结直肠癌标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种结直肠癌标志物及其应用。所述标志物包括选自下列中的至少一种：SEQ ID NO:1；来源于消化链球菌且与所述SEQ ID NO:1具有95％以上同源性的核酸序列。同时还提供了引物对、核酸探针、构建体以及试剂盒以及对待测者进行结直肠癌检测的系统。通过本发明专利技术提供的标志物可以实现结直肠癌的快速检测。

【技术实现步骤摘要】
结直肠癌标志物及其应用
本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种结直肠癌标志物及其应用，尤其涉及一种结直肠癌标志物、引物对、核酸探针、试剂盒以及对待测者进行结直肠癌检测的系统。
技术介绍
据统计，结直肠癌(colorectalcancer，CRC)在各类癌症中发病率排名第三，致死率排名第四，近55％的发病案例发生在较发达国家。在年龄小于40岁的人中发生率较低，但随着年龄增加发生率亦逐渐增高。通常认为饮食习惯的西方化会增加CRC发病率，但目前美国及其他高收入国家发病率却保持稳定甚至下降，推测与乙状结肠镜检查及结肠镜下的息肉切除术的增加有关。结直肠癌也是目前最可预防的肿瘤之一，医学界认为如果及早发现，肠癌是最易治愈的癌症。传统的结直肠癌筛选方法主要是结肠镜检查，另外还有活体组织检查和脱落细胞学检查，这几种检查方法都是侵入式的，尤其是脱落细胞学检查取材繁琐，不易获得满意的标本，临床应用少。所以如果没有相关症状，很多人并不愿意去做结直肠癌的早期筛查。因此，针对结直肠癌的早期诊断和筛查，还需要进一步改进。
技术实现思路
本专利技术旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种结直肠癌肿瘤标志物、引物对、试剂盒以及对待测者进行结直肠癌检测的系统。本专利技术提供的结直肠癌肿瘤标志物能够用于结直肠癌病人的早期筛查和诊断。本专利技术是基于专利技术人的如下发现所获得的：人体肠道微生物组包含了数量巨大的微生物，它们参与食物药物代谢、人体免疫调节，在保持人体健康中起着极其重要的作用。有大量文献报道消化链球菌与结直肠癌有很强的相关性，研究疾病的不同阶段中微生物组成分的改变能够作为一种新的用于癌症诊断及预后效果测试的手段：因此本研究想通过测定肠道中消化链球菌的特定基因，来对结直肠癌的发生与发展进行早期检测和及时干预治疗。在有case-control的人群中对消化链球菌的特异性基因进行定量PCR(qPCR)检测，确定基因的量，分析并验证这些基因预测结直肠癌的概率。以开发结直肠癌患者的肠道微生物基因检测试剂盒，为广大人群提供快速简便的结肠癌早期筛查、诊断的有效措施。为实现结直肠癌的早期预警、诊断和干预提供依据。具体而言，本专利技术提供了如下技术方案：根据本专利技术的第一方面，本专利技术提供了一种结直肠癌标志物，所述结直肠癌标志物包括选自下列中的至少一种：SEQIDNO:1；或者来源于消化链球菌且与所述SEQIDNO:1具有95％以上同源性的核酸序列。研究表明消化链球菌与结直肠癌具有很强的相关性，本专利技术通过利用宏基因组测序研究，筛选了消化链球菌中与结直肠癌相关性强的特定核酸序列，作为结直肠癌检测的标志物，能够用于结直肠癌的早期诊断和筛查。其中，结直肠癌标志物可以为SEQIDNO:1，也可以是来源于消化链球菌且与SEQIDNO:1具有95％以上同源性的核酸序列，优选为具有98％以上同源性的核酸序列，更优选为具有99％以上同源性的核酸序列。通过这些标志物可以用来反映结直肠癌的情况。在本专利技术的一些实施例中，所述来源于消化链球菌且与所述SEQIDNO:1具有同源性的核酸序列可以表现为：与SEQIDNO:1所示核酸序列存在密码子简并的核酸序列。即将SEQIDNO:1所示核酸序列进行同义替换所得到的核酸序列，也可以作为结直肠癌标志物。根据本专利技术的第二方面，本专利技术提供了一组引物对，所述引物对能够特异性扩增本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物中的至少之一，所述引物对选自SEQIDNO:6～SEQIDNO:13中的任意一对，其中SEQIDNO:6～SEQIDNO:13中每两个相邻编号的核酸序列为一对。通过这些引物对，能够特异性扩增SEQIDNO:1或其同源序列，从而可以用作结直肠癌的早期诊断和检测。根据本专利技术的第三方面，本专利技术提供了一种核酸探针，所述核酸探针能特异性捕获包括本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物。设计核酸探针捕获本专利技术所用到的结直肠癌标志物，能够实现结直肠癌的快速检测。根据本专利技术的第四方面，本专利技术提供了一种构建体，所述构建体包括根据本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物。通过将结直肠癌标志物构建到载体上，形成构建体，可以用作阳性标准品，用来表征结直肠癌的诊断情况。在本专利技术的一些实施例中，所述构建体为含有本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物的重组载体。在本专利技术的一些实施例中，所述载体为质粒。例如利用pUC57质粒，将本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物构建到质粒中，形成重组质粒，从而可以作为阳性标准品，用来表征结直肠癌的诊断情况。根据本专利技术的第五方面，本专利技术提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括用于检测本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物的试剂。在本专利技术的一些实施例中，所述试剂盒包括以下至少之一：本专利技术第二方面所述的引物对；本专利技术第三方面所述的核酸探针；和/或本专利技术第四方面所述的构建体。根据本专利技术的第六方面，本专利技术提供了一种对待测者进行结直肠癌检测的系统，包括：定量装置，所述定量装置用来确定所述待测者的粪便DNA中的所述靶标核酸的含量，所述靶标核酸为本专利技术第一方面所述的标志物；判断装置，所述判断装置与所述定量装置相连，所述判断装置基于所述靶标核酸的含量，确定所述待测者是否为结直肠癌患者。本专利技术所述“对待测者进行结直肠癌检测的系统”也可以根据需要表述为“对待测者进行结直肠癌检测的设备”，指的是能够用于结直肠癌检测的一种产品或者装置。在本专利技术的一些实施例中，以上对待测者进行结直肠癌检测的系统可以进一步附加如下技术特征：在本专利技术的一些实施例中，所述定量装置能够按照包括如下步骤的方法确定所述待测者的粪便DNA中的所述靶标核酸的含量：对所述靶标核酸进行PCR扩增，确定所述待测者的粪便DNA中的所述靶标核酸的含量。在本专利技术的一些实施例中，所述PCR为荧光定量PCR。在本专利技术的一些实施例中，所述判断装置基于如下标准来确定所述待测者是否为结直肠癌患者：所述靶标核酸的含量大于等于预定阈值，则所述待测者为结直肠癌患者；所述靶标核酸的含量小于预定阈值，则所述待测者为非结直肠癌患者。在本专利技术的一些实施例中，所述预定阈值是通过下列方法确定的：以由结直肠癌患者和非结直肠癌患者组成的群体为研究对象，对所述群体中每个个体的粪便DNA中的所述靶标核酸分别进行荧光定量PCR扩增，以便获得检测结果；基于所述检测结果绘制ROC曲线，并从所述ROC曲线中找出灵敏度和特异性最佳的点；基于所述灵敏度和特异性最佳的点，对应所述荧光定量PCR，得到所述靶标核酸的拷贝数(绝对数值)即为所述预定阈值。根据本专利技术的实施例，在利用检测结果绘制ROC曲线的时候，依照结直肠癌患者和非结直肠癌患者分组的方式绘制ROC曲线。其中，所述靶标核酸的拷贝数(绝对数值)是采用标准曲线法获得的，用的是已知拷贝数的标准品做的标准曲线。根据本专利技术的实施例，所述预定阈值为73.09943。附图说明图1是根据本专利技术的一个实施例提供的箱形图(boxplot)结果。图2是本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种结直肠癌标志物，其特征在于，所述结直肠癌标志物包括选自下列中的至少一种：/nSEQ ID NO:1；/n来源于消化链球菌且与所述SEQ ID NO:1具有同源性的核酸序列，所述同源性为95％以上。/n

【技术特征摘要】
1.一种结直肠癌标志物，其特征在于，所述结直肠癌标志物包括选自下列中的至少一种：
SEQIDNO:1；
来源于消化链球菌且与所述SEQIDNO:1具有同源性的核酸序列，所述同源性为95％以上。


2.根据权利要求1所述的结直肠癌标志物，其特征在于，所述来源于消化链球菌且与所述SEQIDNO:1具有同源性的核酸序列为与SEQIDNO:1所示核酸序列存在密码子简并的核酸序列。


3.一组引物对，其特征在于，所述引物对能够特异性扩增权利要求1或2所述的结直肠癌标志物中的至少之一，所述引物对选自SEQIDNO:6～SEQIDNO:13中的任意一对，其中SEQIDNO:6～SEQIDNO:13中每两个相邻编号的核酸序列为一对。


4.一种核酸探针，其特征在于，所述核酸探针能特异性捕获包括权利要求1或2所述的结直肠癌标志物。


5.一种构建体，其特征在于，所述构建体包括权利要求1或2所述的结直肠癌标志物。


6.根据权利要求5所述的构建体，其特征在于，所述构建体为含有权利要求1或2所述的结直肠癌标志物的重组载体；
任选地，所述载体为质粒。


7.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测权利要求1或2所述的结直肠癌标志物的试剂；
任选地，所述试剂盒包括以下至少之一：
权利要求3所述的引物对；
权利要求4所述的核酸探针；
权利要求5或6所述的构建体。

【专利技术属性】
技术研发人员：李南南，易吉，吴逵，朱师达，罗慧娟，陈小芳，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44