猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用。所述的分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位T>C突变，本发明专利技术还提供了一种用于鉴定猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的引物对。本发明专利技术通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高种猪瘦肉率、增大眼肌面积和眼肌厚度，协同选育上述三个性状的优良种猪，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

SNP markers linked to lean meat rate, eye muscle area and eye muscle thickness on porcine chromosome 6 and their application

【技术实现步骤摘要】
猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用
本专利技术属于分子生物技术和分子标记
，具体涉及一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记与应用。
技术介绍
近些年，随着人民生活水平的提高以及对猪肉消费的需求，瘦肉型猪占据了猪肉消费很大的市场份额。因此，优质瘦肉型猪的选育成为育种工作中的重点，影响猪生长的相关性状是重要的育种目标。猪的瘦肉率是指猪含有的瘦肉重量占整个胴体重量的百分比，是衡量猪生长性能的一个重要指标。长期以来，受益于人们对瘦肉的不断追求，瘦肉率取得了显著提高。眼肌面积和眼肌厚度在背膘厚度和瘦肉率的测量中扮演着重要的角色。因此，眼肌面积和眼肌厚度的改良对评估猪的生长性能是重要的参考因素。近百年来，以杜洛克为代表的瘦肉型种猪大多以提高瘦肉率和降低背膘厚度为重要的育种目标。理论上来说，增大眼肌面积和眼肌厚度，背膘厚度则会降低。然而，瘦肉率、眼肌面积和眼肌厚度都是复杂的数量性状，由多基因控制，并且表型不易直接观测。因此采用常规育种方法难以快速实现预期的育种目标。而利用分子生物学的方法，通过先找到同时影响瘦肉率、眼肌面积和眼肌厚度的DNA分子标记，进而筛选优势等位基因用于性状改良，则有望提高瘦肉型种猪的瘦肉率和降低背膘厚度，从而提高猪的生长性能。过去，人们通过候选基因法(Candidategeneapproach)和QTL定位(QTLMapping)进行QTL检测，并且已鉴别到部分影响生长性状的候选基因，如IGF2基因等。候选基因法虽然具有方法简单、操作方便等优点，但只能针对生物学功能已知的基因；而QTL定位方法所鉴定的候选位置基因的置信区域同样较大，这极大地限制了复杂性状分子标记在家畜遗传育种中的应用。随着高通量测序技术的发展及全基因组芯片的出现，使得全基因组关联分析(Genome-wideAssociationStudy，GWAS)在复杂性状遗传解析中效果显著，也打破了猪生长性状分子标记鉴别的瓶颈。
技术实现思路
为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记。本专利技术的另一目的在于提供上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的应用。本专利技术的再一目的在于提供一种鉴定上述SNP分子标记的引物对。本专利技术的第四个目的在于提供上述引物对的应用。本专利技术的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位T>C突变；所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是T或C，导致猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的差异；所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其SNP位点为SEQIDNO:1序列标注位置为333位的T333-C333的核苷酸突变；所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记在鉴定猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关形状和猪遗传育种中的应用；利用上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记筛选高瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度性状的猪品种的方法，包含如下步骤：检测上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，所述分子标记的5’端第333位单核苷酸是T还是C，淘汰C保留T；所述的猪为杜洛克其合成系；所述的猪优选为美系杜洛克及其合成系；一种用于鉴定上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的引物对，包含引物P001-F和引物P002-R，其核苷酸序列如下所示：P001-F：5’-ACTCTTGCCTCCGACTTCTC-3’，P002-R：5’-AGACCTGGTGACATAGTTGATGA-3’；所述的引物对在鉴定猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关性状中的应用；所述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用；所述的引物对在提高猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度中的应用；一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：确定种猪核心群中的种猪的上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择国际猪参考基因组11.1版本6号染色体上第47357966位点为TC、TT基因型的种猪个体，淘汰在第47357966位点为CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率，从而提高后代猪的瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度；所述的猪为杜洛克其合成系；所述的猪优选为美系杜洛克及其合成系；本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)本专利技术研究并确定影响猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的分子标记位于猪的6号染色体上的核苷酸序列上，验证其对瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度性状的影响效应，最终建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪提高瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的遗传改良中，从而提高后代猪的生长性能，提高企业经济利润，增加核心竞争力。通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高种猪瘦肉率、增大眼肌面积和眼肌厚度，协同选育上述三个性状的优良种猪，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。(2)本专利技术提供一种鉴定上述猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的引物对，通过该引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对肉质品质进行选育，加快育种进程。附图说明图1是美系杜洛克猪在6号染色体上关于瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度性状的全基因组关联分析(GWAS)曼哈顿图；其中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示-logP值；A：瘦肉率，B：眼肌面积，C：眼肌厚度。图2是不同基因型猪的瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的表型比例结果分析图；其中，A：瘦肉率，B：眼肌面积，C：眼肌厚度。具体实施方式下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。实施例1(1)实验动物本专利技术所使用的实验猪群群体为温氏食品集团股份有限公司种猪分公司的纯种美系杜洛克3916头，为种猪分公司核心群。本实验共选取该资源群体中美系杜洛克种猪，猪群自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等始终保持一致，为常规方法。(2)样本采集收集上述仔猪断尾及耳组织浸泡于体积分数为75％的乙醇溶液中，置于-20℃冰箱保存备用。(3)猪全基因组50KSNP判型从上述资源群体中选取的3916头杜洛克种猪中的每个个体采集的耳组织或者断尾组织，用标准苯酚-氯仿法提取全基因组DNA，经Nanodrop2000/2000C核酸蛋白检测仪准确测定每一份样品的DNA的浓度和OD比值(OD260/280、OD260/230)。经NanoDrop2000/2000C核酸蛋白检测仪检测合格的DNA样品，按照检测的浓度将DNA稀释至50ng/μL左右。再将6μL已提取好的待测DNA样品与2μLLoadingBuffer混合，上样到质量体积比为1％的琼脂糖凝胶本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位T>C突变；所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是T或C，导致猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的差异。

【技术特征摘要】
1.一种猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列6号染色体上第47357966位T>C突变；所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是T或C，导致猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度的差异。2.权利要求1所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记在鉴定猪瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关形状和猪遗传育种中的应用。3.利用猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记筛选高瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度性状的猪品种的方法，其特征在于包含如下步骤：检测权利要求1所述的猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记，所述分子标记的5’端第333位单核苷酸是T还是C，淘汰C保留T。4.根据权利要求3所述的利用猪6号染色体上与瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度相关的SNP分子标记筛选高瘦肉率、眼肌面积、眼肌厚度性状的猪品种的方法，其特征在于：所述的猪为杜洛克其合成系。5.一种用于鉴定猪6号染色体上...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴珍芳，杨杰，庄站伟，蔡更元，郑恩琴，徐铮，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东,44