【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】亲和-寡核苷酸缀合物及其用途交叉引用本申请要求于2016年9月24日提交的国际专利申请第PCT/US2016/053598号的优先权，该国际专利申请通过引用以其整体并入本文。背景许多细胞类型可以通过内源性表达的且位于其质膜上的特定组的蛋白质的丰度来鉴定和分类。该现象使得能够利用被称为免疫表型分型的方法研究细胞，在免疫分型中将细胞与对细胞的已知表面蛋白特异性的荧光标记的抗体一起孵育，并且细胞被该荧光标记的抗体结合。流式细胞术通常用于测量每种细胞的表面结合抗体的水平。然而，基于流式细胞术的方法受限于在同一实验中可以同时使用的荧光团的数目。此外，在使用基于流式细胞术的方法的同一实验中可以同时使用的荧光团的数目受到光谱重叠的限制。此外，流式细胞术不适于许多生物学相关的测定和后续DNA测序。概述因此，对于对单个细胞进行表征，例如进行免疫表型分型，而没有这些局限的方法存在需要。不同于基于流式细胞术的方法，本文描述的方法使用序列读出(readout)来分析个体细胞的蛋白质，并且不受同一实验中可以同时使用的荧光团的数目或其光谱重叠的限制。此外，本文描述的方法适于许多生物学相关的测定...
【技术保护点】
1.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使多个pMHC‑寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触；(b)将容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至(i)多个容器中的容器中的pMHC‑寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(ii)来自所述容器中的多个T细胞中的单个T细胞的TCR多核苷酸；和(c)对所述寡核苷酸部分或其互补物和所述TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生序列信息。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.24 US PCT/US2016/0535981.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触；(b)将容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至(i)多个容器中的容器中的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(ii)来自所述容器中的多个T细胞中的单个T细胞的TCR多核苷酸；和(c)对所述寡核苷酸部分或其互补物和所述TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生序列信息。2.一种确定T细胞受体(TCR)的结合亲和力的方法，包括(a)使多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触；(b)对所述寡核苷酸部分或其互补物测序，从而产生序列信息；和(c)基于所述序列信息确定TCR与pMHC寡核苷酸缀合物的结合亲和力。3.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子包括检测部分；(b)基于所述检测部分的检测，从(a)的所述多个T细胞获得富集的T细胞群体；(c)从所富集的群体分离与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的单个T细胞到多个容器中的第一容器中，(d)将容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至(i)所述第一容器中的所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(ii)来自所述第一容器中的所述单个T细胞的TCR多核苷酸；和(e)对所述寡核苷酸部分或其互补物和所述TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生序列信息。4.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子包括检测部分；(b)基于所述检测部分的检测，从(a)的所述多个T细胞获得富集的T细胞群体；(c)从所富集的群体分离与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的单个T细胞到多个容器中的第一容器中，(d)对所述寡核苷酸部分或其互补物和所述TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生序列信息；和(e)基于所述序列信息确定由所述TCR多核苷酸编码的TCR与所述pMHC-寡核苷酸缀合物的结合亲和力。5.如权利要求3或4所述的方法，其中所富集的T细胞群体包括占总T细胞的一定比率的与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的T细胞，所述比率高于所述接触后与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的T细胞占所述多个T细胞的总T细胞的比率。6.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使第一多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子以第一pMHC-寡核苷酸缀合物分子与细胞的比率与第一多个T细胞接触，(b)使第二多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子以低于所述第一pMHC-寡核苷酸缀合物分子与细胞的比率的第二pMHC-寡核苷酸缀合物分子与细胞的比率与第二多个T细胞接触，(c)将第一容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至(i)多个容器中的第一容器中的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(ii)来自第一容器中的第一T细胞群体的单个T细胞的第一TCR多核苷酸，(d)将第二容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至(i)所述多个容器中的第二容器中的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(ii)来自所述第二容器中的第二T细胞群体的单个T细胞的第二TCR多核苷酸；(e)对所述第一容器中的所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子的所述寡核苷酸部分或其互补物和所述第一TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生第一组序列信息，(f)对所述第二容器中的所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子的所述寡核苷酸部分或其互补物和所述第二TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生第二组序列信息；(g)基于所述第一组序列信息确定由所述第一TCR多核苷酸编码的TCR与所述pMHC-寡核苷酸缀合物的第一结合信号，并且基于所述第二组序列信息确定由所述第二TCR多核苷酸编码的TCR与所述pMHC-寡核苷酸缀合物的第二结合信号，其中所述第一TCR多核苷酸和所述第二TCR多核苷酸编码相同的TCR。7.如权利要求1或3所述的方法，还包括基于所述序列信息确定由所述TCR多核苷酸编码的TCR与所述pMHC-寡核苷酸缀合物的结合亲和力。8.如权利要求6所述的方法，还包括基于所述第一结合信号和所述第二结合信号确定由所述第一TCR多核苷酸和所述第二TCR多核苷酸编码的相同的TCR的结合亲和力。9.如权利要求6所述的方法，其中所述第一多个的pMHC-寡核苷酸缀合物分子和所述第二多个的pMHC-寡核苷酸缀合物分子包含相同的肽。10.如权利要求6或9所述的方法，其中所述第一多个的pMHC-寡核苷酸缀合物分子和所述第二多个的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的的MHC包括相同的亚型。11.一种选择T细胞受体(TCR)的方法，包括(a)使多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子与多个T细胞接触，(b)(i)将第一容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至多个容器中的第一容器中的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，(ii)来自所述第一容器中的T细胞群体的第一单个T细胞的第一TCR多核苷酸，(iii)将第二容器条形码化多核苷酸或其互补物附接至多个容器中的第二容器中的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的寡核苷酸部分，和(iv)来自所述第二容器中的T细胞群体的第二单个T细胞的TCR多核苷酸；(c)(i)对所述第一容器中的所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子的所述寡核苷酸部分或其互补物和所述第一TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生第一组序列信息，所述第一组序列信息包括TCR多核苷酸容器条形码序列读段和寡核苷酸容器条形码序列读段，和(ii)对所述第二容器中的所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子的所述寡核苷酸部分或其互补物和所述第二TCR多核苷酸或其互补物测序，从而产生第二组序列信息，所述第二组序列信息包括TCR多核苷酸容器条形码序列读段和寡核苷酸容器条形码序列读段；(d)比较由所述第一TCR多核苷酸编码的TCR的结合亲和力和由所述第二TCR多核苷酸编码的TCR的结合亲和力，其中由所述第一TCR多核苷酸编码的TCR的结合亲和力基于所述第一组序列信息确定，并且其中由所述第二TCR多核苷酸编码的TCR的结合亲和力基于所述第二组序列信息确定；和(e)基于所述比较选择由所述第一TCR多核苷酸编码的TCR，其中所选择的由所述第一TCR多核苷酸编码的TCR具有比由所述第二TCR多核苷酸编码的TCR更强的结合亲和力。12.如权利要求11所述的方法，其中所述第一单个T细胞来自患有疾病或状况的患者。13.如权利要求12所述的方法，其中所述第二单个T细胞来自没有所述疾病或状况的患者。14.如权利要求1或6-13中任一项所述的方法，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物分子包括检测部分。15.如权利要求14所述的方法，其中获得所富集的T细胞群体是基于所述检测部分的检测。16.如权利要求14或15所述的方法，其中所述检测部分包含荧光团。17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述第一容器中的容器条形码化多核苷酸或其互补物的容器条形码序列不同于所述多个容器中的第二容器中的容器条形码化多核苷酸或其扩增子的容器条形码序列。18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述序列信息包括TCR多核苷酸容器条形码序列读段和寡核苷酸容器条形码序列读段。19.如权利要求1或6-18中任一项所述的方法，其中所述方法还包括在所述接触后获得富集的T细胞群体，所述富集的T细胞群体包含比在所述接触后所述多个T细胞中与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的T细胞的百分比更高的与pMHC-寡核苷酸缀合物分子结合的T细胞的百分比。20.如权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定与单个细胞结合的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的数目。21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物的所述寡核苷酸部分包括四聚体分子条形码(TMB)序列，所述四聚体分子条形码(TMB)序列对所述多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子中的单个pMHC-寡核苷酸缀合物分子是独特的。22.如权利要求21中任一项所述的方法，其中所述序列信息包括四聚体分子条形码序列读段。23.如权利要求21或22所述的方法，其中与所述单个T细胞结合的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的数目从所述序列信息确定。24.如权利要求21-23中任一项所述的方法，其中与所述单个T细胞结合的pMHC-寡核苷酸缀合物分子的数目从所述四聚体分子条形码序列读段确定。25.如权利要求21-24中任一项所述的方法，其中所述多个pMHC-寡核苷酸缀合物分子中的每个pMHC-寡核苷酸缀合物分子包含独特的TMB序列。26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物的所述pMHC部分包含所述pMHC的多聚体，任选地所述pMHC的四聚体。27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中所述MHC呈可溶形式。28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述pMHC-寡核苷酸缀合物的所述pMHC部分的肽包括合成肽。29.如权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述pMHC部分与所述单个T细胞的T细胞受体(TCR)结合。30.如权利要求1-29中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸部分包括四聚体识别序列(TID)。31.如权利要求30所述的方法，其中所述T...
【专利技术属性】
技术研发人员：弗朗索瓦·维格纳尔特，阮格汉姆·阿德里安·布里格斯，斯蒂芬·J·戈德弗莱斯，布莱恩·J·贝尔蒙特，
申请(专利权)人：阿布维特罗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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