高通量核苷酸文库测序制造技术

本文提供了用于免疫组库测序和单细胞条码化的方法和组合物。该方法和组合物可用于匹配来源于单细胞任何两个序列，诸如重链和轻链抗体序列，α和β链T细胞受体序列，或γ和δ链T细胞受体序列，以供抗体和T细胞受体发现、疾病和免疫诊断以及低错误测序。

High throughput nucleotide library sequencing

Methods and compositions for immune library sequencing and single cell barcodes are provided. The methods and compositions can be used to match any single cell derived from two sequences, such as heavy and light chain antibody sequence, alpha and beta chain T cell receptor sequence, or gamma and delta chain T cell receptor sequence for antibody and T cell receptor, disease and immune diagnosis and low error sequence.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】高通量核苷酸文库测序交叉引用本申请要求于2014年9月15日提交的美国临时申请号62/050,549和于2014年9月17日提交的美国临时申请号62/051,832的优先权，其各自通过引用而全文并入本文。
技术介绍
目前的抗体展示技术(噬菌体、酵母、核糖体、哺乳动物等)是有局限性的，因为所选择的抗体候选物的质量受限于它们从中生成的起始库。诸如组合和“智能”抗体设计途径以及杂交瘤发现途径等途径通常产生表现出下游并发问题的合成抗体，该并发问题包括大规模表达的困难，患者中高风险的免疫原性，以及除了高结合亲和力以外缺乏足够的免疫功能。极少数来源于展示技术的抗体在过去十年中已经成功通过了临床试验，甚至证明有积极的临床前特性。目前，预测或了解特定抗体序列识别并激活对抗外来目标的免疫应答的机制的能力仍然是难以把握。因此，在本领域中对于发现并生成具有高结合亲和力、可大规模生成并具有足够免疫功能的抗体的方法存在需求。本文所述的方法旨在利用数百万年的免疫组库(immunerepertoire)演化来满足这些需要，并促进对这些概念和它们怎样参与抗体生成的理解。本文所述的方法可用来产生用于选择高质量的抗体候选物的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种方法，其包括：(a)形成多个容器，每个容器包含(i)来自包含多个细胞的样品的单细胞，(ii)多个分子条码化多核苷酸，以及(iii)容器条码化多核苷酸；(b)产生：(i)第一互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第一细胞多核苷酸互补，以及(ii)第二互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第二细胞多核苷酸互补；(c)附接：(i)所述多个分子条码化多核苷酸的第一分子条码化多核苷酸至所述第一互补多核苷酸，以及(ii)第二分子条码化多核苷酸至所述第二互补多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；以及(d)将所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物附接至(i)所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其扩增产物，以...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.09.15 US 62/050,549;2014.09.17 US 62/051,8321.一种方法，其包括：(a)形成多个容器，每个容器包含(i)来自包含多个细胞的样品的单细胞，(ii)多个分子条码化多核苷酸，以及(iii)容器条码化多核苷酸；(b)产生：(i)第一互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第一细胞多核苷酸互补，以及(ii)第二互补多核苷酸，其与来自所述单细胞的第二细胞多核苷酸互补；(c)附接：(i)所述多个分子条码化多核苷酸的第一分子条码化多核苷酸至所述第一互补多核苷酸，以及(ii)第二分子条码化多核苷酸至所述第二互补多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；以及(d)将所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物附接至(i)所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其扩增产物，以及(ii)所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其扩增产物，从而形成第一和第二单细胞双条码化序列。2.一种方法，其包括：(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自重链免疫球蛋白(IgH)多核苷酸的第一互补多核苷酸和来自轻链免疫球蛋白(IgL)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述IgH多核苷酸的相同区域互补的区域；(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述IgL多核苷酸的相同区域互补的区域；(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：(A)分子条码，(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及(v)容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述IgH或IgL多核苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个免疫细胞。3.一种方法，其包括：(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自T细胞受体α(TCRα)多核苷酸的第一互补多核苷酸和来自T细胞受体β(TCRβ)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRα多核苷酸的相同区域互补的区域；(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRβ多核苷酸的相同区域互补的区域；(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：(A)分子条码，(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及(v)容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述TCRα或TCRβ多核苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个免疫细胞。4.一种方法，其包括：(a)从来自样品的多个免疫细胞产生来自T细胞受体γ(TCRγ)多核苷酸的第一互补多核苷酸和来自T细胞受体δ(TCRδ)多核苷酸的第二互补多核苷酸，其中采用：(i)第一目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRγ多核苷酸的相同区域互补的区域；(ii)第二目标引物，其包含与来自所述多个免疫细胞的所述TCRδ多核苷酸的相同区域互补的区域；(iii)包含非模板末端转移酶活性的逆转录酶，其中将3个或更多个相同的非模板核苷酸添加至所述第一和第二互补多核苷酸的3’端；(iv)多个分子条码化多核苷酸，每个包含：(A)分子条码，(B)与容器条码化多核苷酸的区域互补的5’端区域，以及(C)与所述3个或更多个非模板核苷酸互补的3’端区域；以及(v)容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞单条码化多核苷酸；(b)扩增所述容器条码化多核苷酸，从而形成第一和第二单细胞双条码化多核苷酸；(c)扩增所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸，从而形成包含所述TCRγ或TCRδ多核苷酸的可变区或其组合的序列的文库；以及(d)对所述文库的一个或多个所述序列进行测序，其中(a)在多个容器的容器中进行，其中所述容器包含来自所述多个免疫细胞的单个免疫细胞。5.根据权利要求2-4中任一项所述的方法，其中所述文库代表所述样品的免疫状态。6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列为第一和第二单细胞双条码化序列的文库。7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述第一和第二分子条码化多核苷酸的分子条码不同。8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞单条码化多核苷酸包含不同的分子条码。9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列包含不同的分子条码。10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列包含相同的容器条码。11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述多个分子条码化多核苷酸不是扩增产物。12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中第一容器中分子条码化多核苷酸的分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码不同。13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述多个容器的第二容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中第一容器和第二容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述多个容器的第三容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一容器、所述第二容器和所述第三容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码是独特的。19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码与所述多个容器的任何其他一个容器中每个分子条码化多核苷酸的分子条码不同。20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中第一容器中分子条码化多核苷酸的分子条码与第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。21.根据权利要求1-5、8-12、14、16、19或20中任一项所述的方法，其中第一容器中分子条码化多核苷酸的分子条码与所述第一容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。22.根据权利要求21所述的方法，其中第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码与所述第二容器中分子条码化多核苷酸的分子条码相同。23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码与所述多个容器的第二容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码不同。24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码为第一相同容器条码。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述多个容器的第二容器中每个容器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码为第二相同容器条码。26.根据权利要求24或25所述的方法，其中所述第一相同容器条码与所述第二相同容器条码不同。27.根据权利要求24-26中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容器条码化多核苷酸或其扩增子的容器条码包含相同的容器条码。28.根据权利要求24-27中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中每个容器条码化多核苷酸及其扩增子的容器条码对于所述多个容器的任何其他单个容器中每个容器条码化多核苷酸及其扩增子的容器条码而言是独特的。29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以单分子存在于容器中。30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以单分子存在于所述多个容器的每个容器中。31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以至少单分子存在于所述多个容器的容器中。32.根据权利要求1-31中任一项所述的方法，其中(a)中的容器条码化多核苷酸以至少单分子存在于所述多个容器的每个容器中。33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述第一容器中第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。34.根据权利要求33所述的方法，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列与所述第一容器中第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同。35.根据权利要求33或34所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述单个容器中第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。36.根据权利要求33-35中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容器条码化多核苷酸包含相同的第一共同容器序列。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个容器条码化多核苷酸包含相同的第二共同容器序列。38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列与所述多个容器的第二容器中第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同。39.根据权利要求38所述的方法，其中所述第一容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列与所述第二容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同。40.根据权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个容器条码化多核苷酸或其扩增子包含第一共同容器序列，该第一共同容器序列包含与所述多个容器的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第一共同容器序列相同的序列。41.根据权利要求40所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个容器条码化多核苷酸或其扩增子包含第二共同容器序列，该第二共同容器序列包含与所述多个容器的任何其他一个容器中容器条码化多核苷酸或其扩增子的第二共同容器序列相同的序列。42.根据权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同。43.根据权利要求42所述的方法，其中所述多个容器的所述第一容器中所述第一分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列与所述第一容器中第二分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同。44.根据权利要求42或43所述的方法，其中所述多个容器的任何单个容器中第一分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述单个容器中第二分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同。45.根据权利要求42-44中任一项所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个分子条码化多核苷酸包含相同的第一共同分子序列。46.根据权利要求45所述的方法，其中所述多个容器的单个容器中每个分子条码化多核苷酸包含相同的第二共同分子序列。47.根据权利要求42-46中任一项所述的方法，其中所述多个容器的第一容器中第一分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列与所述多个容器的第二容器中第二分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同。48.根据权利要求47所述的方法，其中所述第一分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列与所述第二分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同。49.根据权利要求42-48中任一项所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个分子条码化多核苷酸包含第一共同分子序列，该第一共同分子序列包含与所述多个容器的任何其他一个容器中分子条码化多核苷酸的第一共同分子序列相同的序列。50.根据权利要求49所述的方法，其中所述多个容器的任何一个容器中每个分子条码化多核苷酸包含第二共同分子序列，该第二共同分子序列包含与所述多个容器的任何其他一个容器中分子条码化多核苷酸的第二共同分子序列相同的序列。51.根据权利要求33-50中任一项所述的方法，其中所述第一共同容器序列包含的序列包含与所述第一共同分子序列相同的序列。52.根据权利要求33-51中任一项所述的方法，其中所述第一共同容器序列包含与所述第一共同分子序列或其互补体互补的序列。53.根据权利要求51或52所述的方法，其中所述第二共同分子序列包含与添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。54.根据权利要求53所述的方法，其中所述与添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域为末端区域。根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中第一和第二分子条码化多核苷酸不融合在一起。55.根据权利要求1-54中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞单条码化多核苷酸不融合在一起。56.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述第一和第二单细胞双条码化序列不融合在一起。57.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸为DNA。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸为DNA。59.根据权利要求1-56中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸为RNA。60.根据权利要求59所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸为RNA。61.根据权利要求59或60所述的方法，其中所述RNA为mRNA。62.根据权利要求59-61中任一项所述的方法，其中(b)的第一互补多核苷酸为cDNA。63.根据权利要求62所述的方法，其中(b)的第二互补多核苷酸为cDNA。64.根据权利要求1-63中任一项所述的方法，其中(b)包括延伸与所述第一细胞多核苷酸杂交的第一目标引物，以及延伸与所述第二细胞多核苷酸杂交的第二目标引物。65.根据权利要求64所述的方法，其中所述延伸包括用第一目标引物逆转录所述第一细胞多核苷酸，以及用第二目标引物逆转录所述第二细胞多核苷酸。66.根据权利要求64或65所述的方法，其中所述第一目标引物包含与所述第一细胞多核苷酸的目标序列互补的序列。67.根据权利要求66所述的方法，其中所述第二目标引物包含与所述第二细胞多核苷酸的目标序列互补的序列。68.根据权利要求64-67中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物包含聚(T)序列。69.根据权利要求68所述的方法，其中所述第二目标引物包含聚(T)序列。70.根据权利要求66-69中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸的所述目标序列为重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。71.根据权利要求66-70中任一项所述的方法，其中所述第一细胞多核苷酸的所述目标序列为重链恒定区(CH)序列、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。72.根据权利要求70或71所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸的所述目标序列为轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。73.根据权利要求70-72中任一项所述的方法，其中所述第二细胞多核苷酸的所述目标序列为轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。74.根据权利要求64-73中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物包含多个第一目标引物。75.根据权利要求64-74中任一项所述的方法，其中所述第二目标引物包含多个第二目标引物。76.根据权利要求74或75所述的方法，其中所述多个第一目标引物包含与多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合互补的多个序列。77.根据权利要求76所述的方法，其中所述多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列或TCRγ序列包含多个重链恒定区(CH)序列、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。78.根据权利要求77所述的方法，其中所述多个重链恒定区(CH)序列包含两个或更多个选自来自IgM、IgD、IgA、IgE、IgG及其组合的重链恒定区(CH)序列的序列。79.根据权利要求74-78中任一项所述的方法，其中所述多个第二目标引物包含与多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合互补的多个序列。80.根据权利要求79所述的方法，其中所述多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列或TCRδ序列包含多个轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。81.根据权利要求80所述的方法，其中所述多个轻链恒定区(CL)序列包含两个或更多个选自来自Igκ、Igλ及其组合的轻链恒定区(CL)序列的序列。82.根据权利要求1-81中任一项所述的方法，其中在(b)中，所述延伸包括使用非模板末端转移酶，其中将三个或更多个非模板核苷酸添加至所述第一互补多核苷酸的3’端。83.根据权利要求82所述的方法，其中所述非模板末端转移酶为逆转录酶或聚合酶。84.根据权利要求82或83所述的方法，其中所述非模板末端转移酶为逆转录酶，并且其中该逆转录酶选自SupersciptII逆转录酶、Maxima逆转录酶、ProtoscriptII逆转录酶、莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)、HighScriber逆转录酶、禽成髓细胞瘤病毒(AMV)逆转录酶、包含末端脱氧核苷酸转移酶活性的任何逆转录酶及其组合。85.根据权利要求82-84中任一项所述的方法，其中将三个或更多个非模板核苷酸添加至所述第二互补多核苷酸的3’端。86.根据权利要求82-85中任一项所述的方法，其中在(c)中，所述附接包括使第一分子条码化多核苷酸的区域与添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的所述三个或更多个非模板核苷酸杂交。87.根据权利要求86所述的方法，其中在(c)中，所述附接包括使第二分子条码化多核苷酸的区域与添加至所述第二互补多核苷酸的3’端的所述三个或更多个非模板核苷酸杂交。88.根据权利要求82-87中任一项所述的方法，其中在(c)中，附接至所述第一互补多核苷酸的第一分子条码化多核苷酸包含与所述第一互补多核苷酸的3’端上的所述三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。89.根据权利要求88所述的方法，其中在(c)中，附接至所述第二互补多核苷酸的第二分子条码化多核苷酸包含与所述第二互补多核苷酸的3’端上的三个或更多个非模板核苷酸互补的区域。90.根据权利要求82-89中任一项所述的方法，其中所述三个或更多个非模板核苷酸是相同的。91.根据权利要求82-89中任一项所述的方法，其中所述三个或更多个非模板核苷酸中的至少一个与所述三个或更多个非模板核苷酸中的另一个核苷酸不相同。92.根据权利要求86-91中任一项所述的方法，其中所述第一分子条码化多核苷酸的杂交区域的至少一个核苷酸与所述第一分子条码化多核苷酸的杂交区域的另一个核酸不相同。93.根据权利要求87-92中任一项所述的方法，其中所述第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的至少一个核苷酸与所述第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的另一个核酸不相同。94.根据权利要求92或93所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。95.根据权利要求92-94中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸不是核糖核苷酸或其类似物。96.根据权利要求92-95中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱氧核糖鸟苷。97.根据权利要求92-95中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为脱氧核糖鸟苷类似物。98.根据权利要求92-97中任一项所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为所述第一或第二分子条码化多核苷酸的末端核苷酸。99.根据权利要求92或93所述的方法，其中所述至少一个不相同的核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。100.根据权利要求86-99中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。101.根据权利要求86-100中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的末端核苷酸不是核糖核苷酸或其类似物。102.根据权利要求86-101中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷。103.根据权利要求86-101中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的末端核苷酸为脱氧核糖鸟苷类似物。104.根据权利要求86-99中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。105.根据权利要求86-104中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸为核糖核苷酸或其类似物。106.根据权利要求86-105中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸不是脱氧核糖核苷酸或其类似物。107.根据权利要求86-104中任一项所述的方法，其中所述第一或第二分子条码化多核苷酸的杂交区域的至少两个非末端核苷酸为脱氧核糖核苷酸或其类似物。108.根据权利要求1-107中任一项所述的方法，其中(c)进一步包括在所述附接后延伸所述第一互补多核苷酸和所述第二互补多核苷酸。109.根据权利要求1-108中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸包含与第一分子条码化多核苷酸互补的区域。110.根据权利要求109中任一项所述的方法，其中所述第二互补多核苷酸包含与第二分子条码化多核苷酸互补的区域。111.根据权利要求109或110中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸包含与第二分子条码化多核苷酸互补的区域。112.根据权利要求111所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补的所述第一互补多核苷酸的区域不与分子条码序列互补。113.根据权利要求111或112所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补的所述第一互补多核苷酸的区域不与所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域互补。114.根据权利要求109-113中任一项所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补的所述第一互补多核苷酸的区域包含添加至所述第一互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸。115.根据权利要求114所述的方法，其中与所述第二分子条码化多核苷酸互补的所述第二互补多核苷酸的区域包含添加至所述第二互补多核苷酸的3’端的三个或更多个非模板核苷酸。116.根据权利要求1-115中任一项所述的方法，其中所述第一互补多核苷酸不与所述容器条码化多核苷酸互补。117.根据权利要求116所述的方法，其中所述第二互补多核苷酸不与所述容器条码化多核苷酸互补。118.根据权利要求1-117中任一项所述的方法，其中第一分子条码化多核苷酸的互补体的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。119.根据权利要求118所述的方法，其中第二分子条码化多核苷酸的互补体的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。120.根据权利要求1-119中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。121.根据权利要求120所述的方法，其中所述第二单细胞单条码化多核苷酸的区域与所述容器条码化多核苷酸的区域互补。122.根据权利要求120或121所述的方法，其中所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区域与所述容器条码化多核苷酸中与所述第二单细胞单条码化多核苷酸互补的区域互补。123.根据权利要求1-122中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括用第一引物组扩增所述容器条码化多核苷酸，其中所述扩增在附接所述容器条码化多核苷酸之前或与附接所述容器条码化多核苷酸同时进行。124.根据权利要求1-123中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸包含第一和第二容器条码化多核苷酸，其选自所述容器条码化多核苷酸、所述容器条码化多核苷酸的互补体、来自所述容器条码化多核苷酸的扩增产物及其任意组合。125.根据权利要求1-124中任一项所述的方法，其中附接所述容器条码化多核苷酸包括：(i)使所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域与所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区域杂交，以及(ii)使所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域与所述第二单细胞单条码化多核苷酸的区域杂交。126.根据权利要求1-125中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在附接所述容器条码化多核苷酸之后延伸所述第一单细胞单条码化序列和所述第二单细胞单条码化序列多核苷酸，从而形成所述第一和第二单细胞双条码化序列。127.根据权利要求126所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化序列包含与所述容器条码化多核苷酸互补的区域。128.根据权利要求127所述的方法，其中所述第二单细胞双条码化序列包含与所述容器条码化多核苷酸互补的区域。129.根据权利要求128所述的方法，其中与所述容器条码化多核苷酸互补的所述第一和第二单细胞双条码化序列的区域为相同序列。130.根据权利要求129所述的方法，其中与所述第一或第二分子条码化多核苷酸互补的所述第一单细胞单条码化多核苷酸的区域不与所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物的区域互补。131.根据权利要求123-130中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与第一分子条码化多核苷酸、所述第一单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。132.根据权利要求131所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与第二分子条码化多核苷酸、所述第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第二单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。133.根据权利要求123-132中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物不与所述第一细胞多核苷酸或其互补体互补。134.根据权利要求133所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物不与所述第二细胞多核苷酸或其互补体互补。135.根据权利要求123-134中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与所述第一单细胞单条码化序列的互补体在所述分子条码的下游的区域互补。136.根据权利要求135所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与所述第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体在所述分子条码的下游的区域互补。137.根据权利要求123-136中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第一引物与所述第一单细胞双条码化序列的互补体在所述容器条码的上游的区域互补。138.根据权利要求137所述的方法，其中所述第一引物组的所述第一引物与所述第二单细胞双条码化多核苷酸的互补体在所述容器条码的上游的区域互补。139.根据权利要求123-138中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物不与所述第一细胞多核苷酸或其互补体、所述第一互补多核苷酸或其互补体、第一分子条码化多核苷酸或其互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。140.根据权利要求139所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物不与所述第二细胞多核苷酸或其互补体、所述第二互补多核苷酸或其互补体、第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。141.根据权利要求123-140中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与所述第一单细胞双条码化序列的区域互补。142.根据权利要求141所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与所述第二单细胞双条码化序列的区域互补。143.根据权利要求123-142中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与所述第一单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。144.根据权利要求143所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物与所述第二分子条码化多核苷酸在所述分子条码的上游的区域互补。145.根据权利要求123-144中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的第二引物与所述第一单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。146.根据权利要求145所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物与所述第二分子条码化多核苷酸在所述容器条码的上游的区域互补。147.根据权利要求1-146中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括打破所述多个容器中的两个或更多个容器。148.根据权利要求147所述的方法，其中所述方法进一步包括合并来自所述两个或更多个打破的容器的所述第一和第二单细胞双条码化序列。149.根据权利要求1-148中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括(e)扩增所述第一和第二单细胞双条码化序列。150.根据权利要求149所述的方法，其中所述扩增所述第一和第二单细胞双条码化序列在所述多个容器的容器之外进行。151.根据权利要求123-150中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括(e)用第二引物组扩增所述第一和第二单细胞双条码化序列。152.根据权利要求150所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物不与所述第一细胞多核苷酸或其互补体、所述第一互补多核苷酸或其互补体、第一分子条码化多核苷酸或其互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。153.根据权利要求152所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物不与所述第二细胞多核苷酸或其互补体、所述第二互补多核苷酸或其互补体、第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合的区域互补。154.根据权利要求150-153中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与所述第一单细胞双条码化序列的区域互补。155.根据权利要求154所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二单细胞双条码化序列的区域互补。156.根据权利要求150-156中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与所述第一单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。157.根据权利要求156所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二单细胞双条码化序列在所述分子条码的上游的区域互补。158.根据权利要求150-157中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第一引物与所述第一单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。159.根据权利要求158所述的方法，其中所述第二引物组的所述第一引物与所述第二单细胞双条码化序列在所述容器条码的上游的区域互补。160.根据权利要求139-159中任一项所述的方法，其中所述第一引物组的所述第二引物为所述第二引物组的所述第一引物。161.根据权利要求150-160中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第二引物与所述第一和第二细胞多核苷酸、所述第一和第二互补多核苷酸的互补体、所述第一和第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一和第二单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。162.根据权利要求161所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物包含聚(T)序列。163.根据权利要求150-160中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的第二引物与所述第一或第二细胞多核苷酸、所述第一或第二互补多核苷酸的互补体、所述第一或第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一或第二单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。164.根据权利要求163所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物不与第一或第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述容器条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合互补。165.根据权利要求163或164所述的方法，其中所述第二引物组的第三引物与所述第二细胞多核苷酸、所述第二互补多核苷酸的互补体、所述第二单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第二单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。166.根据权利要求165所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物与所述第一细胞多核苷酸、所述第一互补多核苷酸的互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。167.根据权利要求165或166所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物不与所述第一细胞多核苷酸、所述第一互补多核苷酸的互补体、所述第一单细胞单条码化多核苷酸的互补体、所述第一单细胞双条码化序列的互补体或其任意组合的区域互补。168.根据权利要求165-167中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物不与第一或第二分子条码化多核苷酸或其互补体、所述容器条码化多核苷酸或其互补体或其任意组合互补。169.根据权利要求163-168中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物包含目标特异性序列。170.根据权利要求169所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物包含目标特异性序列。171.根据权利要求169或170所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物的所述目标特异性序列靶向重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。172.根据权利要求169-171中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物的所述目标特异性序列靶向重链恒定区序列(CH)、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。173.根据权利要求169-172中任一项所述的方法，其中所述第二引物的所述目标特异性序列选自GGGTTGGGGCGGATGCAC、CATCCGGAGCCTTGGTGG、CCTTGGGGCTGGTCGGGG、CGGATGGGCTCTGTGTGG、CCGATGGGCCCTTGGTGG、GGATTTAGAGTCTCTCAGCTG、CACGGCAGGGTCAGGGTTC和GGGGAAACATCTGCATCAAGT。174.根据权利要求171-173中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物的所述目标特异性序列靶向轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。175.根据权利要求171-174中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物的所述目标特异性序列靶向轻链恒定区序列(CL)、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。176.根据权利要求174或175所述的方法，其中所述第三引物的所述目标特异性序列选自TTTGATCTCCACCTTGGTCCCTCCGC、TTTGATCTCCAGCTTGGTCCCCTGG、TTTGATATCCACTTTGGTCCCAGGGC、TTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGC、TTTAATCTCCAGTCGTGTCCCTTGGC、GAGGACGGTCACCTTGGTGCCA、TAGGACGGTCAGCTTGGTCCCTCC、GAGGACGGTCAGCTGGGTGCC、TAAAATGATCAGCTGGGTTCCTCCAC、TAGGACGGTGACCTTGGTCCCAG、GGGAGATCTCTGCTTCTGATG、CGACCTCGGGTGGGAACAC和CGGATGGTTTGGTATGAGGC。177.根据权利要求163-175中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第二引物包括多个第二引物。178.根据权利要求165-177中任一项所述的方法，其中所述第二引物组的所述第三引物包括多个第三引物。179.根据权利要求177或178所述的方法，其中所述多个第二引物的所述目标特异性序列靶向多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列、TCRγ序列或其组合。180.根据权利要求179所述的方法，其中所述多个重链免疫球蛋白(IgH)序列、TCRα序列或TCRγ序列包括多个重链恒定区(CH)、TCRα恒定区(Cα)序列、TCRγ恒定区(Cγ)序列或其组合。181.根据权利要求180所述的方法，其中所述多个重链恒定区(CH)序列包括两个或更多个序列，所述序列选自来自IgM、IgD、IgA、IgE、IgG及其组合的重链恒定区(CH)序列。182.根据权利要求178-181中任一项所述的方法，其中所述多个第三引物的所述目标特异性序列靶向多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列、TCRδ序列或其组合。183.根据权利要求182所述的方法，其中所述多个轻链免疫球蛋白(IgL)序列、TCRβ序列或TCRδ序列包括多个轻链恒定区(CL)序列、TCRβ恒定区(Cβ)序列、TCRδ恒定区(Cδ)序列或其组合。184.根据权利要求183所述的方法，其中所述多个轻链恒定区(CL)序列包括两个或更多个序列，所述序列选自来自Igκ、Igλ及其组合的轻链恒定区(CL)序列。185.根据权利要求1-184中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所述容器条码化多核苷酸、分子条码化多核苷酸或其任意组合不与固体支持体附接。186.根据权利要求1-185中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所述第一引物组的引物、所述第二引物组的引物或其任意组合不包括分子条码、容器条码、条码或其任意组合。187.根据权利要求1-186中任一项所述的方法，其中第一目标引物、第二目标引物、所述第一引物组的引物、所述第二引物组的引物或其任意组合不包括突出端区域。188.根据权利要求1-187中任一项所述的方法，其中所述多个容器的每个容器不包含固体支持体。189.根据权利要求1-188中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸附接至固体支持体。190.根据权利要求1-189中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸附接至珠子。191.根据权利要求1-190中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸、分子条码化多核苷酸或其任意组合不是引物。192.根据权利要求1-191中任一项所述的方法，其中所述容器条码化多核苷酸、分子条码化多核苷酸或其任意组合不是延伸的。193.根据权利要求1-192中任一项所述的方法，其中(a)-(d)在所述单个容器中进行。194.根据权利要求1-193中任一项所述的方法，其中(a)-(d)在单个反应中进行。195.根据权利要求1-194中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括裂解所述单细胞。196.根据权利要求195所述的方法，其中所述裂解从所述单细胞释放所述第一和第二细胞多核苷酸。197.根据权利要求195或196所述的方法，其中所述单细胞在(a)后裂解。198.根据权利要求195-197中任一项所述的方法，其中所述单细胞在(b)前裂解。199.根据权利要求195-198中任一项所述的方法，其中所述单细胞在所述容器中裂解。根据权利要求195-199中任一项所述的方法，其中所述裂解包括化学裂解。200.根据权利要求195-199中任一项所述的方法，其中所述裂解包括冻融。201.根据权利要求1-200中任一项所述的方法，其中所述容器条码在(d)前扩增。202.根据权利要求1-201中任一项所述的方法，其中所述容器条码与(d)同时扩增。203.根据权利要求1-202中任一项所述的方法，其中所述容器条码和所述第一单细胞条码化多核苷酸同时扩增或延伸。204.根据权利要求1-203中任一项所述的方法，其中所述容器条码、所述第一单细胞单条码化多核苷酸和所述第二单细胞单条码化多核苷酸同时扩增或延伸。205.根据权利要求1-204中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞条码化多核苷酸和所述第二单细胞单条码化多核苷酸同时扩增或延伸。206.根据权利要求1-205中任一项所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷酸和所述第二单细胞双条码化多核苷酸同时扩增或延伸。207.根据权利要求1-206中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多个孔。208.根据权利要求1-206中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多份乳液。209.根据权利要求208所述的方法，其中所述多份乳液的每份乳液的体积为约0.01皮升至10微升。210.根据权利要求1-209中任一项所述的方法，其中所述多个容器包含多个器皿。211.根据权利要求1-210中任一项所述的方法，其中所述第一目标引物、第二目标引物、所述第一引物组的引物或所述第二引物组的引物包括样品条码。212.根据权利要求1-211中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括从所述容器回收所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸及其扩增产物。213.根据权利要求1-212中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合测序。214.根据权利要求213所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合同时测序。215.根据权利要求213所述的方法，其中所述第一单细胞双条码化多核苷酸、所述第二单细胞双条码化多核苷酸、其扩增产物或其任意组合在相同的反应中测序。216.根据权利要求1-215中任一项所述的方法，进一步包括基于所述容器条码，确定所述第一细胞多核苷酸和所述第二细胞多核苷酸的所述细胞来源是相同的。217.根据权利要求216所述的方法，其中所述确定包括匹配所述第一单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述容器条码的所述序列与所述第二单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述容器条码的所述序列。218.根据权利要求1-217中任一项所述的方法，进一步包括基于所述分子条码，确定具有所述第一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的序列的起始分子的数目。219.根据权利要求216所述的方法，其中所述确定包括确定具有相同第一分子条码、相同第二分子条码或二者的序列的所述数目。220.根据权利要求1-219中任一项所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的第二序列含有相同的容器条码或其互补体时，它们来自相同的单个容器或单细胞。221.根据权利要求220所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含有不同的分子条码或其互补体时，它们来自不同的细胞多核苷酸分子。222.根据权利要求220或221所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含有相同的分子条码或其互补体时，它们来自相同的细胞多核苷酸分子。223.根据权利要求220-222中任一项所述的方法，其中当单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第一序列和单细胞双条码化多核苷酸或其扩增产物的所述第二序列含有不同的容器条码或其互补体时，它们来自不同的单个容器或单细胞。224.根据权利要求1-223中任一项所述的方法，其中所述单细胞包括免疫细胞。225.根据权利要求1-224中任一项所述的方法，其中所述多个细胞包括多个免疫细胞。226.根据权利要求224或225所述的方法，其中所述免疫细胞为淋巴细胞或其亚型、B细胞或其亚型、T细胞或其亚型或其组合。227.根据权利要求225或226所述的方法，其中所述多个细胞针对记忆B细胞、初始B细胞、浆B细胞、初始T细胞、浆T细胞、B细胞的任何亚型、T细胞的任何亚型或其任意组合进行了富集。228.根据权利要求1-223中任一项所述的方法，其中所述单细胞包括癌细胞。229.根据权利要求228所述的方法，其中所述多个细胞包括多个癌细胞。230.根据权利要求228或229所述的方法，其中所述癌细胞为鳞状细胞癌细胞、腺癌细胞、移行细胞癌细胞、骨肉瘤细胞、软骨肉瘤细胞、肌肉肉瘤细胞、白血病细胞、淋巴瘤细胞、神经胶质瘤细胞或其任意组合。231.根据权利要求229或230所述的方法，其中所述多个癌细胞针对循环癌细胞、内皮癌细胞、上皮癌细胞、罕见癌细胞或癌细胞的任何类型或亚型进行了富集。232.根据权利要求1-231中任一项所述的方法，其中所述样品为生物样品。233.根据权利要求232所述的方法，其中所述生物样品来自受试者。234.根据权利要求233所述的方法，其中所述方法进一步包括诊断所述受试者为具有疾病或病况。235.根据权利要求233或234所述的方法，其中所述受试者为动物。236.根据权利要求235所述的方法，其中所述动物为人类。237.根据权利要求233-236中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定受试者对于等位基因是纯合还是杂合的。238.根据权利要求233-237中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括对具有疾病或病况的受试者进行诊断、预后或治疗。239.根据权利要求232-238中任一项所述的方法，其中所述样品为血液样品。240.根据权利要求1-239中任一项所述的方法，其中从所述样品分离所述第一或第二细胞多核苷酸。241.根据权利要求1-239中任一项所述的方法，其中不从所述样品分离所述第一或第二细胞多核苷酸。242.根据权利要求1-241中任一项所述的方法，其中所述样品包括多个包含第一样品和第二样品的样品。243.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个或更多样品。244.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000个或更多样品。245.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000个样品、9000或10,000个样品、或100,000个样品、或1,000,000个或更多样品。246.根据权利要求242所述的方法，其中所述多个样品包括至少约10,000个样品。247.根据权利要求242-246中任一项所述的方法，其中所述第一样品来自第一受试者，且所述第二样品来自第二受试者。248.根据权利要求247所述的方法，其中所述第一受试者为具有疾病或病况的受试者。249.根据权利要求247或248所述的方法，其中所述第二受试者为不具有疾病或病况的受试者。250.根据权利要求1-249中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸包含变异序列。251.根据权利要求250所述的方法，其中所述变异序列包括突变、多态性、缺失或插入。252.根据权利要求251所述的方法，其中所述多态性为单核苷酸多态性。253.根据权利要求1-252中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸为对于疾病或病况的生物标志物。254.根据权利要求1-253中任一项所述的方法，其中所述第一或第二细胞多核苷酸来自病原体。255.根据权利要求254所述的方法，其中所述病原体为病毒、细菌或真菌。256.根据权利要求1-255中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括比较来自受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库与在不同时间点来自相同受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库的所述序列。257.根据权利要求1-255中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括比较来自具有疾病或病况的受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库与来自没有所述疾病或病况的受试者的所述第一和第二单细胞双条码化多核苷酸的文库的所述序列。258.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸包括IgH或VH序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括IgL或VL序列，或其任意组合。259.根据权利要求258所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所述IgL、IgH、VH、VL或其任意组合的序列的变异。260.根据权利要求258或259所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一个：(a)独特的IgH序列的总数目；(b)独特的IgL序列的总数目；(c)独特的IgH和IgL序列的总数目；(d)独特的成对IgL和IgH序列的总数目；(e)IgH序列或IgL序列的频率；或(f)IgH序列和IgL序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。261.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸包括TCRα或Vα序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括TCRβ或Vβ序列，或其任意组合。262.根据权利要求261所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所述TCRα、TCRβ、Vα、Vβ或其任意组合的序列的变异。263.根据权利要求261或262所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一个：(a)独特的TCRα序列的总数目；(b)独特的TCRβ序列的总数目；(c)独特的TCRα和TCRβ序列的总数目；(d)独特的成对TCRβ和TCRα序列的总数目；(e)TCRα序列或TCRβ序列的频率；或(f)TCRα序列和TCRβ序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。264.根据权利要求1-257中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述第一细胞多核苷酸、所述第二细胞多核苷酸或二者的种系序列，其中所述第一细胞多核苷酸包括TCRγ或Vγ序列，且其中所述第二细胞多核苷酸包括TCRδ或Vδ序列，或其任意组合。265.根据权利要求264所述的方法，进一步包括根据所述种系序列中的其序列确定所述TCRγ、TCRδ、Vγ、Vδ或其任意组合的序列的变异。266.根据权利要求264或265所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一个：(a)独特的TCRγ序列的总数目；(b)独特的TCRδ序列的总数目；(c)独特的TCRγ和TCRδ序列的总数目；(d)独特的成对TCRδ和TCRγ序列的总数目；(e)TCRγ序列或TCRδ序列的频率；或(f)TCRγ序列和TCRδ序列的组合相对于其他一个或多个组合的频率。267.根据权利要求1-266中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括确定以下至少一个：(a)来自第一基因的序列的总数目；(b)来自第二基因的序列的总数目；(c)来...

【专利技术属性】
技术研发人员：弗朗索瓦·维格纳尔特，阿德里安·阮格汉姆布里格斯，克里斯多佛·赖安·克劳泽，斯蒂芬·雅各布·戈德弗莱斯，索尼亚·汀布莱克，
申请(专利权)人：阿布维特罗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US