【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于浆细胞耗竭的抗BCMACAR-T-细胞相关申请的交叉引用本申请要求2018年4月27日提交的美国临时专利申请号62/663,974和2018年11月29日提交的美国临时专利申请号62/773,058的优先权权益，所述美国临时专利申请各自的公开内容以其整体通过引用并入本文。序列表本申请含有已经以ASCII格式电子提交且在此以其整体通过引用并入的序列表。所述ASCII拷贝，在2019年4月26日创建，命名为052984-515001WO_SL_ST25.txt，且大小为295,038字节。领域本公开涉及用于个体中的受控浆细胞耗竭的组合物和方法。具体而言，所述组合物包括用于生成允许控制T细胞的存活和/或增殖的生理功能的合成的化学诱导的信号复合物(CISC)的通用结构。进一步提供了使用此类组合物、诸如用于治疗各种疾病和病况的方法。背景嵌合抗原受体(CAR)是工程改造受体，其用于对用于过继细胞免疫疗法中的T细胞进行基因工程改造(参见Pule,M.等人(2003).Cytother.,5(3):211-226;Restifo,N.P.等人(2012).Nat.Rev.Immunol.12(4):269-281)。抗原结合刺激CAR的细胞内区段上的信号传导结构域，由此活化信号传导途径。基于CAR的过继细胞免疫疗法已被用于治疗患有常规护理标准治疗难治的肿瘤的癌症患者(参见Grupp,S.A.等人(2013).N.Engl.J.Med.368(16):1509-1518;Kalos,M.等人(2011...
【技术保护点】
1.工程改造的T细胞，其包含：a)内源T细胞受体α (
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180427 US 62/663974;20181129 US 62/7730581.工程改造的T细胞，其包含：a)内源T细胞受体α(TRA)基因，其被修饰以编码非功能性T细胞受体α恒定(TRAC)结构域；和b)编码嵌合抗原受体(CAR)的核酸，所述嵌合抗原受体(CAR)可以识别B细胞成熟抗原(BCMA)。
2.权利要求1的细胞，其中可以识别BCMA的CAR包含细胞外BCMA识别结构域、跨膜结构域、共刺激结构域和细胞质信号传导结构域。
3.权利要求2的细胞，其中所述细胞外BCMA识别结构域是可以特异性结合BCMA的抗体部分。
4.权利要求3的细胞，其中所述抗体部分包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其包含来自SEQIDNO:55的重链互补决定区(HC-CDR)1、HC-CDR2、HC-CDR3、轻链互补决定区(LC-CDR)1、LC-CDR2和LC-CDR3。
5.权利要求3或4的细胞，其中所述抗体部分是scFv。
6.权利要求2-5中任一项的细胞，其中所述CAR跨膜结构域包含CD8跨膜结构域，所述CAR共刺激结构域包含4-1BB和/或CD28共刺激结构域，和/或所述CAR细胞质信号传导结构域包含CD3-ζ细胞质信号传导结构域。
7.权利要求1-6中任一项的细胞，其中b)编码可以识别BCMA的CAR的核酸被插入内源TRA基因的编码TRAC结构域的区域，或b)编码可以识别BCMA的CAR的核酸被插入内源IL2RG基因。
8.权利要求1-7中任一项的细胞，其进一步包含c)一种或多种编码二聚化可活化化学诱导的信号传导复合物(CISC)的多肽组分的核酸，其中所述CISC的多肽组分包含：
i)第一CISC组分，其包含第一细胞外结合结构域或其部分、铰链结构域、跨膜结构域和信号传导结构域或其部分；和
ii)第二CISC组分，其包含第二细胞外结合结构域或其部分、铰链结构域、跨膜结构域和信号传导结构域或其部分；
其中所述第一CISC组分和所述第二CISC组分被配置为使得当表达时，它们在配体存在的情况下二聚化以产生有信号传导能力的CISC。
9.权利要求8的细胞，其中所述第一CISC组分的信号传导结构域包含IL-2受体亚基γ(IL2Rγ)细胞质信号传导结构域。
10.权利要求9的细胞，其中所述IL2Rγ细胞质信号传导结构域包含SEQIDNO:50的氨基酸序列或其与SEQIDNO:50的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
11.权利要求8-10中任一项的细胞，其中所述第一细胞外结合结构域或其部分包含FK506结合蛋白(FKBP)结构域或其部分。
12.权利要求11的细胞，其中所述FKBP结构域包含SEQIDNO:47的氨基酸序列或其与SEQIDNO:47的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
13.权利要求8-12中任一项的细胞，其中所述第二CISC组分的信号传导结构域包含IL-2受体亚基β(IL2Rβ)细胞质信号传导结构域。
14.权利要求13的细胞，其中所述IL2Rβ细胞质信号传导结构域包含SEQIDNO:51的氨基酸序列或其与SEQIDNO:51的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
15.权利要求8-14中任一项的细胞，其中所述第二细胞外结合结构域或其部分包含FKBP雷帕霉素结合(FRB)结构域或其部分。
16.权利要求15的细胞，其中所述FRB包含SEQIDNO:48的氨基酸序列或其与SEQIDNO:48的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
17.权利要求8-16中任一项的细胞，其中所述第一和第二CISC组分的跨膜结构域独立地包含IL-2受体跨膜结构域。
18.权利要求8-17中任一项的细胞，其中1)一个或多个编码所述第一CISC组分的核酸被插入内源IL2RG基因，且一个或多个编码所述第二CISC组分的核酸被插入内源TRA基因的编码所述TRAC结构域的区域；或2)一个或多个编码所述第一CISC组分的核酸被插入内源TRA基因的编码所述TRAC结构域的区域，且一个或多个编码所述第二CISC组分的核酸被插入内源IL2RG基因。
19.权利要求1-18中任一项的细胞，其中所述配体是雷帕霉素或雷帕霉素类似物(rapalog)。
20.权利要求19的细胞，其中所述rapalog选自依维莫司、CCI-779、C20-甲代烯丙基雷帕霉素、C16-(S)-3-甲基吲哚雷帕霉素、C16-iRap、AP21967、霉酚酸钠、盐酸贝尼地平、AP1903或AP23573或其代谢物、衍生物和/或其组合。
21.权利要求1-20中任一项的细胞，其中所述配体以0.05nM至100nM的量存在或提供。
22.权利要求1-21中任一项的细胞，其进一步包含d)一种或多种编码嵌合受体的核酸，所述嵌合受体包含细胞外β2-微球蛋白结构域、跨膜结构域、共刺激结构域和细胞质信号传导结构域。
23.权利要求22的细胞，其中所述嵌合受体跨膜结构域包含CD8跨膜结构域，所述嵌合受体共刺激结构域包含4-1BB共刺激结构域，和/或所述嵌合受体细胞质信号传导结构域包含CD3-ζ细胞质信号传导结构域。
24.权利要求23的细胞，其中所述嵌合受体包含SEQIDNO:65的氨基酸序列或其与SEQIDNO:65的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
25.权利要求22-24中任一项的细胞，其中d)一种或多种编码所述嵌合受体的核酸被插入内源TRA基因的编码所述TRAC结构域的区域，或d)一种或多种编码所述嵌合受体的核酸被插入内源IL2RG基因。
26.权利要求1-25中任一项的细胞，其进一步包含g)编码可选择标志物的核酸。
27.权利要求26的细胞，其中所述可选择标志物是截短的低亲和力神经生长因子受体(tLNGFR)多肽。
28.权利要求27的细胞，其中所述tLNGFR多肽包含SEQIDNO:66的氨基酸序列。
29.权利要求26-28中任一项的细胞，其中编码所述可选择标志物的核酸被插入内源TRA基因的编码TRAC结构域的区域，或编码所述可选择标志物的核酸被插入内源IL2RG基因。
30.权利要求1-29中任一项的细胞，其进一步包含e)编码赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽的核酸。
31.权利要求30的细胞，其中所述赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽赋予对他克莫司(FK506)和/或环孢菌素A(CSA)的抗性。
32.权利要求30或31的细胞，其中所述赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽是突变型钙调神经磷酸酶(CN)多肽。
33.权利要求32的细胞，其中所述突变型CN多肽赋予对他克莫司(FK506)和环孢菌素A(CSA)的抗性。
34.权利要求32或33的细胞，其中所述突变型CN多肽是CNb30(SEQIDNO:67)。
35.权利要求30-34中任一项的细胞，其中所述编码赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽的核酸被插入内源TRA基因的编码TRAC结构域的区域，或所述编码赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽的核酸被插入内源IL2RG基因。
36.权利要求1-35中任一项的细胞，其进一步包含f)编码雷帕霉素的哺乳动物靶标(mTOR)激酶的FKBP-雷帕霉素结合(FRB)结构域多肽的核酸。
37.权利要求36的细胞，其中所述FRB结构域多肽在细胞内表达。
38.权利要求36或37的细胞，其中所述FRB结构域多肽包含SEQIDNO:68或69的氨基酸或与SEQIDNO:68或69的氨基酸具有至少90%序列同源性的变体。
39.权利要求36-38中任一项的细胞，其中编码所述FRB结构域多肽的核酸被插入内源TRA基因的编码TRAC结构域的区域，或编码所述FRB结构域多肽的核酸被插入内源IL2RG基因。
40.指导RNA(gRNA)，其包含与内源TRA基因中的编码所述TRAC结构域的区域内或附近的序列互补的序列。
41.权利要求40的gRNA，其中所述gRNA包含SEQIDNO:1-3中任一者的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:1-3中任一者具有至少85%同源性的变体。
42.指导RNA(gRNA)，其包含与内源IL2RG基因内或附近的序列互补的序列。
43.权利要求42的gRNA，其中所述gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:4-18中任一者具有至少85%同源性的变体。
44.系统，其包含：a)第一gRNA和/或第二gRNA，其中所述第一gRNA是权利要求40或41的gRNA，且所述第二gRNA是权利要求42或43的gRNA；和b)RNA-指导的核酸内切酶(RGEN)或编码RGEN的核酸。
45.权利要求44的系统，其进一步包含c)一种或多种供体模板，其包含编码以下的核酸：
i)可以识别B细胞成熟抗原(BCMA)多肽的CAR；
ii)第一CISC组分，其包含第一细胞外结合结构域或其部分、铰链结构域、跨膜结构域和信号传导结构域或其部分或其功能衍生物；和
iii)第二CISC组分，其包含第二细胞外结合结构域或其部分、铰链结构域、跨膜结构域和信号传导结构域或其部分，
其中所述第一CISC组分和所述第二CISC组分被配置为使得当由T细胞表达时，它们在配体存在的情况下二聚化以产生能够促进T细胞的存活和/或增殖的有信号传导能力的CISC。
46.权利要求45的系统，其中可以识别BCMA的CAR包含细胞外BCMA识别结构域、跨膜结构域、共刺激结构域和细胞质信号传导结构域。
47.权利要求46的系统，其中所述细胞外BCMA识别结构域是可以特异性结合BCMA的抗体部分。
48.权利要求47的系统，其中所述抗体部分包含重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)，其包含来自SEQIDNO:55的重链互补决定区(HC-CDR)1、HC-CDR2、HC-CDR3、轻链互补决定区(LC-CDR)1、LC-CDR2和LC-CDR3。
49.权利要求47或48的系统，其中所述抗体部分是scFv。
50.权利要求46-49中任一项的系统，其中所述CAR跨膜结构域包含CD8跨膜结构域，所述CAR共刺激结构域包含4-1BB和/或CD28共刺激结构域，和/或所述CAR细胞质信号传导结构域包含CD3-ζ细胞质信号传导结构域。
51.权利要求45-50中任一项的系统，其中所述第一CISC组分的信号传导结构域包含IL-2受体亚基γ(IL2Rγ)结构域。
52.权利要求51的系统，其中所述IL2Rγ细胞质信号传导结构域包含SEQIDNO:50的氨基酸序列或其与SEQIDNO:50的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
53.权利要求45-52中任一项的系统，其中所述第一细胞外结合结构域或其部分包含FK506结合蛋白(FKBP)结构域或其部分。
54.权利要求53的系统，其中所述FKBP结构域包含SEQIDNO:47的氨基酸序列或其与SEQIDNO:47的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
55.权利要求45-54中任一项的系统，其中所述第二CISC组分的信号传导结构域包含IL-2受体亚基β(IL2Rβ)结构域。
56.权利要求55的系统，其中所述IL2Rβ细胞质信号传导结构域包含SEQIDNO:51的氨基酸序列或其与SEQIDNO:51的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
57.权利要求45-56中任一项的系统，其中所述第二细胞外结合结构域或其部分包含FKBP雷帕霉素结合(FRB)结构域或其部分。
58.权利要求57的系统，其中所述FRB包含SEQIDNO:48的氨基酸序列或其与SEQIDNO:48的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
59.权利要求45-58中任一项的系统，其中所述第一和第二CISC组分的跨膜结构域独立地包含IL-2受体跨膜结构域。
60.权利要求45-59中任一项的系统，其中所述配体是雷帕霉素或rapalog。
61.权利要求60的系统，其中所述rapalog选自依维莫司、CCI-779、C20-甲代烯丙基雷帕霉素、C16-(S)-3-甲基吲哚雷帕霉素、C16-iRap、AP21967、霉酚酸钠、盐酸贝尼地平、AP1903或AP23573或其代谢物、衍生物和/或其组合。
62.权利要求45-61中任一项的系统，其中c)一种或多种供体模板进一步包含编码以下中的一种或多种的核酸：
iv)嵌合受体，其包含细胞外β2-微球蛋白结构域、跨膜结构域、共刺激结构域和细胞质信号传导结构域；
v)可选择标志物；
vi)赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽；或
vii)雷帕霉素的哺乳动物靶标(mTOR)激酶的FKBP-雷帕霉素结合(FRB)结构域多肽。
63.权利要求62的系统，其中所述嵌合受体跨膜结构域包含CD8跨膜结构域多肽，所述嵌合受体共刺激结构域包含4-1BB共刺激结构域，和/或所述嵌合受体细胞质信号传导结构域包含CD3-ζ细胞质信号传导结构域。
64.权利要求63的系统，其中所述嵌合受体包含SEQIDNO:65的氨基酸序列或其与SEQIDNO:65的氨基酸序列具有至少85%同源性的变体。
65.权利要求62-64中任一项的系统，其中所述可选择标志物是截短的低亲和力神经生长因子受体(tLNGFR)多肽。
66.权利要求65的系统，其中所述tLNGFR多肽包含SEQIDNO:66的氨基酸序列。
67.权利要求62-66中任一项的系统，其中所述赋予对一种或多种钙调神经磷酸酶抑制剂的抗性的多肽是突变型钙调神经磷酸酶(CN)多肽。
68.权利要求67的系统，其中所述突变型CN多肽是CNb30(SEQIDNO:67)。
69.权利要求62-68中任一项的系统，其中所述FRB结构域多肽包含SEQIDNO:68或69的氨基酸或与SEQIDNO:68或69的氨基酸具有至少90%序列同源性的变体。
70.权利要求44-69中任一项的系统，其中所述RGEN选自Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(也称为Csn1和Csx12)、Cas100、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1、Cse2、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4和Cpf1核酸内切酶或其功能衍生物。
71.权利要求44-70中任一项的系统，其中所述RGEN是Cas9。
72.权利要求44-71中任一项的系统，其中编码RGEN的核酸是核糖核酸(RNA)序列。
73.权利要求72的系统，其中所述编码RGEN的RNA序列经由共价键连接至所述第一gRNA或所述第二gRNA。
74.权利要求45-73中任一项的系统，其包含腺相关病毒(AAV)载体，所述腺相关病毒(AAV)载体包含一种或多种供体模板之一。
75.权利要求74的系统，其中所述AAV载体包含SEQIDNO:19-46中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:19-46中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体。
76.权利要求74或75的系统，其包含所述第一gRNA和第一AAV载体以及所述第二gRNA和第二AAV载体，其中
(A)所述第一gRNA包含SEQIDNO:1的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:1的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:28、31、34和37中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:28、31、34和37中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体；
(B)所述第一gRNA包含SEQIDNO:2的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:2的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:29、32、35和38中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:29、32、35和38中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体；或
(C)所述第一gRNA包含SEQIDNO:3的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:3的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:30、33、36和39中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:30、33、36和39中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:40-44中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体。
77.权利要求74或75的系统，其包含：
(A)所述第一gRNA包含SEQIDNO:1的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:1的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:19或22的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:19或22的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:45的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:45的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体；
(B)所述第一gRNA包含SEQIDNO:2的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:2的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:20或23的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:20或23的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:45的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:45的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体；或
(C)所述第一gRNA包含SEQIDNO:3的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:3的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:21或24的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:21或24的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第二gRNA包含SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列及其与SEQIDNO:4-18中任一者的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，且所述第二AAV载体包含SEQIDNO:45的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:45的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体。
78.权利要求74或75的系统，其包含：
(A)所述第一gRNA包含SEQIDNO:1的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:1的多核苷酸序列具有至少85%同源性的变体，所述第一AAV载体包含SEQIDNO:25的多核苷酸序列或其与SEQIDNO:2...
【专利技术属性】
技术研发人员：G·科斯特，
申请(专利权)人：克里斯珀医疗股份公司，拜尔健康护理有限责任公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH
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