用于检测单核苷酸多态性的试剂盒和方法技术

本发明专利技术涉及用于检测单核苷酸多态性的试剂盒和方法，更特别地，涉及通过使用等位基因特异性双向引物延伸方法检测单核苷酸多态性的试剂盒和方法。

Kit and method for detecting single nucleotide polymorphisms

The present invention relates to a kit and method for detecting single nucleotide polymorphisms, and more specifically, to a kit and method for detecting single nucleotide polymorphisms by using a allele specific bidirectional primer extension method.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测单核苷酸多态性的试剂盒和方法
本专利技术涉及用于检测DNA的试剂盒和方法，更具体地涉及用于检测单核苷酸多态性的试剂盒和方法。
技术介绍
由于完成了人类基因组(genome)图，已经提出可以更广泛地实现疾病的预测，疾病的诊断和预后以及对药物响应的预测。近年来，已经揭示了多种基因的功能。由于已经鉴定了多种基因的功能，所以例如可以通过分析人体中某基因的突变来预测发生疾病的风险程度，由此可以预先预防疾病。此外，通过对在活生物体中造成感染的感染原(例如病毒)的基因突变分析，可以分析对某治疗药物具有抗性的病毒。通过上述基因型分析，可以预测感染原对特定治疗药物的响应，例如抗性响应，由此可以开发针对个体患者的个性化治疗方法。当将新的PCR技术应用于作为这样的个性化医疗和伴随诊断之核心技术的单核苷酸多态性(SNP；singlenucleotidepolymorphism)分析以分析SNP时，可以解决例如在根据患者的基因型的个性化医疗和用于确定药物效力的伴随诊断中现有PCR和NGS(下一代测序(NextGenerationSequencing))的局限性、对昂贵分析系统的需求以及在分析之前消耗大量时间的问题。特别地，现有的PCR(例如基于AS-PCR)等具有诸如难以分析杂合(heterotype)点突变的局限性，而使用TaqMan探针等的实时PCR具有由于光源和荧光物质的局限性而使得分析通道(channel)受限并且难以开发即时检验(point-of-care-testing，POCT)装置的缺点。下一代测序(NGS)需要高分析成本、昂贵的系统和复杂的过程，耗时而且还不能应用于POCT。
技术实现思路
技术课题为了解决包括上述问题在内的多种问题而完成了本专利技术，本专利技术的目的在于提供用于检测单核苷酸多态性的新试剂盒和方法，其易于开发成为即时检验(POCT)装置。然而，应该理解的是，该目的仅仅是说明性的，并且本专利技术的范围不限于上述目的。解决课题的手段根据本专利技术的一个方面，提供了用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)单核苷酸多态性特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的等位基因有特异性的核苷酸；ii)用于扩增所述靶核酸的反向引物；以及iii)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、单核苷酸多态性特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及标签寡核苷酸。根据本专利技术的另一方面，提供了用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)单核苷酸多态性第一等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第一等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第一等位基因有特异性的核苷酸；ii)单核苷酸多态性第二等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第二等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第二等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；以及iv)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、单核苷酸多态性第一等位基因特异性正向引物、单核苷酸多态性第二等位基因特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及包含a)所述第一标签寡核苷酸和b)所述第二标签寡核苷酸中的任一者的标签寡核苷酸。根据本专利技术的又一方面，提供了用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)野生型等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及野生型等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的野生型等位基因有特异性的核苷酸；ii)突变体等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及突变体等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的突变体等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；iv)第一延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、野生型等位基因特异性正向引物、突变体等位基因特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的第一延伸多核苷酸；以及第一标签寡核苷酸；以及v)第二延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、野生型等位基因特异性正向引物、突变体等位基因特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的第二延伸多核苷酸，所述第二延伸多核苷酸的长度在凝胶电泳中与所述第一延伸多核苷酸的长度可区分；以及第二标签寡核苷酸。根据本专利技术的又一方面，提供了用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)野生型等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及野生型等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的野生型等位基因有特异性的核苷酸；ii)突变体等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及突变体等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的突变体等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；iv)第一延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、野生型等位基因特异性正向引物、突变体等位基因特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的第一延伸多核苷酸；以及第一标签寡核苷酸；v)第二延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、野生型等位基因特异性正向引物、突变体等位基因特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的第二延伸多核苷酸，所述第二延伸多核苷酸的长度在凝胶电泳中与所述第一延伸多核苷酸的长度可区分；以及第二标签寡核苷酸；以及vi)包含来自所述第一延伸多核苷酸和所述第二延伸多核苷酸的共有序列的延伸产物-扩增正向引物。根据本专利技术的又一个方面，提供了检测单核苷酸多态性的方法，其包括：i)向包含待扩增的靶核酸样品、dNTP混合物、热稳定的DNA聚合酶和反应缓冲液的反应溶液中添加以下：a)单核苷酸多态性特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的等位基因有特异性的核苷酸；b)用于扩增所述靶核酸的反向引物；c)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、单核苷酸多态性特异性正向引物和反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及标签寡核苷酸；以及d)包含选自所述延伸多核苷酸的核酸序列的延伸产物-扩增正向引物；以及ii)进行PCR。根据本专利技术的又一个方面，提供了检测单核苷酸多态性的方法，其包括：i)向包含待扩增的靶核酸样品、dNTP混合物、热稳定的DNA聚合酶本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)单核苷酸多态性特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的等位基因有特异性的核苷酸；ii)用于扩增所述靶核酸的反向引物；以及iii)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述单核苷酸多态性特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及所述标签寡核苷酸。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)单核苷酸多态性特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的等位基因有特异性的核苷酸；ii)用于扩增所述靶核酸的反向引物；以及iii)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述单核苷酸多态性特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及所述标签寡核苷酸。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其还包含iv)包含选自所述延伸多核苷酸的核酸序列的延伸产物-扩增正向引物。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述单核苷酸多态性是野生型或突变体。4.用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)单核苷酸多态性第一等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第一等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第一等位基因有特异性的核苷酸；ii)单核苷酸多态性第二等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和所述第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第二等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第二等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；以及iv)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述单核苷酸多态性第一等位基因特异性正向引物、所述单核苷酸多态性第二等位基因特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及包含a)所述第一标签寡核苷酸和b)所述第二标签寡核苷酸中的任一者的标签寡核苷酸。5.根据权利要求3所述的试剂盒，其还包含含有选自所述延伸多核苷酸的核酸序列的延伸产物-扩增正向引物。6.根据权利要求4所述的试剂盒，其中所述第一等位基因是野生型，并且所述第二等位基因是突变体。7.用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)野生型等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及野生型等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的野生型等位基因有特异性的核苷酸；ii)突变体等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和所述第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及突变体等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的突变体等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；iv)第一延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述野生型等位基因特异性正向引物、所述突变体等位基因特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的第一延伸多核苷酸；以及所述第一标签寡核苷酸；以及v)第二延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述野生型等位基因特异性正向引物、所述突变体等位基因特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的第二延伸多核苷酸，所述第二延伸多核苷酸的长度在凝胶电泳中与所述第一延伸多核苷酸的长度可区分；以及所述第二标签寡核苷酸。8.根据权利要求7所述的试剂盒，其还包含：vi)包含选自所述第一延伸多核苷酸的核酸序列的第一延伸产物-扩增正向引物；以及vii)包含选自所述第二延伸多核苷酸的核酸序列的第二延伸产物-扩增正向引物。9.用于检测单核苷酸多态性的试剂盒，其包含：i)野生型等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及野生型等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的野生型等位基因有特异性的核苷酸；ii)突变体等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和所述第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及突变体等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的突变体等位基因有特异性的核苷酸；iii)用于扩增所述靶核酸的通用反向引物；iv)第一延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述野生型等位基因特异性正向引物、所述突变体等位基因特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的第一延伸多核苷酸；以及所述第一标签寡核苷酸；v)第二延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述野生型等位基因特异性正向引物、所述突变体等位基因特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的第二延伸多核苷酸，所述第二延伸多核苷酸的长度在凝胶电泳中与所述第一延伸多核苷酸的长度可区分；以及所述第二标签寡核苷酸；以及vi)包含来自所述第一延伸多核苷酸和所述第二延伸多核苷酸的共有序列的延伸产物-扩增正向引物。10.根据权利要求1至9中任一项所述的试剂盒，其还包含反应缓冲液、dNTP混合物和热稳定的DNA聚合酶。11.检测单核苷酸多态性的方法，其包括：i)向包含待扩增的靶核酸样品、dNTP混合物、热稳定的DNA聚合酶和反应缓冲液的反应溶液中添加以下：a)单核苷酸多态性特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的等位基因有特异性的核苷酸；b)用于扩增所述靶核酸的反向引物；c)延伸引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸、所述单核苷酸多态性特异性正向引物和所述反向引物中的任一个杂交的延伸多核苷酸；以及标签寡核苷酸；以及d)包含选自所述延伸多核苷酸的核酸序列的延伸产物-扩增正向引物；以及ii)进行PCR。12.检测单核苷酸多态性的方法，其包括：i)向包含待扩增的靶核酸样品、dNTP混合物、热稳定的DNA聚合酶和反应缓冲液的反应溶液中添加以下：a)单核苷酸多态性第一等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与靶核酸杂交的5'端第一标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第一等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第一等位基因有特异性的核苷酸；b)单核苷酸多态性第二等位基因特异性正向引物，其包含：在PCR条件下不与所述靶核酸和所述第一标签寡核苷酸杂交的5'端第二标签寡核苷酸；以及单核苷酸多态性第二等位基因特异性寡核苷酸，其能够与所述靶核酸特异性杂交，并且在其3'端具有对于所述单核苷酸多态性的所述第二等位基因有特异性的...

【专利技术属性】
技术研发人员：李哉勋，
申请(专利权)人：海姆生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：韩国,KR