与陆川猪背膘厚相关的SNP分子标记及其引物和应用制造技术

本发明专利技术涉及分子标记技术领域，特别涉及与陆川猪背膘厚相关的SNP分子标记及其引物和应用，本发明专利技术通过对ACOX1基因进行测序分析，获得ACOX1基因的亚型序列，通过对其外显子进行测序分析得出与猪背膘厚相关的突变位点：该位点位于第9外显子15T/C、27A/G、127A/G出现了三处突变，可根据这几个突变位点设计相应引物和试剂盒，用于分子标记辅助选择育种，为陆川猪及其杂交选育提供技术支持。

SNP markers associated with back fat thickness of Lu Chuan pigs and their primers and Applications

【技术实现步骤摘要】
与陆川猪背膘厚相关的SNP分子标记及其引物和应用
本专利技术涉及分子标记
，特别涉及与陆川猪背膘厚相关的SNP分子标记及其引物和应用。
技术介绍
随着生活水平的提高,猪肉品质引起了人们的更多关注，背膘厚度是脂肪性状之一，是胴体性状的一个重要指标。降低背膘厚度可以提高瘦肉率,以满足人们的消费需求，同时可以增加养殖者的经济效益。通过研究与脂肪性状相关的基因,利用基因型选择来降低背膘厚度，是胴体性状改良的有效途径。陆川猪作为中国八大优良地方品种之一，具有早熟易肥、产仔数多、肉味鲜美等特点，开展陆川猪脂类代谢相关基因分子机制的研究，阐明陆川猪生长发育及脂肪沉积方面的调控机理，对陆川猪开发利用有重要的意义。申请人为研究猪背膘厚度和基因的连锁关系对ACOX1(脂酰辅酶A氧化酶1)有着深入的研究，在申请人自己发表的论文《陆川猪脂酰辅酶A氧化酶1基因克隆及序列分析》(中国畜牧兽医，2017,44(3)：628-634)中有相关描述：ACOX1在脂肪细胞内参与脂肪酸氧化过程，是体内过氧化物酶β-氧化系统的起始酶，是脂肪酸β-氧化第一步反应的限速酶，在脂肪酸氧化反应中发挥重要的作用，ACOX1特异性催化长链和极长链脂肪酸脱氢氧化形成反式双键的α，β-烯脂酰辅酶A，是脱氢反应的起始酶。ACOX1在动物体内多种组织表达，研究发现在肝脏中其mRNA和蛋白质表达最为丰富，并在肾脏和脂肪组织也有大量的表达。猪的ACOX1基因定位在第17号染色体上,基因与影响日增重、初生重、背膘厚、脂肪酸组成的数量性状遗传位点紧密相连，在脂肪酸代谢中起着重要作用，该文对ACOX1基因进行分析并预测其蛋白质二级结构，但是并未找出与猪背膘肉变异相关的具体位点，在现有技术中，虽然有报道ACOX1基因存在两种亚型，但是，在NCBI上暂时还未找到地方猪种的完整基因序列。仅能做为一个理论基础，并不能切实指导进行陆川猪与背膘肉相关的育种、选育工作。
技术实现思路
鉴于上述内容，有必要提供与陆川猪背膘厚相关的SNP分子标记及其引物和应用，该分子遗传标记准确指出与猪背膘厚相关的基因位点，且根据改位点设计引物，并在猪的育种或者养殖过程中能应用于选育不同背膘厚的猪品种。为达到上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：与背膘厚相关的SNP分子标记，其位于猪ACOX1基因的第9外显子上，该分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，第15位碱基为T或C；第27位碱基为A或G；第127位碱基为A或G。进一步的，所述第15位碱基为C、第127位碱基为G且第27位碱基为G时为AA型；所述第15位碱基为T、第127位碱基为A且第27位碱基为A时为BB型；所述第15位碱基为C，第127位碱基为G且第27位碱基为A时为AB型。进一步的，所述BB型的猪背膘厚度显著高于AA型和AB型。本专利技术还包括用于扩增所述SNP分子标记的引物对，其核苷酸序列如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示。本专利技术还包括利用上述引物对制备而得的试剂盒。本专利技术还包括上述SNP分子标记在厚或薄猪背膘肉品种或品系选育中的用途。进一步的，所述SNP分子标记是通过陆川猪和杜洛克猪杂交后筛选获得的。本专利技术还提供了一种利用所述SNP分子标记在选育或辅助选育背膘厚/薄猪的方法，该方法包括如下步骤：步骤1：提取待选育猪的基因组DNA；步骤2：利用权利要求3所述引物对，将步骤1的基因组DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；步骤3：对步骤2扩增产物进行测序；步骤4：根据步骤3的测序结果，确定步骤1待选育猪的基因型，所述第15位碱基为C、第127位碱基为G且第27位碱基为G时为AA型；所述第15位碱基为T、第127位碱基为A且第27位碱基为A时为BB型；所述第15位碱基为C，第127位碱基为G且第27位碱基为A时为AB型；步骤5：根据步骤4所述的基因型，判定待选育猪的背膘厚度，所述SNP分子标记的基因型为BB时，其背膘厚度大于AB型和AA型；根据育种需求选育不同背膘厚度的猪。本专利技术具有如下有益效果：(1)本专利技术通过对已克隆出的陆川猪ACOX1基因部分CDS区域设计引物再进行测序分析，获得ACOX1基因的亚型序列，通过对其外显子进行测序分析。结果表明陆川猪ACOX1基因存在两种亚型结构，ACOX1基因两个亚型编码区长度为1986bp，编码661个氨基酸，主要差别位于第270位至430位之间，在陆川猪、杜洛克猪、杜陆杂交猪中第9外显子15T/C、27A/G、127A/G出现了三处突变，其中第15位和127位的突变是向关联的，所述第15位碱基为C、第127位碱基为G且第27位碱基为G时为AA型；所述第15位碱基为T、第127位碱基为A且第27位碱基为A时为BB型；所述第15位碱基为C，第127位碱基为G且第27位碱基为A时为AB型；进一步研究发现BB型平均背膘厚为3.143cm要显著高于其他基因型，AB型平均背膘厚1.907cm，要低于其他基因型，可用于分子标记辅助选择育种，为陆川猪及其杂交选育提供技术支持。【附图说明】图1是ACOX1基因第9外显子的3个突变位点测序图；【具体实施方式】为使本专利技术的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂，下面结合附图对本专利技术的具体实施方式做详细的说明。在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本专利技术。但是本专利技术能够以很多不同于在此描述的其它方式来实施，本领域技术人员可以在不违背本专利技术内涵的情况下做类似改进，因此本专利技术不受下面公开的具体实施的限制。实施例1：SNP分子标记的获得：步骤一：F1代样本的获得：分别采集来自广西壮族自治区畜牧研究所地方猪活体基因库猪场的49头陆川猪、55杜洛克猪和191头杜洛克陆川猪杂交F1代的血液样品，样品采集后，放置添加抗凝剂的真空采血管中，并于-20℃保存。步骤二：总cDNA序列的获得：基因组DNA的抽提按常规的酚仿抽提法进行，方法如下：(1)将1mL血液、1mL血液裂解液和5μL蛋白酶K混合，剧烈震荡混匀，56℃水浴过夜。将消化过夜后的样品取出，在空气中冷却10min。(2)将消化后的血液加入等体积的Tris-饱和酚，缓慢颠倒离心管10min，4℃5000rpm离心10min，吸取上清液。(3)重复步骤(2)1次(4)加入等体积的有机溶剂I，其中有机溶剂I由Tris-饱和酚：氯仿：异戊醇按质量比为25：24：1混合制得，颠倒混匀10min，4℃5000rpm离心10min。吸取上清液。(5)加入等体积的有机溶剂II，其中，有机溶剂II由氯仿：异戊醇按质量比为24：1混合制得，混匀10min，4℃条件下5000rpm离心10min。吸取上清液。(6)加-20℃无水乙醇1mL，轻轻倒转，可见絮状沉淀时置于-20℃冷却0.5-3h。取出4℃12000rpm离心5min。(7)弃上清液，加入冷却70％酒精1mL，倒转洗涤，4℃12000rpm离心5min；重复一次。(8)弃上清液，自然干燥，加双蒸水50μL，室温溶解10min。(9)取5μLDNA溶液，1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA完整性。步骤三：PCR扩增以步骤二获得的基因组为模板，采用引物F9、R9对第九外显子进行扩增，得到扩增产物，引物序列如下：F9：5′-AGGTGCCTTCCTCGTCTGTT-3本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于，其位于猪ACOX1基因的第9外显子上，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，第15位碱基为T或C；第27位碱基为A或G；第127位碱基为A或G。

【技术特征摘要】
1.与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于，其位于猪ACOX1基因的第9外显子上，该分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，第15位碱基为T或C；第27位碱基为A或G；第127位碱基为A或G。2.根据权利要求1所述与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于，所述第15位碱基为C、第127位碱基为G且第27位碱基为G时为AA型；所述第15位碱基为T、第127位碱基为A且第27位碱基为A时为BB型；所述第15位碱基为C，第127位碱基为G且第27位碱基为A时为AB型。3.根据权利要求2所述与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于，所述BB型的猪背膘厚度显著高于AA型和AB型。4.根据权利要求1所述与背膘厚相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记是通过陆川猪和杜洛克猪杂交后筛选获得的。5.用于扩增权利要求1-4任意一项所述SNP分子标记的引物对，其核苷酸序列如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示。6...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈宝剑，谢炳坤，张冰，覃兆鲜，潘天彪，关志慧，陈少梅，
申请(专利权)人：广西壮族自治区畜牧研究所，
类型：发明
国别省市：广西,45