【技术实现步骤摘要】
一种用于检测人类NTRK1、2、3基因是否发生融合突变的引物组合的设计方法
本专利技术涉及基因检测领域，特别涉及一种用于检测人类NTRK1、NTRK2和NTRK3基因是否发生融合突变的引物组合的设计方法。
技术介绍
NTRK融合是各种成人和儿童癌症的驱动因素。这些致癌改变要么在选择的肿瘤类型中高度富集，要么在包括常见肿瘤在内的其他癌症的子集中很少发现。第一代TRK抑制剂larotrectinib和entrectinib已证明在患有NTRK融合的多种癌症的成人和儿科患者中具有组织学依赖性和年龄独立活性。神经营养因子酪氨酸激酶受体（NTRK）基因包含NTRK1、NTRK2和NTRK3，分别负责编码原肌凝蛋白受体激酶（TrK）家族蛋白TrKA、TrKB和TrKC的合成，在中枢和周围神经系统发育及细胞生存过程中发挥重要作用。神经营养因子与TrK蛋白质结合后可诱导受体二聚体化、磷酸化并激活下游PI3K、RAS/MAPK/ERK和PLC-γ的信号级联通路。TRK信号通路的改变，能够导致激酶的组成型激活或过表达，引起肿瘤的发生和发...
【技术保护点】
1.一种用于检测人类NTRK1、2、3基因是否发生融合突变的引物组合的设计方法，其特征在于：包括以下步骤：/n步骤1：提取检测样本中的RNA,所述样本需来自新鲜样本，例如新鲜血液、手术切除/穿刺的肿瘤新鲜样本/超低温冷冻样本/保存在RNA稳定液中的样本；/n步骤2：将提取的RNA逆转录为cDN，以cDNA为模板设计人类NTRK1、NTRK2和NTRK3基因的引物组合；/n步骤3：预判融合突变发生后，NTRK1、NTRK2、NTRK3基因与其他基因的相对位置，根据相对位置关系设计引物组：/na.如果融合后，其他基因位于所述基因下游polyA端（即3’端），沿所述基因cDNA的...
【技术特征摘要】
1.一种用于检测人类NTRK1、2、3基因是否发生融合突变的引物组合的设计方法，其特征在于：包括以下步骤：
步骤1：提取检测样本中的RNA,所述样本需来自新鲜样本，例如新鲜血液、手术切除/穿刺的肿瘤新鲜样本/超低温冷冻样本/保存在RNA稳定液中的样本；
步骤2：将提取的RNA逆转录为cDN，以cDNA为模板设计人类NTRK1、NTRK2和NTRK3基因的引物组合；
步骤3：预判融合突变发生后，NTRK1、NTRK2、NTRK3基因与其他基因的相对位置，根据相对位置关系设计引物组：
a.如果融合后，其他基因位于所述基因下游polyA端（即3’端），沿所述基因cDNA的外显子（从小到大）依次在每个外显子上设计上游引物，每个外显子上设计1-2个上游引物，组成引物组1，下游引物固定在polyA3’端（人为添加固定序列接头）；
b.如果融合后，其他基因位于所述基因上游（即5’端），沿所述基因cDNA的外显子（从大到小）依次在每个外显子上设计下游引物，每个外显子上设计1-2个下游引物，组成引物组2，上游引物固定在5’端（人为添加固定序列接头）；
c.实际试验时无法预测所述基因与其他基因发生融合的相对位置，同时选用步骤a和步骤b中的两组引物组（即引物组1和引物组2）。
2.根据权利要求1所述的一种用于检测人类NTRK1、2、3基因是否发生融合突变的引物组合的设计方法，其特征在于：所述引物设计方法以cDNA为模板，沿可能的基因融合发生方向在每个外显子上依次设计引物，组成引物组合，所述引物组合的引物对人类NTRK1、NTRK2和NTRK3发生的未知融合进行扩增，并通过高通量测序的方法，有效分析出所述基因与其他基因发生的未知融合突变类型，本发明所述引物组合中，...
【专利技术属性】
技术研发人员：戴方平，
申请(专利权)人：江苏中方基因生物医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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