用于检测肺癌易感性的SNP标记组合、引物组合及试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及用于检测肺癌易感性的SNP标记组合、引物组合及试剂盒。本发明专利技术所述SNP标记组合包括rs1048943、rs1051730、rs13181、rs1799793以及rs25487。本发明专利技术所述SNP标记组合能够系统、全面地反映肺癌易感性，特别适合在中国人群使用，有助于早期发现肺癌人群，从而有针对性地改善生活环境和生活习惯，减低肺癌发病率。

SNP marker combinations, primer combinations and kits for detection of lung cancer susceptibility

The invention relates to a SNP marker combination, a primer combination and a kit for detecting the susceptibility of lung cancer. The SNP tag combination of the invention includes rs1048943, rs1051730, rs13181, rs1799793 and rs25487. The SNP marker combination described in the present invention can systematically and comprehensively reflect the susceptibility of lung cancer. It is particularly suitable for the use of the Chinese population. It is helpful for the early detection of lung cancer population, thus improving the living environment and living habits and reducing the incidence of lung cancer.

【技术实现步骤摘要】
用于检测肺癌易感性的SNP标记组合、引物组合及试剂盒
本专利技术涉及分子标记领域，具体而言，涉及用于检测肺癌易感性的SNP标记组合、引物组合及试剂盒。
技术介绍
肺癌在近年已经成为全世界最常见的恶性肿瘤和首位的肿瘤死亡原因，在我国，肺癌是首要的癌症死因。基因、环境和生活方式三者是引起肺癌的病因，其中遗传基因所起的作用最为重要。据肺癌发病年龄层统计，在50岁左右的肺癌患者中，有27％是由遗传基因所引起，有42％是由基因和吸烟共同影响而引起的，有27％是由吸烟和环境因素所引起，有4％是由其它原因所引起的。到目前为止，提高肺癌疗效的关键在于早期发现、早期诊断、早期治疗，但是受限于目前的诊疗手段，70％的肺癌患者确诊时都属于中晚期了。因此尽早发现肺癌易感人群并实施预防措施，对防止肺癌的发生、提高治疗效果具有重大意义。近年来，诸多单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)被发现与疾病的易感性相关，并用于疾病易感性的检测，其中不乏与肺癌的易感性相关的SNP标记和相应的检测技术。但现有检测肺癌易感性的SNP位点的组合缺乏系统性、全面性和人群特异性，在检测中国人的肺癌易感性时效果不佳。另外，现有的SNP标记主要通过直接测序法和Taqman探针法进行检测。其中直接测序法的人工成本高、检测周期长，测序中使用的主要试剂BigDye是进口的，耗材成本高，PCR产物纯化用的试剂盒成本也较高，导致直接测序法成本高、检测步骤复杂、检测周期长，很难实现高通量样品的检测。而TaqMan荧光探针法需要昂贵且不具备通用性的双色探针，同时对样本质量的要求高，除样本无降解外，还需要浓度尽可能的一致。因此，本领域亟待获得一组能够系统和全面反映肺癌易感性的SNP标记组合，并针对该标记组合建立快速、高效和准确的检测方法。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供用于检测肺癌易感性的SNP标记组合，所述SNP标记组合能够系统、全面地反映肺癌易感性，特别适合在中国人群使用，有助于早期发现肺癌人群，从而有针对性地改善生活环境和生活习惯，减低肺癌发病率。本专利技术的第二目的在于提供用于检测前述SNP标记组合的试剂在制备用于检测肺癌易感性的试剂中的应用。本专利技术的第三目的在于提供用于检测前述SNP标记组合的KASP引物组合，所述引物组合能够通过KASP技术快速、准确、高效地对前述SNP标记进行分型。本专利技术的第四目的在于提供用于检测前述SNP标记组合的试剂盒，所述试剂盒包括前述引物和其他辅助检测试剂，能够通过KASP技术快速、准确、高效地对前述SNP标记进行分型。为了实现本专利技术的上述目的，特采用以下技术方案：用于检测肺癌易感性的SNP标记组合，所述SNP标记组合包括rs1048943、rs1051730、rs13181、rs1799793以及rs25487。本专利技术从致癌物代谢以及DNA修复以及人群特异性方面进行考虑，最后选择rs1048943、rs1051730、rs13181、rs1799793以及rs25487作为检测肺癌易感性的SNP标记组合。本专利技术所述SNP标记组合涵盖肺癌主要成因，能够反映各种不同成因的肺癌的易感性，因此，能够全面检测各种肺癌的易感性，同时，上述SNP标记多在中国人群中高发、且与肺癌易感性关联度高，因此，特别适合用于检测中国人群肺癌的易感性。其中，SNP标记rs1048943对应的基因是细胞色素氧化酶P4501A1(CYP1A1)。CYP1A1基因编码芳烃羟化酶，是I相代谢酶，参与苯并芘和其它多环芳烃类化合物(香烟烟雾中含有)等前致癌物的代谢活化，形成的亲电子二醇环氧化物与DNA结合，诱发DNA突变或激活癌基因，导致细胞的恶性转化。SNP标记rs1048943，为第7外显子第131bp发生的A→G的转换，碱基突变导致氨基酸由异亮氨酸(Ile)转变为缬氨酸(Val)，这个变异位于酶蛋白的血红素结合区，突变基因表达的酶活性比正常基因表达的酶活性高，Val/Val活化毒物的能力最强。在中国人群中，G为风险等位基因，与AA基因型相比，GG基因型增加肺癌的发病风险，OR值为1.61(95％CI＝1.24-2.08)。SNP标记rs13181和rs1799793对应切除修复交叉互补基因(ExcisionRepairCross-ComplementingGroup2,ERCC2)。ERCC2基因编码一种进化保守的DNA解旋酶，是核苷酸切除修复途径中的重要一环。DNA损伤部位一旦被特定蛋白发现，该解旋酶活性使它能够解开DNA的双螺旋结构，损伤的DNA寡核苷酸片段被切除或移除，特别是对由于吸烟引起的核苷酸损伤。SNP标记rs13181，T→G的改变导致所编码的氨基酸由751Lys(赖氨酸)突变为751Gln(谷氨酰胺)，降低了核苷酸切除修复通路的DNA修复能力，与个体患肺癌危险性增高密切相关。Gln/Gln比Lys/Lys的个体修复嘧啶二聚体的能力低50％。在中国人群中，G为风险等位基因，与TT基因型相比GG基因型增加了肺癌的发病风险，OR值为3.19(95％CI1.01-10.07)。多态性位点rs1799793，G→A多态性导致所编码的氨基酸由312Asp(天冬氨酸)突变为312Asn(天冬酰胺)，在中国人群中，A为风险等位基因，AA基因型相对于GG基因型，OR为10.33(95％CI＝1.29-82.50)。SNP标记rs25487对应的基因为X线修复交叉互补基因1(XRCC1)，是一种重要的DNA修复基因，在一系列氧化剂(包括烟草成分)导致的DNA单链断裂和碱基损伤修复中起到重要作用，参与DNA单链断裂和碱基损伤修复，XRCC1基因编码区单核苷酸位点的多态性会改变机体患肺癌的相对风险。SNP标记rs25487位点的多态性是G→A，引起相应的氨基酸替代Arg→Gln，导致XRCC1的损伤修复机能异常，随着Gln变异等位基因数目增加会导致肺癌相对风险的增加，A为风险等位基因。SNP标记rs1051730对应基因为CHRNA3(nicotinicacetylcholinereceptoralpha3)，是烟碱型乙酰胆碱受体的成员，编码产生一类可以与尼古丁结合而发挥其功能的蛋白，参与尼古丁及烟草等物质的代谢和体内信号传导。该基因的SNP标记rs1051730多态性是C→T的碱基突变，在亚洲人中，TT基因型携带者患肺癌的风险增加1.51倍，与肺癌具有较强的相关性(p＝5×10-9)。本专利技术还涉及用于检测前述SNP标记组合的试剂在制备用于检测肺癌易感性的试剂中的应用。在一些具体的实施方式中，所述试剂用于等位基因特异性PCR、测序法、Taqman探针法、单链构象多态性法、变性梯度凝胶电泳法或高分辨率溶解曲线法中的一种或多种；优选地，所述试剂用于等位基因特异性PCR；更优选地，所述等位基因特异性PCR为竞争性等位基因特异性PCR。本专利技术还涉及用于检测前述SNP标记组合的KASP引物组合，所述引物组合包括：检测rs1048943的引物1～3，所述引物1自5’端到3’端由标签序列1和如SEQIDNO：6所示核苷酸序列组成，所述引物2自5’端到3’端由标签序列2和如SEQIDNO：7所示核苷酸序列组成，本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于检测肺癌易感性的SNP标记组合，其特征在于，所述SNP标记组合包括rs1048943、rs1051730、rs13181、rs1799793以及rs25487。

【技术特征摘要】
1.用于检测肺癌易感性的SNP标记组合，其特征在于，所述SNP标记组合包括rs1048943、rs1051730、rs13181、rs1799793以及rs25487。2.用于检测权利要求1所述SNP标记组合的试剂在制备用于检测肺癌易感性的试剂中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂用于等位基因特异性PCR、测序法、Taqman探针法、单链构象多态性法、变性梯度凝胶电泳法或高分辨率溶解曲线法中的一种或多种；优选地，所述试剂用于等位基因特异性PCR；更优选地，所述等位基因特异性PCR为竞争性等位基因特异性PCR。4.用于检测权利要求1所述SNP标记组合的KASP(KompetitiveAlleleSpecificPCR)引物组合，其特征在于，所述引物组合包括：检测rs1048943的引物1～3，所述引物1自5’端到3’端由标签序列1和如SEQIDNO：6所示核苷酸序列组成，所述引物2自5’端到3’端由标签序列2和如SEQIDNO：7所示核苷酸序列组成，所述引物3自5’端到3’端由SEQIDNO：8所示核苷酸序列组成；检测rs1051730的引物4～6，所述引物4自5’端到3’端由标签序列1和如SEQIDNO：9所示核苷酸序列组成，所述引物5自5’端到3’端由标签序列2和如SEQIDNO：10所示核苷酸序列组成，所述引物6自5’端到3’端由SEQIDNO：11所示核苷酸序列组成；检测rs13181的引物7～9，所述引物7自5’端到3’端由标签序列1和如SEQIDNO：12所示核苷酸序列组成，所述引物8自5’端到3’端由标签序列2和如SEQIDNO：13所示核苷酸序列组成，所述引物9自5’端到3’端由SEQIDNO：14所示核苷酸序列组成；检测rs1799793的引物10～12，所述引物10自5’端到3’端由标签序列1和如SEQIDNO：15所示核苷酸序列组成，所述引物11自5’端到3’端由标签序列2和如SEQIDNO：16所示核苷酸序列组成，所述引物12自5’端到3’端由SEQIDNO：17所示核苷酸序列组成；和检测rs25487的引物13～15，所述引物13自5’端到...

【专利技术属性】
技术研发人员：娄海娟，高文娟，王柏婧，侯全民，张晓柠，
申请(专利权)人：北京诺赛基因组研究中心有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11