一种日本囊对虾G642A单核苷酸多态性位点的筛选及检测方法技术

一种日本囊对虾G642A单核苷酸多态性位点的筛选及检测方法，涉及日本囊对虾。采用PAMSA方法设计特异性引物，可方便、快捷通过聚丙酰胺凝胶电泳进行日本囊对虾单核苷酸多态性标记验证及基因分型，并具有筛选检测费用低、操作简便快速等优点，有利于日本囊对虾系谱鉴定、遗传连锁图谱构建等研究开展。可在没有已知的日本囊对虾基因组DNA单核苷酸多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，利用生物信息学分析筛选G642A单核苷酸多态性位点；并采用PAMSA方法设计特异性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成日本囊对虾G642A单核苷酸多态性检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种日本囊对虾G642A单核苷酸多态性位点的筛选及检测方法，其特征在于包括以下步骤：1)提取20个日本囊对虾个体的肝胰腺总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接日本囊对虾肝胰腺参考转录本，比对定位测序读端到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选比对质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上、次要等位基因频率高于20％的位点为候选序列；2)其候选comp11169的基因序列为：GATGTCGTATTAATGTCTTTATCCAATTAAAAAATCATCATTTATAATTCTAAGCATCTGACGACTATAATATGTAGGTATAACATTGTACTTATACATGGAGAGTCGA...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：钟声平，毛勇，王军，苏永全，
申请(专利权)人：厦门大学，
类型：发明
国别省市：福建;35