用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法技术

本发明专利技术提供了一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法，涉及生物技术领域，本发明专利技术提供的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，能够检测维生素A代谢能力、维生素B6代谢能力、维生素B12代谢能力、维生素C代谢能力、维生素D代谢能力、维生素E代谢能力、钙元素代谢能力、铁元素代谢能力、锌元素代谢能力、硒元素代谢能力、碘元素代谢能力、钠元素代谢能力、酒精代谢能力、叶酸代谢能力、乳糖代谢能力、不饱和脂肪酸代谢能力、饱和脂肪酸代谢能力、胆固醇代谢能力、碳水化合物代谢能力和咖啡因代谢能力，该引物组可以实现特异性检测，准确性高，能够极大的缩短检测周期，同时降低检测成本。

Primers, Applications, Products and Methods for Detecting Nutritional Metabolism Related SNP Loci

【技术实现步骤摘要】
用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法
本专利技术涉及生物
，尤其是涉及一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法。
技术介绍
营养元素在人体中发挥着不可替代的作用，是维持身体健康所必须的，主要包括维生素类、微量矿物质元素以及其他营养物质如乳糖、胆固醇、碳水化合物等。营养元素的缺乏和过量补充都会引发生理机能絮乱或导致其他疾病。大量研究显示，多种营养元素的吸收和代谢与基因的多态性有关，基因的变异会导致合成的代谢酶活性出现差异，从而使机体对营养物质的代谢和吸收产生差异。因此通过基因检测可以评估个体对不同营养物质的吸收代谢能力，及时进行饮食干预，以指导合理补充缺乏的营养元素。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolynorphism，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，SNP在基因组中分布广泛，它是人类可遗传变异中最常见的一种，也是基因测序最常用的突变类型。营养代谢基因检测的位点属于点突变，且为胚系检测。用于SNP检测的方法主要有Sanger测序、Taqman法、高分辨率溶解曲线(HRM)、等位基因特异性PCR(ARMS)、基因芯片法等。但上述方法都存在一些缺点或不足，比如：Sanger测序虽为测序的金标准，可检出未知突变，但是该方法存在通量低，操作繁琐、上样量高等缺点；Taqman法只能检出已知突变，且探针合成价格较高；ARMS法检测灵敏度高，但引物设计困难，对技术人员要求较高等等。综上，目前发现跟营养代谢相关的检测都是基于某一类或某一种营养元素，无法综合评估个体对多种营养元素的吸收和代谢能力。因此，亟需一种经济、快速、易操作的检测方法，为不同个体制定相应的营养补充方案，已达到精准摄入所需营养物质，合理满足膳食以外维生素、微量元素等的需求。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的在于提供一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，以至少缓解现有技术中存在的技术问题之一。本专利技术的第二个目的在于提供上述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组在制备检测营养代谢能力的产品中的应用。本专利技术的第三个目的在于提供一种用于检测营养代谢能力的产品，以缓解现有技术中缺少能够高通量、易操作且低成本的针对营养元素代谢进行检测的产品的技术问题。本专利技术的第四个目的在于提供一种检测营养代谢能力相关SNP位点的方法，以缓解现有的检测方法通量较低、操作繁琐、价格昂贵等技术问题。本专利技术提供了一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，所述营养代谢能力包括：维生素A代谢能力、维生素B6代谢能力、维生素B12代谢能力、维生素C代谢能力、维生素D代谢能力、维生素E代谢能力、钙元素代谢能力、铁元素代谢能力、锌元素代谢能力、硒元素代谢能力、碘元素代谢能力、钠元素代谢能力、酒精代谢能力、叶酸代谢能力、乳糖代谢能力、不饱和脂肪酸代谢能力、饱和脂肪酸代谢能力、胆固醇代谢能力、碳水化合物代谢能力和咖啡因代谢能力。本专利技术还提供了上述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组在制备检测营养代谢能力的产品中的应用。本专利技术还提供了一种用于检测营养代谢能力的产品，所述产品包括所述产品包括用于检测SNP位点的试剂和/或设备，以及上述的引物组。另外，本专利技术还提供了一种检测营养代谢能力相关SNP位点的方法，所述方法包括应用上述的引物组对待测样品基因组中SNP位点的核苷酸进行检测。本专利技术的有益技术效果：1)本专利技术提供的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，能够检测维生素A代谢能力、维生素B6代谢能力、维生素B12代谢能力、维生素C代谢能力、维生素D代谢能力、维生素E代谢能力、钙元素代谢能力、铁元素代谢能力、锌元素代谢能力、硒元素代谢能力、碘元素代谢能力、钠元素代谢能力、酒精代谢能力、叶酸代谢能力、乳糖代谢能力、不饱和脂肪酸代谢能力、饱和脂肪酸代谢能力、胆固醇代谢能力、碳水化合物代谢能力和咖啡因代谢能力，该引物组针对与营养代谢相关的主要突变位点进行设计，可以对与营养代谢相关的位点突变实现特异性检测，准确性高，且检测结果覆盖维生素、矿物质、酒精、叶酸、乳糖、胆固醇、咖啡因、碳水化合物、饱和/不饱和脂肪酸等大部分营养元素的突变位点，能够极大的缩短检测周期，同时降低检测成本，并且，检测结果既可以对某一项营养物质的需求进行预测，又可以综合评估多种营养物质的吸收能力，为个体的健康饮食提供科学参考。2)本专利技术提供的引物组是通过更改优化，包括了引物靶向区段的适当调整、延伸引物方向调整以及引物序列的自身优化调整等，同时经大样本测试实验筛选得到，所有引物序列都能对样本进行准确分型，同时也能够达到质谱检测技术的要求，实现应用MassARRAY对待测样品的营养代谢能力进行快速有效的检测。3)本专利技术提供的用于检测营养代谢能力的产品，包括用于检测SNP位点的试剂和/或设备以及本专利技术提供的引物组，该产品能够对与营养代谢相关的位点突变实现特异性检测，检测成本低、周期短、操作简单且准确度高，目前已投放市场，且经市场检验效果显著，获得极大商业上的回报，具有极大临床应用价值及更开阔的市场推广。4)本专利技术提供的检测营养代谢能力相关SNP位点的方法，包括应用上述的引物组检测待测样品基因组中SNP位点的核苷酸。该方法应用本专利技术提供的引物组能够对维生素、矿物质、酒精、叶酸、乳糖、胆固醇、咖啡因、碳水化合物、饱和/不饱和脂肪酸等20种营养元素相关的39个基因的51个SNP位点进行检测，具有准确性强、灵敏度高、重复性好、成本低、检测周期短、结果直观无需生信介入等特点。5)本专利技术首次将核酸质谱平台运用于多达20种营养物质代谢能力的基因检测中，极大的提高了检测效率，特别适用于批量检测。本专利技术克服了现有技术中一次性检测SNP位点较少的缺陷，且成本低廉，适用于广泛推广；本专利技术所需样本的适应性强，外周血和口腔脱落细胞均能较好的检出；专利技术适用于所有人群，尤其是备孕期及孕期女性、儿童以及需要营养均衡的人群等。附图说明图1为本专利技术实施例1提供的更改引物前的具体的聚类峰图；图2为本专利技术实施例1提供的更改引物后的具体的聚类峰图；图3为本专利技术实施例1提供的rs2298585位点同一例样本在更改引物前的峰图；图4为本专利技术实施例1提供的rs2298585位点同一例样本在更改引物后的峰图；图5为本专利技术实施例1提供的更改引物前的转化效率聚类图；图6为本专利技术实施例1提供的更改引物后的转化效率聚类图；图7为本专利技术实施例2提供的rs1801133位点的聚类图；图8为本专利技术实施例2提供的rs2228570位点的聚类图；图9为本专利技术实施例2提供的rs33972313位点的聚类图；图10为本专利技术实施例2提供的rs6053005位点的聚类图。具体实施方式除非本文另有定义，连同本专利技术使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。术语的含义和范围应当清晰，然而，在任何潜在不明确性的情况下，本文提供的定义优先于任何字典或外来定义。在本申请中，除非另有说明，“或”的使用意味着“和/或”。此外，术语“包括”及其他形式的使用是非限制性的。一般地，连同本文描述的细胞和组织培养、分子生物学、免疫学、微生物学、遗传学以及蛋白和核酸本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述营养代谢能力包括：维生素A代谢能力、维生素B6代谢能力、维生素B12代谢能力、维生素C代谢能力、维生素D代谢能力、维生素E代谢能力、钙元素代谢能力、铁元素代谢能力、锌元素代谢能力、硒元素代谢能力、碘元素代谢能力、钠元素代谢能力、酒精代谢能力、叶酸代谢能力、乳糖代谢能力、不饱和脂肪酸代谢能力、饱和脂肪酸代谢能力、胆固醇代谢能力、碳水化合物代谢能力和咖啡因代谢能力。

【技术特征摘要】
1.一种用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述营养代谢能力包括：维生素A代谢能力、维生素B6代谢能力、维生素B12代谢能力、维生素C代谢能力、维生素D代谢能力、维生素E代谢能力、钙元素代谢能力、铁元素代谢能力、锌元素代谢能力、硒元素代谢能力、碘元素代谢能力、钠元素代谢能力、酒精代谢能力、叶酸代谢能力、乳糖代谢能力、不饱和脂肪酸代谢能力、饱和脂肪酸代谢能力、胆固醇代谢能力、碳水化合物代谢能力和咖啡因代谢能力。2.根据权利要求1所述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述营养代谢能力相关的SNP位点包括：rs1801394、rs174550、rs2298585、rs7975232、rs2241057、rs2108622、rs1544410、rs7501331、rs162036、rs7903146、rs2066702、rs964184、rs1801133、rs921943、rs2282679、rs671、rs10515552、rs12934922、rs41281112、rs1535、rs6053005、rs2228570、rs7412、rs3877899、rs182549、rs6133175、rs4654748、rs5082、rs1801131、rs1800629、rs5219、rs1799986、rs1229984、rs1047781、rs10741657、rs3760776、rs4988235、rs2031920、rs713041、rs762551、rs731236、rs602662、rs174575、rs13266634、rs1050450、rs429358、rs33972313、rs4343、rs855791、rs328和rs255012。3.根据权利要求1或2所述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述引物组序列如SEQIDNO.1-102所示，或者与SEQIDNO.1-102具有至少85％同一性。4.根据权利要求3所述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述引物组还包括SEQIDNO.103-153所示的51个延伸引物。5.如权利要求1-4任一项所述的用于检测营养代谢能力相关SNP位点的引物组在制备检测营养代谢能力的产品中的应用。6.一种用于检测营养代谢能力的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求1-4任一项所述的引物...

【专利技术属性】
技术研发人员：李小方，陈珊珊，赵妍，李翔，李杜衡，肖念清，任用，
申请(专利权)人：南京先声医学检验有限公司，江苏先声医学诊断有限公司，北京先声医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32