【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物技术和分子标记，具体涉及一种位于猪13号染色体上与背膘厚相关的snp分子标记及应用。
技术介绍
1、背膘厚通常指猪背部皮肤和第六根肋骨之间的脂肪层的厚度，它可以反映出猪的瘦肉率。背膘厚越低，说明猪的瘦肉率越高，平均每头猪的经济效益也会越高，选育低背膘厚的种猪能为养殖企业带来更高的经济效益。由于杜洛克猪常用作终端父本能直接影响杜长大三元杂商品猪的生产性能，因此在猪重要经济性状的改良中发挥重要作用，从而影响养殖场的经济效益。若能加快杜洛克猪背膘厚的遗传改良，将会为生猪养殖企业带来巨大的收益。
2、目前，使用连锁分析法和全基因组关联分析(genome-wide association stμdy，gwas)的方法已在猪基因组上鉴别了不少与背膘厚性状相关的qtl和大量单核苷酸多态位点(single nμcleotide polymorphisms，snp)。但基于基因分型芯片的全基因组关联分析的检出效率相对较差，定位的qtl区域较大，不利于重要性状解析的精细定位。然而，对大范围的育种群体进行全基因组水平的测序成本依然较高，因此提出基因型填充技术。
3、基因型填充技术可以通过利用连锁不平衡来推断未观察到的多态性位点的基因型，弥补snp基因分型芯片的密度低的问题，从而克服分辨率的限制。结合基因型填充技术和全基因组关联分析结合的方法，能更精确地鉴别影响基因型和表型之间关联的影响因素，从而能提高平均背膘厚的遗传改良进展，进而提降低后代商品猪的平均背膘厚，提高经济效益。
技
1、为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种位于猪13号染色体上与背膘厚相关的snp分子标记，该分子标记可应用于种猪提高背膘厚的遗传改良中，可提高后代猪的背膘厚，提高企业利润，增加核心竞争力。
2、本专利技术的另一目的在于提供上述snp分子标记的应用。
3、本专利技术的再一目的在于提供一种鉴定上述snp分子标记的引物对。
4、本专利技术的第四个目的在于提供上述引物对的应用。
5、本专利技术的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。
6、本专利技术的目的通过下述技术方案实现：
7、一种位于猪13号染色体上与背膘厚相关的snp分子标记，其snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位的c>t突变，该位点碱基的多态性影响背膘厚性状；
8、所述的snp分子标记的核苷酸序列如seq id no：1所示，其中序列中的m是c或t，导致猪背膘厚性状的显著差异；
9、所述的snp分子标记的snp位点为seq id no:1序列标注位置为68位的c68-t68的单核苷酸突变(对应于国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位，命名为：nc_010442.4:g.160685982c>t)；
10、所述的snp分子标记在鉴定猪背膘厚相关性状和猪遗传育种中应用；
11、一种利用上述snp分子标记筛选低背膘厚的猪品种的方法，包含如下步骤：
12、检测猪13号染色体上上述snp分子标记，所述的分子标记的snp位点单核苷酸是c还是t，淘汰c保留t；
13、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；
14、所述的猪优选为s21系杜洛克及其合成系；
15、一种用于鉴定上述snp分子标记的引物对，包含引物p001-f和p001-r，其核苷酸序列如下：
16、引物p001-f：5’-taagccttggtccctaagca-3’；
17、引物p001-r：5’-ggcatagttaccaaatctcccc-3’；
18、一种用于鉴定上述snp分子标记的试剂盒，包含上述引物对；
19、所述的引物对或试剂盒在鉴定影响猪背膘厚性状中的应用；
20、所述的引物对或试剂盒在降低猪背膘厚中的应用；
21、所述的引物对或试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用；
22、一种用于降低猪背膘厚的方法，包含如下步骤：
23、检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位的基因型，选择第160685982位为tt或tc基因型的个体作为种猪；
24、所述的检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位的基因型的方法，包含如下步骤：
25、(1)提取待测猪的基因组dna；
26、(2)采用上述引物对或上述试剂盒中的引物对作为扩增引物，以步骤(1)获得的待测猪的基因组dna为模板dna，进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；
27、(3)对pcr扩增产物进行测序，得到测序结果；
28、(4)基于测序结果，确定snp分子标记的基因型；
29、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；
30、所述的猪优选为s21系杜洛克及其合成系；
31、一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：
32、确定种猪核心群中的种猪的上述snp分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述的种猪继代群中选择国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位点为tt或tc基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cc基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率，从而提高后代猪的背膘厚；
33、所述的猪为杜洛克猪及其合成系；
34、所述的猪优选为s21系杜洛克及其合成系；
35、本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：
36、(1)本专利技术通过gwas分析策略研究并确定显著影响猪背膘厚的snp，验证其对背膘厚性状的影响效应。将其用于分子标记辅助选择中，建立高效准确的分子标记辅助育种技术，选择对提高平均背膘厚有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，加快种猪育种改良的进程，为生猪养殖带来巨大经济效益。
37、(2)本专利技术提供一种用于鉴定上述位于猪13号染色体上与背膘厚相关的snp分子标记的引物对和试剂盒，通过该引物对和试剂盒，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对性状进行选育，加快育种进程，将其应用于背膘厚相关性状遗传改良中，从而降低猪的背膘厚，进而提高企业利润，增加核心竞争力。
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1.一种位于猪13号染色体上与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位的C>T突变，该位点碱基的多态性影响背膘厚性状；
2.权利要求1所述的SNP分子标记在鉴定猪背膘厚相关性状和猪遗传育种中应用。
3.一种利用权利要求1所述的SNP分子标记筛选低背膘厚的猪品种的方法，其特征在于包含如下步骤：
4.一种用于鉴定权利要求1所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于包含引物P001-F和P001-R，其核苷酸序列如下：
5.一种用于鉴定权利要求1所述的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于包含权利要求4所述的引物对。
6.权利要求4所述的引物对或权利要求5所述的试剂盒在鉴定影响猪背膘厚性状中的应用。
7.权利要求4所述的引物对或权利要求5所述的试剂盒在降低猪背膘厚中的应用。
8.权利要求4所述的引物对或权利要求5所述的试剂盒在猪分子标记辅助育种中的应用。
9.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于包含如下步骤：>
10.根据权利要求9所述的猪的遗传改良的方法，其特征在于：所述的猪为杜洛克猪及其合成系。
...【技术特征摘要】
1.一种位于猪13号染色体上与背膘厚相关的snp分子标记，其特征在于其snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第160685982位的c>t突变，该位点碱基的多态性影响背膘厚性状；
2.权利要求1所述的snp分子标记在鉴定猪背膘厚相关性状和猪遗传育种中应用。
3.一种利用权利要求1所述的snp分子标记筛选低背膘厚的猪品种的方法，其特征在于包含如下步骤：
4.一种用于鉴定权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于包含引物p001-f和p001-r，其核苷酸序列如下：
<...【专利技术属性】
技术研发人员：张泽宾，吴珍芳，杨杰，施嘉欣，阮栋林，郑恩琴，蔡更元，杨济菲，顾婷，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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