一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法技术

本发明专利技术提供一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，包括以下步骤：步骤A:通过预先构造好的分子/蛋白质等结构和输入文件，先进行npt系综动力学模拟过程，获得平衡态的结构；步骤B:运行基于哈密顿量的副本交换动力学计算，获得足够多的轨迹数据；步骤C:解析轨迹文件，再与各种prmtop组合,生成新的amber计算输入，计算组合后的每个构象对应的单点能;步骤D:使用正则表达式提取log文件中的能量数值，同时清理中间临时文件，完成单个分子的计算过程。本发明专利技术的方法配置灵活，可以同时处理多个分子的自由能计算，使用者需要简单地写好配置文档，通过配置生成运行时脚本，按照设定好的流程自动执行，也可指定某几步部分计算，计算解耦性好。

A scheduling method for free energy perturbation computation in heterogeneous cluster environment

【技术实现步骤摘要】
一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法
本专利技术属于高性能计算和药物设计
，具体为一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，：使用在异构(cpu+gpu)架构集群中，为自由能微扰计算服务提供高效的资源利用和微调度需求。
技术介绍
现代计算机硬件gpu的更新换代，使得显卡gpu具备了强大的数据并行计算能力，将cpu与gpu结合起来构建异构集群很容易获得强大的计算能力，特别适合计算密集型的应用，而且越来越多的高性能计算(HPC)用户正在向基于GPU的群集迁移，来运行其科学和工程应用。在异构计算环境中允许用户计算模型中同时使用CPU和GPU，其中，应用的连续部分在CPU上运行，而计算密集的部分在GPU上运行。通过挖掘GPU的大规模并行能力、用户运行应用程序的速度和传统的基于CPU的模式相比，速度得到极大的提升。在众多的药物设计方法中，自由能微扰计算(FEP)是评估药物小分子和靶点结合强度的一种高精度方法，它可以有效的去除假阳性分子，提高设计成功率，加速新药研发的进程。基于增强采样算法，高精度分子力场(Xforce)和严谨本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，其特征在于，包括以下步骤：/n步骤A:通过预先构造好的分子/蛋白质等结构和输入文件，先进行npt系综动力学模拟过程，获得平衡态的结构；/n步骤B: 运行基于哈密顿量的副本交换动力学计算；每个副本的温度都是相同的，但是每个副本都对应一个标度因子即lambda,值在0-1之间，每个lambda都是用来影响副本的成键和非成键的相互作用，每个副本跑预先步数的分子动力学模拟，根据metropolis标准，相邻的每个副本构型可以进行交换，在相空间上取样并完成计算；/n步骤C:完成之后解析轨迹文件，与各种prmtop 组合,生成新的amber计算输入，计算...

【技术特征摘要】
1.一种用于异构集群环境中的自由能微扰计算调度方法，其特征在于，包括以下步骤：
步骤A:通过预先构造好的分子/蛋白质等结构和输入文件，先进行npt系综动力学模拟过程，获得平衡态的结构；
步骤B:运行基于哈密顿量的副本交换动力学计算；每个副本的温度都是相同的，但是每个副本都对应一个标度因子即lambda,值在0-1之间，每个lambda都是用来影响副本的成键和非成键的相互...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘增辉，何咪，杨明俊，赖力鹏，马健，温书豪，
申请(专利权)人：深圳晶泰科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44