预测药物敏感性、抗性和疾病进展的组合物和方法技术

本发明专利技术基于下述发现：功能分级和/或信号传导图谱可用于诊断疾病状态、确定癌细胞的药物抗性或敏感性、监测疾病或对治疗剂的反应性，和/或预测受试者的治疗结果。本文提供用于在患者中疾病诊断和/或预后的试验。也提供评价疾病对靶向治疗剂的抗性或敏感性，然后启动治疗方案并且监控治疗方案疗效的组合物和方法。也提供确定样品中分子的基础水平或状态和在用调节剂离体刺激一部分活样品之后分子的水平或状态之间的差异的方法，其中所述差异表示为指示疾病的存在、缺乏或具有疾病风险的值。本发明专利技术的方法可也用于预测试剂对疾病的作用并且监测受试者的治疗过程。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术一般涉及受试者中药物反应的预测和监测疾病状态并且更具体地涉及调制后癌细胞的功能分级(functional stratification)和信号传导图谱(signalingprofile)。背景信息传统病理学样品主要使用包括使用损害样品生物完整性的加工技术杀死细胞的方法加工。这种方法一般在远离护理点的实验室中进行。这些传统的方法不允许检查活细胞，包括动态的、活细胞相关的生物标记，并且不允许在护理点或附近快速处理样品或产生·分析结果。完整和快速获得的信息的这种缺乏可能阻止医生确认合适的处理方案或至少减缓不利影响患者生活质量的过程。例如，肿瘤学家有增长数量的他们可用的治疗选择，包括表征为护理标准的药物的不同组合，和不携带用于特定癌的标签声明但对所述癌有有效性证据的许多药物。最大可能性的良好治疗结果需要给患者指派最佳的可利用癌治疗并且这种指派尽可能快地在诊断之后进行。尽管一些癌正开始使用基因组标记再分组和处理，但可靠的基因组标记不是对所有癌都可用，其可能更好地表征为展示一个或(典型地)许多正常基因的异常表达。目前可用的基于基因表达诊断具体类型的癌并且评价不同治疗策略的可能有效本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.04.19 US 61/325,717;2010.06.18 US 61/356,495;1.诊断疾病的方法，包括 确定样品中分子的基础水平或状态与在一部分所述样品与调节剂离体接触之后所述分子的水平或状态之间的差异，其中所述差异表示为指示疾病的存在、缺乏或具有疾病风险的值。2.权利要求I所述的方法，其中所述分子包括蛋白质、核酸、脂质、糖、碳水化合物或代谢 物分子。3.权利要求I所述的方法，其中所述样品选自组织、血液、腹水、唾液、尿、汗液、眼泪、精液、血清、血浆、羊膜液、胸膜液、脑脊髓液、细胞系、异种移植物、肿瘤、心包液和其组合。4.权利要求I所述的方法，其中所述疾病选自中风、心血管疾病、慢性阻塞性肺疾病、心肌梗死、充血性心衰竭、心肌病、心肌炎、缺血性心脏病、冠状动脉疾病、心源性休克、血管性休克、肺动脉高压、肺水肿(包括心源性肺水肿)、癌、病原体介导的疾病、胸腔积液、类风湿性关节炎、糖尿病视网膜病变、色素性视网膜炎和视网膜病，包括糖尿病视网膜病变和早产儿视网膜病、炎性疾病、再狭窄、水肿(包括与病理状况比如癌相关的水肿和医学干预比如化疗诱导的水肿)、哮喘、急性或成人呼吸窘迫综合症(ARDS)、狼疮、血管渗漏、移植(比如器官移植、急性移植或异种移植或同种移植(比如用于烧伤治疗))排斥；以免缺血性或再灌注损伤比如在器官移植期间导致的缺血性或再灌注损伤、移植耐受诱导；血管成形术之后的缺血性或再灌注损伤；关节炎(比如类风湿性关节炎、银屑病关节炎或骨关节炎)；多发性硬化；炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；狼疮(系统性红斑狼疮)；移植物抗宿主疾病；T-细胞介导的超敏反应疾病，包括接触过敏、迟发型过敏反应和谷蛋白敏感性肠道病(腹部疾病)；1型糖尿病；银屑病；接触性皮炎(包括由于毒常春藤的皮炎)；桥本氏甲状腺肿；斯耶格伦氏综合征；自身免疫性甲状旁腺机能减退，比如格雷夫斯病；阿狄森病(肾上腺的自身免疫性疾病)；自身免疫性多腺疾病(也称为自身免疫性多腺综合征)；自身免疫性脱发症；恶性贫血；白癜风；自身免疫性脑垂体功能减退症；格-巴二氏综合征；其他自身免疫性疾病；癌，包括其中激酶比如Src-家族激酶被活化的或过表达的那些，比如结肠癌和胸腺瘤，或激酶活性有助于肿瘤生长或存活的癌；肾小球炎、血清病；荨麻疹；过敏性疾病比如呼吸变态反应(哮喘、花粉症、过敏性鼻炎)或皮肤过敏；蕈状肉芽肿；急性炎症反应(比如急性或成人呼吸窘迫综合征和缺血性/再灌注损伤)；皮肌炎；斑秃；慢性光线性皮炎；湿疹；贝切特疾病；掌跖脓疱病；坏疽性脓皮病；赛塞利综合征；特应性皮炎；全身性硬化；硬斑病；外周四肢缺血症和缺血性四肢疾病；骨病比如骨质疏松症、软骨病、甲状旁腺功能亢进症、佩吉特病和肾性骨营养不良症；血管渗漏综合征，包括化疗或免疫调节剂比如IL-2诱导的血管渗漏综合征；脊髓和脑损伤或创伤；青光眼；视网膜疾病，包括黄斑变性；玻璃体视网膜疾病；胰腺炎；血管炎，包括脉管炎、川崎病、闭塞性血栓性脉管炎、韦格纳肉芽肿病和贝切特疾病；硬皮病；先兆子痫；地中海贫血；卡波西氏肉瘤；和希_林二氏病。5.权利要求4所述的方法，其中所述癌选自结直肠癌、食管癌、胃癌、肺癌、前列腺癌、子宫癌、乳腺癌、皮肤癌、内分泌癌、泌尿癌、胰腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、肝癌、骨癌、胆道癌、小肠癌、造血癌、阴道癌、睾丸癌、肛门癌、肾癌、脑癌、眼癌、白血病、淋巴瘤、软组织癌、黑色素瘤和其转移。6.权利要求4所述的方法，其中所述病原体选自细菌、真菌、病毒、螺旋菌和寄生虫。7.权利要求6所述的方法，其中所述病毒选自单纯疱疹病毒I型(HSVl)、单纯疱疹病毒2型(HSV2)、呼吸道合胞病毒、麻疹病毒(MV)、人巨细胞病毒(HCMV)、痘苗病毒、人免疫缺陷病毒I型(HIV-I)和丙型肝炎病毒(HCV)。8.权利要求3所述的方法，其中所述肿瘤样品来自实体瘤。9.权利要求8所述的方法，其中所述肿瘤样品通过细针吸出、空心针活检、循环肿瘤细胞或外科手术切除的组织样品获得。10.权利要求2所述的方法，其中通过翻译后修饰修饰所述蛋白质。11.权利要求10所述的方法，其中所述翻译后修饰选自磷酸化、乙酰化、酰胺化、甲基化、亚硝基化、脂肪酸添加、脂质添加、糖基化和泛素化。12.权利要求I所述的方法，其中所述调节剂选自物理、生物或化学调节剂。13.权利要求I所述的方法，进一步包含将所述样品暴露于治疗剂或其组合。14.权利要求I所述的方法，其中所述确定使用计算机。15.权利要求I所述的方法，其中使用选自下述的方法分析所述分子阵列、ELISA、bioplex、luminex、质谱、流式细胞术、PCR 和 RIA。16.用于疾病预后的方法，包括 确定样品中分子的基础水平或状态与在一部分所述样品与调节剂离体接触之后所述分子的水平或状态之间的差异；其中表示为值的所述分子的基础水平或状态的所述差异指示预后。17.权利要求16所述的方法，其中所述分子包括蛋白质、核酸、脂质、糖、碳水化合物或代谢物分子。18.权利要求16所述的方法，其中所述样品选自组织、血液、腹水、唾液、尿、汗液、眼泪、精液、血清、血浆、羊膜液、胸膜液、脑脊髓液、细胞系、异种移植物、肿瘤、心包液和其组口 ο19.权利要求16所述的方法，其中所述疾病选自中风、心血管疾病、慢性阻塞性肺疾病、心肌梗死、充血性心衰竭、心肌病、心肌炎、缺血性心脏病、冠状动脉疾病、心源性休克、血管性休克、肺动脉高压、肺水肿(包括心源性肺水肿)、癌、病原体介导的疾病、胸腔积液、类风湿性关节炎、糖尿病视网膜病变、色素性视网膜炎和视网膜病，包括糖尿病视网膜病变和早产儿视网膜病、炎性疾病、再狭窄、水肿(包括与病理状况比如癌相关的水肿和医学干预比如化疗诱导的水肿)、哮喘、急性或成人呼吸窘迫综合症(ARDS)、狼疮、血管渗漏、移植(比如器官移植，急性移植或异种移植或同种移植(比如用于烧伤治疗))排斥；以免缺血性或再灌注损伤比如在器官移植期间导致的缺血性或再灌注损伤、移植耐受诱导；血管成形术之后的缺血性或再灌注损伤；关节炎(比如类风湿性关节炎、银屑病关节炎或骨关节炎)；多发性硬化；炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；狼疮(系统性红斑狼疮)；移植物抗宿主疾病；T-细胞介导的超敏反应疾病，包括接触过敏、迟发型过敏反应，和谷蛋白敏感性肠道病(腹部疾病)；1型糖尿病；银屑病；接触性皮炎(包括由于毒常春藤的皮炎)；桥本氏甲状腺肿；斯耶格伦氏综合征；自身免疫性甲状旁腺机能减退，比如格雷夫斯病；阿狄森病(肾上腺的自身免疫性疾病)；自身免疫性多腺疾病(也称为自身免疫性多腺综合征)；自身免疫性脱发症；恶性贫血；白癜风；自身免疫性脑垂体功能减退症；格-巴二氏综合征；其他自身免疫性疾病；癌，包括其中激酶比如Src-家族激酶被活化的或过表达的那些，比如结肠癌和胸腺瘤或激酶活性有助于肿瘤生长或存活的癌；肾小球炎、血清病；荨麻疹；过敏性疾病比如呼吸变态反应(哮喘、花粉症、过敏性鼻炎)或皮肤过敏；蕈状肉芽肿；急性炎症反应(比如急性或成人呼吸窘迫综合征和缺血性/再灌注损伤)；皮肌炎；斑秃；慢性光线性皮炎；湿疹；贝切特疾病；掌跖脓疱病；坏疽性脓皮病；赛塞利综合征；特应性皮炎；全身性硬化；硬斑病；外周四肢缺血症和缺血性四肢疾病；骨病比如骨质疏松症、软骨病、甲状旁腺功能亢进症、佩吉特病和肾性骨营养不良症；血管渗漏综合征，包括化疗或免疫调节剂比如IL-2诱导的血管渗漏综合征；脊髓和脑损伤或创伤；青光眼；视网膜疾病，包括黄斑变性；玻璃体视网膜疾病；胰腺炎；血管炎，包括脉管炎、川崎病、闭塞性血栓性脉管炎、韦格纳肉芽肿病和贝切特疾病；硬皮病；先兆子痫；地中海贫血；卡波西氏肉瘤；和希-林二氏病。20.权利要求19所述的方法，其中所述癌选自结直肠癌、食管癌、胃癌、肺癌、前列腺癌、子宫癌、乳腺癌、皮肤癌、内分泌癌、泌尿癌、胰腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、肝癌、骨癌、胆道癌、小肠癌、造血癌、阴道癌、睾丸癌、肛门癌、肾癌、脑癌、眼癌、白血病、淋巴瘤、软组织癌、黑色素瘤和其转移。21.权利要求19所述的方法，其中所述病原体选自细菌、真菌、病毒、螺旋菌和寄生虫。22.权利要求21所述的方法，其中所述病毒选自单纯疱疹病毒I型(HSVl)、单纯疱疹病毒2型(HSV2)、呼吸道合胞病毒、麻疹病毒(MV)、人巨细胞病毒(HCMV)、痘苗病毒、人免疫缺陷病毒I型(HIV-I)和丙型肝炎病毒(HCV)。23.权利要求18所述的方法，其中所述肿瘤样品来自实体瘤。24.权利要求23所述的方法，其中所述肿瘤样品通过细针吸出、空心针活检、循环肿瘤细胞或外科手术切除的组织样品获得。25.权利要求17所述的方法，其中通过翻译后修饰修饰所述蛋白质。26.权利要求25所述的方法，其中所述翻译后修饰选自磷酸化、乙酰化、酰胺化、甲基化、亚硝基化、脂肪酸添加、脂质添加、糖基化和泛素化。27.权利要求16所述的方法，其中所述调节剂选自物理、生物或化学调节剂。28.权利要求16所述的方法，进一步包含将所述样品暴露于治疗剂或其组合。29.权利要求16所述的方法，其中所述确定使用计算机。30.权利要求16所述的方法，其中使用选自下述的方法分析所述分子阵列、ELISA、bioplex、luminex、PCR、质谱、流式细胞术和 RIA。31.用于预测试剂的作用的方法，包括 确定样品中分子的基础水平或状态与在一部分所述样品与调节剂离体接触之后所述分子的水平或状态之间的差异，其中表示为值的所述分子的基础水平或状态的所述差异指示所述试剂的正面作用或负面作用。32.权利要求31所述的方法，其中所述试剂与所述样品中的所述分子直接作用。33.权利要求31所述的方法，其中所述作用是选自下述的细胞途径的活化或抑制新陈代谢途径、复制途径、细胞信号传导途径、致癌信号传导途径、细胞凋亡途径和促血管生成途径。34.权利要求31所述的方法，其中所述分子包括蛋白质、核酸、脂质、糖、碳水化合物或代谢物分子。35.权利要求31所述的方法，其中所述样品选自组织、血液、腹水、唾液、尿、汗液、眼泪、精液、血清、血浆、羊膜液、胸膜液、脑脊髓液、细胞系、异种移植物、肿瘤、心包液和其组入口 ο36.权利要求31所述的方法，其中所述确定使用计算机。37.权利要求31所述的方法，其中使用选自下述的方法分析所述分子阵列、ELISA、bioplex、luminex、PCR、质谱、流式细胞术和 RIA。38.监测疾病或受试者治疗过程的方法，包括 确定样品中分子的基础水平或状态与在一部分所述样品与调节剂离体接触之后——任选地在治疗过程之前、同时或之后一所述分子的水平或状态之间的差异；其中表示为值的所述分子的基础水平或状态的所述差异指示正面治疗或负面治疗。39.权利要求38所述的方法，其中正面治疗指示所述受试者为所述治疗过程的响应者。40.权利要求38所述的方法，其中负面治疗指示所述受试者具有对所述治疗过程的抗性。41.针对对分子的作用筛选测试试剂的方法，包括 使含有所述分子或多个所述分子的样品与所述测试试剂离体接触； 确定所述样品中所述分子的基础水平或状态和在一部分所述样品与调节剂离体接触之后所述分子的水平或状态之间的差异；其中在与所述测试试剂接触之前和之后的所述分子的基础水平或状态的差异指示对所述分子的作用。42.权利要求41所述的方法，其中评估功能信号传导路线以预测结合的两个测试试剂的作用。43.权利要求41所述的方法，其中所述样品选自组织、血液、腹水、唾液...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·P·克拉克，A·沙姚伟茨，C·卡布拉迪拉，
申请(专利权)人：生物标志物策略公司，
类型：
国别省市：