检测癌症疗法耐药性的方法技术

本发明专利技术描述了BIM(BCL2L11)基因的多态性变体，其以5′至3′顺序包含SEQ?ID?NO:5中所示的核苷酸序列和紧接的SEQ?ID?NO:7中所示的核苷酸序列。这种BIM多态性变体可以用缺少SEQ?ID?NO:6中所示的核苷酸序列表征。它可以用来在包含这种多态性的个体中检测慢性髓性白血病的BCR-ABL非依赖性TKI耐药(酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性)、胃肠道间质肿瘤(GIST)的c-KIT/PDGFR非依赖性TKI耐药、非小细胞肺癌(NSCLC)的EGFR非依赖性TKI耐药或骨髓增生病的JAK2非依赖性TKI耐药。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及医药、细胞生物学、分子生物学和遗传学领域。
技术介绍
慢性髓性白血病(CML)是造血干细胞癌症，并且因称作BCR-ABL的致癌融合基因的存在而引起，所述致癌融合基因存在于全部CML患者中。BCR-ABL编码组成型活性酪氨酸激酶，所述酪氨酸激酶介导与其正常对应物相比时增加的CML细胞存活和增殖。CML的有效治疗以一类抑制BCR-ABL激酶活性的药物形式存在，它们常被称作酪氨酸激酶抑制剂(TKI)。然而，小比例的患者将显示针对TKI的原发耐药性并且无反应，而其他患者将具有初始反应，但是随时间推移，形成对这些药物的继发耐药性(一个经常与转变成原始细胞危象(BC) CML相关的事件)和存活较短。在约60%存在TKI耐药的患者中(参考文献Al)，发现BCR-ABL激酶活性通过BCR-ABL基因中致使TKI与BCR-ABL结合能力降低的突变或通过‘野生型’ BCR-ABL基因或蛋白的扩增和过量表达而再激活。在剩余40%的患者中，TKI耐药的原因未知。发现在BCR-AB再激活不存在情况下介导TKI耐药的机制(也称作BCR-ABL非依赖性TKI耐药)对于确定克服TKI耐药的策略和更好的管理CML患者至关重要。因此，采用BCR-ABL抑制剂的疗法已经在大多数慢性期慢性髓性白血病(CML)患中取得很高的病情控制率。然而，仍有很大比例的患者不能获得最佳反应1并且几乎全部患有晚期疾病的患者死于其疾病2。利用临床推动的风险评分评估患者的临床结果的尝试取得的成功有限3Λ这部分归因于这类评分不考虑促成临床结果的疾病的分子特征或患者特异性遗传因素。实际上，对预测慢性期CML的反应的宿主遗传因素几乎一无所知5_7。因此，当前在临床上推荐用相同初始剂量的伊马替尼治疗全部患者，以常规时间间距监测基准临床反应。这些包括外周血计数的标准化和三个月至六个月的间隔下细胞遗传学和分子反应的程度5。仅未能达到基准时才改变疗法。作为决策方向，选项包括增加伊马替尼剂量、转向更强力的酪氨酸激酶抑制剂，以及准备好大剂量化疗和移植。理想地，将可能根据白血病和患者两者来调整疗法，从而实现最快的反应并避免出现耐药性或病情发展。出于这些原因，需要用于预测反应和指导治疗的可靠标记。最近的工作依赖基于阵列的表达概况分析，以深入了解与ML中耐药性和病情发展相关的遗传因素8。然而，这类方法受限于它们的内在偏差以及不能确定促成这些表达谱的基础性遗传事件。专利技术概沭根据本专利技术的第一方`面，提供一种预测可能患有或患有癌症或骨髓增生病的个体是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性的方法。该方法可以包括确定该个体是否具有BIM(BCL2L11)基因的多态性变体。所述多态性变体或多态性可以按5'至3'顺序包含SEQ ID NO:5中所述的核苷酸序列和紧接的SEQ ID N0:7中所述的核苷酸序列。BM(BCL2L11)基因的多态性变体可以缺少SEQ ID NO:6中所述的核苷酸序列。该方法可以包括检测包含SEQ ID NO:1中所述序列的核酸扩增产物的存在，所述扩增产物作为该个体具有这种BM(BCL2L11)基因多态性变体的指示物。可选地或额外地，该方法可以包括检测包含SEQ ID NO: 2中所述序列的核酸扩增产物的存在，所述扩增产物作为该个体缺少这种BIM(BCL2L11)基因多态性变体的指示物。该方法可以包括核酸扩增。该方法可以利用如SEQ ID N0:3中所述的核苷酸序列。它可以利用SEQ ID N0:4中所述的核苷酸序列。它可以利用这类序列的组合。可以作为引物集合而包含在该组合中。该方法可以是这样的，当确定该个体具有BM(BCL2L11)基因的多态性变体时，所述个体可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性。可选地或额外地，该方法可以是这样的，当确定该个体不具有BIM(BCL2L11)基因的多态性变体时，所述个体较不可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性。根据本专利技术的第二方面，提供一种为患有癌症或骨髓增生病的个体选择疗法的方法。该方法可以包括通过上述方法确定患者是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性。该方法可以是这样的，从而在确定该个体可能形成这类耐药性的情况下，选择疗法。该疗法可以包括更频繁地监测患者。该疗法可以包括更频繁的血液检查。该疗法可以包括更频繁的骨髓检查。该疗法可以包括骨髓移植。该疗法可以包括施用更有力的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)。所述酪氨酸激酶抑制剂可以包括尼洛替尼或达沙替尼，或这两者。该疗法可以包括施用BH3-模拟物`。所述BH3-模拟物可以包括ABT-263。所述BH3-模拟物可以与TKI组合施用。该疗法可以包括增加酪氨酸激酶抑制剂的剂量。所述酪氨酸激酶抑制剂可以包括伊马替尼。所述剂量可以增加超过400mg/日的标准剂量至600mg/日或SOOmg/日。所述疗法可以包括用抑制BCL2组蛋白质的促存活作用的药物治疗。根据本专利技术的第三方面，提供一种确定特定疗法在患有癌症或骨髓增生病的个体上取得成功的可能性的方法。这种方法可以包括将所述疗法与由上述方法确定的疗法比较。癌症或骨髓增生病可以包括慢性髓性白血病(CML)。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括BCR-ABL非依赖性TKI耐药性。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括酪氨酸激酶抑制剂耐药性。这种酪氨酸激酶抑制剂可以包括伊马替尼。癌症或骨髓增生病可以包括胃肠道间质肿瘤(GIST)。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括c-KIT/PDGFR非依赖性TKI耐药。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括伊马替尼耐药性。癌症或骨髓增生病可以包括非小细胞肺癌(NSCLC)。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括EGFR非依赖性TKI耐药。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括针对厄洛替尼、吉非替尼、舒尼替尼、尼洛替尼和索拉非尼中任一种或多种或其组合的耐药性。癌症或骨髓增生病可以包括如选自真性红细胞增多症(polycythaemia vera)、原发性血小板增多症(essential thrombocythaemia)和原发性骨髓纤维化(primarymyelofibrosis)的骨髓增生病。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括JAK2非依赖性TKI耐药。酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性可以包括JAK抑制剂耐药性。癌症或骨髓增生病可以选自:血液学恶性病、慢性淋巴细胞白血病、急性淋巴母细胞白血病、急性髓样白血病、多发性骨髓瘤、骨髓增生病(包括真性红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化)、实体瘤、小细胞肺癌、乳腺癌、结直肠癌、卵巢癌、黑色素瘤和神经母细胞瘤。根据本专利技术的第四方面，提供一种BM(BCL2L11)基因的多态性变体，其以5'至3'顺序包含SEQ ID NO:5中所述的核苷酸序列和紧接的SEQ ID N0:7中所述的核苷酸序列。根据本专利技术的第五方面，提供BM(BCL2L11)基因的多态性变体，其特征在于缺少SEQ ID NO:6中所述的核苷酸序列。在第六方面，本专利技术提供SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中所述的核苷酸序列。这种核苷酸序列可以从上述的BM多态性变体获得。它可以是通过核酸扩增可获得。BIM(BCL2L11)基因的多态性变体或上述核苷酸序列可以与BCR-ABL再激活不存在的情况下酪氨酸激酶抑本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种预测易患或患有癌症或骨髓增生病的个体是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性的方法，所述方法包括确定所述个体是否具有BIM(BCL2L11)基因的多态性变体，所述多态性变体以5′至3′顺序包含SEQ?ID?NO:5中所述的核苷酸序列和紧接的SEQ?ID?NO:7中所述的核苷酸序列，优选地,其中所述BIM(BCL2L11)基因多态性变体缺少SEQ?ID?NO:6中所述的核苷酸序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.12.14 SG 201009324-31.一种预测易患或患有癌症或骨髓增生病的个体是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性的方法，所述方法包括确定所述个体是否具有BIM(BCL2L11)基因的多态性变体，所述多态性变体以5'至3'顺序包含SEQ ID NO:5中所述的核苷酸序列和紧接的SEQ IDNO: 7中所述的核苷酸序列，优选地，其中所述BM(BCL2L11)基因多态性变体缺少SEQ IDNO:6中所述的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的方法，其包括:(a)检测包含SEQID NO:1中所述序列的核酸扩增产物的存在，所述扩增产物作为所述个体具有所述BIM(BCL2L11)基因多态性变体的指示物，或(b)检测包含SEQ ID NO: 2中所述序列的核酸扩增产物的存在，所述扩增产物作为所述个体缺少所述BIM(BCL2L11)基因多态性变体的指示物。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包括使用例如(a)如SEQID NO:3中所述或(b)如SEQ ID N0:4中所述或(a)和(b)组合的核苷酸序列作为引物集合时的核酸扩增产物。4.根据权利要求1、2或3中任一项所述的方法，其中(a)如果测定所述个体具有所述BIM(BCL2L11)基因多态性变体，则所述个体可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性，或其中(b)如果测定所述个体不具有所述BIM(BCL2L11)基因多态性变体，则所述个体形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性的可能性较小。5.一种为患有癌症或骨髓增生病的个体选择疗法的方法，所述方法包括通过前述任一项权利要求所述的方法确定患者是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性，并且在确定所述个体可能形成这种耐药性的情况下，选择包括以下一种或多种的疗法: (a)更频繁地监测所述患者； (b)更频繁的血液检查和骨髓检查； (C)骨髓移植； (d)施用更强力的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)，如尼洛替尼或达沙替尼； (e)施用BH3-模拟物，例如，ABT-263，例如与TKI组合； (f)增加酪氨酸激酶抑制剂例如伊马替尼的剂量，例如超过400mg/日的标准剂量至600mg/ 日或 800mg/ 日；或 (g)用抑制BCL2组蛋白质的促存活作用的药物治疗。6.确定具体疗法在患有癌症或骨髓增生病的个体上取得成功的可能性的方法，所述方法包括将所述疗法与通过权利要求5所述的方法确定的疗法相比较。7.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中: (a)所述癌症或骨髓增生病包括慢性髓性白血病(CML)，并且其中酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性包括例如BCR-ABL非依赖性TKI耐药性，如针对酪氨酸激酶抑制剂如伊马替尼的耐药性； (b)所述癌症或骨髓增生病包括胃肠道间质肿瘤(GIST)，并且其中酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性包括例如c-KIT/PDGFR非依赖性TKI耐药性，如针对酪氨酸激酶抑制剂如伊马替尼的耐药性； (c)所述癌症或骨髓增生病包括非小细胞肺癌(NSCLC)，并且其中酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性包括例如EGFR非依赖性TKI耐...

【专利技术属性】
技术研发人员：亦军·阮，翁欣桐，吴金潘，查尔斯·顺·亨·蔡，阿克塞尔·马克西米利安·希尔默，阮文春，
申请(专利权)人：新加坡国立大学，新加坡保健服务集团有限公司，新加坡科技研究局，
类型：
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