一种基于SNP标记的黄瓜品种鉴定方法技术

技术编号:11906740 阅读:126 留言:0更新日期:2015-08-19 20:03
本发明专利技术公开了一种基于单核苷酸多态性标记的黄瓜品种鉴定的方法。该方法是利用焦磷酸测序技术对黄瓜的12个单核苷酸多态性标记进行分型分析,以达到对黄瓜品种进行真实性鉴定的结果。本发明专利技术的检测方法在5h之内即可完成黄瓜品种真实性鉴定工作,具有稳定、高通量、精准的等特点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于农业的蔬菜育种与应用
,具体涉及黄瓜品种真实性鉴定的检 测方法,是一种利用焦磷酸测序技术对黄瓜的12个SNP位点进行分型分析的方法。
技术介绍
黄瓜是人民日常生活中十大蔬菜品种之一,因其独特的风味和口感深受广大消费 者喜爱,产品销售时间长,品种种植地域广。我国黄瓜种业一直领先世界,特别是天津科润 黄瓜研究所培育的"津优"、"津美"号等黄瓜品种是天津市支柱型种子品牌,远销30个省、 市、自治区,已覆盖全国黄瓜露地栽培面积的60%以上,在市场占有率明显高于先正达等国 际种子公司。 伴随着我国黄瓜种业的优势发展,市场上出现了一些套牌品种,以次充好,影响了 种植户的产量和收入;甚至人非法盗取育种材料进行繁种,严重影响了我国育种单位的利 益及我国黄瓜种业的健康发展,因此,亟需建立一种精准、高通量、高自动化的黄瓜种子品 种鉴定和纯度检测技术体系,服务于种子执法单位的监管检测及育种单位种子质量内部控 制,而其中,多态性强、密度高、遗传稳定的分子标记指纹图谱的构建及配套高通量、高自动 化的检测模式是检测技术体系的关键。常规的标记技术如形态特征标记、同工酶标记、RAPD 标记、SSR标记等技术具有标记密度不足、操作复杂、不能自动化分析差等缺点,不能满足市 场的要求。 本专利立足我国黄瓜育种产业发展,结合生物信息学分析和分子生物学实验技 术,筛选、确认黄瓜SNP位点,确定黄瓜品种鉴定核心SNP位点,建立精确、快速、高通量和高 度自动化的基于SNP标记的黄瓜品种鉴定技术体系奠定基础,为保护我国黄瓜育种单位产 权利益,维护我国黄瓜育种产业健康、快速发展提供技术支撑,对规范、监管种子市场、保护 种植户的产量和收入具有重要的现实意义。
技术实现思路
本专利技术的目的在于公开了一种基于SNP标记的黄瓜品种真实性鉴定方法,为实现 上述目的,本专利技术提供如下的技术方案:用于黄瓜品种真实性鉴定的12个SNP位点,以及用于检测该12个位点的12套引 物,其特征在于:【主权项】注;"Biotin-"代表该引物在5'端加上生物素标记修饰。2. -种采用权利要求1所述的12套特异性引物,使用PCR-焦磯酸测序方法,鉴定黄瓜 品种真实性的方法,其特征在于包括如下步骤: (1) 采用权利要求1中所述的12套引物中的PCR引物(-F和-R)及GoTaq⑩Master Mix,分别加入供试品种和对照品种的DM模板进行PCR扩增;其中的PCR扩增反应体系为: 总体积为 5〇yL,其中;2xG〇Taq?Mas化r Mix25|_山,lOymol/L引物各lyL,DNA模板 2yL,用灭菌去离子水补齐至50yL;反应程序为;95°C预变性lOmin,94°C变性30S,5(TC退 火30S,72°C延伸45S,循环50次,最后72°C延伸7min,4°C保存; (2) 采用权利要求1所述的焦磯酸测序特异性引物(-S),分别对供试品种和对照品种 的PCR扩增产物进行焦磯酸测序分析;50yLPCR产物中加入47yLBindingbuffer和 3]iLSe地arosebeads, 1300巧m润旋混匀 15min,经Vacuumpr巧workstation单链分离, 释放到预先加入38. 8yLAnnealingbuffer和1. 2yL测序引物的PSQ96测序反应板中, 8(TC金属加热块上放置2min后冷却至室温;将酶、底物和A、T、C、G成分加入试剂仓,即可 上机测序。 (3) 测序时间8~lOmin,测序结束后使用"SNP"模式对12个黄瓜SNP位点进行分型分 析,比较供试品种和对照品种在12个SNP位点上的分型情况,全部相同为同一品种,否则, 为不同品种。【专利摘要】本专利技术公开了一种基于单核苷酸多态性标记的黄瓜品种鉴定的方法。该方法是利用焦磷酸测序技术对黄瓜的12个单核苷酸多态性标记进行分型分析,以达到对黄瓜品种进行真实性鉴定的结果。本专利技术的检测方法在5h之内即可完成黄瓜品种真实性鉴定工作,具有稳定、高通量、精准的等特点。【IPC分类】C12N15-11, C12Q1-68【公开号】CN104846062【申请号】CN201410052299【专利技术人】兰青阔, 王永, 赵新, 李欧静, 朱珠, 陈锐 【申请人】天津市农业质量标准与检测技术研究所【公开日】2015年8月19日【申请日】2014年2月17日本文档来自技高网
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【技术保护点】
用于黄瓜品种真实性鉴定的12个单核苷酸多态性位点,以及用于检测该12个位点的12套PCR‑焦磷酸测序检测引物,其特征在于: 注:“Biotin‑”代表该引物在5’端加上生物素标记修饰。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:兰青阔王永赵新李欧静朱珠陈锐
申请(专利权)人:天津市农业质量标准与检测技术研究所
类型:发明
国别省市:天津;12

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