用于转录作图的基因识别标签（GIS）分析方法技术

下文描述了依据本发明专利技术一实施例的转录作图方法，该方法综合了基于短标签测序方法（ＳＡＧＥ和ＭＰＳＳ）的效率和全长ｃＤＮＡ（ｆｌｃＤＮＡ）方法的精确性来全面描述转录组。这个方法也称为基因识别标签分析（ＧＩＳ）方法。在该方法中，截取全长ｃＤＮＡ克隆的５’和３’末端来连接形成一个双标签结构，随后以一种高效方式对该双标签的双标签串联体进行测序，最后定位到基因组中来确认该基因的结构。由于一个ＧＩＳ双标签代表一个转录本的５’和３’末端，所以它提供的信息量比ＳＡＧＥ和ＭＰＳＳ标签的更多。为了能够有效的进行转录作图和基因定位识别，该方法能得到５’和３’标签对之间的片断长度，包括方向，分类和染色体家族的信息。此外，采用压缩后缀矩阵（ＣＳＡ）来索引基因组序列不仅提高了作图的速度而且减少对计算存储量的需要。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】

【技术保护点】
一种转录作图方法，其包含以下步骤：　　　　从一个基因的转录本中获得一个５’末端标签和一个３’末端标签；　　　　将５’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个５’位点，其中每一个都有一段序列能与５’末端标签匹配；　　　　将３’末端标签与一个基因组序列上的至少一个部分匹配，因此在那识别至少一个３’位点，至少一个５’位点中的每一个都有一段序列能与５’末端标签匹配；　　　　识别至少一个出现片段，其中每一个都是一个序列片段，该序列片段沿着基因组序列从至少一个５’位点中的一个延伸到至少一个３’位点中的一个，至少一个出现片段中的每一个都有一个序列长度；并且　　　　识别至少一个可能的基因位置，其中每一个可能的基因位置都是至少一个出现片段中的一个，该片段拥有一个不超过一个预定义基因长度的序列长度。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋永健铿，阮仪君，
申请(专利权)人：科技研究局，
类型：发明
国别省市：SG[新加坡]