伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒技术

本发明专利技术的目的在于使用规定的基因多态性来预测伊立替康的治疗效果。本发明专利技术中对APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡的基因多态性进行分析，并基于该基因多态性的基因型进行判定。

The therapeutic effect prediction method of irinotecan and its kit

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒
本专利技术涉及伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒。
技术介绍
伊立替康(CPT-11)是由喜树来源的抗肿瘤性生物碱喜树碱合成的抗癌剂，已知在肺癌和转移性结肠癌等癌症的治疗中有用。伊立替康由肝脏代谢，由此转化为活性代谢物SN-38，从而表现出抗肿瘤作用。伊立替康通过抑制促进DNA复制的酶拓扑异构酶而表现出优异的抗癌作用，但作为副作用，也有报告称其具有较大的毒性，如白细胞减少和引发腹泻。葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferase：UGT)是催化葡萄糖醛酸与药物、异物或内源性物质如胆红素、类固醇激素、胆汁酸等进行合成反应的酶，已知在编码该酶的基因之一的UGT1A1中存在基因多态性。上述SN-38通过该UGT经结合反应而失活，从而被排泄出去。并且，有报告称UGT1A1基因多态性与作为抗癌剂的伊立替康(CPT-11)的副作用出现有关。即，报告称携带引起UGT活性下降的UGT1A1基因多态性的人的白细胞减少和严重腹泻等重度副作用的风险会升高。UGT1A1基因多态性之一的UGT1A1*28在启动子区域TATA框中的TA序列的重复为7次，而在占多数的野生型(UGT1A1*1)中为6次，这一区别即TA2碱基的插入导致基因的表达量降低，结果导致UGT活性下降。另外，在UGT1A1基因中，至少存在9个异构体即UGT1A1、UGT1A3～UGT1A10。各异构体也与上述UGT1A1基因相同，已知有各种基因多态性。这些基因多态性中，有的会影响UGT的酶活性和基因的表达量等，有的则被报告与伊立替康的副作用出现有关。另一方面，为了诊断伊立替康的副作用，利用Invader法的UGT1A1基因多态性诊断试剂盒(美国TWT公司)正在作为诊断药而进入实用阶段。但是，这些方法存在判别精度低、分析成本高的问题。此外，专利文献1公开了通过使用对应于UGT1A1基因中上述UGT1A1*28多态性的核酸探针的杂交法，从而有效判定该UGT1A1*28多态性的方法。另外，专利文献2公开了通过全面分析基于临床信息(伊立替康的副作用是否产生)和UGT1A基因多态性信息分组的患者基因组(外显子组分析)，由此进行不将UGT1A基因多态性作为原因的新型伊立替康的副作用相关因子进行探索的结果。专利文献2举出了APCDD1L基因、R3HCC1基因、OR51I2基因、MKKS基因、EDEM3基因或ACOX1基因作为辅助预测伊立替康副作用发生风险的因子。现有技术文献专利文献专利文献1：日本特开2008-072913号公报专利文献2：国际公布WO2016/132736
技术实现思路
专利技术所要解决的问题另外，上述基因多态性与预测伊立替康给药时的副作用发生频率有关。但是，与伊立替康的治疗效果相关的基因多态性尚且不明，从而无法判定伊立替康给药时的治疗效果。因此，本专利技术的目的在于提供一种鉴定与伊立替康治疗效果相关的基因多态性，使用该基因多态性预测伊立替康治疗效果的方法，或者辅助判定治疗效果的方法。解决问题的技术方案本专利技术人为了解决上述问题而进行了潜心研究，结果从与伊立替康副作用相关的基因多态性中发现特定的基因多态性与伊立替康的治疗效果相关，从而完成了本专利技术。本专利技术包含以下内容：(1)一种判定伊立替康治疗效果的方法，所述方法为：对在采集自受试者的生物试样中的基因组DNA中存在的APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行分析，判定该基因多态性的基因型，并基于判定的基因型来判定伊立替康的治疗效果。(2)根据(1)所述的方法，其特征在于，由所述rs1980576鉴定的基因多态性为单核苷酸多态性，其在SEQIDNO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中，在第186位野生型为腺嘌呤而突变型为鸟嘌呤。(3)根据(1)所述的方法，其特征在于，当由所述rs1980576鉴定的基因多态性为野生型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果高；当为突变型与野生型的杂合子时，判定具有伊立替康的治疗效果；当为突变型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果低。(4)根据(1)所述的方法，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。(5)一种用于判定伊立替康治疗效果的探针组，包括：寡核苷酸，其在严格条件下与连续5～50个碱基的区域进行杂交，所述连续5～50个碱基的区域包含APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性。(6)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，所述5～50个碱基的区域包含SEQIDNO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中的第186位。(7)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，包括：对应于由所述rs1980576鉴定的基因多态性中野生型的野生型探针；以及对应于该基因多态性中突变型的突变型探针。(8)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。予以说明，本专利技术的用于判定伊立替康治疗效果的探针组也可以是伊立替康治疗效果判定试剂盒，所述试剂盒包含使样本所含的上述5～50个碱基的区域扩增的引物。即，本专利技术的试剂盒也可以包括：引物，其使连续5～50个碱基的区域特异性扩增，所述连续5～50个碱基的区域包含APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性；以及上述用于判定治疗效果的探针组，其与该扩增的区域特异性杂交。此外，本专利技术的试剂盒也可以包括在扩增上述区域时所需要的各种试剂和/或在使扩增的区域与上述核酸探针特异性杂交时所需要的各种试剂。另外，通过将上述用于判定伊立替康治疗效果的探针组固定在载体上，能够作为用于判定伊立替康治疗效果的DNA芯片。本说明书包含了作为本申请的优先权基础的日本专利申请号2017-122569号的公开内容。专利技术效果根据本专利技术，能够利用检测基因多态性这一简便的方法来高精度地判定伊立替康治疗效果。附图说明图1是表示对于接受含伊立替康方案治疗的日本结肠癌患者140个病例，分析a)～f)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果(除减量病例、UGT1A1*6、UGT1A1*28、复合杂合性(compoundheterogeneous)以外的140个病例中的统计分析结果)的特性图。图2是表示与图1同样地对于140个病例，分析g)～k)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果(除减量病例、UGT1A1*6、UGT1A1*28、复合杂合性(compoundheterogeneous)以外的140个病例中的统计分本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种判定伊立替康治疗效果的方法，所述方法为：对在采集自受试者的生物试样中的基因组DNA中存在的APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行分析，判定该基因多态性的基因型，并基于判定的基因型来判定伊立替康的治疗效果。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170622 JP 2017-1225691.一种判定伊立替康治疗效果的方法，所述方法为：对在采集自受试者的生物试样中的基因组DNA中存在的APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行分析，判定该基因多态性的基因型，并基于判定的基因型来判定伊立替康的治疗效果。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，由所述rs1980576鉴定的基因多态性为单核苷酸多态性，其在SEQIDNO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中，在第186位野生型为腺嘌呤而突变型为鸟嘌呤。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，当由所述rs1980576鉴定的基因多态性为野生型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果高；当为突变型与野生型的杂合子时，判定具有伊立替康的治疗效果；当为突变型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果低。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，与由所述rs19...

【专利技术属性】
技术研发人员：恒富亮一，硲彰一，永野浩昭，
申请(专利权)人：国立大学法人山口大学，东洋钢钣株式会社，
类型：发明
国别省市：日本;JP