一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物、应用及检测方法技术

本发明专利技术公布了一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物、应用及检测方法，通过设计检测引物组合物cg04557677

【技术实现步骤摘要】
ID NO.2所示，所述cg04557677
‑
S的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0008]在一个优选的实施方案中，所述JAK3启动子甲基化位点为cg04557677，所述cg04557677位于基因启动子转录起始位点上游340bp处。
[0009]本专利技术第二方面提供一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物在制备JAK3启动子甲基化检测工具中的应用。
[0010]在一个优选的实施方案中，所述检测工具包括但不限于作为单独检测试剂、检测试剂盒。
[0011]本专利技术还提供一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物在制备肾癌检测检测工具中的应用。
[0012]在一个优选的实施方案中，上述应用中JAK3启动子甲基化位点为cg04557677，所述cg04557677位于基因启动子转录起始位点上游340bp处。
[0013]本专利技术第三方面提供JAK3启动子甲基化的检测工具，所述工具包括上述的引物组合物。
[0014]本专利技术第四方面提供一种利用上述的引物组合物检测JAK3启动子甲基化的方法，包括以下步骤；
[0015]S1、待测样本DNA的提取；
[0016]S2、对步骤S1提取的样本DNA进行转化和纯化处理；
[0017]S3、利用上游引物cg04557677
‑
F和下游引物cg04557677
‑
Rbio对步骤S2得到的DNA进行PCR扩增；
[0018]S4、利用测序引物cg04557677
>‑
S对步骤S3得到的扩增后的PCR产物进行焦磷酸测序。
[0019]在一个优选的实施方案中，步骤S2中样本DNA的浓度大于50ng/μL，样本的总量大于500ng。
[0020]在一个优选的实施方案中，步骤S3中扩增的反应体系如下：
[0021][0022]加水至25μL，反应程序为98℃10s，55℃30s，72℃30s，40个循环；72℃，1min；4℃，保持。
[0023]本专利技术中JAK3(Janus kinase 3)基因在genebank中的登录号为NC_000019.10，位于19号染色体上，基因组序列全长为23290bp(17824782
‑
17848071)。
[0024]本专利技术的有益效果如下：
[0025](1)本专利技术发现JAK3启动子甲基化位点可以作为一种新的肾癌DNA标志物，通过设
计JAK3启动子甲基化的检测引物，利用检测引物对肾癌进行检测，在肾癌早期检测和诊断、预后中有重要的价值。
[0026](2)本专利技术中JAK3启动子甲基化水平可作为肾癌分级分期的的标准，操作简便，可行性强，准确性高，具有临床诊断和指导意义，在制备用于肾癌检测的工具中具有中大应用。
[0027](3)本专利技术所述的甲基化检测方法适用范围广，相对于检测JAK3基因上的突变位点，DNA的甲基化广泛存在于各种肿瘤中，且DNA甲基化修饰稳定，不容易降解，便于保存和运输。
附图说明
[0028]图1为cg04557677位点的甲基化水平与肾癌中的表达水平及与JAK3的表达和患者生存时间的关系；
[0029]图2为cg04557677位点的甲基化水平与肾癌病人分期分级的关系；
[0030]图3为中山大学肿瘤医院组织标本库申请肾癌患者的cg04557677位点的甲基化水平以及生存时间的结果。
具体实施方式
[0031]下面将结合本专利技术实施例，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0032]此外，术语“第一”、“第二”仅用于描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此，限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。在本专利技术的描述中，“多个”的含义是两个或两个以上，除非另有明确具体的限定。
[0033]在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示意性实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本公开的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
[0034]一、JAK3基因上的甲基化位点
[0035]首先根据基因TCGA数据库中的甲基化芯片数据，发现与正常组织相比，JAK3基因上的甲基化位点cg04557677在肾癌中异常低甲基化，同时发现此位点甲基化程度与JAK3的表达负相关以及cg04557677甲基化程度越高，生存时间越长，结果如图1所示，其中图1
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a表示cg04557677在肾癌中低甲基化，图1
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b表示cg04557677甲基化程度与JAK3的表达负相关，图1
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c表示患者cg04557677甲基化程度越高，生存时间越长。
[0036]基于TCGA数据库肾透明细胞癌数据分析，cg04557677在分级高的病人、在T分期高的病人、在分期高的病人、N分期高的病人中以及在有远处转移的病人中均呈现低甲基化水平，分析结果如图2所示，其中图2
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a表示cg04557677在分级高的病人中呈现低甲基化，图2
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b表示cg04557677在T分期高的病人中呈现低甲基化，图2
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c表示cg04557677在分期高的病人中呈现低甲基，图2
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d表示cg04557677在在N分期高的病人中呈现低甲基化，图2
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e表示cg04557677在在有远处转移的病人中呈现低甲基化。
[0037]二、检测JAK3启动子甲基化的方法
[0038]1、设计引物cg04557677
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F、cg04557677
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Rbio和cg04557677
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S，引物由生工生物(SangonBiotech)公司合成，具体引物序列如下：
[0039]cg04557677
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F(SEQ ID NO:1)：AGATGGGTAAATTGAGGTAATAAGG；
[0040]cg04557677
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Rbio(SEQ ID NO:2)：CTCAACCCACTCTAAACCCACTTATTAAAT；
[0041]cg04557677
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S(SEQ ID NO:3)：ATTGAGGTAATAAGGGT。
[0042]2、按照商品化基因组提取试剂盒(天根生化科技(本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物，其特征在于，所述引物组合物包括上游引物cg04557677
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F、下游引物cg04557677
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Rbio和测序引物cg04557677
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S，所述cg04557677
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F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述cg04557677
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Rbio的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述cg04557677
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S的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。2.根据权利要求1所述的一种JAK3启动子甲基化的检测引物组合物，其特征在于，所述JAK3启动子甲基化位点为cg04557677，所述cg04557677位于基因启动子转录起始位点上游340bp处。3.权利要求1所述的JAK3启动子甲基化的检测引物组合物在制备JAK3启动子甲基化检测工具中的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述检测工具包括但不限于作为单独检测试剂、检测试剂盒。5.权利要求1所述的JAK3启动子甲基化的检测引物组合物在制备肾癌检测工具中的应用。6.根据权利要求3
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【专利技术属性】
技术研发人员：邓务国，龙谦，李振江，
申请(专利权)人：湖南灵康医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：