用于肺癌预后的基因及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一组用于肺癌预后的基因，包括SEQ ID No.8～SEQ ID No.14所示核苷酸序列的基因。此外，本发明专利技术还公开了上述基因组的应用，包括在制备用于肺癌预后的基因芯片中的应用，以及在制备用于肺癌预后的试剂盒中的应用。本发明专利技术有助于提高结肺癌患者术后的生存率。在肺癌患者接受根治性手术后，即可通过对上述基因芯片的检测和联合分析，快速判断出该患者术后复发转移的危险度，从而能够对复发转移危险度较高的患者及早地进行辅助治疗，帮助延长患者的生存时间。

【技术实现步骤摘要】
用于肺癌预后的基因及其应用
本专利技术涉及肺癌的预后领域，主要是肺癌术后复发转移的预测。更具体而言，涉及 一组用于肺癌预后的基因及其应用。
技术介绍
肺癌在我国乃至全球范围内是最常见的恶性肿瘤之一，发病率和死亡率 居恶性肿瘤的第一位（Jemal A, et al. Cancer statistics. CA Cancer J Clin. 2010 ; 60(5) :277-300.)。肺癌包括小细胞肺癌、腺癌、鳞癌等多种病理类型，其中腺癌是最为常见 的肺癌类型，其特点为容易出现术后远处转移，恶性程度高、预后差。尽管多年来从分子水 平认识肺癌的发生发展为肺癌的治疗和预防创造了条件，各种新的诊治方法和药物层出不 穷，但是肺癌的治疗效果并没有取得同步提高，其总的五年生存率仅在10%左右。在目前 的临床实际工作中，大部分临床医师对肺癌治疗是基于临床分期、患者的功能状态、病理分 型、药物不良反应的评价等临床因素来制定肺癌个体化治疗，是基于循证医学基础上的规 范化治疗。组织病理学诊断是肿瘤诊断的金标准和临床治疗的基础。肺癌的组织病理学分 型和临床分期是目前肺癌的临床预后指标。然而即使同为非小细胞肺癌，甚至?m分期相 同的肺腺癌，采用同样的治疗方案却会产生截然不同的治疗效果。事实上，由于肺癌是一 类分子水平上高度异质性的疾病，组织学形态相同的肿瘤，其分子遗传学改变不尽一致，从 而导致了肺癌治疗反应和预后的差别，因此对其进行分子分型是肺癌个体化治疗的必然要 求。目前大多数的分子分型是基于新鲜组织的全基因表达谱，而新鲜组织在临床上的获取 及保存还存在着一定的问题，相比之下石蜡组织更易于获取及保存，因此石蜡组织的基因 表达谱分析更适合今后的临床应用。NanoString nCounter system数字式单分子基因表达 谱分析系统在分析石蜡样本表达谱分析领域非常有优势。该平台是直接对基因表达进行多 重计数的全新数字式技术，利用分子条形码和单分子成像来检测及统计每一个反应体系中 特定转录本的数量，表现出极高的灵敏度、精确度和重复性。分子分型对于预测肿瘤进展或 复发转移风险，预测肿瘤预后，指导肿瘤治疗方式具有重要的临床意义。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是提供一组用于肺癌预后的基因及其应用，能对肺癌患 者术后的复发转移情况进行预测，有助于提高结肺癌患者术后的生存率。 为解决上述技术问题，本专利技术采用如下技术方案： 在本专利技术的一方面，提供一组用于肺癌预后的基因，包括SEQ ID No. 8?SEQ ID No. 14所示核苷酸序列的基因。 在本专利技术的另一方面，提供一组用于肺癌预后的基因在制备用于肺癌预后的基因 芯片中的应用，所述基因芯片包括固相载体和探针，所述探针与待测SEQ ID No. 8?SEQ ID No. 14所不基因序列和/或其互补序列进行杂受。 所述探针包括下列三组核苷酸序列之一： (1) SEQ ID No. 1 ?SEQ ID No. 7 所示序列； (2) SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列中每条序列的互补链； (3)与SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示的序列中每条序列有至少70%同源性的序 列。 优选的，所述探针包括SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列。 在本专利技术的另一方面，提供一组用于肺癌预后的基因在制备用于肺癌预后的试剂 盒中的应用，所述试剂盒包含：与SEQ ID No. 8?SEQ ID No. 14中至少一个基因序列进行杂 交的探针。 所述探针包括下列三组核苷酸序列之一： (1) SEQ ID No. 1 ?SEQ ID No. 7 所示序列； (2) SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列中每条序列的互补链； (3)与SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示的序列中每条序列有至少70%同源性的序 列。 优选的，所述探针包括SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列。 本专利技术通过多基因计算模型预测肺癌患者术后复发转移危险度的检测方法，主要 包括以下步骤： (1)收集肺癌患者的手术切除癌组织石蜡标本； ⑵提取石蜡组织的RNA ; (3) RNA质量控制：用Alignent2100生物分析仪检测抽提的总RNA的质量； (4)通过定制的似11〇31：1'；[叩11(]〇111^6185^七611140基因的表达谱芯片检测，发现7个 探针在非复发转移组和复发转移组样本中存在差异表达（所述探针为SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列）； (5)计算上述7个探针的基因表达权重，通过预测死亡危险度计算公式对患者术 后预后进行评价；预测死亡危险度计算公式如下：C为权重值的常数，C = -166. 0 ;B为每 个基因的权重系数；X为每个基因在四分类方法中的赋值；y = C+(B1*X1…B7*X7)，P = EXP (y)八（1+EXP (y))。根据计算的P值来预测复发的可能性：P〈0. 5非复发转移；P>0. 5复 发转移。所述探针的表达计算所得概率越大，该患者术后的复发转移率越高。 为解决上述技术问题，本专利技术人等针对全基因组表达谱筛选出的肺癌预后相关基 因反复进行研究，通过定制的Nan 〇String40基因芯片（表1)检测得到的7个基因模型，用 于预测肺癌患者的术后复发转移风险。模型的建立包括以下步骤：采集肺癌患者的手术切 除石蜡标本；抽提石蜡组织RNA ;检测223例肺癌石蜡组织的Nan〇string40基因芯片，通过 统计分析得出在复发转移组和非复发转移组样本中存在差异表达的该7个特异性探针，以 用于预测术后复发转移风险；通过计算公式得出每个探针的表达权重，进而评价该患者术 后复发转移的可能性大小。本专利技术还公开了由上述探针组成的探针组，以及包含该探针组 的计算过程及公式。本专利技术通过对肿瘤石蜡组织的Nan 〇String40基因芯片的检测，通过对 7个差异探针的联合分析，来快速判断肺癌患者术后复发转移危险度，从而可以在术后及早 筛查出复发转移风险较高的肺癌患者，并对其进行积极的辅助治疗，以提高结肺癌患者术 后的生存率，延长患者的生存时间。 【附图说明】 图1是本专利技术实施例中验证组无病生存曲线图； 图2是本专利技术实施例中验证组I期病人无病生存曲线图； 图3是本专利技术实施例中验证组II期病人无病生存曲线图； 图4是本专利技术实施例中验证组III期病人无病生存曲线图。 【具体实施方式】 以下实施例仅用于说明本专利技术，而不用于限制本专利技术的范围。实施例中未注明 具体条件的实验方法，按照制造试剂盒生产公司所建议的条件或按照常规实验条件，例 如 Sambrook 等人，分子克隆：实验室手册（New York :Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989)中所述的条件。 1、实验对象 本实施例的研究对象选择2007年1月一2011年4月间复旦大学附属肿瘤医院病 理科肺癌术后石蜡组织本文档来自技高网...

【技术保护点】
一组用于肺癌预后的基因，其特征在于，包括SEQ ID No.8～SEQ ID No.14所示核苷酸序列的基因。

【技术特征摘要】
1. 一组用于肺癌预后的基因，其特征在于，包括SEQ ID No. 8?SEQ ID No. 14所示核苷 酸序列的基因。2. 如权利要求1所述的一组用于肺癌预后的基因在制备用于肺癌预后的基因芯片中 的应用，所述基因芯片包括固相载体和探针，其特征在于，所述探针与待测SEQ ID No. 8? SEQ ID No. 14所示基因序列和/或其互补序列进行杂交。3. 如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述探针包括下列三组核苷酸序列之一： (1) SEQ ID No. 1 ?SEQ ID No. 7 所示序列； (2) SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示序列中每条序列的互补链； (3) 与SEQ ID No. 1?SEQ ID No. 7所示的序列中每条序列有至少70%同源性的序列。4. 如权利要求3所述的应用，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：杜祥，周晓燕，危平，王志敏，王丽莎，王懿琴，徐清华，
申请(专利权)人：复旦大学附属肿瘤医院，上海人类基因组研究中心，
类型：发明
国别省市：上海;31