制备蛋白质-寡核苷酸复合物的方法技术

本公开内容的一些方面涉及使用包含带正电荷的金属位点和带负电荷的离子位点的混合模式树脂(例如，羟基磷灰石树脂)来纯化复合物的方法，所述复合物包含与分子载荷(例如，电荷中性寡核苷酸、带电荷寡核苷酸或疏水性小分子)共价连接的蛋白质(例如，抗体)。还提供了产生所述复合物的方法。生所述复合物的方法。生所述复合物的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】制备蛋白质
‑
寡核苷酸复合物的方法
[0001]相关申请
[0002]本申请根据35U.S.C.
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119(e)要求于2020年9月3日提交的标题为“METHODS OF PREPARING PROTEIN
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OLIGONUCLEOTIDE COMPLEXES”的美国临时申请序列No.63/074439以及于2020年9月3日提交的标题为“METHODS OF PREPARING PROTEIN
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OLIGONUCLEOTIDE COMPLEXES”的美国临时申请序列No.63/074436的优先权；其各自的内容通过引用整体并入本文。


[0003]本申请涉及纯化复合物(例如，蛋白质
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寡核苷酸缀合物和抗体
‑
药物缀合物)的方法。
[0004]参考作为文本文件通过EFS
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WEB提交的序列表
[0005]本申请包含已通过EFS
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Web以ASCII格式提交并且在此通过引用整体并入的序列表。在2021年9月3日创建的所述ASCII副本被命名为D082470043WO00
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SEQ
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ZJG并且大小为57,060字节。

技术介绍

[0006]近年来，已经开发了数种寡核苷酸(例如，反义寡核苷酸)来对抗组织或细胞特异性疾病(例如，肌肉特异性疾病，例如多种形式的肌营养不良)。然而，已证明有效地将这些寡核苷酸递送至其期望的组织或细胞具有挑战性。

技术实现思路

[0007]包含与治疗性寡核苷酸共价连接的组织或细胞特异性蛋白质(例如，抗体)的复合物为递送所述治疗性寡核苷酸提供了极好的机会。这样的治疗性寡核苷酸包含，例如，电荷中性寡核苷酸(例如，PMO、PNA等)以及带电荷寡核苷酸(例如，间隔聚体(gapmer)、混合物、siRNA等)。然而，纯化和分离所述复合物使其远离过量蛋白质和寡核苷酸具有挑战性。在一些方面中，本公开内容提供了处理包含与寡核苷酸共价连接的蛋白质的复合物的方法，其使未缀合的寡核苷酸和蛋白质(例如，抗体)与复合物分离。还提供了产生复合物的方法。在一些实施方案中，产生本文中所述复合物的方法降低了包含炔基的未连接抗体的水平。在一些实施方案中，产生本文中所述复合物的方法在缀合反应之后仅产生痕量的包含炔基的未连接抗体。
[0008]本公开内容的一个方面涉及处理复合物的方法，所述复合物各自包含与一个或更多个电荷中性寡核苷酸共价连接的抗体，所述方法包括：
[0009](i)使包含有机溶剂、所述复合物和未连接电荷中性寡核苷酸的混合物与包含带正电荷的金属位点和带负电荷的离子位点的混合模式树脂在使所述复合物吸附至所述混合模式树脂的条件下接触，以及
[0010](ii)在所述复合物从所述混合模式树脂上解离的条件下从所述混合模式树脂洗
脱所述复合物。在一些实施方案中，所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(Dimethylacetamide，DMA)、异丙醇(isopropyl alcoho，IPA)、二甲基亚砜(dimethyl sulfoxide，DMSO)、乙腈(acetonitrile，ACN)或丙二醇(propylene glycol，PG)。在一些实施方案中，所述有机溶剂在步骤(i)所述混合物中为5％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在步骤(i)所述混合物中为15％(v/v)。在一些实施方案中，所述有机溶剂在步骤(i)所述混合物中为30％(v/v)。
[0011]在一些实施方案中，步骤(i)中的混合物还包含最高为10mM的磷酸根离子和/或最高为20mM的氯离子。在一些实施方案中，所述方法还包括在步骤(i)与步骤(ii)之间用包含有机溶剂的洗涤溶液来洗涤所述混合模式树脂，任选地其中所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(DMA)、异丙醇(IPA)、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈(ACN)或丙二醇(PG)。在一些实施方案中，所述有机溶剂在所述洗涤溶液中为5％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在所述洗涤溶液中为15％(v/v)。在一些实施方案中，所述有机溶剂在所述洗涤溶液中为30％(v/v)。在一些实施方案中，所述洗涤溶液还包含最高为10mM的磷酸根离子和/或最高为20mM的氯离子。
[0012]在一些实施方案中，步骤(ii)包括向所述混合模式树脂施加洗脱溶液以洗脱所述复合物，其中所述洗脱溶液包含有机溶剂，任选地其中所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(DMA)、异丙醇(IPA)、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈(ACN)或丙二醇(PG)。在一些实施方案中，所述有机溶剂在所述洗脱溶液中为10％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在所述洗脱溶液中为10％(v/v)。在一些实施方案中，所述洗脱溶液包含至少30mM的磷酸根离子，任选地其中所述洗脱溶液包含至少100mM的磷酸根离子。在一些实施方案中，所述洗脱溶液包含逐渐提高浓度的磷酸根离子，任选地其中所述磷酸根离子的浓度从至少10mM提高至至少100mM。在一些实施方案中，所述洗脱溶液的pH为7.6至8.5。
[0013]本公开内容的另一方面涉及产生包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体的复合物的方法，所述方法包括：
[0014](i)获得包含以下结构的寡核苷酸：
[0015][0016](B)，其中n为3；
[0017](ii)获得包含以下结构的抗体：
[0018][0019](F)，其中m为4；以及
[0020](iii)使步骤(i)中的所述寡核苷酸与步骤(ii)中所获得的抗体反应以获得所述
复合物。
[0021]本公开内容的另一方面涉及产生包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体的复合物的方法，所述方法包括：
[0022](i)获得包含以下结构的寡核苷酸：
[0023][0024](D)；其中n为3并且其中m为4；
[0025](ii)获得抗体；以及
[0026](iii)使步骤(i)中的所述寡核苷酸与步骤(ii)中所获得的抗体反应以获得所述复合物。
[0027]在一些实施方案中，所述复合物包含以下结构：
[0028][0029](E)
[0030]其中n为3并且m为4，并且其中所述抗体通过赖氨酸连接。
[0031]本公开内容的另一方面涉及混合物，其包含复合物和未连接寡核苷酸，所述复合物各自包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体，其中所述混合物通过包括以下的方法来产生：
[0032](i)获得包含与含有缬氨酸
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瓜氨酸序列的可切割接头共价连接的寡核苷酸的第一中间体；
[0033](ii)将步骤(i)中所获得的第一中间体与包含双环壬炔的化合物连接以获得第二中间体；以及
[0034](iii)将步骤(ii)中所获得的第二中间体与抗体连接以获得所述复合物；
[0035]其中所述包含双环壬炔的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.处理复合物的方法，所述复合物各自包含与一个或更多个电荷中性寡核苷酸共价连接的抗体，所述方法包括：(i)使包含有机溶剂、所述复合物和未连接电荷中性寡核苷酸的混合物与包含带正电荷的金属位点和带负电荷的离子位点的混合模式树脂在使所述复合物吸附至所述混合模式树脂的条件下接触，以及(ii)在使所述复合物从所述混合模式树脂上解离的条件下从所述混合模式树脂洗脱所述复合物。2.权利要求1中任一项所述的方法，其中所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(DMA)、异丙醇(IPA)、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈(ACN)或丙二醇(PG)。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述有机溶剂在步骤(i)所述混合物中为5％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在步骤(i)所述混合物中为15％(v/v)。4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤(i)所述混合物还包含最高为10mM的磷酸根离子和/或最高为20mM的氯离子。5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其还包括在步骤(i)与步骤(ii)之间用包含有机溶剂的洗涤溶液来洗涤所述混合模式树脂，任选地其中所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(DMA)、异丙醇(IPA)、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈(ACN)或丙二醇(PG)。6.权利要求5所述的方法，其中所述有机溶剂在所述洗涤溶液中为5％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在所述洗涤溶液中为15％(v/v)。7.权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述洗涤溶液还包含最高为10mM的磷酸根离子和/或最高为20mM的氯离子。8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中步骤(ii)包括向所述混合模式树脂施加洗脱溶液以洗脱所述复合物，其中所述洗脱溶液包含有机溶剂，任选地其中所述有机溶剂是二甲基乙酰胺(DMA)、异丙醇(IPA)、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈(ACN)或丙二醇(PG)。9.权利要求8所述的方法，其中所述有机溶剂在所述洗脱溶液中为10％至30％(v/v)，任选地其中所述有机溶剂在所述洗脱溶液中为10％(v/v)。10.权利要求8或权利要求9所述的方法，其中所述洗脱溶液包含至少30mM的磷酸根离子，任选地其中所述洗脱溶液包含至少100mM的磷酸根离子。11.权利要求8或权利要求9所述的方法，其中所述洗脱溶液包含逐渐提高浓度的磷酸根离子，任选地其中所述磷酸根离子的浓度从至少10mM提高至至少100mM。12.权利要求8至11中任一项所述的方法，其中所述洗脱溶液的pH为7.6至8.5。13.产生包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体的复合物的方法，所述方法包括：(i)获得包含以下结构的寡核苷酸：
其中n为3；(ii)获得包含以下结构的抗体：其中m为4；以及(iii)使步骤(i)所述寡核苷酸与步骤(ii)中所获得的抗体反应以获得所述复合物。14.产生包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体的复合物的方法，所述方法包括：(i)获得包含以下结构的寡核苷酸：(D)；其中n为3并且其中m为4；(ii)获得抗体；以及(iii)使步骤(i)所述寡核苷酸与步骤(ii)中所获得的抗体反应以获得所述复合物。15.权利要求14所述的方法，其中所述复合物包含以下结构：
其中n为3并且m为4，并且其中所述抗体通过赖氨酸连接。16.混合物，其包含复合物和未连接寡核苷酸，所述复合物各自包含与一个或更多个寡核苷酸共价连接的抗体，其中所述混合物通过包括以下的方法来产生：(i)获得包含与含有缬氨酸
‑
瓜氨酸序列的可切割接头共价连接的寡核苷酸的第一中间体；(ii)将步骤(i)中所获得的第一中间体与包含双环壬炔的化合物连接以获得第二中间体；以及(iii)将步骤(ii)中所获得的第二中间体与抗体连接以获得所述复合物；其中...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒂莫西，
申请(专利权)人：达因疗法公司，
类型：发明
国别省市：