肺癌的多基因预后试验制造技术

本发明专利技术提供使用11种分子标志物组提供肺癌预后的方法，所述分子标志物组包括BAG1、BRCA1、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、IL11、LCK、RND3、SH3BGR和WNT3A，其在肺癌中差异表达。所述11种标志物与5年总存活结果的患者预后有关，并且特别有利于提供非鳞状NSCLC的预后。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】肺癌的多基因预后试验相关申请的交叉引用本申请要求2011年7月I日提交的美国临时专利申请序列号61 / 504063和2011年7月2日提交的美国临时专利申请序列号61 / 504193的权益，其通过引用全文纳入本文。在联邦资助研发下作出专利技术的权利的声明不适用对以光盘提交的“序列表”、表格或计算机程序列表附件的引用不适用专利技术背景借 助临床分期和组织病理学发现来确定肺癌患者的长期存活率可能性不佳。尽管已经公布了鉴定为肺癌预后基因的微阵列鉴定，但仍需要能够预测肺癌患者的死亡风险的准确多基因定量聚合酶链反应(PCR)试验。专利技术概述在一方面，本专利技术提供为对象内肺癌提供预后的方法，该方法包括以下步骤:(a)使来自该对象的生物学样品与特异性结合生物标志物组的试剂接触，所述生物标志物包括BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl1、LCK、RND3、SH3BGR，和 WNT3A,以及(b)确定所述标志物在该样品中是否差异表达；由此提供肺癌的预后。在一个实施方案中，所述试剂是核酸。在另一个实施方案中，所述试剂是寡核苷酸。在另一实施方案中，所述试剂是PCR引物组。在另一实施方案中，所述试剂是抗体。在一个实施方案中，所述肺癌是非鳞状细胞肺癌。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌是I期。在另一个实施方案中，非鳞状细胞肺癌是II期。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌是III期。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌IV期。在一个实施方案中，所述样品来自肺组织或肺肿瘤活检。在一个实施方案中，所述预后提供风险评估。在一些实施方案中，所述风险评估基于5年死亡率。在一些实施方案中，所述风险评估是针对5年死亡率的高风险、中度风险或低风险评估。在一方面，提供试剂盒，所述试剂盒包含特异性结合生物标志物组的试剂，所述生物标志物组包含 BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl1、LCK、RND3、SH3BGR 以及WNT3。在一个实施方案中，所述试剂是逆转录酶的群。在另一方面，通过检测生物样品中的生物标志物组的甲基化水平来提供确定患有肺癌的对象的预后的方法，所述生物标志物组包含BAG1、BRCAU⑶C6、⑶K2AP1、ERBB3、FUT3、ILl1、LCK、RND3、SH3BGR及WNT3 ;其中，所述生物样品源自所述对象并且所述甲基化水平指示所述预后。在另一方面，提供报道，该报告包括对患有肺癌的对象的预后，所述预后已通过对所述对象的生物样品中的生物标志物组定量来确定，所述生物标志物组包含BAG1、BRCAUCDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILlU LCK, RND3、SH3BGR 及 WNT3 ;其中，所述表达水平指示所述预后。在另一方面，提供确定治疗方案的方法，该方法包括以下步骤:(a)使来自所述对象的生物样品与各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂接触，所述生物标志物组包含BAG1、BRCA1、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILlU LCK, RND3、SH3BGR 及 WNT3，(b)确定所述标志物在该样品中是否差异表达，(c)提供肺癌的预后，(d)基于肺癌的预后来确定针对5年死亡率的风险评估，以及(e)基于所述风险评估来设计治疗方案。在另一方面，提供一种为对象内肺癌提供预后的方法，该方法包括以下步骤:(a)使来自该对象的生物样品与各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂接触，所述生物标志物组包含 BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl 1、LCK、RND3、SH3BGR 及 WNT3A，以及(b)确定所述标志物在该样品中是否差异表达；由此提供肺癌的预后。在一些实施方案中，对所述标志物在该样品中是否差异表达的确定还包括使所述生物标志物的表达水平针对选自下组的管家基因进行标准化:ESD、TBP、YAPl及其的任意组合。在某些实施方案中，使所述生物标志物的表达水平针对所述管家基因的平均Ct值进行标准化。在一个实施方案中，8么61、81^^1、^06、^1(24?1、？^'3、几11、以及RND3指示对象死亡的增加的可能性，并且其中ERBB3、LCK、SH3BGR和WNT3A指示对象死亡的下降的可能性。在一个实施方案中，所述试剂是核酸。在另一个实施方案中，所述试剂是寡核苷酸。在另一个实施方案中，所述试剂是PCR引物组。在另一实施方案中，所述试剂是抗体。在一个实施方案中，所述肺癌是非鳞状细胞肺癌。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌是I期。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌是II期。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌是III期。在另一个实施方案中，所述非鳞状细胞肺癌IV期。 在一个实施方案中，所述样品来自外科手术切除的肿瘤。在另一个实施方案中，所述样品是从肺组织或肺肿瘤活检。在一个实施方案中，所述预后提供风险评估。在一些实施方案中，所述风险评估基于5年死亡率。在一些实施方案中所述风险评估是针对5年死亡率的高风险、中度风险或低风险评估。在另一方面，提供试剂盒，所述试剂盒包含各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂，所述生物标志物组包含 BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl 1、LCK、RND3、SH3BGR和WNT3A。在某些实施方案中，所述试剂是逆转录酶的群。在一些实施方案中，所述试剂盒还包含选自由下组的管家基因:ESD、TBP、YAPl及其任意组合。在另一方面，提供一种为患有肺癌的对象提供预后的方法，该方法包括检测生物样品中的生物标志物组的甲基化水平，所述生物标志物组由BAG1、BRCAU⑶C6、⑶K2AP1、ERBB3、FUT3、ILl1、LCK、RND3、SH3BGR和WNT3A组成；其中所述生物样品源自所述对象，并且所述甲基化水平指示所述预后。在另一方面，提供报道，该报道包括对患有肺癌的对象的预后，所述预后已通过对所述对象的生物样品中的生物标志物组进行定量来确定，所述生物标志物组由BAG1、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl 1、LCK、RND3、SH3BGR 和 WNT3A 组成；其中，所述表达水平指示所述预后。在一些实施方案中，对所述对象的生物样品内的生物标志物的表达水平的定量还包括使所述生物标志物的表达水平针对选自下组的管家基因进行标准化:ESD、TBP,YAPI及其任意组合。在某些实施方案中，使所述生物标志物的表达水平针对所述管家基因的平均Ct值进行标准化。在另一方面，提供确定治疗方案的方法，该方法包括以下步骤:(a)使来自该对象的生物样品与各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂接触，所述生物标志物组包含BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl 1、LCK、RND3、SH3BGR 和 WNT3A，(b)确定所述标记物在该样品中是否差异表达，(c)提供肺癌的预后，(d)基于肺癌预后确定针对5年死亡率的风险评估，以及(e)基于所述风险评估设计治疗方案。在一些实施方案中，对于所述标志物在该样品中是否差异表达的确定还包括使所述生物标志物的表达水平针对选自下组的管本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种提供对象内肺癌预后的方法，所述方法包括以下步骤：(a)使来自所述对象的生物样品与各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂接触，所述生物标志物组由BAG1、BRCA1、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、IL11、LCK、RND3、SH3BGR和WNT3A组成，和(b)确定所述生物标志物是否在所述样品中差异表达；由此提供肺癌预后。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.07.01 US 61/504,063;2011.07.02 US 61/504,1931.一种提供对象内肺癌预后的方法，所述方法包括以下步骤: (a)使来自所述对象的生物样品与各自特异性结合生物标志物组中一员的试剂接触，所述生物标志物组由 BAGl、BRCAl、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、ILl 1、LCK、RND3、SH3BGR 和WNT3A组成，和 (b)确定所述生物标志物是否在所述样品中差异表达；由此提供肺癌预后。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，对所述生物标志物是否在所述样品中差异表达的确定还包括使所述生物标志物的表达水平针对选自下组的管家基因进行标准化:ESD、TBP、YAPl及其任意组合。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，使所述生物标志物的表达水平针对所述管家基因的平均Ct值进行标准化。4.如权利要求1~3中任一项所述的方法，其特征在于，其中BAG1、BRCAU⑶C6、CDK2AP1、FUT3、ILll和RND3指示所述对象死亡可能性增大，而其中ERBB3、LCK、SH3BGR和WNT3A指示所述对象死亡可能性减小。5.如权利要求1~4中任一项所述的方法，其特征在于，所述试剂是核酸。6.如权利要求1~5中任一项所述的方法,其特征在于,所述试剂是寡核苷酸。7.如权利要求1~6中任一项所述的方法，其特征在于，所述试剂是PCR引物组。8.如权利要求1~7中任 一项所述的方法，其特征在于，所述试剂是抗体。9.如权利要求1~8中任一项所述的方法，其特征在于，所述肺癌是非鳞状细胞肺癌。10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非鳞状细胞肺癌为I期。11.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非鳞状细胞肺癌为II期。12.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非鳞状细胞肺癌为III期。13.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非鳞状细胞肺癌为IV期。14.如权利要求1~13中任一项所述的方法，其特征在于，所述样品来自手术切除的肿瘤。15.如权利要求1~14中任一项所述的方法，其特征在于，所述样品来自肺组织或肺肿瘤活检。16.如权利要求1~15中任一项所述的方法，其特征在于，所述预后提供风险评估。17.如权利要求16所述的方法，其特征在于，所述风险评估针对5年死亡率。18.如权利要求16所述的方法，其特征在于，所述预后提供针对5年死亡率的高风险评估。19.如权利要求16所述的方法，其特征在于，所述预后提供针对...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·J·曼恩，D·M·雅布隆斯，J·克拉茨，D·巴里曼，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，精确基因组学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US