公开了用于在单个多重反应中同时扩增基因组DNA的至少11个特定STR基因座的方法和材料，还公开了用于分析该反应产物的方法和材料。本发明专利技术包含了用于在单个多重反应中同时扩增16个特定基因座的方法和材料，包含10个AmpFISTR?SGMplus?STR基因座、Amelogenin基因座、以及5个新STR基因座，包括用于分析这些基因座的方法和材料。
【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】公开了用于在单个多重反应中同时扩增基因组DNA的至少11个特定STR基因座的方法和材料，还公开了用于分析该反应产物的方法和材料。本专利技术包含了用于在单个多重反应中同时扩增16个特定基因座的方法和材料，包含10个AmpFISTR?SGMplus?STR基因座、Amelogenin基因座、以及5个新STR基因座，包括用于分析这些基因座的方法和材料。【专利说明】用于多重扩增短串联重复基因座的方法和试剂盒本申请是国际申请日为2008年10月30日、国际申请号为PCT / US2008 /081861、进入国家阶段的申请号为200880122932.6、专利技术名称为“用于多重扩增短串联重复基因座的方法和试剂盒”的PCT申请的分案申请。与相关申请的交叉引用本申请要求根据35U.S.C.§ 119(e)的来自2008年10月30日提交的美国专利申请号60 / 983,737的优先权权益，所述申请在此通过引用并入本文。介绍本专利技术的教导一般地涉及基因组系统中遗传标记的检測。在各实施方案中，在多重反应中同时扩增多个不同的多态性遗传基因座，以确定每个基因座的等位基因。所分析的多态性遗传基因座可以是短串联重复(STR)基因座，其还可包括产生约200个碱基对或更少的扩增子的微-STR。附图简述 本领域技术人员将理解以下描述的附图仅用于解释的目的。该附图不意图以任何方式限制本专利技术教导的范围。图1是显示了通过多重扩增15个STR基因座(10个SGMohlS?基因座加上5个新基因座)和Amelogenin性别决定基因座(Amel)所产生的扩增子的相对大小范围(以碱基对为单位)的图，如实施例中所述。图2是从5-色荧光检测同时扩增SGMplllS?; STR基因座VWA (vWA)，D16S539(D16)，D2S1338, D8S1179(D8), D21S11(D21), D18S51(D18), D19S433(D19)，THOI,FGA, D3S1358(D3)、性别决定基因座Amelogenin (Amel)以及5个新STR基因座(圈出了)D10S1248 (DlO)，D22S1045(D22)，D2S441, D1S1656(D1)和 D12S391 (D12)的产物所产生的图。从人类基因组DNA样品扩增基因座，并且用ABI PRISM? 3130x1遗传分析仪进行检测，如实施例中所述。从上至下的四个图相应于6-FAM? VIC?、NED?和PET?染料标记的峰(第5种染料LIZ?用于标记大小标准品，并且未显示)。每ー图的X轴测量了扩增产物的以碱基对为单位的大小。图3是如在实施例中所使用的5种荧光染料(6-FAM?、VIC?、NED?、PET?和LIZ?)加上能用于6染料多重反应中的额外的第六种染料(SID)的发射谱图(波长的单位为 nm)。各实施方案描述在本说明书中所使用的多数词语具有本领域技术人员所理解的这些词的含义。在本说明书中明确定义的词语具有在本教导上下文中作为整体所提供的、并且如本领域技术人员所一般理解的含义。在词语或短语的本领域所理解的定义与该词语或短语的在本说明书中明确教导的定义有矛盾吋 ，以说明书为准。本文所使用的标题仅仅为了方便，并且不理解为以任何方式限制。如本文所使用的“ DNA”指如本领域所理解的以其各种形式的脱氧核糖核酸，诸如基因组DNA、cDNA、分离的核酸分子、载体DNA以及染色体DNA。“核酸”是指任何形式的DNA或RNA (核糖核酸)。如本文所使用的术语“分离的核酸分子”是指已从其自然环境中移去的核酸分子(DNA或RNA)。分尚的核酸分子的一些实例是在载体中含有的重组DNA分子、維持在异源宿主细胞中的重组DNA分子、部分或基本上纯化的核酸分子以及合成的DNA分子。“分离的”核酸可以没有这样的序列，即所述序列在该核酸衍生自其中的生物体的基因组DNA中天然地位于该核酸的侧翼(即，位于该核酸5’和3’端的序列)。此外，当通过重组技术产生吋，“分离的”核酸分子(诸如cDNA分子)可以基本上没有其它细胞材料或培养基，或当化学合成时其基本上没有化学前体或其它化学物质。“短串联重复”或“STR”基因座指含有短、重复序列元件的基因组DNA区域。所述重复的序列元件不限于但一般地为3至7个碱基对长度。每ー序列元件在STR中至少重复一次，并且在本文中称为“重复单位”。术语STR还包括这样的基因组DNA区域，即其中超过一个重复单位串联地或具有中间碱基地重复，条件是至少ー个序列串联地重复至少两次。“多态性短串联重复基因座”指这样的STR基因座，其中在基因组DNA特定区域的重复序列元件数目(以及序列净长度)在等位基因间、以及在个体与个体之间不同。如本文所使用的“等位基因梯”是指由扩增的来自基因座的等位基因组成的标准大小标记物。“等位基因”是指与DNA区段相关的遗传变异，即占据相同基因座的DNA序列的两个或多个备选形式之一。“生物化学命名法”是指如在本文所使用的标准生物化学命名法，其中核苷酸碱基命名为腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)。相应的核苷酸例如为脱氧鸟苷-5’ -三磷酸(dGTP)。“DNA多态性”是指其中DNA序列中的两种或更多种不同核苷酸序列共存于同一杂种繁殖的群体中的情况。“基因座”或“遗传基因座”是指染色体上的特定物理位置。基因座的等位基因位于同源染色体上的相同位置。“基因座特异性引物”是指与所指明的基因座的部分或其互补链特异性杂交的引物，其至少用于该基因座的ー个等位基因，并且在用于该扩增方法的条件下不与其它DNA序列有效地杂交。“聚合酶链式反应”或“PCR”是指其中使用变性、与引物退火、以及用DNA聚合酶延伸的重复循环来约106倍或更多地扩增靶DNA序列拷贝数的技术。用于扩增核酸的PCR方法由美国专利号4，683，195和4，683，202所覆盖，其在此通过引用将其全文地并入本文，用于描述该方法。用于任意PCR的反应条件包括反应的化学成分以及它们的浓度、在反应循环中使用的温度、反应的循环数以及反应循环阶段的持续时间。本文所使用的“扩増”是指用酶增加特定核苷酸序列量的方法。这ー扩增不限于但一般通过PCR完成。如本文所使用的，“变性”是指将两条互补核苷酸链从退火状态分开。可通过许多因素，诸如例如破坏碱基配对相互作用的缓冲液的离子强度、温度或化学物质来诱导变性。如本文所使用的，“退火”是指核苷酸链之间的特定相互作用，其中所述链基本上基于如通过Watson-Crick碱基配对所确定的链之间的互补性彼此结合。对于发生退火，不需要100%的互补性。如本文所使用的，“延伸”是指在引物寡核苷酸与靶核酸退火之后的扩增循环，其中聚合酶应用靶核酸作为复制模板实现引物延伸为适当大小的片段。“引物”是指单链寡核苷酸或DNA片段，其与基因座的DNA链以此种方式杂交从而使得该引物的3’端可作为应用DNA聚合酶聚合并延伸的位点。“引物对”是指两条引物，其包含在待扩增的DNA序列的一端与单链杂交的引物I，以及与该待扩增的DNA序列的互补链的另一端杂交的引物2。“引物位点”是指引物与之杂交的靶DNA的区域。“遗传标记”一般是具有用于分析(诸如DNA分型)的目的性状的基因组DNA等位基因，其中个本文档来自技高网...
【技术保护点】
方法，其包括(a)?在多重扩增反应中共扩增至少一个待分析的DNA样品的基因座集，其中所述反应的产物是来自共扩增的所述集中的基因座的经扩增的等位基因混合物，其中所述的基因座集包含10个STR基因座????????????????????????????????????????????????；以及来自STR基因座和的一个或更多个；(b)评估混合物中经扩增的等位基因，以确定在所述至少一个DNA样品之内的所述基因座集中所分析的基因座的每一个上存在的等位基因。2013104760998100001dest_path_image001.jpg,313137dest_path_image002.jpg,2013104760998100001dest_path_image003.jpg,230278dest_path_image004.jpg
【技术特征摘要】
...
【专利技术属性】
技术研发人员：LK亨尼西，R格林，
申请(专利权)人：应用生物系统有限责任公司，
类型：发明
国别省市：
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