一组评估乳腺癌风险的突变基因群及其检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一组可用于乳腺癌风险评估的突变基因群及其检测试剂盒，所述突变基因群是包含以下七条基因的突变基因的集合，所述七条基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因，所述七条基因的突变基因中总携带25个突变位点，该突变位点如表3所示。本发明专利技术还公开了一种评估乳腺癌风险的突变基因群的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括：检测本发明专利技术所述的突变基因群中的突变基因的探针或引物。本发明专利技术提供的评估乳腺癌风险的突变基因群的检测试剂盒具有检测效率高，检测速度快，检出率高等优点。

【技术实现步骤摘要】
一组评估乳腺癌风险的突变基因群及其检测试剂盒
本专利技术属于生物
，具体涉及一组评估乳腺癌风险的突变基因群及其检测试剂盒。
技术介绍
遗传性乳腺癌最常见病因是BRCA1和BRCA2基因的突变，目前已证实对突变携带者的早期诊断和预防性干预能提高乳腺癌的生存率。但BRCA1/2基因突变只能解释一小部分遗传性乳腺癌的病因，其它在乳腺癌的遗传病因中扮演重要角色的高显性基因还包括TP53、PTEN和CDH1等，另外还有很多中显性和低显性基因也能导致遗传性乳腺癌。在临床上，很多以乳腺癌为先证者的肿瘤家系中，往往合并各种不同的恶性肿瘤，而不仅仅是乳腺癌和卵巢癌。同时乳腺癌与很多其它遗传性肿瘤综合症的相关性仍不明确，在很多不以乳腺癌为主要表型的遗传性肿瘤综合症中也经常会出现乳腺癌患者(例如：MMR基因)。因此在传统的肿瘤遗传咨询中，在基因检测前先根据先证者以及家族史中肿瘤的不同类型和特征来划分不同的遗传性肿瘤综合症，然后进行相关基因的突变检测以明确病因。这种方法便于确定高危人群，明确易感基因，提高了检测效率，但同样有可能出现遗漏。目前在中国尚没有成熟的肿瘤遗传咨询系统，同时也缺少相关的系统性研究。近年来高通量测序技术的飞速发展使同时对多个特定的基因进行序列测定和突变检测成为可能，同时其成本与传统测序技术中单个基因的序列测定相当。然而，如何应用高通量测序技术进行胚系突变的检测对不同家族史中恶性肿瘤类型做出限定，特别是针对亚洲人群和中国人群中家族型乳腺癌易感基因方面的研究非常有限。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是针对目前评估乳腺癌患病风险的方法较为局限，特别是针对亚洲人群和中国人群中家族型乳腺癌易感基因突变体与乳腺癌患病风险之间关系的研究非常有限的问题，提供了一组评估乳腺癌风险的突变基因群及其检测试剂盒。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之一为：一组评估乳腺癌风险的突变基因群，所述突变基因群是包含以下七条基因的突变基因的集合，所述七条基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因。本专利技术所述突变基因群是由携带突变位点的基因组成。其中所述突变位点为本领域常规的突变位点，较佳地包括indel突变位点(插入或缺失引起的序列改变insertionordeletion，indel)、无义突变位点、拼接区突变位点或错义突变位点，更佳地本专利技术所述七条基因的突变基因中总携带25个突变位点，该突变位点如表3所示。上述突变位点可以用本领域常规的测序方法检测，所述测序方法较佳地为一代测序方法或二代测序方法，优选地为二代测序方法。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之二为：一组评估乳腺癌风险的突变基因群，所述突变基因群是包含以下二十二条基因的突变基因的集合，所述二十二条基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因、CDH1基因、PALB2基因、FANCD2基因、FANCI基因、SLX4基因、RAD51C基因、RAD50基因、CDKN2A基因、CYP17A1基因、RGSL1基因、FGFR3基因、WRN基因、UGT1A4基因、TNFRSF13B基因、MUTYH基因和SPINK1基因。较佳地，所述二十二条基因的突变基因中总携带41个突变位点，该突变位点如表4所示。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之三为：一种乳腺癌突变基因，所述乳腺癌突变基因的核苷酸序列是表5所示的22个携带突变位点的基因中的任意一个。本专利技术所述乳腺癌突变基因是指携带有突变位点的基因，所述携带突变位点的突变基因如表5所示。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之四为：一种评估乳腺癌风险的突变基因群的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括：检测如本专利技术所述的突变基因群中的突变基因的探针以及用于二代测序的试剂。本专利技术提供一组检测本专利技术所述突变基因群的探针，所述探针是包含能够与本专利技术所述突变基因群中的全部突变基因发生杂交反应的探针的集合。利用本专利技术提供的探针，结合二代测序技术，能够检测本专利技术所述突变基因群中的全部突变基因。本专利技术所述的探针为本领域常规的探针，所述探针较佳地为带有示踪物(或标记物)的寡聚核苷酸片段，只要该探针能与本专利技术所述的突变基因群中的突变基因杂交即可。本专利技术所述探针的制备方法为本领域常规制备方法，所述探针的制备方法较佳地包括：采用DNA合成仪人工合成，合成后经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)或其他适宜方法纯化即得。本专利技术所述探针的设计方法优选地为：选取待测基因的外显子编码区以及侧翼的部分内含子区域，利用AgilentSureselectXTCustomKit(700Kb-34Mb)设计探针。其中所述用于二代测序的试剂为本领域常规使用的试剂，只要能够满足对所得序列进行二代测序的要求即可。所述试剂制备方法为本领域常规制备方法，较佳地为市售可得。本专利技术所述的检测试剂盒更佳地还包括将从检测对象中提取的基因组DNA制成可供测序使用的文库的试剂。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之五为：一种评估乳腺癌风险的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括：扩增本专利技术所述的突变基因群中突变基因的引物，所述引物的核苷酸序列如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:96所示。为解决上述技术问题，本专利技术采取的技术方案之六为：一种评估乳腺癌风险的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括：扩增本专利技术所述的突变基因群中突变基因的引物，所述引物的核苷酸序列如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:152所示。本专利技术提供一组检测本专利技术所述突变基因群的引物，所述引物是能够扩增出本专利技术所述突变基因群中的全部突变基因的引物的集合。利用本专利技术提供的引物，结合一代测序技术，能够检测本专利技术所述的突变基因群中的全部基因突变。本专利技术所述引物只要能与本专利技术所述突变基因群中的突变基因部分序列互补，并扩增出本专利技术所述突变基因群中的突变基因即可，本专利技术所述引物的序列较佳地为：如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:152所示。本专利技术所述引物的制备方法为本领域常规的制备方法，较佳地为人工合成全序列。本专利技术所述检测试剂盒较佳地还包括：dNTP溶液，DNA聚合酶，用于核酸分离或纯化的试剂，阳性对照或阴性对照。本专利技术所述的用于核酸分离或纯化的试剂更佳地为抽提所述检测对象中的基因组DNA的试剂，所述试剂较佳地包括：蛋白酶、饱和酚、氯仿：异戊醇(24：1)、醋酸钠、无水乙醇、70％乙醇、TE溶液等，优选地利用Qiagen公司生产的DNA抽提试剂盒来提取血浆中的DNA以及其它任何可以用于进行DNA提取的试剂或容器。本专利技术所述的阳性对照为本领域常规的阳性对照，较佳地为包含本专利技术所述突变基因群中突变基因序列的基因组DNA储备液或包含相应突变基因群中突变基因序列的质粒作为阳性对照。本专利技术所述的阴性对照为本领域常规的阴性对照，较佳地为源于健康人经确认不包含突变基因序列的野生型基因组DNA序列储存液。本专利技术所述的检测试剂盒，更佳地还包括从检测对象或肿瘤患者体内提取组织或血液的器械，所述器械较佳地包括：任何能用于取血的釆血针、注射器等。本专利技术所述的检测样本较佳地为来自检测对象的组织，只要能从检测样本中抽提检测对象的基因本文档来自技高网...

【技术保护点】
一组评估乳腺癌风险的突变基因群，其特征在于，所述突变基因群是包含以下七条基因的突变基因的集合，所述七条基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因。

【技术特征摘要】
1.一组评估乳腺癌风险的突变基因群，其特征在于，所述突变基因群是包含以下二十二条基因的突变基因的集合，所述二十二条基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因、CDH1基因、PALB2基因、FANCD2基因、FANCI基因、SLX4基因、RAD51C基因、RAD50基因、CDKN2A基因、CYP17A1基因、RGSL1基因、FGFR3基因、WRN基因、UGT1A4基因、TNFRSF13B基因、MUTYH基因和SPINK1基因，所述二十二条基因的突变基因中总携带41个突变位点，该突变位点...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡震，杨晓晨，吴炅，邵志敏，
申请(专利权)人：复旦大学附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：上海;31