肌肉靶向复合物及其用于治疗面肩肱型肌营养不良的用途制造技术

本公开内容的一些方面涉及被设计为靶向DUX4RNA的寡核苷酸(例如，RNAi寡核苷酸，例如siRNA)和涉及用于将该寡核苷酸递送至细胞(例如，肌细胞)的靶向复合物及其用途，特别是与疾病(例如，FSHD)的治疗相关的用途。FSHD)的治疗相关的用途。FSHD)的治疗相关的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】肌肉靶向复合物及其用于治疗面肩肱型肌营养不良的用途
[0001]相关申请
[0002]本申请根据35 U.S.C
§
119(e)要求以下的权益：2020年12月31日提交的标题为“MUSCLE
‑
TARGETING COMPLEXES AND USES THEREOF FOR TREATING FACIOSCAPULOHUMERAL MUSCULAR DYSTROPHY”的美国临时申请No.63/133,156以及2021年4月29日提交的标题为“MUSCLE
‑
TARGETING COMPLEXES AND USES THEREOF FOR TREATING FACIOSCAPULOHUMERAL MUSCULAR DYSTROPHY”的美国临时申请No.63/181,439；其各自的内容均通过引用整体并入本文。


[0003]本申请涉及被设计为靶向DUX4 RNA的寡核苷酸和用于向细胞递送分子载荷(molecular payload)(例如，寡核苷酸)的靶向复合物及其用途，特别是涉及疾病治疗的用途。
[0004]参考作为文本文件通过EFS
‑
Web提交的序列表
[0005]本申请包含已通过EFS
‑
Web以ASCII格式提交并且在此通过引用整体并入的序列表。在2021年12月30日创建的所述ASCII拷贝被命名为D082470047WO00
‑
SEQ
‑
ZJG并且大小为708,513字节。

技术介绍

[0006]肌营养不良(muscular dystrophy，MD)是一组以进行性无力和肌肉量减少为特征的疾病。这些疾病是由编码形成健康肌肉组织所需蛋白质的基因中的突变引起的。面肩肱型肌营养不良(facioscapulohumeral muscular dystrophy，FSHD)是一种显性遗传的MD类型，其主要影响面部、肩胛和上臂的肌肉。FSHD的其他症状包括腹肌无力、视网膜异常、听力下降以及关节痛和炎症。FSHD是同时影响成人和儿童的9种MD类型中最普遍的，全世界发病率为约每8300人中1人。FSHD是由双同源框4(double homeobox 4，DUX4)的异常产生引起的，双同源框4是功能未知的蛋白质。编码DUX4蛋白的DUX4基因位于4号染色体上的D4Z4重复区域中，并且通常仅在胎儿发育中表达，此后，其会被包围DUX4基因并使之紧凑的D4Z4重复的超甲基化所抑制。已经描述了两种类型的FSHD，1型和2型。1型(占病例的约95％)与4号染色体上D4Z4重复的缺失相关。未受影响的个体通常具有在4号染色体的亚端粒区排列的多于10个重复，而FSHD的最常见形式(FSHD1)是由阵列收缩至少于10个重复引起的，与骨骼肌中DUX4的多样化表达和表观遗传抑制降低相关。染色体4q的两种等位基因变体(4qA和4qB)存在于D4Z4的远端区域中。4qA处于具有功能性多腺苷酸化共有位点的顺式形式。4qA等位基因的收缩是致病性的，因为DUX4转录物被多腺苷酸化并翻译成稳定的蛋白质。2型FSHD(占病例的约5％)与18号染色体上SMCHD1基因中的突变相关。除了支持性护理和针对疾病症状的治疗外，尚无用于FSHD的有效治疗。

技术实现思路

[0007]在一些方面中，本公开内容提供了被设计为靶向DUX4 RNA的寡核苷酸。在一些实施方案中，本公开内容提供了与DUX4 RNA互补的寡核苷酸，其可用于降低与面肩肱型肌营养不良(FSHD)病理学特征相关的DUX4 mRNA和/或蛋白质的水平，所述病理学特征包括肌肉萎缩、炎症、降低的分化潜能和氧化应激。在一些实施方案中，本文中提供的寡核苷酸被设计为指导RNAi介导的DUX4 RNA的降解。在一些实施方案中，寡核苷酸被设计为有效地接合用于降解DUX4 RNA的RNA诱导的沉默复合物(RNA
‑
induced silencing complex，RISC)而且具有降低的脱靶效应。在一些实施方案中，寡核苷酸被设计为降低DUX4 RNA和/或蛋白质的水平。在一些实施方案中，寡核苷酸被设计为具有期望的生物利用度和/或血清稳定性特性。在一些实施方案中，寡核苷酸被设计为具有期望的结合亲和力特性。在一些实施方案中，寡核苷酸被设计为具有期望的毒性和/或免疫原性特征。
[0008]根据一些方面，本公开内容提供了靶向肌细胞(例如，原代成肌细胞)以用于将分子载荷(例如，本文中所述的DUX4靶向寡核苷酸)递送至那些细胞的复合物。在一些实施方案中，本文中提供的复合物特别可用于递送抑制DUX4的表达或活性的分子载荷，例如在患有或怀疑患有面肩肱型肌营养不良(FSHD)的对象中。因此，在一些实施方案中，本文中提供的复合物包含与肌细胞表面上的受体特异性结合以用于将分子载荷递送至肌细胞的肌肉靶向剂(例如，肌肉靶向抗体)。在一些实施方案中，复合物通过受体介导的内化被摄取到细胞中，然后分子载荷可被释放以在细胞内部执行功能。例如，经工程化以递送寡核苷酸的复合物可释放该寡核苷酸，使得该寡核苷酸可抑制肌细胞中的DUX4基因表达。在一些实施方案中，通过对连接复合物的寡核苷酸和肌肉靶向剂的共价接头进行内体切割而释放该寡核苷酸。
[0009]本公开内容的一些方面提供了包含与靶向双同源框4(DUX4)mRNA的寡核苷酸共价连接的肌肉靶向剂的复合物，其中所述寡核苷酸包含长度为18至25个核苷酸的反义链，并且包含SEQ ID NO：
[0010]356，501，1398，494，509，224，1320，561，225，226，261，265，320，341，343，388，466，483，552，560，601，921，942，953，1294，1296，1301，1321，1322，1323，1324，1325，1373，1394，1395，1523，1531，1548，1558和1561
[0011]中所示靶序列的互补区，并且其中互补区的长度为至少16个连续核苷。
[0012]在一些实施方案中，肌肉靶向剂是抗转铁蛋白受体(transferrin receptor，TfR)抗体。
[0013]在一些实施方案中，寡核苷酸是RNAi寡核苷酸。
[0014]在一些实施方案中，反义链包含SEQ ID NO：
[0015]3035，3040，3061，3039，3041，3027，3052，3044，3028，3029，3030，3031，3032，3033，3034，3036，3037，3038，3042，3043，3045，3046，3047，3048，3049，3050，3051，3053，3054，3055，3056，3057，3058，3059，3060，3062，3063，3064，3065，和3066
[0016]中的任一者的核苷酸序列。
[0017]在一些实施方案中，寡核苷酸还包含含有与反义链互补的至少18本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.复合物，其包含与靶向双同源框4(DUX4)mRNA的寡核苷酸共价连接的肌肉靶向剂，其中所述寡核苷酸包含长度为18至25个核苷酸的反义链，并且包含SEQ ID NO：356，501，1398，494，509，224，1320，561，225，226，261，265，320，341，343，388，466，483，552，560，601，921，942，953，1294，1296，1301，1321，1322，1323，1324，1325，1373，1394，1395，1523，1531，1548，1558和1561中所示靶序列的互补区，并且其中所述互补区的长度为至少16个连续核苷。2.权利要求1所述的复合物，其中所述肌肉靶向剂是抗转铁蛋白受体(TfR)抗体。3.权利要求1或权利要求2所述的复合物，其中所述寡核苷酸是RNAi寡核苷酸。4.权利要求1或权利要求2所述的复合物，其中所述反义链包含SEQ ID NO：3035，3040，3061，3039，3041，3027，3052，3044，3028，3029，3030，3031，3032，3033，3034，3036，3037，3038，3042，3043，3045，3046，3047，3048，3049，3050，3051，3053，3054，3055，3056，3057，3058，3059，3060，3062，3063，3064，3065和3066中任一者的核苷酸序列。5.权利要求1至4中任一项所述的复合物，其中所述寡核苷酸还包含有义链，所述有义链包含与所述反义链互补的至少18个连续核苷。6.权利要求1至5中任一项所述的复合物，其中所述寡核苷酸包含一个或更多个经修饰核苷。7.权利要求6所述的复合物，其中所述一个或更多个经修饰核苷是2
’
经修饰核苷酸，任选地其中所述一个或更多个2
’
经修饰核苷选自：2
’‑
氟(2
’‑
F)、2
’‑
O
‑
甲基(2
’‑
O
‑
Me)、2
’‑
O
‑
甲氧基乙基(2
’‑
MOE)、2
’‑
O
‑
氨基丙基(2
’‑
O
‑
AP)、2
’‑
O
‑
二甲基氨基乙基(2
’‑
O
‑
DMAOE)、2
’‑
O
‑
二甲基氨基丙基(2
’‑
O
‑
DMAP)、2
’‑
O
‑
二甲基氨基乙基氧基乙基(2
’‑
O
‑
DMAEOE)、2
’‑
O
‑
N
‑
甲基乙酰胺基(2
’‑
O
‑
NMA)。8.权利要求7所述的复合物，其中每个2
’
经修饰核苷酸是2
’‑
O
‑
甲基或2
’‑
氟(2
’‑
F)。9.权利要求1至8中任一项所述的复合物，其中所述寡核苷酸包含一个或更多个硫代磷酸酯核苷间键联。10.权利要求9所述的复合物，其中所述一个或更多个硫代磷酸酯核苷间键联存在于所述寡核苷酸的所述反义链上，任选地其中所述反义链的3
’
末端处的两个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。11.权利要求1至10中任一项所述的复合物，其中所述寡核苷酸的一个或更多个胞苷是2
’
修饰的5
‑
甲基
‑
胞苷，任选地其中所述2
’
修饰的5
‑
甲基
‑
胞苷是2
’‑
O
‑
Me修饰的5
‑
甲基
‑
胞苷或2
’‑
F修饰的5
‑
甲基
‑
胞苷。12.权利要求1至11中任一项所述的复合物，其中所述反义链选自表8中列出的SEQ ID NO：3035，3040，3061，3039，3041，3027，3052，3044，3028，3029，3030，3031，3032，3033，3034，3036，3037，3038，3042，3043，3045，3046，3047，3048，3049，3050，3051，3053，3054，3055，3056，3057，3058，3059，3060，3062，3063，3064，3065，和3066的经修饰形式。13.权利要求5至12中任一项所述的复合物，其中所述有义链选自表8中列出的SEQ ID NO：
2995，3000，3021，2999，3001，2987，3012，3004，2988，2989，2990，2991，2992，2993，2994，2996，2997，2998，3002，3003，3005，3006，3007，3008，3009，3010，3011，3013，3014，3015，3016，3017，3018，3019，3020，3022，3023，3024，3025，和3026的经修饰形式。14.权利要求1至13所述的复合物，其中所述寡核苷酸是选自表8中列出的siRNA的siRNA分子。15.权利要求1至11中任一项所述的复合物，其中所述反义链选自表9中列出的SEQ ID NO：3040，3061，3027，3037，3039，3041，3044和3052的经修饰形式。16.权利要求5至11和15中任一项所述的复合物，其中所述有义链选自表9中列出的SEQ ID NO：3000，3021，2987，2997，2999，3001，3004和3012的经修饰形式。17.权利要求1至11和15至16中任一项所述的复合物，其中所述寡核苷酸是选自表9中列出的siRNA的siRNA分子。18.权利要求2至17中任一项所述的复合物，其中所述抗TfR抗体包含表2中列出的任何抗TfR抗体的重链互补决定区1(CDR
‑
H1)、重链互补决定区2(CDR
‑
H2)、重链互补决定区3(CDR
‑
H3)、轻链互补决定区1(CDR
‑
L1)、轻链互补决定区2(CDR
‑
L2)、轻链互补决定区3(CDR
‑
L3)。19.权利要求2至17中任一项所述的复合物，其中所述抗TfR抗体包含表3中列出的任何抗TfR抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)。20.权利要求2至17中任一项所述的复合物，其中所述抗TfR抗体是Fab，任选地其中所述Fab包含表5中列出的任何抗TfR Fab的重链和轻链。21.权利要求2至20中任一项所述的复合物，其中所述抗TfR抗体包含：(i)含有SEQ ID NO：27的氨基酸序列的CDR
‑
H1、含有SEQ ID NO：28的氨基酸序列的CDR
‑
H2、含有SEQ ID NO：29的氨基酸序列的CDR
‑
H3、含有SEQ ID NO：30的氨基酸序列的CDR
‑
L1、含有SEQ ID NO：31的氨基酸序列的CDR
‑
L2，和含有SEQ ID NO：32的氨基酸序列的CDR
‑
L3；(ii)含有SEQ ID NO：33的氨基酸序列的CDR
‑
H1、含有SEQ ID NO：34的氨基酸序列的CDR
‑
H2、含有SEQ ID NO：35的氨基酸序列的CDR
‑
H3、含有SEQ ID NO：36的氨基酸序列的CDR
‑
L1、含有SEQ ID NO：37的氨基酸序列的CDR
‑
L2，和含有SEQ ID NO：32的氨基酸序列的CDR
‑
L3；或者(ii)含有SEQ ID NO：38的氨基酸序列的CDR
‑
H1、含有SEQ ID NO：39的氨基酸序列的CDR
‑
H2、含有SEQ ID NO：40的氨基酸序列的CDR
‑
H3、含有SEQ ID NO：41的氨基酸序列的CDR
‑
L1、含有SEQ ID NO：31的氨基酸序列的CDR
‑
L2，和含有SEQ ID NO：42的氨基酸序列的CDR
‑
L3。22.权利要求21所述的复合物，其中所述抗TfR抗体包含含有SEQ ID NO：76的氨基酸序列的VH和包含含有SEQ ID NO：75的氨基酸序列的VL。23.权利要求22所述的复合物，其中所述抗TfR抗体是Fab并且包含含有SEQ ID NO：101的氨基酸序列的重链和包含含有SEQ ID NO：90的氨基酸序列的轻链。24.权利要求1至23中任一项所述的复合物，其中所述肌肉靶向剂和反义寡核苷酸通过接头共价连接，任选地其中所述接头包含缬氨酸
‑
瓜氨酸序列。25.降低肌细胞中DUX4表达的方法，所述方法包括使所述肌细胞与用于促进其寡核苷
酸内化到所述肌细胞中的有效量的权利要求1至24中任一项所述的复合物接触。26.权利要求25所述的方法，其中降低DUX4表达包括降低DUX4蛋白和/或mRNA水平。27.治疗面肩肱型肌营养不良(FSHD)的方法，所述方法包括向有此需要的对象施用有效量的权利要求1至24中任一项所述的复合物，其中所述对象患有DUX4蛋白的异常产生。28.寡核苷酸，其包含选自以下的siRNA寡核苷酸：反义链：5
’‑
fCfUmCfUmCfAmUfUmCfUmGfAmAfAmCfCmAfAmAfUmC*fU*mG
‑3’
(SEQ ID NO：3035)有义链：5
’‑
mGmAfUmUfUmGfGmUfUmUfCmAfGmAfAmUfGmAfGmAfG
‑3’
(SEQ ID NO：2995)；反义链：5
′‑
fUfGmGfAmAfAmGfCmGfAmUfCmCfUmUfCmUfCmAfAmA*fG*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3040)有义链：5
′‑
mUmUfUmGfAmGfAmAfGmGfAmUfCmGfCmUfUmUfCmCfA
‑3′
(SEQ ID NO：3000)；反义链：5
′‑
fCfCmGfGmUfAmUfUmCfUmUfCmCfUmCfGmCfUmGfAmG*fG*mG
‑3′
(SEQ ID N0：3061)有义链：5
′‑
mCmUf℃mAfGmCfGmAfGmGfAmAfGmAfAmUfAmCfCmGfG
‑3’
(sEQ ID NO：3021)；反义链：5
′‑
fCfGmAfUmCf℃mUfUmCfUmCfAmAfAmGfGmCfUmCfGmG*fA*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3039)有义链：5
′‑
mCmCfGmAfGmCfCmUfUmUfGmAfGmAfAmGfGmAfUmCfG
‑3′
(SEQ ID NO：2999)；反义链：5
’‑
fGfCmGfAmUfGmCfCmUfGmGfAmAfAmGfCmGfAmUfCmC*fU*mU
‑3’
(SEQ ID NO：3041)有义链：5
’‑
mGmGfAmUfCmGfCmUfUmUfCmCfAmGfGmCfAmUfCmGfC
‑3’
(SEQ ID NO：3001)；反义链：5
′‑
fGfUmCfCmAfAmAfCmGfAmGfUmCfUmCfCmGfUmCfGmC*fC*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3027)有义链：5
′‑
mGmCfGmAfCmGfGmAfGmAfCmUfCmGfUmUfUmGfGmAfC
‑3′
(SEQ ID NO：2987)；反义链：5
′‑
fUfUmCfUmAfGmGfAmGfAmGfGmUfUmGfCmGfCmCfUmG*fC
‑
mU
‑3′
(SEQ ID NO：3052)有义链：5
′‑
mCmAfGmGfCmGfCmAfAmCfCmUf℃mUf℃mCfUmAfGmAfA
‑3′
(SEQ ID NO：3012)；反义链：5
′‑
fCfUmGfAmAfUmCfCmUfGmGfAmCfUmCfCmGfGmGfAmG*fG*mC
‑3′
(SEQ ID NO：3044)有义链：5
′‑
mCmUfCmCfCmGfGmAfGmUfCmCfAmGfGmAfUmUfCmAfG
‑3′
(SEQ ID NO：3004)；反义链：5
′‑
fUfCmCfGmCfUmCfAmAfAmGfCmAfGmGfCmUfCmGfCmA*fG*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3031)有义链：5
′‑
mUmGfCmGfAmGfCmCfUmGfCmUfUmUfGmAfGmCfGmGfA
‑3′
(SEQ ID NO：2991)；反义链：5
′‑
fAfCmCfAmAfAmUfCmUfGmGfAmCfCmCfUmGfGmGfCmU*fC*mC
‑3′
(SEQ ID NO：3034)有义链：5
′‑
mAmGfCmCfCmAfGmGfGmUfCmCfAmGfAmUfUmUfGmGfU
‑3′
(SEQ ID NO：2994)；反义链：5
′‑
fGfGmAfAmUfGmCfCmGfAmUfGmGfCmCfUmGfGmGfCmC*fA*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3032)有义链：5
′‑
mGmGfCmCf℃mAfGmGfCmCfAmUfCmGfGmCfAmUfUmCfC
‑3′
(SEQ ID NO：2992)；
反义链：5
′‑
fCfAmAfAmUfCmUfGmGfAmCfCmCfUmGfGmGfCmUfCmC*fG*mG
‑3′
(SEQ ID NO：3033)有义链：5
′‑
mGmGfAmGf℃mCfCmAfGmGfGmUfCmCfAmGfAmUfUmUfG
‑3′
(SEQ ID NO：2993)；反义链：5
′‑
fGfGmAfCmUfCmCfGmGfGmAfGmGfCmCfCmGfUmCfUmC*fU*mC
‑3′
(SEQ ID NO：3042)有义链：5
′‑
mGmAfGmAfCmGfGmGfCmCfUmCfCmCfGmGfAmGfUmCfC
‑3′
(SEQ ID NO：3002)；反义链：5
′‑
fCfUmCfAmAfAmGfCmAfGmGfCmUf℃mGf℃mAfGmGfGmC*fC*mU
‑3′
(SEQ ID NO：3030)有义链：5
′‑
mGmCfCmCfUmGf℃mGfAmGfCmCfUmGfCmUfUmUfGmAfG
‑3′
(SEQ ID NO：2990)；反义链：5
′‑
fAfUmUfCmCfCmGf℃mCfGmGfUmGfCmUfGmCfCmUf℃mA*fG*mC
‑3′
(SEQ ID NO：3036)有义链：5
′‑
mUmGfAmGfGmCfAmGfCmAfCmCfGmGf℃mGfGmGfAmAfU
‑3′
(SEQ ID NO：...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓肯，
申请(专利权)人：达因疗法公司，
类型：发明
国别省市：