【技术实现步骤摘要】
一种高灵敏的突变位点检测体系、方法及应用
本专利技术涉及生物医学领域,特别涉及一种高灵敏的基因突变检测体系、方法和应用。
技术介绍
基因突变是指基因在结构上发生碱基对组成或排列顺序的改变,如单核苷酸多态性(SNPs)以及未甲基化的核苷酸被转化后碱基的变化。单核苷酸多态性即SNPs是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A,G,C,T)替换而引起的多态性,是新一代多态性遗传标记。SNPs在生物基因组中广泛存在,如人类30亿个碱基中每千个碱基出现一次,在整个基因组共有300万以上的SNPs。SNPs和疾病的发生发展密切相关。细胞基因的甲基化和肿瘤的发生、发展密切相关,非甲基化的胞嘧啶(C)在亚硫酸氢盐作用下转化为尿嘧啶(U),从而成为具有检测价值的突变位点。目前市面上针对基因突变检测的方法有许多,包括一代测序、二代测序,基因芯片、荧光定量PCR(qPCR)技术等。但是在较高的野生型模板的背景下,针对稀有的基因突变的检测能力有限。稀有基因突变,指的是存在大量野生基因序列背景中的极为稀少的基因序列。在癌症病人或是治疗后病人血液中含有少量的肿瘤突变DNA(ct-DNA)以及含有甲基化位点的DNA;孕妇外周血含有少量的胎儿DNA等,这些情况都属于大量野生型背景下的稀有基因检测。许多引起肿瘤的体细胞突变都是掺杂在野生型细胞内的,所提的DNA也是带有大量野生型DNA,同样需要采用稀有基因突变的检测方法。因此,稀有基因突变的检测在癌症筛查和预后跟踪、无创产前筛查等具有十分重要的意义。和测序技术检测基因突变相比,qPCR技术具有迅速、方便、价格低等优点,可以做到对基因突变的高灵 ...
【技术保护点】
1.一种高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,包括:针对野生型基因的野生型引物、针对突变型基因的突变型引物、通用引物、突变型blocker引物和野生型blocker引物;野生型引物为野生型上游引物或野生型下游引物;突变型引物为突变型上游引物或突变型下游引物;通用引物为通用上游引物或通用下游引物;所述的基因突变检测体系为双管PCR体系,其中一管包括野生型引物、突变型blocker引物和通用引物,另一管包括突变型引物、野生型blocker引物和通用引物。
【技术特征摘要】
1.一种高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,包括:针对野生型基因的野生型引物、针对突变型基因的突变型引物、通用引物、突变型blocker引物和野生型blocker引物;野生型引物为野生型上游引物或野生型下游引物;突变型引物为突变型上游引物或突变型下游引物;通用引物为通用上游引物或通用下游引物;所述的基因突变检测体系为双管PCR体系,其中一管包括野生型引物、突变型blocker引物和通用引物,另一管包括突变型引物、野生型blocker引物和通用引物。2.根据权利要求1所述的高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,所述野生型引物和野生型模板互补,所述突变型引物和突变型模板互补;所述野生型引物和突变型引物的3’端的末端碱基或在引物序列中间的一个碱基不同,其它序列相同;所述野生型引物和突变型引物的长度为15-35个碱基。3.根据权利要求2所述的高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,所述通用引物分别和所述野生型模板、突变型模板均互补,其长度为15-35个碱基。4.根据权利要求3所述的高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,所述野生型blocker引物和野生型模板互补,所述突变型blocker引物和突变型模板互补;所述野生型blocker引物和突变型blocker引物的5’端的末端碱基不同或由5’端到引物序列中间所组成的序列片段的一个碱基不同,而其它序列相同;所述野生型blocker引物和突变型blocker引物的长度为15-40个碱基;所述野生型blocker引物和突变型blocker引物不可以发生扩增,所述野生型blocker引物和突变型blocker引物的3’端被修饰基团修饰或3’端有若干个和所述野生型模板、突变型模板均不互补的碱基。5.根据权利要求1所述的高灵敏的基因突变检测体系,其特征在于,所述的通用上游引物选自5’-ACCAGTTGGGCATGTTGA-3’SEQIDNO:1;5’-AGCATTGGAATCCAGAAACCAG-3’SEQIDNO:2;5’-GAATCCAGAAACCAGTTGGGC-3’SEQIDNO:3;5’-TCTCCCTCCCTCCAGGAAGC-3’SEQIDNO:4;5’-GACCGTCGCTTGGTGCA-3’SEQIDNO:5;5’-TACTTGGAGGACCGTCGCT-3’SEQIDNO:6;5’-AGGGCATGAACTACTTGG-3’SEQIDNO:7;野生型下游引物选自:5’-CAAGTCCTCTCTCTGCAATC-3’SEQIDNO:8;5’-CCAAGTCCTCTCTCTGCAATC-3’SEQIDNO:9;5’-GCACCCAGCAGTTTGGCCG-3’SEQIDNO:10;5’-CGAAGGGCATGAGCTGCG-3’SEQIDNO:11;突变型blocker引物选自:5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTACATC-3’SEQIDNO:12;5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTAC-3’SEQIDNO:13;5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTACATCCTG-3’SEQIDNO:14;5’-ATGATGAGCTGCACGGTGGAGGTGAGGCAG-3’SEQIDNO:15;每一个突变型blocker引物的3’端采用磷酸化修饰;突变型下游引物选自:5’-CCAAGTCCTCTCTCTGCAATG-3’SEQIDNO:16;5’-CAAGTCCTCTCTCTGCAATC-3’SEQIDNO:17;5’-GCACCCAGCAGTTTGGCCG-3’SEQIDNO:18;5’-CGAAGGGCATGAGCTGCA-3’SEQIDNO:19;野生型blocker引物选自:5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTACATCCTG-3’SEQIDNO:20;5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTACATC-3’SEQIDNO:21;5’-CACGCGGATAGCTTCTCCAATGTTACATCCTG-3’SEQIDNO:22;5’-AGCCCAAAATCTGTGATCTTGACATGCTGCG-3’SEQIDNO:23;5’-AGCCCAAAATCTGTGATCTTGACATGCT-3’SEQIDNO:24;5’-GTGATGAGCTGCACGGTGGAGGTGAGGCAG-3’SEQIDNO:25;每一个野生型blocker引物3’端采用磷酸化修饰;通用型探针选自:5’-CTGAAAAGTACCTCCATTCGGGT-3’SEQIDNO:26;5’-TTGCTGAAAAGTACCTCCATTCGG-3’SEQIDNO:27;5’-TTTCACCAGTACGTTCCTGGCTGC-3’SEQIDNO:28;5’-CACCAGTACGTT...
【专利技术属性】
技术研发人员:刘兆成,赵国栋,
申请(专利权)人:苏州唯善生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:江苏,32
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