应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法技术

本发明专利技术涉及应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法，包括制备染色质、制备DNA，MNase酶切，回收DNA片段，高通量测序，效率检验。本发明专利技术对组织细胞核的前期收集方法进行改进，并优化酶切反应条件，提高了酶切效率和回收率。不仅能够有效的获取正确的染色质片段，而且能够在精准定位转录调控元件在全基因组上的结合位点，提高了临床样本的研究进程。

Optimization of MNase method for nuclear loci in tissue samples

The present invention is applied to the optimization of MNase enzyme digestion in tissue samples, including preparation of chromatin, preparation of DNA, MNase enzyme cutting, recovery of DNA fragments, high throughput sequencing, and efficiency test. The invention improves the early collection method of tissue nuclei and optimizes the conditions for enzyme digestion, and improves the efficiency and recovery rate of enzyme digestion. It can not only effectively obtain the correct chromatin fragment, but also can accurately locate the binding site of the transcriptional regulatory element in the whole genome, and improve the research process of clinical samples.

【技术实现步骤摘要】
应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法
本专利技术属于免疫检测
，尤其涉及应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法。
技术介绍
在真核细胞中，核小体是由147bp的DNA片段紧密缠绕在组蛋白八聚体上所形成的一个复合体结构，2个相邻的核小体由DNA片段连接，多个核小体的顺次连接形成染色质。核小体与DNA的相互作用是一个动态的作用过程，核小体的位置并不是恒定不变的。在多数情况下，没有核小体结合的DNA区域易于各种调节蛋白的接近与结合。因此人们怀疑核小体的定位与基因的转录之间存在某种内在联系。为了更为深入的证明核小体定位与基因转录之间的关系，越来越多的研究致力于研究如何精确描绘出细胞中的核小体定位信息。微球菌核酸酶(MNase)属于核酶的一种，是一种非特异性的核酸切割酶。目前MNase-Seq技术只在国外应用，并未在国内推广，没有很好的应用于临床，也没有对临床样本的MNase酶切优化方法。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术提供一种解决或部分解决上述问题的应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法。为达到上述技术方案的效果，本专利技术的技术方案为：应用于组织样本中本文档来自技高网...

【技术保护点】
应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法，其特征在于，该方法包括以下处理步骤：步骤一：制备染色质：将收集的组织样本用预冷至0℃的生理盐水洗涤后加入到红细胞裂解液中去除红细胞，用无菌蒸馏水洗涤后得到白细胞，所述红细胞裂解液包括：30mM KHCO3、250mM NH4Cl、10mM EDTA‑Na2；将以下操作重复2次，操作为：加入TEDP溶液，置于37℃水浴中高速离心；所述TEDP溶液包括：50mM Tris‑HCl、2mM EDTA、2mM DDT、10wt％甘油、50μg/mL PMSF；加入所述TEDP溶液后平铺于300mM的蔗糖溶液上，匀浆70000g中离心1h，洗涤后加入到染...

【技术特征摘要】
1.应用于组织样本中核小体位点MNase酶切优化方法，其特征在于，该方法包括以下处理步骤：步骤一：制备染色质：将收集的组织样本用预冷至0℃的生理盐水洗涤后加入到红细胞裂解液中去除红细胞，用无菌蒸馏水洗涤后得到白细胞，所述红细胞裂解液包括：30mMKHCO3、250mMNH4Cl、10mMEDTA-Na2；将以下操作重复2次，操作为：加入TEDP溶液，置于37℃水浴中高速离心；所述TEDP溶液包括：50mMTris-HCl、2mMEDTA、2mMDDT、10wt％甘油、50μg/mLPMSF；加入所述TEDP溶液后平铺于300mM的蔗糖溶液上，匀浆70000g中离心1h，洗涤后加入到染色质贮存液中，所述染色质贮存液包括：10mMTris-HCl、5mMPMSF；步骤二：制备DNA：首先，将步骤一的产物加入到裂解缓冲液中，所述裂解缓冲液包括：10mMTris-HCl、5mMEDTA、500mMNaCl、1wt％SDS；加入RNase使终浓度为100μg/mL，37℃水浴0.5h；加入蛋白酶K使终浓度为100μg/mL，55℃水浴2h；重复以下操作3次，操作为：加入等体积的氯仿醇溶液，温和混匀后静置10min，取上层清液；所述氯仿醇溶液包括：Tris饱和酚、氯仿、异戊醇，体积比为25:24:1；加入两倍体积的无水乙醇沉淀后得到DNA样品；步骤三：MNase酶切：首先，在所述DNA样品中加入微球菌核酸酶和酶切缓冲液，37℃水浴中酶切10min后，加入等体积的酶切...

【专利技术属性】
技术研发人员：李旦，
申请(专利权)人：上海嘉因生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31