基于纳米孔测序的泌尿宏基因组样本建库和检测方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本的去宿主、建库和测序鉴定方法。本发明专利技术通过优化泌尿宏基因组样本的去宿主和建库方法，降低样本后续建库失败几率、减少扩增偏好性和宿主样本检出，保证了泌尿宏基因组样本测序鉴定的准确性性、客观性和便捷性，有效改善漏测或少测的常见假阴性问题，提高检出率，适于推广应用。

Construction and detection of urinary macrogenomic samples based on nanopore sequencing

【技术实现步骤摘要】
基于纳米孔测序的泌尿宏基因组样本建库和检测方法
本专利技术涉及生物
，具体而言，涉及一种基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本的建库和检测方法。
技术介绍
宏基因组测序克服了很多不能培养的病原体的鉴定弊端，被越来越多地应用于泌尿系统感染的临床样本鉴定中，特别是不明原因感染病原体鉴定及混合细菌感染。但是目前主流的高通量测序方法还是主要基于NGS二代测序方法，该方法鉴定通常从样本到结果的周期较长(＞72h)；测序读长短，增加生信拼接的难度和时长，同时短读长的准确度低；另一方面，大多数临床样本中，由于炎症反应等，往往存在大量的人类DNA，病原体DNA只占很少一部分，得到的测序数据中只有很小的一部分能够用于真正的物种鉴定，并且从大量的原始数据中通过生物信息学方法，过滤掉人类序列需要大量的计算能力且耗时较长，也会影响临床样本中低丰度病原体鉴定的敏感性。随着技术的不断发展，纳米孔测序以其包括超长序列读长、实时数据产生和生信分析和设备小巧便携等卓越的特征，为感染微生物病原体分析鉴定提供了巨大的希望。目前基于纳米孔测序平台开发的快速鉴定流程中，英国本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于，所述去宿主方法包括：/n尿液样本离心；/n宿主DNA游离；/n宿主DNA降解；/n菌体收集；/n所述宿主DNA游离步骤包括：用终浓度0.1-0.5％(w/v)的Saponin游离宿主DNA 5-15min；/n所述宿主DNA降解步骤包括：用终浓度0.3-1％(v/v)的HL-SAN降解宿主DNA 10-20min。/n

【技术特征摘要】
1.一种尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于，所述去宿主方法包括：
尿液样本离心；
宿主DNA游离；
宿主DNA降解；
菌体收集；
所述宿主DNA游离步骤包括：用终浓度0.1-0.5％(w/v)的Saponin游离宿主DNA5-15min；
所述宿主DNA降解步骤包括：用终浓度0.3-1％(v/v)的HL-SAN降解宿主DNA10-20min。


2.权利要求1所述的尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于：
所述宿主DNA游离步骤包括：用终浓度0.22％(w/v)的Saponin游离宿主DNA10min；
所述宿主DNA降解步骤包括：用终浓度0.49％(v/v)的HL-SAN降解宿主DNA15min。


3.权利要求2所述的尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于：
所述样本离心步骤包括：取泌尿样本12300g离心后PBS重悬混匀；
所述菌体收集步骤包括：PBS重悬后10000g再离心3min，弃上清获得去宿主样本。


4.权利要求3所述的尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于：
所述样本离心步骤包括：取泌尿样本，12300g离心5min，弃上清，250ulPBS重悬沉淀，混匀；
所述宿主DNA游离步骤包括：加终浓度0.22％(w/v)的Saponin，室温10min，加350ul无菌水混匀，30s后加12ul5MNaCl混匀；
所述宿主DNA降解步骤包括：10000g离心5min后PBS重悬，加终浓度0.49％(v/v)的HL-SAN混匀，37...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨帆，吴苏生，郭晓东，赵成娜，胡龙，李杜衡，涂浩波，任用，
申请(专利权)人：北京先声医学检验实验室有限公司，江苏先声医学诊断有限公司，南京先声医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11