焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的引物、试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种焦磷酸测序HNF‑1α基因3′UTR突变位点的引物、试剂盒及检测方法。所述试剂盒包括：焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对、测序引物及分析引物。所述扩增引物对包括序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的第一引物和第二引物，所述测序引物和分析引物的序列分别如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。所述方法包括：利用所述扩增引物对对待检测DNA样本进行PCR扩增，利用所述测序引物和分析引物对PCR扩增产物进行检测。本发明专利技术的PCR扩增产物特异性高，可以有效对HNF‑1α基因3′UTR c.2116G>T突变位点进行分型。

Primers, kits and detection methods for pyrosequencing of the 3 'UTR mutation site of HNF-1 alpha gene

The invention discloses a primer, a kit and a detection method for pyrophosphatic acid sequencing HNF_1a gene 3'UTR mutation site. The kit comprises pyrophosphatic acid sequencing amplified primer pairs, sequencing primers and analysis primers for the 3'-UTR mutation site of HNF-1a gene. The amplified primer pair includes the first and second primers as shown in SEQ ID NO.1 and SEQ ID NO.2, respectively, and the sequence of the sequencing and analysis primers as shown in SEQ ID NO.3 and SEQ ID NO.4, respectively. The method comprises the following steps: PCR amplification of a DNA sample to be tested by the amplified primer, and detection of the PCR amplified product by the sequencing primer and the analysis primer. The PCR amplification product of the invention has high specificity and can effectively type the mutation site of HNF_1a gene 3'UTR C. 2116G > T.

【技术实现步骤摘要】
焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的引物、试剂盒及检测方法
本专利技术涉及分子生物学
，更具体地，涉及一种焦磷酸测序HNF-1α3′UTRc.2116G>T突变位点的引物、试剂盒，以及利用该试剂盒检测HNF-1α3′UTRc.2116G>T突变位点的方法。
技术介绍
青少年起病的成年型糖尿病(Maturity-OnsetDiabetesoftheYoung,MODY)是一组具有高度遗传性和临床异质性的单基因突变糖尿病，是其他特殊类型糖尿病中常见的类型。迄今为止，研究者们已经发现至少存在13种MODY致病基因(Sung-HoonKim:Maturity-OnsetDiabetesoftheYoung:WhatDoCliniciansNeedtoKnowDiabetesMetabJ39:468-477，2008.)。在已报道的MODY中，由HNF-1α基因突变所致的MODY3最为常见，既往流行病学数据显示其发病总数约占MODY总数的30％到50％(ColcloughK,Bellanne-ChantelotC,Saint-MartinC,FlanaganSE,EllardS:Mutationsinthegenesencodingthetranscriptionfactorshepatocytenuclearfactor1alphaand4alphainmaturity-onsetdiabetesoftheyoungandhyperinsulinemichypoglycemia.HumMutat34:669-85,2013.)。MODY3患者常表现为儿童期血糖正常，随着年龄增加，逐渐出现高血糖并进行性加重。对于确诊MODY3的患者，早期使用磺脲类药物治疗效果甚至优于胰岛素，这与常见的青少年糖尿病的治疗策略完全不同。既往研究已经证实参与编码转录因子的基因——肝细胞核因子HNF-1α基因突变是引起MODY3发生的主要原因。HNF-1α基因位于染色体12q24.3，共有10个外显子，其主要表达于胰腺β细胞、肝、肠、胃、肾近曲小管等，是调控胰岛β细胞发育和成熟的关键转录因子之一。HNF-1α与HNF-1β、HNF-4α等共同参与一个转录因子相互作用的网络。在胰岛β细胞中，这些转录因子调节胰岛素基因和在葡萄糖转运、代谢及线粒体代谢过程中涉及蛋白的表达，均与胰岛素分泌有关(CerfME:Transcriptionfactorsregulatingbeta-cellfunction.EurJEndocrinol155:671-9,2006.；GalanM,Garcia-HerreroCM,AzrielS,GargalloM,DuranM:DifferentialeffectsofHNF-1alphamutationsassociatedwithfamilialyoung-onsetdiabetesontargetgeneregulation.MolMed17:256-65,2011.)。到目前为止，共在1247家系中共发现了414种不同的HNF-1α基因突变，突变可以发生在所有外显子。已报道的最常见的突变类型为错义突变(55％)，其他有移码突变(22％)、剪接位点(9％)突变、缺失突变(1.2％)，位于非编码区的启动子区突变占2％(AnikA,Abac1A,E:Maturity-onsetdiabetesoftheyoung(MODY):anupdate.JPediatrEndocrinolMetab28(3-4):251-63,2015)。在非编码突变中，3′UTR的异常是许多疾病重要的分子病理学基础(ConneB,StutzA,VassalliJD:The3'untranslatedregionofmessengerRNA:Amolecular‘hotspot'forpathology.NatMed.6(6):637-41.Review,2000.；KumarMS,SwantonC.KRAS3'-UTRvariantsandstratificationofbreast-cancerrisk.LancetOncol12(4):318-9,2011)。与编码区突变的表型相比，3′UTR区域的突变导致单基因疾病，其表型为轻度的、温和性的非典型临床表现。近年来发现，许多MODY3患者常表现为非典型的临床症状，对于明确诊断这些非典型MODY3患者，为其制定个体化的治疗方案显得尤为重要。本领域技术人员在前期研究中发现了一个位于HNF-1α非翻译区(3′UTR)新的单碱基杂合突变c.2116G>T，该突变既往未见报道。进一步的研究揭示HNF-1α3′UTRc.2116G>T突变会导致miR-1470不能与HNF-1α结合发挥负性调控作用，导致HNF-1α表达上调，进而增加了MODY3发病风险。因此，研究该新发现的HNF-1α基因3′UTR突变位点与MODY3相关性可以为MODY3的发病机制研究提供新的思路，为推进非典型MODY3患者的明确诊断及个体化治疗提供理论依据。但是目前，临床还没有针对HNF-1a3′UTR单碱基杂合突变(c.2116G>T)进行检测的方法。
技术实现思路
本专利技术的主要目的就是针对以上现状，提供一种焦磷酸测序HNF-1α3′UTRc.2116G>T突变位点的引物以及相应试剂盒，以克服现有技术中的不足。本专利技术的另一目的还在于提供一种利用该试剂盒检测HNF-1α3′UTRc.2116G>T突变位点的方法。为实现前述专利技术目的，本专利技术采用的技术方案包括：本专利技术实施例提供了一种焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对，其包括：第一引物，其序列如SEQIDNO.1所示；第二引物，其序列如SEQIDNO.2所示。本专利技术实施例还提供了一种焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的测序引物，所述测序引物的序列如SEQIDNO.3所示。本专利技术实施例还提供了一种焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的分析引物，所述分析引物的序列如SEQIDNO.4所示。本专利技术实施例还提供了一种焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的试剂盒，其包括：前述的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对；前述的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的测序引物；以及，前述的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的分析引物。进一步地，所述试剂盒还包括PCR扩增检测的常规组件。本专利技术实施例还提供了前述的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的试剂盒于检测HNF-1α基因3′UTR突变位点中的用途。本专利技术实施例还提供了一种焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的方法，其包括：提供待检测的DNA样本；利用前述的试剂盒所包含的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对对所述DNA样本进行PCR扩增；利用前述的试剂盒所包含的焦磷酸测序HNF-1α基因3′UTR突变位点的测序引物和分析引物对PCR扩增产物进行检测，从而将HNF-1α基因3′UTRc.2116G&g本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对，其特征在于包括：第一引物，其序列如SEQ ID NO.1所示；第二引物，其序列如SEQ ID NO.2所示。

【技术特征摘要】
1.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对，其特征在于包括：第一引物，其序列如SEQIDNO.1所示；第二引物，其序列如SEQIDNO.2所示。2.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的测序引物，其特征在于，所述测序引物的序列如SEQIDNO.3所示。3.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的分析引物，其特征在于，所述分析引物的序列如SEQIDNO.4所示。4.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的试剂盒，其特征在于包括：权利要求1所述的焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的扩增引物对；权利要求2所述的焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的测序引物；以及，权利要求3所述的焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的分析引物。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于还包括PCR扩增检测的常规组件。6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述PCR扩增检测的常规组件包括TaqDNA聚合酶、PCR反应缓冲液和超纯水，所述PCR反应缓冲液包括脱氧核苷三磷酸混合液。7.权利要求4-6中任一项所述的焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的试剂盒于检测HNF-1α基因3′UTR突变位点中的用途。8.一种焦磷酸测序HNF‐1α基因3′UTR突变位点的方法，其特征在于包括：提供待检测的DNA样本...

【专利技术属性】
技术研发人员：方晨，吴建武，黄健，郭鹤鸣，黄韵，胡吉，
申请(专利权)人：苏州大学附属第二医院，
类型：发明
国别省市：江苏,32