胞移植(hematopoieticstem-celltransplantation，HSCT)的个体的生物样品。HSCT是患有某些恶性和非恶性血液病症的患者的常见治疗。HSCT临床管理的一个重要组成部分是嵌合状态分析，用于及时评估治疗成功(例如，植入)或失败(例如，疾病复发、移植物排斥和移植物抗宿主疾病)。用于监测HSCT后的嵌合状态的最常用方法之一是短串联重复序列(shorttandemrepeat，STR)基因座的PCR扩增，接着进行毛细管电泳(Thiede等.BoneMarrowTransplant,23:1055-1060,1999；Nuckols等.AmJClinPathol,113:135-140,2000)。然而，必须分析多个STR基因座以鉴定区分供体(donor)和接受者的基因座。由于供本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种测量获自包含两种或更多种遗传上不同的细胞群体的受试者的生物样品中的嵌合状态的方法，所述方法包括：基于拷贝数变异(CNV)多态性测定分离自第一遗传上不同的细胞群体的样品中基因组DNA的水平，所述拷贝数变异(CNV)多态性是所述第一遗传上不同的细胞群体的信息性标记，其中来自所述遗传上不同的细胞群体的分离的基因组DNA的水平提供了对所述样品中嵌合状态的度量。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.06.15 AU 20159022741.一种测量获自包含两种或更多种遗传上不同的细胞群体的受试者的生物样品中的嵌合状态的方法，所述方法包括：基于拷贝数变异(CNV)多态性测定分离自第一遗传上不同的细胞群体的样品中基因组DNA的水平，所述拷贝数变异(CNV)多态性是所述第一遗传上不同的细胞群体的信息性标记，其中来自所述遗传上不同的细胞群体的分离的基因组DNA的水平提供了对所述样品中嵌合状态的度量。2.如权利要求1所述的方法，其还包括基于CNV多态性测定分离自第二遗传上不同的细胞群体的样品中基因组DNA的水平，所述CNV多态性是所述第二遗传上不同的细胞群体的信息性标记，其中分离的基因组DNA的水平提供了对所述样品中嵌合状态的度量。3.如权利要求1或2所述的方法，其中遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括：-在分离自第一细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是纯合未缺失的CNV多态性；以及，-在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第一细胞群体的基因组DNA中是纯合未缺失的CNV多态性。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其还包括通过测定所述样品中的总分离的基因组DNA来验证分离自遗传上不同的细胞群体的DNA的水平，其中分离自所述遗传上不同的细胞群体的基因组DNA的水平等于总DNA的水平表明验证了分离的基因组DNA的水平。5.如权利要求4所述的方法，其中所述嵌合状态的度量表示为所述样品中总细胞群体中遗传上不同的细胞的百分比。6.如权利要求4所述的方法，其中所述嵌合状态的度量表示为所述样品中遗传上不同的细胞的比率(第一细胞群体:第二细胞群体)。7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述CNV多态性是拷贝数缺失(CND)多态性。8.如权利要求7所述的方法，其中遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括：-在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的CND多态性；和/或，-在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的CND多态性。9.如权利要求7所述的方法，其中遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括：-在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少两种CND多态性；和/或，-在分离自所述第二细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少两种CND多态性。10.如权利要求7所述的方法，其中遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括：-在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少三种CND多态性；和/或，-在分离自所述第二细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少三种CND多态性。11.如权利要求7所述的方法，其中所述遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括至少5、或至少6、或至少7、或至少10、或至少20、或至少30或至少38种CND。12.如权利要求7所述的方法，其中所述遗传上不同的细胞群体的信息性标记包括：-在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少4、至少5、至少6种CND多态性；和/或-在分离自第二细胞群体的基因组DNA中是纯合缺失并且在分离自所述第一细胞群体的基因组DNA中是杂合或纯合未缺失的至少4、至少5、至少6种CND多态性。13.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其中测定分离自所述遗传上不同的细胞群体的基因组DNA的水平包括使用引物对所述DNA进行扩增反应，所述引物靶向为所述遗传上不同的细胞群体的信息性标记的CNV多态性。14.如权利要求13所述的方法，其中所述引物靶向所述一种或多种信息性CNV的内部区域。15.如权利要求13所述的方法，其中使用选自表7的引物对所述CNV多态性进行扩增。16.如权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述CNV多态性选自表1中所列的CND多态性。17.如权利要求1至16中任一项所述的方法，其中通过使用NGS、NanoString技术、液滴数字PCR、定量RT-PCR评估所述CNV多态性来测定分离自所述遗传上不同的细胞群体的基因组DNA的水平，所述CNV多态性是所述遗传上不同的细胞群体的信息性标记。18.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中已经处理所述生物样品以从所述样品中基本上除去循环的无细胞DNA。19.如权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。20.如权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述生物样品是外周血单核细胞。21.如权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述生物样品是纯化的免疫细胞群体或纯化的免疫细胞的混合物。22.如权利要求21所述的方法，其中所述免疫细胞是白细胞。23.如权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述生物样品是纯化的T细胞、B细胞、粒细胞或其混合物的群体。24.如...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·斯拉特，
申请(专利权)人：默多克儿童研究所，
类型：发明
国别省市：澳大利亚,AU