鉴定表位和互补位的方法技术

本公开是鉴定靶多肽上表位的方法和鉴定抗体上互补位的方法。抗体上互补位的方法。抗体上互补位的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定表位和互补位的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2018年12月24日提交的美国临时申请号62/784,617的权益。上述申请的内容通过引用的方式全文纳入本文。

技术介绍

[0003]抗体结合靶抗原具有高特异性和亲和性。在分子上，通过抗体(互补位)和抗原(表位)中的氨基酸子集促进结合，这些氨基酸有助于结合发生能量有利的相互作用。确定控制抗体
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抗原相互作用的结构特征对于理解抗体的作用机制和作为辅助抗体工程改造尝试的参考是很重要的。X射线共结晶学是确定抗体
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抗原复合物结构的领先方法，可以高分辨率详细描述结构互补位和表位。然而，高分辨率共结晶结构的获取具有相当大的资源、通量和专业技术专门知识需求。其他表征互补位和表位的方法提供了更高的通量和实验可及性，但通常在分辨率上有所折衷。通过竞争结合的表位分箱(binning)或通过丙氨酸扫描的表位表征均提供比晶体学分析更高的速度和通量，但不能提供分子细节或晶体学分析中表征的综合性。因此，本领域中需要用于鉴定在抗体和其识别的抗原之间表位和互补位区域的改进方法。
[0004]专利技术概述
[0005]在一个方面中，本公开的特征在于一种鉴定靶多肽(例如，本文所述的靶多肽)上表位的方法，该方法包括：
[0006](a)将抗体分子(例如，本文所述抗体分子)与多种靶多肽变体结合；
[0007](b)获取(例如，富集)多种表现出改变(例如，降低)与抗体分子结合的变体；
[0008](c)确定(例如，计算)多种所获取(例如，富集)的变体中各自的富集评分；
[0009](d)生成抗体分子
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靶多肽对接模型，其中所述抗体分子
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靶多肽对接模型根据富集评分进行约束；且
[0010](e)基于抗体分子
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靶多肽对接模型，鉴定靶多肽上能够被抗体分子结合的位点；
[0011]从而鉴定靶多肽上的表位。
[0012]在一个实施方式中，所述改变的结合包括改变结合亲和力，例如，降低的结合亲和力。
[0013]在一个实施方式中，步骤(a)包括将抗体分子与展示多种靶多肽的变体的文库结合。在一个实施方式中，步骤(a)包括将抗体分子与包含表达(例如，展示)多种靶多肽的变体的多种细胞的文库结合。在一个实施方式中，多种细胞中的每一种表达靶多肽的大约一种独特的变体。在一个实施方式中，细胞是真核细胞，例如，酵母细胞。
[0014]在一个实施方式中，多种变体包括靶多肽的一种或多种表面残基上的突变。在一个实施方式中，多种变体包括靶多肽的选定表面残基的不同突变。在一个实施方式中，多种变体包括靶多肽的多种选定表面残基的各自不同突变。
[0015]在一个实施方式中，相对于靶多肽的野生型氨基酸序列，多种变体包括单氨基酸取代。在一个实施方式中，相对于靶多肽的野生型氨基酸序列，多种变体中的每一种包括单
氨基酸取代。在一个实施方式中，单氨基酸取代发生在靶多肽的表面残基处。
[0016]在一个实施方式中，改变(例如，降低)结合包括相对于检测到的野生型靶多肽和抗体的结合，检测到的变体和抗体分子结合的改变(例如，降低)。
[0017]在一个实施方式中，步骤(b)包括获得(例如，富集)表现出少于约80％(例如，少于约0.01％、0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)的野生型靶多肽表现出的抗体分子结合的变体。在一个实施方式中，降低的结合是至少约20％(例如，至少约20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％)的野生型靶多肽表现出的结合。
[0018]在一个实施方式中，步骤(b)包括获得(例如，富集)细胞，其表现出少于约80％(例如，少于约0.01％、0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)的包含野生型靶多肽的细胞表现出的抗体分子结合。在一个实施方式中，降低的结合是至少约20％(例如，至少约20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％)的包含野生型靶多肽的细胞表现出的结合。
[0019]在一个实施方式中，步骤(b)包括对表现出与抗体分子结合降低的变体进行一次或多次，例如，两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多次富集。
[0020]在一个实施方式中，该方法进一步包括，例如，在步骤(c)之前，例如，通过测序编码变体的基因，例如，通过下一代测序，鉴定表现出抗体分子结合改变(例如，降低)的变体。
[0021]在一个实施方式中，步骤(c)包括确定多个获得的(例如，富集的)变体中的每一个的出现频率。在一个实施方式中，步骤(c)进一步包括总计在特定残基处包含不同突变的每个变体的出现的频率和/或加权(例如，重度加权(heavily weighting))具有更高出现频率的变体。
[0022]在一个实施方式中，富集评分对靶多肽的氨基酸序列的单个残基是特异性的。在一个实施方式中，每个富集评分对靶多肽的氨基酸序列的不同单个残基是特异的。
[0023]在一个实施方式中，该方法进一步包括用靶多肽的多种变体的重复重复步骤(a)
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(c)至少一次(例如，一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多)，且其中步骤(c)进一步包括省略一种或多种混杂突变，例如，超过50％重复具有高于30％的富集评分的突变，和超过75％重复具有高于15％的富集评分的突变。
[0024]在一个实施方式中，通过添加一种或多种吸引约束(attractive constraint)来约束抗体分子
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靶多肽对接模型，任选地，其中吸引约束是用于富集评分高于第一预选值的残基。在一个实施方式中，第一预选值介于20％和40％之间，例如，介于25％和35％之间，例如，约25％、约30％或约35％。在一个实施方式中，吸引约束包括基于富集评分的线性缩放奖励(linearly scaled bonus)。
[0025]在一个实施方式中，通过为富集评分小于第二预选值的残基添加排斥约束(repulsive constraint)来约束抗体分子
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靶多肽对接模型。在一个实施方式中，第二预选值在5％和20％之间，例如，介于10％和15％之间，例如，约10％、约12.5％或约15％。
[0026]在一个实施方式中，步骤(d)包括在抗体分子模型和靶多肽模型之间生成对接姿势。在一个实施方式中，步骤(d)包括在抗体本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种鉴定靶多肽上表位的方法，所述方法包括：(a)将抗体分子与多种所述靶多肽的变体结合；(b)获取(例如，富集)多种表现出对所述抗体分子结合降低(例如，结合亲和力降低)的变体；(c)确定(例如，计算)多种所述获取(例如，富集)的变体中各自的富集评分；(d)生成抗体分子
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靶多肽对接模型，其中所述抗体分子
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靶多肽对接模型根据所述富集评分约束；且(e)基于所述抗体分子
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靶多肽对接模型，鉴定所述靶多肽上能够被所述抗体分子结合的位点；从而鉴定靶多肽上的表位。2.如权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括将所述抗体分子与展示多种所述靶多肽的变体的文库结合。3.如权利要求1或2所述的方法，其中步骤(a)包括将所述抗体分子与包含表达(例如，展示)多种所述靶多肽的变体的多种细胞的文库结合。4.如权利要求3所述的方法，其中所述多种细胞中的每一种表达所述靶多肽的大约一种独特的变体。5.如权利要求3或4所述的方法，其中所述细胞是真核细胞，例如，酵母细胞。6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多种变体包括所述靶多肽的一个或多个表面残基上的突变。7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多种变体包括所述靶多肽的选定表面残基上的不同突变。8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多种变体包括多种所述靶多肽的选定表面残基上每一种的不同突变。9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中相对于所述靶多肽的野生型氨基酸序列，所述多种变体包括单氨基酸取代。10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中相对于所述靶多肽的野生型氨基酸序列，所述多种变体各自包括单氨基酸取代。11.如权利要求9或10所述的方法，其中所述单氨基酸取代发生在所述靶多肽的表面残基处。12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中相对于检测到的野生型靶多肽和所述抗体的结合，所述结合降低包括检测到的所述变体和所述抗体分子结合的降低。13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括获得(例如，富集)表现出少于约80％(例如，少于约0.01％、0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)的野生型靶多肽表现出的所述抗体分子结合的变体。14.如权利要求13所述的方法，其中所述结合降低是至少约20％(例如，至少约20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％)的所述野生型靶多肽表现出的结合。
15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括获得(例如，富集)表现出少于约80％(例如，少于约0.01％、0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)的包含野生型靶多肽的细胞表现出的所述抗体分子结合的细胞。16.如权利要求15所述的方法，其中所述结合降低是至少约20％(例如，至少约20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％)的所述包含所述野生型靶多肽的细胞表现出的结合。17.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括对表现出与所述抗体分子结合降低的变体进行一次或多次，例如，两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多次富集。18.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括，例如，在步骤(c)之前，例如，通过测序编码所述变体的基因，例如，通过下一代测序，鉴定所述表现出与所述抗体分子结合降低的变体。19.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(c)包括确定多种所述获得的(例如，富集的)变体的每一个的出现频率。20.如权利要求19所述的方法，其中步骤(c)进一步包括总计所述在特定残基处的包含不同突变的各个变体出现频率和/或对具有更高出现频率的变体进行重度加权。21.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述富集评分对所述靶多肽的所述氨基酸序列的单个残基是特异的。22.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中每个富集评分对所述靶多肽的所述氨基酸序列的不同单个残基是特异的。23.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括用靶多肽的多种变体的重复重复步骤(a)
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(c)至少一次(例如，一次、两次、三次、四次、五次或更多)，且其中步骤(c)进一步包括省略一种或多种混杂突变，例如，超过50％重复具有高于30％的富集评分的突变，和超过75％重复具有高于15％的富集评分的突变。24.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述抗体分子
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【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：威特拉公司，
类型：发明
国别省市：