一种检测临床疾病基因拷贝数改变的方法WECA技术

本发明专利技术提供一种检测基因拷贝数改变的方法，WECA，属于基因检测技术领域，其包括多重PCR扩增，毛细管电泳和基因拷贝数分析三个步骤，其中，多重PCR扩增第一轮扩增引物的5’端包含一个通用性扩增序列，3’端是待测基因的外显子或内含子序列的一段序列；第二轮扩增引物为第一轮扩增的通用引物部分，并且直接或间接带有标记；多重PCR扩增区域覆盖待检基因的全部外显子的全部碱基；多重PCR可以有一个或多个扩增池，扩增池内的各片段长度为60‑1000个碱基对，各片段之间长度相差超过3个碱基对；通过内参及基因组相邻片段峰高进行扩增校准，分析拷贝数改变。本发明专利技术检测方法既可用于科研，也可用于遗传病，肿瘤，血液病等临床疾病的诊断检测。

【技术实现步骤摘要】
一种检测临床疾病基因拷贝数改变的方法WECA
本专利技术属于基因检测
，尤其涉及一种能实现被检测基因外显子全覆盖的检测临床疾病基因拷贝数改变的方法。
技术介绍
目前常规染色体检验可以检测5M个核酸碱基以上的染色体长短的改变。高密度芯片检测可以检测50k到5M个核酸碱基大小的基因扩增或缺失，即基因拷贝数改变。高通量测序技术(NGS)可以检测到50-500k大小的基因拷贝数改变，但生物信息分析技术尚在发展中，NGS检测基因拷贝数改变的检出率还很有限。高密度芯片及NGS均有成本贵，周期长的缺陷。而对十几个碱基到几万个碱基的基因扩增或缺失，目前常用MLPA技术。MLPA技术是欧洲专利技术的技术，基本形式是采用特定的试剂盒，进行多重PCR扩增，再进行片段分析。MLPA的主要缺点是商用特定试剂盒种类非常有限，每个试剂盒只针对一种遗传病，而遗传病种类繁多，至少有8千种以上，很多可能与基因拷贝数改变有关，检测覆盖率极低；开发生产试剂盒的程序复杂，需要用到噬菌体，一般实验室针对新病种新基因难以开发新检测方法；引物都比较长，检测样品量少时，成本比较高；涉及到DNA链接酶，耗时而且效率不稳定；扩增片本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测基因拷贝数改变的引物，其特征在于：第一轮扩增引物包括在5’端的一段由10‑40个任何碱基组成的通用性扩增序列，及3’端的一段由10‑40个碱基组成的待测基因的外显子或内含子序列的一段序列或其修改序列；第二轮扩增引物为第一轮扩增的通用引物部分的5末端序列部分，并且直接或间接带有荧光标记或其它能被毛细管电泳仪检测出信号的标记。

【技术特征摘要】
1.一种用于检测基因拷贝数改变的引物，其特征在于：第一轮扩增引物包括在5’端的一段由10-40个任何碱基组成的通用性扩增序列，及3’端的一段由10-40个碱基组成的待测基因的外显子或内含子序列的一段序列或其修改序列；第二轮扩增引物为第一轮扩增的通用引物部分的5末端序列部分，并且直接或间接带有荧光标记或其它能被毛细管电泳仪检测出信号的标记。2.一种检测基因拷贝数改变的方法，其包括多重PCR扩增，毛细管电泳和进行基因拷贝数分析三个步骤，其特征在于：使用如权利要求1所述的引物作为多重PCR扩增的引物；多重PCR扩增区域覆盖待检基因的全部外显子的全部碱基；PCR扩增可以设定基因组内参用于样品扩增均一化分析，其内参可以是人GAPDH，b-actin，或同一染色体的10M以外的一个已知基因的序列片段；毛细管电泳可...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱克卿，王昌富，胡月，元丽娟，李芙蓉，
申请(专利权)人：上海兰卫医学检验所股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31