经由DNA甲基化状态评价基因组功能的表观遗传调节的方法以及其系统和试剂盒技术方案

本发明专利技术包括通过评价DNA甲基化状态，用于评价基因组功能的表观遗传调节的系统、试剂盒和方法。本发明专利技术包括转换随后捕获方法，其中未甲基化的胞嘧啶残基首先转换为尿嘧啶残基，并且随后捕获靶DNA用于后续分析。该方法使用新型捕获探针库用于溶液相捕获。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利
本公开内容一般涉及表观遗传学，并且更具体地涉及经由评价DNA甲基化状态来评价基因组功能的表观遗传调节的系统、试剂盒和方法。专利技术背景表观遗传学是表观基因组的研究，其包括发生而不改变基础核苷酸序列的DNA和染色质的功能相关的化学修饰。表观基因组的两个主要组分是DNA甲基化和组蛋白修饰。表观遗传修饰调节DNA中的基因表达，并且可以通过调节涉及治疗试剂的代谢和区室化的基因表达来影响在个体中的医学治疗的功效，以及可以改变治疗试剂的靶的表达。异常表观遗传变化与许多疾病例如癌症、心血管疾病和神经系统疾病相关。DNA甲基化是首个发现的表观遗传标记且是研究最多的。在哺乳动物中，它主要涉及甲基（-CH3）对CpG二核苷酸的胞嘧啶残基的碳-5位置的酶促添加，并且阻遏与之结合的转录因子。像这样，DNA的高度甲基化区域趋于是更少转录活性的。DNA甲基化影响动物中的剂量补偿、印记、基因组稳定性和发育（例如干细胞分化和胚胎发育）。另外，它已与转座子元件沉默和宿主病原体相互作用联系。DNA甲基化对于植物中的基因组完整性同样是重要的。用于评价DNA甲基化状态（即甲基化组）的目前方法集中于单独基因座，使用本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种溶液相捕获探针库，其用于捕获目的核酸序列，所述探针库包括三类捕获探针：其中第一类是可以与仅含有尿嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；其中第二类是可以与仅含有胞嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；和其中第三类是可以与含有尿嘧啶残基代替一些可甲基化的胞嘧啶残基且含有胞嘧啶残基代替其他可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.12.31 US 61/922,2661.一种溶液相捕获探针库，其用于捕获目的核酸序列，所述探针库包括三类捕获探针：其中第一类是可以与仅含有尿嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；其中第二类是可以与仅含有胞嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；和其中第三类是可以与含有尿嘧啶残基代替一些可甲基化的胞嘧啶残基且含有胞嘧啶残基代替其他可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针。2.权利要求1的探针库，其中所述捕获探针是长度约50 bp至约150 bp。3.权利要求1的探针库，其中所述捕获探针是长度约75 bp。4.权利要求1的探针库，其中所述捕获探针具有约50% G+C。5.权利要求1的探针库，其中所述三类捕获探针各自为所述探针库的约33%。6.一种评价目的核酸序列的DNA甲基化状态的方法，所述方法包括下述步骤：（a）用捕获探针库溶液中捕获目的核酸序列的转换且扩增的核酸片段，所述捕获探针库包括三类捕获探针：第一类是可以与仅含有尿嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；第二类是可以与仅含有胞嘧啶残基代替可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；和第三类是可以与含有尿嘧啶残基代替一些可甲基化的胞嘧啶残基且含有胞嘧啶残基代替其他可甲基化的胞嘧啶残基的目的序列杂交的探针；（b）扩增所捕获的核酸片段，以获得所扩增的捕获的核酸片段群体；（c）测序所扩增的捕获的核酸片段，以获得所捕获的核酸片段的核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：D布格斯，J诺顿，T里奇蒙德，J温德特，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH