【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开内容涉及用于测定患 者预后的来自肺癌患者的组织样品的体外诊断测定，且特别涉及用于测定早期患者例如诊断有I期或II期非小细胞肺癌的患者的预后的体外测定。
技术介绍
肺癌是2005年美国几乎三分之一的癌症死亡的原因，并且广义地分成2个类型非小细胞肺癌和小细胞肺癌。非小细胞肺癌(NSCLC)占美国80-85%的肺癌病例。NSCLC包含3个主要类型(i)鳞状细胞癌，其在鳞状细胞中开始，所述鳞状细胞是看起来象鱼鳞的薄的、扁平细胞。鳞状细胞癌也称为表皮样癌；(ii)大细胞癌，其在几个类型的大肺细胞中开始；(iii)腺癌，其在内衬肺的肺泡并且制备物质例如粘液的细胞中开始。其他较不常见类型的NSCLC包括多形性癌、类癌瘤和未分类的癌。NSCLC的诊断通过病理学家对可疑组织例如活组织检查样品的检查来完成。在NSCLC诊断后，使用患者的总体健康和年龄、症状例如咳嗽和呼吸困难的严重性、NSCLC的具体类型和癌症的分期，对患者的疾病指定预后(恢复机率)。分期考虑肿瘤的大小以及肿瘤是仅存在于肺中还是已扩展至机体中的其他地方。用于NSCLC患者的具体治疗选项随后基于这些考虑加以选择，并且癌症分期是用于治疗选择的重要组分。具有早期NSCLC的患者可以潜在地通过手术切除摘除肿瘤得到治愈，但目前诊断模式无法预测哪些患者将在手术后复发。癌症是具有低治愈率的通常致命的疾病，对于其大多数治疗旨在改善生活质量和寿命。因为癌细胞是人细胞，通常仅通过相对小数目的遗传异常或蛋白质突变的累积辨另IJ，所以在杀死癌细胞中有用的药物疗法通常对于许多正常人细胞也是有害的，并且在被治疗患者中一般引起显著毒...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2009.10.26 US 61/2549681.一种预测就肺癌治疗的患者中的疾病后果的方法，所述方法包括步骤 a)提供来自患者的测试样品； b)测定所述测试样品中癌症后果标记的拷贝数； c)针对基线拷贝数2比较所述测试样品中所述癌症后果标记的拷贝数，从而测定所述测试样品中关于所述癌症后果标记的拷贝数变化的存在或不存在；和 d)基于所述测试样品中关于所述癌症后果标记的拷贝数变化的存在或不存在，当与在所述癌症后果标记中不具有拷贝数变化的患者中疾病后果的基线测量比较时，将所述患者鉴定为具有不良疾病后果的增加危险，其中所述癌症后果标记中的拷贝数变化的存在预测不良疾病后果。2.权利要求I的方法，其中所述不良疾病后果是当与不具有关于所述癌症后果标记的 拷贝数变化的患者的总体存活时间比较时减少的总体存活时间、和当与不具有关于所述癌症后果标记的拷贝数变化的患者的总体存活时间比较时更短的复发时间中的至少一个。3.一种预测就肺癌治疗的患者中的治疗后果的方法，所述方法包括步骤 a)提供来自患者的测试样品； b)测定所述测试样品中关于癌症后果标记的拷贝数变化的存在或不存在，其中所述癌症后果标记是染色体DNA的区域，其拷贝数中的变化与不良疾病后果相关；和 c)基于关于所述癌症后果标记的拷贝数变化的存在或不存在，当与不具有关于所述癌症后果标记的拷贝数增益的患者的总体存活时间比较时，测定所述患者是具有减少的总体存活时间还是更短的复发时间的更高危险。4.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述癌症后果标记是染色体DNA的区域，其扩增产生所述癌症后果标记的拷贝数增益，其中所述拷贝数增益与不良疾病后果相关。5.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记选自Chr19,34. 7 Mb-35. 6 Mb ; Chr19,38. 9-40. 7 Mb ;Chr 17,69. 2-71. 3 Mb ;Chr 6,70. 8-71. I Mb ;Chr 12，93. 7 kb-1. 9Mb ；Chr 11,64. 3-64. 8 Mb ;Chr 19,57. 0-62. 2 Mb ;Chr 6,39. 1-39. 9 Mb ;Chr 11,64. 8-65. 7Mb ;Chr 11,61. 4-64. 3 Mb ;Chr 17,51. 5-53. 2 Mb ;Chr 17,43. 5-44. 9 Mb ;Chr 2，147. 6-151. I Mb ；Chr 6，123. 7-135. 6 Mb ；Chr 8,6. 9-8. 8 Mb ；Chr 2，159. 9-161. 4 Mb ；Chr2,200. 9-204.2 Mb ;Chr 6,36. 3-36.7 Mb ;Chr 2,205. 9-208.I Mb ;和 Chr 1,109. 5-111. IMb。6.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr19,34.7 Mb-35. 6 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列C19orfl2 ；C19orfl2 ;细胞周期蛋白El ；PLEKHFI ；P0P4 ;和ZNF536,[标记 I]。7.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr19,38. 9-40.7 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列ATP4A ATP 酶；CHST8，DMKN FARl, 2，3 ；FXYD1, 3，5，7 ；GAPDHS ；GPI ；GPR42 ；GRAMDIA ；HAMP ；HPN ；KCTD15 KIAA0355 ；KRTDAP ；LGI4 ；LSM14A ；LSR ；MAG ；PDCD2L ；SAE2 SUMOl ；SBSN ；SCNlB ；TMEM147, 162 ；USF2 ；WTIP ；和 ZNF181, 30，302，599，792，[标记2]。8.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr17,69. 2-71.3 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列ARMC7(含犰狳重复7) ；ATP5H ATP合酶(H+转运，线粒体R)复合体，亚基 d) ;CASKIN2(CASK 相互作用蛋白质 2) ;CD300A(CD300a 分子)；CD300C(CD300c 分子);CD300E(CD300e 分子);CD300LB(CD300 分子样家族成员 b) ;CD300LF(CD300 分子样家族成员f) ;CDR2L(小脑变性相关蛋白质2样)；DNAI2(动力蛋白，轴丝的，中间链2)；(FADS6脂肪酸去饱和酶结构域家族，成员6) ;FDXR(铁氧化还原蛋白还原酶)；GALK1 (半乳糖激酶I) ;GGA3 (高尔基相关的，含Y衔接蛋白耳，ARF结合蛋白)GPR142(G蛋白偶联受体142) ;GPRC5C(G蛋白偶联受体，家族C，组5，成员C) ;GRB2 (生长因子受体结合蛋白2) ;GRIN2C(谷氨酸盐受体，离子型，N-甲基D-天冬氨酸盐2C) ;H3F3B (H3组蛋白，家族3B(H3. 3B)) ；HN1 (血液学和神经学表达的I ICTl未成熟的结肠癌转录物I) ;ITGB4(整联蛋白，￠4) ;KCTD2(含钾通道四聚体化结构域2) ;KIAA0195 ;KIF19(驱动蛋白家族成员.19) ;LLGL2(幼虫巨大致死基因同系物2(果蝇))；L0C388419 (半乳糖凝集素-3-结合蛋白样)；MIF4⑶(含MIF4G结构域)；MRPS7 (线粒体核糖体蛋白质S7) ;NAT9(N_乙酰基转移酶9) ；NT5C (5’，3’-核苷酸酶，胞质的);NUP85(核孔蛋白85kDa) ;0T0P2(耳蝶呤2)；0T0P3(耳蝶呤 3) ;RAB37(RAB37，成员 RAS 癌基因家族);RECQL5 (RecQ 蛋白质样 5) ；RPL38核糖体蛋白质L38 ;SAP30BP (SAP30结合蛋白)；SLC16A5 (溶质载体家族16，成员5 ( — 元羧酸转运蛋白6)) ;SLC25A19(溶质载体家族25(线粒体焦磷酸硫胺素载体)，成员19)；SLC9A3R1 (溶质载体家族9 (钠/氢交换剂)，成员3调节物I) ；SUM02 (mif 二 3同系物2 (酿酒酵母(S. cerevisiae)的 SMT3 抑制因子);TMEM104 (跨膜蛋白质 104) ；TTYH2 (tweety同系物2(果蝇))；UNK(unkempt同系物(果蝇))；和USHlG(Usher综合征IG(常染色体隐性)[标记3]。9.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr6,70. 8-71. I Mb，并且包括编码COL19A1 (胶原，XIX型，a I)和COL9A1 (胶原，IX型，a I)的核苷酸序列，[标记4]。10.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr6,70. 8-71. I Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列ADIPOR2(脂联素受体2) ；B4GALNT3(^-1,4-N-乙酰基-氨基半乳糖基转移酶3) ;CACNA2D4(钙通道，电压依赖性，a 2/S亚基4) ;(XDC77 (含卷曲螺旋结构域77) ；ERC1 (ELKS/RAB6-相互作用/CAST家族成员I) ;FBXL14 (F-盒和富含亮氨酸重复的蛋白质14) ;HSN2(遗传性感觉性神经病，II型);IQSEC3(IQ基序和Sec7结构域3)；JARIDlA(jumonji，富含AT相互作用结构域1A) ；LRTM2 (富含亮氨酸重复和跨膜结构域2)；NINJ2 (ninjurin 2) ；RAD52 (RAD52同系物(酿酒酵母))；SLC6A12 (溶质载体家族6 (神经递质转运蛋白，甜菜碱/GABA),成员12) ;SLC6A13 (溶质载体家族6 (神经递质转运蛋白，GABA)，成员13) ；WNK1 (WNK赖氨酸缺陷型蛋白质激酶I);和WNT5B (无翅型MMTV整合位点家族，成员5B),[标记5]。11.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr11,64. 3-64. 8 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列ARL2(ADP-核糖基化因子样2) ；ATG2A ATG2 (自体吞噬相关的2同系物A(酿酒酵母))；BATF2(碱性亮氨酸拉链转录因子，ATF样2 ；CAPNl卡配因1，(y /I)大亚基)ADC42BPG(⑶C42结合蛋白质激酶、(DMPK样))KDCA5 (细胞分裂周期相关的5)；EHDl (含 EH-结构域 I) ;FAU(Finkel-Biskis-Reilly 鼠肉瘤病毒(FBR-MuSV)遍在表达的)；GPHA2(糖蛋白激素a2) ； MAP4K2 (丝裂原激活蛋白质激酶激酶激酶激酶2) ;MEN1 (多发性内分泌瘤形成I ;MRPL49(线粒体核糖体蛋白质L49) ;NAALADL1 (N-乙酰化a连接的酸性二肽酶样I) ;POLA2(聚合酶(DNA指导的)，0 2(701^亚基))；PPP2R5B (蛋白质磷酸酶.2，调节亚基B’，P同种型)；SAC3D1 (含SAC3结构域I) ;SLC22A20 (溶质载体家族22，成员.20) ;SNX15(分类连接素15) ;SPDYC(speedy同系物C(果蝇));SYVN1 (滑液细胞凋亡抑制剂1，synoviolin) ;TM7SF2 (跨膜7超家族成员2) ;ZFPL1 (锌指蛋白样I) ;ZNHIT2(锌指，HIT 2 型)；(hsa-mir-192);和(hsa-mir-194-2)，[标记 6]。12.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr 19,57. 0-62.2 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列BIRC8(含杆状病毒IAP重复8) ;BRSK1(BR丝氨酸/苏氨酸激酶.I)；CACNG6, 7，8 (钙通道，电压依赖性，Y亚基6，7，8) ；CCDC106 (含卷曲螺旋结构域106)；CDC42EP5 CDC42(效应蛋白(Rho GTP酶结合)5) ；CN0T3 CCR4-N0T(转录复合体，亚基.3);C0X6B2(细胞色素c氧化酶亚基VIb多肽2(睾丸))；DPRX(分歧成对相关同源框)；EPNl (epsin I) ；EPS8L1 (EPS8 样 I) ；FCAR(关于 IgA 的 Fe 片段的受体)；FIZ1 (FLT3-相互作用锌指I) ;GALP (加兰肽样肽)；GP6(糖蛋白VI(血小板))；HSPBPl(hsp70-相互作用蛋白质);IL11 (白细胞介素11) ;IS0C2(含异分支酸酶结构域2) ;KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1 (杀伤细胞免疫球蛋白样受体)；LAIR1，2 (白细胞相关免疫球蛋 白样受体1，2) ；LENGI, 4,8,9(白细胞受体簇(LRC)成员I, 4，8，9) ；LILRA2, 3,4(白细胞免 疫球蛋白样受体，亚家族A(具有TM结构域)，成员2，3，4) ；LILRB1,2, 3,4,5(白细胞免疫球蛋白样受体，亚家族B(具有TM和ITIM结构域)，成员1,2, 3,4, 5) ;MYADM(髓样相关的分化标记)；NAT14(N-乙酰基转移酶14) ;NCR1 (天然细胞毒性触发受体I) ；NDUFA3 (NADH脱氢酶(泛醌)1 a 亚复合体，3，9kDa) ;NLRP2，4，5，7，8，9，11，12，13 (NLR 家族，含 pyrin结构域2，4，5，7，8，9，11，12，13) ;0SCAR(破骨细胞相关的，免疫球蛋白样受体)；PEG3(父源表达的3) ;PPP1R12C(蛋白质磷酸酶1，调节(抑制剂)亚基12C) ;PPP2R1A(蛋白质磷酸酶2(以前的2A)，调节亚基A，a同种型)；PRKCG(蛋白质激酶C，y) ；PRPF31 (PRP31mRNA前体加工因子31同系物(酿酒酵母))；PTPRH(蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，H)；RDH13(视黄醇脱氢酶13(全反式/9-顺式))；RPL28(核糖体蛋白质L28) ;RPS9核糖体蛋白质S9) ;SAPS1(SAPS结构域家族，成员I) ;SUV420H2(花斑抑制因子4-20同系物.2(果蝇))；SYT5(突触结合蛋白V) ；TFPT(TCF3 (E2A)融合配偶体(在儿童白血病中))；TMC4(跨膜通道样4) ;TMEM190(跨膜蛋白质190) ;TMEM86B(跨膜蛋白质86B) ;TNNI3(肌钙蛋白I 3型(心脏的))；TNNTI (肌钙蛋白T I型(骨骼的，缓慢的))；TSEN34(tRNA剪接内切核酸酶34同系物(酿酒酵母))；TTYHl(tweety同系物1(果蝇))；U2AF2(U2小核RNA辅助因子2) ;UBE2S (遍在蛋白缀合酶E2S) ;VN1R2 (犁鼻骨I受体2) ;VN1R4(犁鼻骨 I 受体 4) ；VSTM1 (含 V-组和跨膜结构域 I) ；ZNF28, 160，320，321，331，347，350，415，4.32，444，468，470 (锌指蛋白 28，160，320，321，331，347，350，415，432，444，468，470)；以及miRNA 包括 hsa-mir-643、hsa-mir-512-1、hsa-mir-512-2、hsa-mir-498、hsa-mir_520e、hsa-mir—515 — 1、hsa-mir—519e、hsa-mir-520f> hsa-mir—515—2、hsa-mir—519c、hsa-mir_520a、hsa-mir_526b、hsa-mir_519b、hsa-mir-525、hsa-mir-523、hsa-mir_518f、hsa-mir_520b、hsa-mir—518b、hsa-mir-526a_l、hsa-mir_520c、hsa-mir—518c、hsa-mir—524、 hsa-mir_517a、 hsa-mir—519d、 hsa-mir—521—2、 hsa-mir_520d、hsa-mir_517b、 hsa-mir_520g、 hsa-mir—516—3、 hsa-mir-526a_2、 hsa-mir_518e、hsa-mir-518a_l、hsa-mir_518d、hsa-mir-516—4、hsa-mir-518a_2、hsa-mir_517c、hsa-mir_520h、hsa-mir—521 — 1、hsa-mir—522、hsa-mir—519a_l、hsa-mir — 527、hsa-mir—516—1、 hsa-mir—516—2、 hsa-mir—519a_2、 hsa-mir—371、 hsa-mir—372、hsa-mir—373、hsa-mir-516a_l、hsa-mir-516a_2、hsa-mir-516b_l、hsa-mir-516b_2、hsa-mir-517a_l、hsa-mir-517a_2、hsa-mir-520c_l、hsa-mir-520c_2 [标记 7] 013.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr6,39.1-39.9 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列C6orf64(染色体6可读框64) ;DNAH8 (动力蛋白，轴丝的，重链8)；GLPlR (胰高血糖素样肽I受体)；KCNK16(钾通道，亚家族K，成员16) ;KCNK17 (钾通道，亚家族K，成员17) ;KCNK5钾通道，亚家族K，成员5) ;KIF6 (驱动蛋白家族成员6)，[标记8]。14.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr11,64. 8-65.7 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列=BANFl (对于自整合因子的障碍I) ;CATSPER1 (阳离子通道，精子相关的I) ;CCDC85B (含卷曲螺旋结构域85B) ;CDC42EP2CDC42 (效应蛋白(Rho GTP酶结合)2) ；CFLl(cofilin 1(非肌肉))；CST6 (半胱氨酸蛋白酶抑制剂E/M) ;CTSW(组织蛋白酶W) ；DPF2 D4，(锌和双重PHD指家族2) ;DRAP1 (DRl相关蛋白质I (负辅因子2 a ))；EFEMP2(含EGF fibulin样细胞外基质蛋白质2) ;EHBP1L1 结构域结合蛋白I样I);FAM89B (具有序列相似性的家族89，成员B) ;FIBP (成纤维细胞生长因子(酸性的)细胞 内结合蛋白)；F0SL1 (FOS样抗原I) ；FRMD8 (含FERM结构域8) ；GAL3ST3 (半乳糖-3-0-磺基转移酶3) ；HTATIP(HIV-1 Tat相互作用蛋白质，60kDa;KCNK7(钾通道，亚家族K，成员7) ;LTBP3(潜在转化生长因子P结合蛋白3) ;MAP3K11 (丝裂原激活蛋白质激酶激酶激酶11);MGC11102(假定蛋白质MGC11102) ；MUS81 MUS81 (内切核酸酶同系物(酿酒酵母))；OVOLl (卵样 I (果妮));PACS1 (phosphofurin 酸性族分类蛋白质 I) ;PCNXL3 (pecanex 样3(果蝇))；P0LA2(聚合酶(DNA指导的)a2(70kD亚基))；RELA(V_rel网状内皮组织增殖病毒癌基因同系物A，B细胞中的K轻多肽基因增强子的核因子3，p65(禽的))；RNASEH2C (核糖核酸酶H2，亚基C) ;SART1 (由T细胞识别的鳞状细胞癌抗原);SCYL1 (SCY1样1(酿酒酵母))；SF3B2(剪接因子3b，亚基2，145kDa) ;SIPA1 (信号诱导的增殖相关基因I);SLC25A45(溶质载体家族25，成员45) ;SSSCA1 (Sjogren综合征/硬皮病自身抗原I)；TI⑶3 (触发转座元件衍生的3) ;TSGA10IP(睾丸特异性，10相互作用蛋白质[标记9]。15.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr11，61. 4-64. 3 Mb,并且包括编码下述的核苷酸序列AHNAK(AHNAK核蛋白)；ASRGL1 (天冬酰胺酶样I)；B3GAT3(P-1，3-葡糖醛酸基转移酶3(葡糖醛酸基转移酶I)) ;BAD(BCL2-细胞死亡的拮抗剂)；BEST1 (bestrophin I) ;BSCL2 (BernardinelIi-Seip 先天性脂质营养不良2 (seipin)) ；CCDC88B (含卷曲螺旋结构域88B) ；CHRMl (胆碱能受体，毒蕈碱的I)；C0X8A (细胞色素c氧化酶亚基8A (遍在的))；DKFZP564J0863 (DKFZP564J0863蛋白质)；DKFZP566E164(DKFZP566E164 蛋白质);DNAJC4(DnaJ(Hsp40)同系物，亚家族 C，成员 4)；EEFlG(真核转录延长因子Iy) ;EML3(棘皮动物微管相关蛋白质样3) ;ESRRA(雌激素相关受体a ) ；FADS2, 3 (脂肪酸去饱和酶2，3) ；FKBP2 (FK506结合蛋白2，13kDa) ；FLRTI (纤连蛋白富含亮氨酸跨膜蛋白质I) ;FTH1 (铁蛋白，重多肽I) ;GANAB(葡糖苷酶，a ;中性AB) ;GNG3(鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，y 3) ;GPR137 (G蛋白偶联受体137)；HRASLS2，3，5(HRAS样抑制因子2，3，5) ;INCENP (内部着丝粒蛋白质抗原135/155kDa)；INTS5(整合因子复合体亚基5) ;KCNK4(钾通道，亚家族K，成员4) ;LGALS12 (凝集素，半乳糖苷结合的，可溶的，12 (半乳糖凝集素12)) ;MACR0D1 (含MACRO结构域I) ；MARK2 (MAP/微管亲和力调节激酶2) ;MGC3196(假定蛋白质MGC3196) ;MTA2 (转移相关的I家族，成员2);NAT11(N-乙酰基转移酶 11) ；NRXN2 (neurexin 2) ;NUDT22 (nudix (二磷酸核苷连接的部分X)-型基序22) ;NXF1 (核RNA输出因子I) ;0TUB1 (OUT结构域，遍在蛋白醛结合的I)；PLCB3(磷脂酶C，￠3(磷脂酰肌醇特异性的));P0LR2G(聚合酶(RNA) II (DNA指导的)多肽G) ;PPP1R14B(蛋白质磷酸酶1，调节(抑制剂)亚基14B) ;PRDX5 (过氧化物还原酶5)；PYGM(磷酸化酶，糖原)；肌肉(McArdle综合征，糖原贮积病V型))；RAB3IL1 (RAB3A相互作用蛋白质(rabin3)样I) ;RARRES3 (视黄酸受体应答物(他扎罗汀诱导的)3) ；RASGRP2(RAS脒基释放蛋白质2(钙和DAG调节 的))；RC0R2 REST(辅阻遏物2) ;R0M1 (视黄醛外节膜蛋白质I) ;RPS6KA4(核糖体蛋白质S6激酶，90kDa，多肽4 ;RTN3网状蛋白3) ；SCGBIAU1D1、1D2、1D4、2A1、2A1 (分泌球蛋白，家族；SF1 剪接因子 I) ;SLC22A10、11、12、6、8、9 (溶质载体家族22 (有机阴离子/阳离子转运蛋白)SLC3A2溶质载体家族3 ( 二碱基和中性氨基酸转运的激活物)，成员2) ;STIP1 (应激诱导的磷蛋白l(Hsp70/Hsp90-有机化蛋白质))；STX5(突触融合蛋白5) ；TAF6L(TAF6样RNA聚合酶II，p300/CBP相关因子(PCAF)相关因子，65kDa) ;TRPT1 (tRNA磷酸转移酶I) ;TTC9C(三十四肽重复结构域9C) ;TUT1 (末端尿苷酰转移酶1，U6 snRNA特异性RP2 UNC-112相关蛋白质2) ;UST6 (假定USTl样有机阴离子转运蛋白；VEGFB血管内皮生长因子B) ;WDR74(WD重复结构域74);和ZBTB3含锌指和BTB结构域3，[标记10]。16.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr17,51.5-53.2 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列AKAP1(A激酶(PRKA)锚蛋白质I) ;ANKFN1 (含锚蛋白重复和纤连蛋白III型结构域I) ;C17orf67(染色体17可读框67) ；C0IL (coilin) ;DGKE (二酰甘油激酶，e 64kDa) ；MSI2 musashi同系物2 (果蝇));N0G(头蛋白);SCPEP1 (丝氨酸羧肽酶I);和TRIM25 (含三重基序25)，[标记11]。17.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr17,43. 5-44.9 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列hsa-mir_10a ;hsa-mir-196a_l ；ABI3 (ABI基因家族，成员3)；ATP5G1 (ATP合酶，H+转运，线粒体R)复合体，亚基Cl (亚基9)) ；B4GALNT2 ( ^ -I, 4-N-乙酰基-氨基半乳糖基转移酶2) ;CALC0C02(钙结合和卷曲螺旋结构域2) ;CBX1(染色盒同系物KHPl P同系物果蝇))；GIP(胃抑制性多肽)；GNGT2(鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，Y 转导活性多肽 2) ；HOXBI, 2，3，4，5，6，7，8，9，13 (同源异形盒 BI, 2，3，4，5，6，7，8，9，13)；IGF2BP1 (胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白I) ;NFE2L1(核因子(红细胞衍生的2)样I) ;NGFR(神经生长因子受体(TNFR超家族，成员16)) ;PHB(抑制素PH0SPH01磷酸酶，孤儿I) ;PRAC (小核蛋白PRAC) ;SKAPl(src激酶相关磷蛋白I) ;SNF8 (SNF8，ESCRT-II复合体亚基，同系物(酿酒酵母))；SNX11 (分类连接素11) ;TTLL6(微管蛋白酪氨酸连接酶样家族，成员6) ;UBE2Z (遍在蛋白缀合酶E2Z);和ZNF652 (锌指蛋白652)，[标记12]。18.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr2,147. 6-151. I Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列ACVR2A(激活素A受体，IIA型)；C2orf25 (染色体2可读框25)；EPC2(多梳增强子同系物2(果蝇))；KIF5C(驱动蛋白家族成员5C) ;L0C130576 (假定蛋白质L0C130576) ;LYPD6(含LY6/PLAUR结构域6) ;MBD5 (甲基-CpG结合结构域蛋白质5)；0RC4L (起源识别复合体，亚基4样(酵母))；RND3 (Rho家族GTP酶3)，[标记13]。19.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr6,123. 7-135.6 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列hsa-mir-588 ;AKAP7(A激酶(PRKA)锚蛋白质7) ;ALDH8A1 (醛脱氢酶8家族，成员Al) ;ARG1(精氨酸酶，肝)；ARHGAP18 (Rho GTP酶激活蛋白质18) ;CTGF(结缔组织生长因子；ECHDC1含烯酰辅酶A水合酶结构域I) ;ENPP1，3(核苷酸内焦磷酸酶/磷酸二酯酶1，3) ;EPB41L2(红细胞膜蛋白质带4. I样2) ;EYA4 (眼不存在的同系物4 (果蝇))；HDDC2(含HD结构域2) ;HEY2(具 有YRPW基序的多毛/分裂增强子相关的2) ;HINT3(三联组氨酸核苷酸结合蛋白3) ；KIAA1913 KIAA1913 LAMA2(层粘连蛋白，a2(分区蛋白，先天性肌营养不良))；MED23(介质复合体亚基23) ;M0XD1 (单氧合酶，DBH样I) ；MYB v-myb成髓细胞瘤病毒癌基因同系物(禽的))；NC0A7(核受体辅激活物7) ;NKAIN2 (Na+/K+转运ATP酶相互作用的2) ;0R2A4(嗅觉感受器，家族2，亚家族A，成员4) ;PTPRK(蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体型，K ； RNF146环指蛋白146) ;RNF217(环指蛋白217) ;RPS12(核糖体蛋白质S12) ;SAMD3(含不育a基序结构域3) ;SGK(血清/糖皮质激素调节的激酶)；SLC2A12(溶质载体家族2(促进的葡萄糖转运蛋白)，成员12 ;STX7突触融合蛋白7)；TAAR1，2，5，6，8，9(痕量胺相关的受体 1,2, 5,6,8,9) ;TBPLI (TBP 样 I) ;TCF21(转录因子·21) ;TPD52L1 (肿瘤蛋白质D52样I) ;TRDN(三联蛋白；TRMT11 tRNA甲基转移酶11同系物(酿酒酵母));和 VNNl, 2，3 (vanin I, 2，3)，[标记 14]。20.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr8,6.9-8. 8 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列CLDN23(claudin 23) ;DEFA5(防御素，a 5，Paneth细胞特异性的)；DEFBlO3B(防御素，^ 103B) ;DEFB104A(防御素，^ 104A) ;DEFB104B(防御素，^ 104B)；DEFBlO5B(防御素，^ 105B) ;DEFB106A(防御素，^ 106A) ;DEFB106B(防御素，^ 106B)；DEFB107A (防御素，P 107A) ;DEFB107B (防御素，^ 107B) ;DEFB4(防御素，^ 4) ；MFHASI (恶性纤维组织细胞瘤扩增的序列I) ;PRAGMIN(Rnd2的大鼠pragma的同系物)；SPAG11A(精子相关抗原11A);和SPAGl IB (精子相关抗原11B)，[标记15]。21.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr2,159. 9-161.4 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列BAZ2B (与锌指结构域相邻的溴结构域，2B) ;CD302(CD302分子)；ITGB6(整联蛋白，￠6) ;LY75(淋巴细胞抗原75) ;MARCH7 (膜相关的环指(C3HC4) 7)；PLA2R1 (磷脂酶A2受体1，180kDa);和RBMSl (RNA结合基序，单链相互作用蛋白质I)，[标记 16]。22.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr2，200. 9-204. 2 Mb,并且包括编码下述的核苷酸序列ABI2 (abl相互作用物2) ；ALS2 (肌萎缩侧索硬化2 (青少年的))；八1^20 2、4、7、8、11、12、13(肌萎缩侧索硬化2(青少年的)染色体区域，候选物2、4、7、8、·11、12、13) ;A0X1 (醛氧化酶I) ;BMPR2(骨形态生成蛋白受体，II型(丝氨酸/苏氨酸激酶))；BZffl (碱性亮氨酸拉链和W2结构域I) ；CASP10 (半胱天冬酶10，细胞凋亡相关半胱氨酸肽酶);CASP8 (半胱天冬酶8，细胞凋亡相关半胱氨酸肽酶);CFLAR (CASP8和FADD样细胞凋亡调节物)；CLK1 (⑶C样激酶I) ；CYP20A1 (细胞色素P450，家族20，亚家族A，多肽I) ;FAM126B (具有相邻相似性的家族126，成员B) ；FZD7 (frizzled同系物7(果蝇)ICAlL岛细胞自身抗原l，69kDa样)；KCTD18 (含钾通道四聚体化结构域18) ;L0C26010(病毒DNA聚合酶反式激活蛋白质6) ;MPP4(膜蛋白质，棕榈酰化的4(MAGUK p55亚家族成员·4);NBEAL1 (neurobeachin 样 I) ；NDUFB3 (NADH 脱氧酶(泛醒)I P 亚复合体，3,12kDa)；NIF3L1 (NIF3 NGGl相互作用因子3样I (栗酒裂殖酵母))；N0P5/N0P58 (核仁蛋白质N0P5/N0P58) ;0RC2L (起源识别复合体，亚基2样(酵母))；PPIL3 (肽基脯氨酰异构酶(亲环素)样3) ;RAPHl(Ras相关(Ral⑶S/AF-6)和普列克底物蛋白同源结构域I) ；SG0L2 (shugoshin样2 (栗酒裂殖酵母))；SUMOI (mif 二 3同系物的SMT3抑制因子I (酿酒酵母))；TRAK2 (运输蛋白质，驱动蛋白结合的2) JPWDR12(WD重复结构域12)，[标记17]。23.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr6,36.3-36.7 Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列BRPF3(含溴结构域和PHD指，3) ;DKFZp779B1540 (假定蛋白质DKFZp779B1540) ；ETV7 (ets变体基因7 (TEL2癌基因))；KCTD20 (含钾通道四聚体化结构域.20 ；PNPLA1含patatin样磷脂酶结构域I) ；PXT1 (过氧化物酶体的，睾丸特异性的I ;SFRS3剪接因子，富含精氨酸/丝氨酸3);和STK38 (丝氨酸/苏氨酸激酶38)，[标记18]。24.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr2，205. 9-208. I Mb，并 且包括编码下述的核苷酸序列ADAM23(ADAM金属肽酶结构域23) ;CP0(羧肽酶0)；DYTN(dystrotelin) ;EEF1B2 (真核翻译延长因子 I ^ 2) ；FASTKD2 FAST 激酶结构域 2)；FLJ20309 (假定蛋白质FLJ20309) ；GPR1 (G蛋白偶联受体I) ；KLF7 (Kruppel样因子7 (遍在的))；MDH1B(苹果酸脱氢酶1B，NAD(可溶的))；NDUFS1 (NADH脱氢酶(泛醌)Fe_S蛋白质l，75kDa(NADH-辅酶Q还原酶))；NRP2神经纤毛蛋白2) ;PARD3B(par_3分配缺陷的3同系物 B (秀丽隐杆线虫))；ZDBF2 (锌指，含 DBF 型 2));和 hCG_1657980 (hCG1657980)，[标记19]。25.权利要求4的方法，其中所述癌症后果标记是Chr1,109. 5-111. I Mb，并且包括编码下述的核苷酸序列hsa-mir-197 ;AHCYL1 (S-腺苷高半胱氨酸水解酶样I) ;ALX3 (无芒样同源异形盒3) ;AMIG01 (具有Ig样结构域的粘附分子I) ;AMPD2(腺苷一磷酸脱氨酶2 (同种型L)) ；ATXN7L2 (ataxin 7样2) ；CELSR2 (钙粘蛋白，EGF LAG七次跨膜G型受体2 (flamingo同系物，果蝇))；CSF1 (集落刺激因子I (巨噬细胞))；CYB561D1 (含细胞色素b-561结构域I) ；EPS8L3 (EPS8样3) ;FAM40A (具有序列相似性的家族40，成员A)；GNAI3(鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，a抑制活性多肽3) ;GNAT2 (鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，a转导活性多肽2) ;GPR61(G蛋白偶联受体61) ;GSTM1，M2，M3，M4，M5 (谷胱甘肽S转移酶Ml，M2(肌肉)，M3(脑)，M4，M5) ；HBXIP(乙型肝炎病毒x相互作用蛋白质)；KCNA2, 3, 4, 10(钾电压门控通道，shaker-相关亚家族，成员2，3，4，10) ；KIAA1324(KIAA1324) ;MYBPHL(肌球蛋白结合蛋白H样)；PR0K1 (前动力蛋白I) ;PSMA5(蛋白酶体(蛋白酶体，巨蛋白因子)亚基，a型，5) ;PSRC1 (富含脯氨酸/丝氨酸的卷曲螺旋I)；RBM15(RNA结合基序蛋白质15) ;SARS (丝氨酰-tRNA合成酶)；SLC16A4 (溶质载体家族16，成员4 ( 一元羧酸转运蛋白5)) ;SLC6A17(溶质载体家族6，成员17) ；S0RT1 (sortilin I)；SYPL2(突触囊泡蛋白样2) ;UBL4B (遍在蛋白样4B)，[标记20]。26.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述癌症后果标记是染色体DNA的区域，其缺失产生所述癌症后果标记的拷贝数丧失，其中所述拷贝数丧失与不良疾病后果相关。27.权利要求26的方法，其中所述癌症后果标记选自Chr5,62. 9-67.8 Mb5Chr 5，.53. 3-53. 8 Mb ；Ch...
【专利技术属性】
技术研发人员：D塞米纳罗夫，卢欣，K张，RR列斯涅夫斯基，JS库恩，
申请(专利权)人：D塞米纳罗夫，卢欣，K张，RR列斯涅夫斯基，JS库恩，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。