用于鉴定癌前结肠直肠息肉和结肠直肠癌的方法及试剂盒技术

本发明专利技术涉及根据一些实施方案用于基于特定mRNA生物标志的一种或更多种表达谱鉴定患有癌前进展期(advanced)息肉或结肠直肠癌的受试者的方法及试剂盒。本发明专利技术还包括用于结肠直肠癌的诊断、预防、疗法管理、监测和倾向鉴定的方法及试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利
本专利技术涉及根据一些实施方案用于基于特定mRNA生物标志的一种或更多种表达谱鉴定患有癌前进展期(advanced)息肉或结肠直肠癌的受试者的方法及试剂盒。本专利技术还包括用于结肠直肠癌的诊断、预防、疗法管理、监测和倾向鉴定的方法及试剂盒。专利技术背景结肠直肠癌(CRC)是最常见的癌症之一，占所有癌症病例的约10％和所有癌症死亡的约8％。实体癌通常基于组织病理学组织评价来诊断，其中用于CRC的金标准为光纤结肠镜检查。这种技术是劳动密集型的、耗时的、昂贵的且极具侵入性的。已知，替代方案粪便潜血测试(fecaloccultbloodtest；FOBT)尽管不是侵入性的，却受低灵敏度困扰。筛查和监测测定对癌症的早期检测和管理至关重要。基于血液的测试能够大规模筛查临床上无症状(据推测为健康)的个体，以用于癌症的诊断、监测及预测。此外，基于血液的取样是普遍且方便的，并因此，可增加无症状群体中的依从性。Bonilla等(OncologyLetters,2,719-714,2011)公开了与罹患进展期结肠直肠癌的患者中的不良预后相关的mRNA生物标志。可与结肠直肠癌相关的数百个基因的综合列表被公开在例如Ye等，Plosone,2013；8(5),e62870；以及Garcia等，ClinicalChem.53(10):1860-1863,2007中。Marshall等(IntJCancer2010；126:1177-1186)公开了基于从外周血细胞提取的RNA的用于CRC的生物标志，其对应于以下七个基因的组：ANXA3、CLEC4D、LMNB1、PRRG4、TNFAIP6、VNN1和IL2RB。US2010/0330079公开了一种用于检测用于早期诊断和管理结肠直肠癌的蛋白生物标志的方法。该方法包括获得关于外周血中51个基因的表达的定量信息。WO2011/012136公开了一种用于基于一组miRNA的表达水平区分CRC样品与非癌性样品的方法。对以改进的灵敏度和特异度用于早期检测和治疗癌前进展期息肉和结肠直肠癌的具成本效益、快速、准确和微创性(minimallyinvasive)的方法及试剂盒存在未满足的需求。专利技术概述本专利技术提供了用于鉴定受试者中的结肠癌和癌前息肉的方法及试剂盒。有利地，本专利技术的方法及试剂盒基于非侵入性的基于分子的分析(anon-invasivemolecularbasedanalysis)区分具有癌前进展期息肉的结肠与结肠直肠癌。此外，本专利技术的方法及试剂盒提供了具有高灵敏度(至少60％)和高特异度(高于85％)的诊断平台。本专利技术的前提是基于以下发现：早在明显的疾病(overtdisease)外显之前，疾病相关的生物标志可在血浆或其他体液中被鉴定出。由本专利技术的生物标志所赋予的另一个优势来自以下事实：生物标志是细胞外的，从而起源于所有身体组织。此外，这些生物标志不受免疫应答影响。本文提供了来自罹患结肠直肠癌的患者的血浆足迹(footprint)的这些生物标志的存在或不存在作为早期诊断工具，对于其，治疗策略可被设计并施用以预防、延迟或逆转赘生性结肠直肠细胞的形成。本专利技术的数种疾病相关的生物标志的一种或组合对诊断罹患癌前进展期息肉或结肠直肠癌的受试者是有用的，或者有利地，对诊断对于结肠直肠癌为无症状的那些受试者是有用的。出人意料地，如本文显示的，本专利技术的方法使用有限数目的核酸序列生物标志的表达谱来鉴定健康的受试者、患有结肠直肠癌的受试者及患有癌前进展期息肉的受试者。此外，本专利技术的生物标志在远离疾病部位的血浆样本中被鉴定出。出人意料地，基于所述血浆的生物标志提供差异表达的基因谱，该基因谱以高特异度和高灵敏度与病理检查报告相关。根据一些实施方案，提供了一种用于鉴定患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉的受试者的方法，所述方法包括：(a)提供来自受试者的生物样品；(b)测量所述生物样品中包含SEQIDNO:1中列出的核酸序列的生物标志的表达水平；以及(c)鉴定所述生物标志的表达水平高于所述生物标志的截断值(cutoffvalue)，从而将所述受试者鉴定为患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1且还包含选自SEQIDNO:2、3、5-7、12和17的至少一种核酸序列。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1-3、5-7、12和17中列出的核酸序列且所述受试者被鉴定为患有结肠直肠癌。根据一些实施方案，所述生物标志由SEQIDNO:1-3、5-7、12和17中列出的核酸序列组成。根据一些实施方案，所述生物标志还包含SEQIDNO:1和5中列出的核酸序列，且所述受试者被鉴定为患有癌前进展期结肠直肠息肉。根据一些实施方案，所述生物标志由SEQIDNO:1和5中列出的核酸序列组成。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1且还包含选自SEQIDNO:3、4、6和14的至少一种核酸序列。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1和4以及选自SEQIDNO:3、6和14的至少一种核酸序列。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1、3和4。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1、4、6和14。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:1、3、4和14。根据一些实施方案，所述生物样品选自由以下组成的组：血液、血浆、唾液、血清或其组合。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，所述生物样品为从外周血提取的血浆。根据一些实施方案，生物标志为循环mRNA。根据一些实施方案，测量所述生物标志的表达包括选自以下的至少一种核酸分析技术：聚合酶链式反应(PCR)、定量PCR、核酸测序技术、限制性酶切消化、特异性杂交、单链构象多态性测定(SSCP)及电泳分析。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，测量所述生物标志的表达包括：从血浆提取mRNA、将所述mRNA逆转录为cDNA以及使用定量PCR测量所述cDNA的表达水平。根据一些实施方案，提供了一种用于鉴定患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉的受试者的方法，所述方法包括：(a)提供来自受试者的生物样品；(b)测量所述生物样品中包含SEQIDNO:2中列出的核酸序列的生物标志的表达水平；以及(c)鉴定所述生物标志的表达水平高于所述生物标志的截断值，从而将所述受试者鉴定为患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉。根据一些实施方案，所述生物标志包含SEQIDNO:2且还包含选自SEQIDNO:1、3、5-7、12和17的至少一种核酸序列。每种可能性是本专利技术的单独的实施方案。根据一些实施方案，提供了一种用于鉴定患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉的受试者的方法，所述方法包括：(a)提供来自受试者的生物样品；(b)测量所述生物样品中包含多种核酸序列的生物标志的表达水平，所述多种包括SEQIDNO:1及选自SEQIDNO:2、3、5-7、12和17的至少一种核酸序列；以及(c)鉴定所述生物标志的表达水平高于所述生物标志的截断值，从而将所述受试者鉴本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于鉴定患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉的受试者的方法，所述方法包括：(a)提供来自受试者的生物样品；(b)测量所述生物样品中包含SEQ ID NO:1中列出的核酸序列的生物标志的表达水平；以及(c)鉴定所述生物标志的表达水平高于所述生物标志的截断值，从而将所述受试者鉴定为患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.04.10 US 61/977,6361.一种用于鉴定患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉的受试者的方法，所述方法包括：(a)提供来自受试者的生物样品；(b)测量所述生物样品中包含SEQIDNO:1中列出的核酸序列的生物标志的表达水平；以及(c)鉴定所述生物标志的表达水平高于所述生物标志的截断值，从而将所述受试者鉴定为患有结肠直肠癌或癌前进展期结肠直肠息肉。2.如权利要求1所述的方法，其中所述生物标志还包含选自SEQIDNO:2、3、5-7、12和17的至少一种核酸序列。3.如权利要求2所述的方法，其中所述生物标志包含SEQIDNO:1-3、5-7、12和17中列出的核酸序列，且所述受试者被鉴定为患有结肠直肠癌。4.如权利要求3所述的方法，其中所述生物标志由SEQIDNO:1-3、5-7、12和17中列出的核酸序列组成。5.如权利要求2所述的方法，其中所述生物标志还包含SEQIDNO:5中列出的核酸序列，且所述受试者被鉴定为患有癌前进展期结肠直肠息肉。6.如权利要求5所述的方法，其中所述生物标志由SEQIDNO:1和5中列出的核酸序列组成。7.如权利要求1所述的方法，其中所述生物标志还包含选自SEQIDNO:3、4、6和14的至少一种核酸序列。8.如权利要求7所述的方法，其中所述生物标志还包含SEQIDNO:4以及选自...

【专利技术属性】
技术研发人员：丹娜·科恩，瓦尔迪特·莫沙约夫，乌里埃尔·法克托尔，
申请(专利权)人：比奥马卡尔技术有限公司，
类型：发明
国别省市：以色列;IL