本发明专利技术提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针、试剂盒、测序文库及其构建方法。该特异性捕获探针包括SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:241所示的序列。本申请所提供的特异性捕获探针及试剂盒通过优化探针体系，能够实现以低至30ng的DNA样本起始量，通过一次液相杂交捕获获得BRCA1/2基因目的区域的全部信息，且能够更灵敏地对各种类型突变进行检测。
【技术实现步骤摘要】
检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针、试剂盒、测序文库及其构建方法
本专利技术涉及高通量测序
，具体而言，涉及一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针、试剂盒、测序文库及其构建方法。
技术介绍
对于BRCA基因的检测方法，最早是在20世纪90年代使用一代sanger测序的方法，然而随着测序技术的发展，这一方法的缺点日益凸显，主要表现在通量小、成本高，很难满足大量样本的多基因测序分析。伴随着下一代测序技术(NextGenerationSequencing,NGS)的不断成熟应用，在临床应用的适用性也得到广泛认可，而且BRCA1/2基因本身非常大，突变广泛分布在基因的各个外显子及其调控区域，并且没有很明显的高频热点突变。如果采用一代sanger测序对BRCA1/2整个基因进行检测，需要消耗大量检测成本和时间成本；而NGS的目标区域捕获测序可以快速全面地检测BRCA1/2基因全部外显子、外显子内含子交接处的突变情况，FoundationFocusTMCDxBRCA是第一个获得FDA批准的以目标区域测序为技术的临床伴随诊断，该诊断就是针对BRCA1/2基因进行的全面筛查。目标序列捕获测序是通过技术手段将基因组特定的区域进行富集后建库测序，是提高检测灵敏度和特异性的重要手段。目前主流的目标序列捕获的方法主要有两种，液相杂交捕获法和多重PCR法。多重PCR法操作简便快速，但是由于引物设计的局限更适合捕获较小的区域，相比之下，液相杂交捕获法适合捕获较大的区域，更适合做基因全外显子的检测。目前基于Illumina平台液相杂交捕获技术进行BRCA1/2基因检测的专利技术有：《一种用于乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突变检测的杂交捕获试剂盒及其方法》，专利号CN106676169A；《基于高通量测序检测人BRCA1/2基因变异的质控方法及试剂盒》，专利号CN106381334A；《基于高通量测序检测人BRCA1/2基因的捕获探针及试剂盒》，专利号CN106319065A。其中《一种用于乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突变检测的杂交捕获试剂盒及其方法》以150ngDNA样本起始，采用了两次杂交捕获，增加了检测的复杂度和质控的不确定性，同时也增加了检测周期；《基于高通量测序检测人BRCA1/2基因变异的质控方法及试剂盒》和《基于高通量测序检测人BRCA1/2基因的捕获探针及试剂盒》使用的DNA样本起始量为200ng，当样本较为珍贵的时候，低起始量准确检测成为可能需求。因此，如何提供一种能够以低于150ng的DNA样本起始量来获得捕获效率较高的目的片段进行检测，目前还没有有效的解决办法。
技术实现思路
本专利技术的主要目的在于提供一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针、试剂盒、测序文库及其构建方法，以解决现有技术中对人BRCA1/2基因突变进行检测时，对DNA的样本起始量要求比较高的问题。为了实现上述目的，根据本专利技术的一个方面，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针，该特异性捕获探针包括如表1中SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列。为了实现上述目的，根据本专利技术的一个方面，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的试剂盒，试剂盒包括上述任一种特异性捕获探针。进一步地，特异性捕获探针为SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列按等比例混合的混合物，优选特异性捕获探针的工作浓度为0.5pM-1.0pM。进一步地，试剂盒还包括接头封闭试剂。进一步地，接头封闭试剂包括SEQIDNO:242和SEQIDNO:243所示的序列。进一步地，试剂盒还包括文库封闭剂。进一步地，试剂盒还包括阴性质控品和阳性质控品。进一步地，试剂盒还包括纯化相关试剂。根据本专利技术的另一方面，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的测序文库，测序文库通过采用上述任一种试剂盒构建而成。根据本专利技术的另一方面，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的测序文库的构建方法，构建方法采用试剂盒进行构建，试剂盒为上述任一种试剂盒。应用本专利技术的技术方案，本申请所提供的特异性捕获探针及试剂盒通过优化探针体系，能够实现以低至30ng的DNA样本起始量，通过一次液相杂交捕获获得BRCA1/2基因目的区域的全部信息，且能够更灵敏地对各种类型(SNP、Insertion、Deletion等)的突变进行检测。具体实施方式需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将结合实施例来详细说明本专利技术。如
技术介绍
所提到的，现有技术中，在采用Illumina平台液相杂交捕获方法进行BRCA1/2基因检测时，存在样本的DNA起始量较高的缺陷，而当某些珍贵的样本量比较低时，目前的方法无法实现目的区域捕获的目的。为了改善这一状况，在本申请一种典型的实施方式中，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针，特异性捕获探针包括如表1中SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列。表1：本申请的上述探针序列通过对BRCA1/2整个基因的目标区域进行分区，每个分区进行120bp长度的探针设计，至少1次被探针覆盖。每条探针和全基因组进行比对(网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi？PROGRAM＝blastn&PAGE_TYPE＝BlastSearch&LINK_LOC＝blasthome)，选取Score值均为0的探针。选取的探针集再次比对BRCA1/2整个基因的目标区域，以确保目标区域全部覆盖。本申请的上述探针序列具有更高的特异性和均一性，每一条探针序列均是特异性结合到BRCA1/2的目标区域，而不能结合到全基因组上的其他区域。每条探针的长度均为120bp，更均一的探针长度使得探针和模板之间的结合温度更一致，从而提高了各条探针和模板结合的均一性，在杂交捕获温度一致的条件下增加了模板利用率。因而利用本申请所提供的检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针进行目的区域捕获时，对模板的起始量要求相应较低，在低于150ng的情况下即可完成覆盖整个BRCA1/2基因突变目的区域的捕获。在本申请第二种典型的实施方式中，提供了一种检测人BRCA1/2基因突变的试剂盒，该试剂盒包括上述提供的SEQIDNO:1至SEQIDNO:241的特异性捕获探针。该试剂盒提供的特异性捕获探针具有更高的特异性和均一性，每一条探针序列均是特异性结合到BRCA1/2目标区域，而不能结合到全基因组上的其他区域。每条探针的长度均为120bp，更均一的探针长度使得探针和模板之间的结合温度更一致，从而提高了各条探针和模板结合的均一性，在杂交捕获温度一致的条件下增加了模板利用率，因而该试剂盒实现了低起始量检测的目标。上述试剂盒中，特异性捕获探针为SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列按等比例混合的混合物，优选特异性捕获探针的工作浓度为0.5pM-1.0pM。由于特异性捕获探针的末端具有生物素修饰，因此在后续杂交捕获之后，延伸后的片段可以连同杂交捕获得到的目的片段一起被带有链霉亲合素的磁珠所收集。随后的洗脱液可以将未被探针和特异引物捕获的片段冲洗掉。因而本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针，其特征在于，所述特异性捕获探针包括如表1中SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:241所示的序列。
【技术特征摘要】
1.一种检测人BRCA1/2基因突变的特异性捕获探针，其特征在于，所述特异性捕获探针包括如表1中SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列。2.一种检测人BRCA1/2基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的特异性捕获探针。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述特异性捕获探针为SEQIDNO:1至SEQIDNO:241所示的序列按等比例混合的混合物，优选所述特异性捕获探针的工作浓度为0.5pM-1.0pM。4.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括接头封闭试剂。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述接头封闭试剂包括SEQ...
【专利技术属性】
技术研发人员：张竞凤，李萍，梁永，饶冠华，臧晚春，
申请(专利权)人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司，
类型：发明
国别省市：天津,12
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