粪便人源基因组DNA特异性纯化方法及试剂盒技术

本发明专利技术属于生物医学领域，具体涉及粪便人源基因组DNA特异性纯化方法及试剂盒，所述试剂盒包括以下组分：ST Buffer、STC buffer、SYS buffer、蛋白酶K溶液、WS1Buffer、WS2Buffer、STE Buffer和纯化柱。本发明专利技术所述试剂盒及纯化方法可以减少肠道微生物DNA的干扰和粪便杂质的干扰，纯化的DNA可用于肠癌粪便DNA检测。纯化的DNA可用于肠癌粪便DNA检测。纯化的DNA可用于肠癌粪便DNA检测。

【技术实现步骤摘要】
粪便人源基因组DNA特异性纯化方法及试剂盒


[0001]本专利技术属于生物医学领域，具体涉及粪便人源基因组DNA特异性纯化方法及试剂盒。

技术介绍

[0002]WHO公布的2020年最新全球结直肠癌发病和死亡数据显示，结直肠癌是全球发病率排第三位，死亡率排第二位的恶性肿瘤。而在中国，结直肠癌发病率高居恶性肿瘤第二位，死亡率高居恶性肿瘤第三位。且随着中国人群的生活水平的逐渐提高，生活方式逐渐西化，中国结直肠癌的发病率和死亡率呈现逐年升高的趋势。
[0003]预防结直肠癌有效方法之一就是进行早期筛查。目前结直肠癌的早期筛查方法有以下几种：1)肠镜，2)粪便隐血，3)粪便DNA检测。肠镜作为肠癌诊断金标准，具有灵敏度高、特异性强等优势，但是其作为一种侵入性的检测手段，痛苦大，患者接受度低，且通量低，难以作为一种初筛手段。粪便隐血操作方便，成本低；但是其灵敏度低，且易受到肠炎、痔疮等干扰；因此在肠癌早筛方面也有一定的局限性。粪便DNA检测是近些年新发展出的肠癌早筛手段，其灵敏度高特异性强的特点使得其正逐渐成为肠癌初筛的主要手段。粪便DNA检测第一步是将粪便中的人源基因组DNA分离纯化，然而粪便中包含着大量的肠道微生物和各种干扰物。如果将粪便中总DNA进行提取，那人源基因组DNA占总DNA的量仅为1/10000～1/1000000，在这样高背景的DNA下去检测人源基因组DNA会导致灵敏低且容易被干扰。同时粪便中干扰物也是粪便人源DNA提取的一个重要难点。

技术实现思路

[0004]基于以上现状和存在的问题，本专利技术提出了一种粪便人源基因组DNA特异性纯化方法及试剂盒，可用于肠癌粪便DNA检测前的样本预处理。
[0005]本专利技术的目的是开发出一种特异性提取粪便人源基因组DNA的方法，减少肠道微生物DNA的干扰和粪便杂质的干扰，纯化的DNA可用于肠癌粪便DNA检测。
[0006]本专利技术提供的技术方案如下：
[0007]一种粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，包括以下组分：ST Buffer、STC buffer、SYS buffer、蛋白酶K溶液、WS1 Buffer、WS2 Buffer和STE Buffer。
[0008]进一步的，包括以下组分：10～40mL ST Buffer、0.5～3mL STC buffer、0.5～4mL SYS buffer、10～100ul蛋白酶K溶液、0.5～1mL WS1 Buffer、0.5～1mL WS2 Buffer和20～500ul STE Buffer。
[0009]进一步的，所述ST Buffer包含0.05～0.5M乙二胺四乙酸二钠，0.01～0.2M Tris
‑
HCl，0.005～0.05M NaCl，0.005～0.05M KCl。
[0010]进一步的，所述STC buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，0.001～0.05M NaCl，0.001～0.05M KCl，0.1～10％氯化锂，0.1～10％聚乙烯吡咯烷酮，0.1～10％十二烷基硫酸钠，0.1～10％十六烷基三甲基溴化铵，0.1～2％乙酸钠。
[0011]进一步的，所述SYS buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，0.001～0.05M NaCl，4～8M胍盐，胍盐包含盐酸胍或硫氰酸胍中的至少一种，1～20％曲拉通100。
[0012]进一步的，所述WS1 Buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，0.001～0.05M NaCl，1～5M胍盐，胍盐包含盐酸胍或硫氰酸胍中的至少一种，1～10％曲拉通100，30～70％醇，所述醇为乙醇或异丙醇中任意一种。
[0013]进一步的，所述WS2 Buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，60～90％醇，所述醇为乙醇或异丙醇中任意一种。
[0014]进一步的，其特征在于，所述STE Buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl。
[0015]一种粪便人源基因组DNA特异性纯化方法，所述方法采用上述试剂盒；
[0016]所述方法包括以下步骤：
[0017]取ST Buffer至离心管中，再取粪便样品至离心管中，充分震荡混匀；将离心冷冻后，室温融化并震荡混匀，离心后取上清加入STC buffer，再次离心后加入SYS buffer和蛋白酶K，混匀后孵育；
[0018]孵育后加入醇，震荡混匀后将混合液加入纯化柱中，离心后倒去收集管中液体；
[0019]加入WS1 Buffer于纯化柱中，离心后倒去收集管中液体；
[0020]加入WS2 Buffer于纯化柱中，离心后倒去收集管中液体；
[0021]更换新的收集管，将纯化柱放置于新的收集管中；
[0022]加入STE Buffer于纯化柱中，离心后得到粪便人源基因组DNA。
[0023]进一步的，所述的粪便为人源粪便。
[0024]一种粪便人源基因组DNA特异性纯化方法，包含以下步骤：
[0025]1)取10～40mL ST Buffer至离心管中，所述的ST Buffer包含0.05～0.5M乙二胺四乙酸二钠，0.01～0.2M Tris
‑
HCl，0.005～0.05M NaCl，0.005～0.05M KCl，再取1～10g粪便至离心管中，充分震荡混匀；
[0026]2)将离心管放置于
‑
15～
‑
80℃冰箱冷冻不少于2小时；
[0027]3)取出冷冻后离心管，室温融化后震荡混匀，5000～10000g离心10
‑
20分钟；
[0028]4)取0.1～0.8mL上清至离心管中，加入0.5～3mL STC buffer，所述的STC buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，0.001～0.05M NaCl，0.001～0.05M KCl，0.1～10％氯化锂，0.1～10％聚乙烯吡咯烷酮，0.1～10％十二烷基硫酸钠，0.1～10％十六烷基三甲基溴化铵，0.1～2％乙酸钠，震荡混匀后10000～20000g离心3～10分钟；
[0029]5)转移上清至新离心管中，加入0.5～4mL SYS buffer和10～100ul蛋白酶K，混匀后56～75℃孵育5～30分钟；所述的SYS buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
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HCl，0.001～0.05本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，其特征在于，包括以下组分：ST Buffer、STC buffer、SYS buffer、蛋白酶K溶液、WS1 Buffer、WS2 Buffer和STE Buffer。2.根据权利要求1所述的粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，其特征在于，包括以下组分：10～40mL ST Buffer、0.5～3mL STC buffer、0.5～4mL SYS buffer、10～100ul蛋白酶K溶液、0.5～1mL WS1 Buffer、0.5～1mL WS2 Buffer和20～500ul STE Buffer。3.根据权利要求1所述的粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，其特征在于，所述ST Buffer包含0.05～0.5M乙二胺四乙酸二钠，0.01～0.2M Tris
‑
HCl，0.005～0.05M NaCl，0.005～0.05M KCl。4.根据权利要求1所述的粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，其特征在于，所述STC buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
‑
HCl，0.001～0.05M NaCl，0.001～0.05M KCl，0.1～10％氯化锂，0.1～10％聚乙烯吡咯烷酮，0.1～10％十二烷基硫酸钠，0.1～10％十六烷基三甲基溴化铵，0.1～2％乙酸钠。5.根据权利要求1所述的粪便人源基因组DNA特异性试剂盒，其特征在于，所述SYS buffer包含0.001～0.05M乙二胺四乙酸二钠，0.001～0.2M Tris
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HCl，0.001～0.05M NaCl，4～8M胍盐，胍盐包含盐酸胍或硫氰酸胍中的至少一种，1～20％曲拉通...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵国栋，刘晓宇，王小梅，李丹凝，赵淑琰，
申请(专利权)人：苏州唯善生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：