对使用维甲酸受体‑α 激动剂治疗的患者进行分层的方法技术

本发明专利技术提供了定义对RARA激动剂敏感的细胞群体以及鉴定将从使用RARA激动剂的治疗中获益的患者亚组的方法。本发明专利技术还提供了包装药物组合物，其包含RARA激动剂和用于确定是否此类激动剂适合用于治疗的说明书。

Methods stratified on the use of retinoic acid receptor alpha agonist treated patients

The present invention provides a method of defining a cell population sensitive to RARA agonists and identifying a subgroup of patients who will benefit from the treatment of the use of RARA agonists. The invention also provides a packaging pharmaceutical composition comprising a RARA agonist and a specification for determining whether such agonists are suitable for treatment.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】对使用维甲酸受体-α激动剂治疗的患者进行分层的方法专利技术背景维甲酸类化合物(Retinoids)是结构上与维生素A相关的一类化合物，其包括天然的和合成的化合物。已经发现几种维甲酸类化合物在临床上可以用于治疗皮肤病和肿瘤疾病。维甲酸及其其他天然存在的维甲酸类似物(9-顺式视黄酸、全反式3,4-二脱水视黄酸、4-羰基视黄酸和视黄醇)是多效性调控化合物，其调节多种炎症、免疫和结构细胞的结构和功能。其是肺部上皮细胞增殖、分化和形态发生的重要调控因子。维甲酸类化合物通过一系列激素核受体发挥其生物学效应，所述激素核受体是属于类固醇/甲状腺受体超家族的配体诱导型转录因子。维甲酸类受体(retinoidreceptor)分为两类：维甲酸受体(RAR)和维甲酸类X受体(RXR)，其均由三个不同的亚型(α、β和γ)组成。RAR基因家族的每个亚型编码由两个初级RNA转录物差异剪接产生的可变数量的同种型。全反式视黄酸是维甲酸受体的生理激素，并以大致相等的亲和性结合所有三个RAR亚型，但是其不结合至9-顺式视黄酸是天然配体的RXR受体。维甲酸类化合物具有抗炎作用，改变上皮细胞分化进展并且抑制基质细胞基质产生。这些性质导致开发了用于皮肤疾病(如牛皮癣、痤疮和增生性皮肤瘢痕)的局部和全身维甲酸疗法。其他应用包括控制急性早幼粒细胞白血病、腺癌和鳞状细胞癌以及肝纤维化。维甲酸类化合物治疗用途的局限性源于在天然存在的维甲酸类化合物、全反式视黄酸和9-顺式视黄酸中观察到的相对毒性。这些天然配体针对RAR亚型是非选择性的，并因此在整个机体中具有多效性作用，其通常是有毒性的。已经描述了与RAR或RXR受体或与一类中的特定亚型(α、β、γ)选择性或特异性相互作用的多种维甲酸类化合物。RARA特异性激动剂对于癌症治疗具有很大希望并且很多已进入人类临床试验。然而，仅有一种RARA特异性激动剂他米巴罗汀已被批准用于癌症治疗。而且，尽管在US和欧洲进行了试验，但是他米巴罗汀仅在日本获批并且仅用于治疗急性早幼粒细胞白血病。RARA激动剂在癌症中的理论效能与此类药物缺乏监管机关批准之间的脱节引出了为什么此类激动剂在人体内不是有效和安全的问题。因此，需要更好地了解为什么RARA激动剂尚无法达到其治疗潜能。基因组技术的最新进展和对基因调控回路的理解导致了超级增强子的发现。虽然在给定组织或癌症类型中的很多基因可以被在基因编码区附近存在的增强子所调控，但是这些中的少数相对于所有其他活性基因在转录标记和机制方面显示出高度不对称性和不成比例的大量负载。最近的发现表明此类增强子与一些基因捆绑在一起，这些基因与携带其的细胞的功能和存活特别相关。因此，超级增强子与基因的关联显示了所述基因对细胞存活的相对重要性。这些观察结果可能有助于预测各种疗法的疗效。专利技术概述本公开提供了用于检测等于或高于阈值的RARA超级增强子的强度或顺序排序或RARAmRNA水平的一个或多个的技术。本公开表明与低于此类阈值的细胞相比含有等于或高于阈值的RARA超级增强子的强度或顺序排序或RARAmRNA水平的一个或多个的细胞(例如，癌细胞或来自患有MDS的对象的细胞，例如AML细胞、MDS细胞、乳腺癌细胞)对RARA激动剂(例如，获得功能的RARA激动剂；或RARA特异性激动剂(例如，与针对RAR-β或RAR-γ相比，针对RAR-α具有至少10X、100X、1000X、10000X或更高特异性的激动剂))的抗癌作用更加敏感。本专利技术的各种实施方式、方面和替代方案解决了定义哪些细胞群对维甲酸受体α(“RARA”)激动剂敏感的问题，鉴定了将从使用RARA激动剂的治疗中获益的患者亚组(例如，对使用RARA激动剂治疗的患者分层；将RARA激动剂应答者与无应答者加以区分)并且提供了针对此类患者亚组的治疗性疗法。该解决方案至少部分地基于我们的发现，在某些癌细胞中具有等于或高于阈值的强度或顺序排序并且与编码维甲酸受体α(“RARA”)的基因相关联的超级增强子提示此类细胞将对使用RARA激动剂的治疗产生应答。我们还发现在某些癌细胞中RARA初级RNA转录水平(特别是mRNA水平)等于或高于阈值水平也提示此类癌细胞将对使用RARA激动剂的治疗产生应答。在这两种情况下，与这些参数相关的阈值似乎比RARA蛋白水平明显更具有预测性。在第一个实施方式中，本专利技术涉及一种治疗患有癌症的对象的方法，其中已确定在所述对象中的癌细胞具有下述中的一种或多种：a.与RARA基因相关的超级增强子，其中所述超级增强子具有等于或高于预先确定的阈值水平的强度或顺序排序；或者b.来自RARA基因和/或与其相关的超级增强子的一部分的初级RNA转录物水平，所述初级RNA转录物水平等于或高于预先确定的阈值水平，其中该方法包括向对象施用RARA激动剂的步骤。在第一个实施方式的一些方面中，只在超级增强子具有等于或高于预先确定的阈值水平的强度或顺序排序；或者等于或高于预先确定的阈值水平的初级RNA转录物水平的时候，施用RARA激动剂。在第一个实施方式的一些方面中，当已确定在对象中的癌细胞具有下述时：a.与RARA基因相关的增强子或超级增强子，其中所述增强子或超级增强子具有低于预先确定的阈值水平的强度或顺序排序；或者b.来自RARA基因和/或与其相关的超级增强子的一部分的初级RNA转录物水平，所述初级RNA转录物水平低于预先确定的阈值水平，该方法包括向对象施用不同于RARA激动剂的治疗剂的步骤。在第一个实施方式的一些方面中，已确定在对象中的癌细胞具有的与RARA基因相关的超级增强子，通过ChIP-seq检测其比与MALAT1相关的超级增强子的一部分至少强1.75倍，其中该部分位于基因组构建hg19中的chr11:65263724-65266724，或者至少比其他参考增强子或超级增强子基因座强相当的量。在第一个实施方式的其他方面中，当已确定在对象中的癌细胞符合a.或b.时，该方法包括向该对象施用不同于RARA激动剂的治疗(例如，治疗剂或标准护理)，例如化疗剂或移植。在一些实施方式中，对象患有癌症，例如白血病(例如，急性髓性白血病)。示例性的治疗包括化疗剂(例如，阿糖胞苷、吉西他滨、阿扎胞苷、地西他滨、氟尿嘧啶或蒽环类(例如，柔红霉素、多柔比星、表柔比星或伊达比星))或移植(例如，干细胞移植)。在第一个实施方式的替代方面中，已确定在对象中的癌细胞具有下述中的一种或多种：a.与RARA基因相关的超级增强子在强度上比在已知对RARA激动剂无应答的人细胞或人细胞系中的与RARA基因相关的相应增强子至少高1.5倍；和/或b.RARARNA初级转录水平比在已知对RARA激动剂无应答的人细胞或人细胞系中的相应RARARNA初级转录水平至少高1.5倍。在第一个实施方式的其他替代方面，已确定在对象中的癌细胞具有下述中的一种：a.与RARA基因相关的超级增强子具有对应于出现频率排序的强度，所述出现频率排序等于或高于针对RARA基因超级增强子强度的预先确定的出现频率截止值；和/或b.与RARA基因相关的超级增强子具有等于或高于预先确定的RARA基因强度截止值的强度；和/或c.与RARA基因相关的超级增强子具有对应于出现频率排序的强度顺序，所述出现频率排序等于或高于预先确定的RA本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种治疗患有癌症的人类对象的方法，其中已确定在所述对象中的癌细胞具有下述中的一种或多种：a.与RARA基因相关的超级增强子，其中所述超级增强子具有等于或高于预先确定的阈值水平的强度、顺序排序(ordinal rank)或出现频率排序(prevalence rank)；或者b.来自所述RARA基因的mRNA转录物水平，所述来自所述RARA基因的mRNA转录物水平等于或高于预先确定的阈值水平其中所述方法包括向所述对象施用RARA激动剂的步骤。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.03.31 US 62/140,999;2015.12.16 US 62/268,2031.一种治疗患有癌症的人类对象的方法，其中已确定在所述对象中的癌细胞具有下述中的一种或多种：a.与RARA基因相关的超级增强子，其中所述超级增强子具有等于或高于预先确定的阈值水平的强度、顺序排序(ordinalrank)或出现频率排序(prevalencerank)；或者b.来自所述RARA基因的mRNA转录物水平，所述来自所述RARA基因的mRNA转录物水平等于或高于预先确定的阈值水平其中所述方法包括向所述对象施用RARA激动剂的步骤。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述RARA基因位于基因组构建(genomebuild)hg19中的chr17:38458152-38516681。3.根据权利要求1所述的方法，其中通过使用ChIP-seq对H3K27Ac组蛋白修饰进行定量确定所述RARA超级增强子的强度。4.根据权利要求1所述的方法，其中已确定在所述对象中的癌细胞具有下述中的一种或多种：a.与RARA基因相关的超级增强子，所述与RARA基因相关的超级增强子具有对应于出现频率排序的强度，所述出现频率排序等于或高于针对RARA基因超级增强子强度的预先确定的出现频率截止值；和/或b.与RARA基因相关的超级增强子，所述与RARA基因相关的超级增强子具有等于或高于预先确定的RARA基因强度截止值的强度；和/或c.与RARA基因相关的超级增强子，所述与RARA基因相关的超级增强子具有对应于出现频率排序的强度顺序，所述出现频率排序等于或高于预先确定的RARA基因强度顺序出现频率截止值；和/或d.与RARA基因相关的超级增强子，所述与RARA基因相关的超级增强子具有等于或高于预先确定的RARA基因强度顺序截止值的强度顺序；和/或e.RARAmRNA水平，所述RARAmRNA水平等于或高于预先确定的mRNA水平截止值；和/或f.RARAmRNA水平，所述RARAmRNA水平对应于出现频率排序，所述出现频率排序等于或高于预先确定的RARAmRNA出现频率截止值。5.根据权利要求4所述的方法，其中从下述中确定任意所述预先确定的出现频率截止值：a.从来自相同类型癌细胞的样品群体中RARA超级增强子强度的排序确定，其中已确定至少一个样品对所述RARA激动剂产生应答；和/或b.从来自相同类型癌细胞的样品群体中RARA超级增强子强度顺序的排序确定，其中已确定至少一个样品对所述RARA激动剂产生应答；和/或c.从来自相同类型癌细胞的样品群体中RARAmRNA水平的排序确定，其中已确定至少一个样品对所述RARA激动剂产生应答。6.根据权利要求1-5中任意一项所述的方法，其中所述RARA激动剂是他米巴罗汀。7.根据权利要求1-5中任意一项所述的方法，其中所述癌症选自乳腺癌或AML。8.根据权利要求7所述的方法，其中针对乳腺癌的任意所述预先确定的出现频率截止值在50-60％之间。9.根据权利要求7所述的方法，其中针对AML的任意所述预先确定的出现频率截止值在25-40％之间。10.一种治疗患有癌症的对象的方法，所述方法包括下述步骤：a.接收与下述中的一个或多个相关的信息：i.在来自所述对象的所述癌细胞中与RARA基因相关的超级增强子的强度、顺序排序或出现频率排序；或者ii.在来自所述对象的癌细胞中来自所述RARA基因的mRNA转录物的水平；以及b.如果所述信息提示下述中的一个或多个，则向所述对象施用RARA激动剂：i.所述超级增强子具有等于或高于预先确定的阈值水平的强度、顺序或出现频率排序；或者ii.mRNA转录物的水平等于或高于预先确定的阈值水平。11.根据权利要求10所述的方法，其中步骤a.包括接收与下述中的一个或多个相关的信息：i.与RARA基因相关的超级增强子的强度和/或在对应于所述强度的群体中RARA基因超级增强子强度的所述出现频率排序；和/或ii.与所述细胞中的其他超级增强子比较的与RARA基因相关的超级增强子的所述强度的顺序排序和/或在对应于所述顺序排序的群体中RARA基因超级增强子强度的所述出现频率排序；和/或iii.RARAmRNA水平和/或在对应于所述mRNA水平的群体中RARAmRNA水平的所述出现频率排序。12.根据权利要求10所述的方法，其中步骤b.包括如果所述信息提示下述中的一个或多个，则向所述对象施用RARA激动剂：i.与RARA基因相关的超级增强子的所述强度等于或高于在群体中RARA基因超级增强子强度的预先确定的截止值；和/或ii.与RARA基因相关的超级增强子的所述强度对应于出现频率排序，其等于或高于在群体中RARA基因超级增强子强度的预先确定的出现频率截止值；和/或iii.与RARA基因相关的超级增强子的所述强度的所述顺序排序等于或高于在群体中RARA基因超级增强子强度顺序的预先确定的顺序截止值；和/或iv.超级增强子强度的所述顺序排序对应于出现频率排序，其等于或高于在群体中RARA基因超级增强子强度顺序的预先确定的出现频率截止值；和/或v.所述RARAmRNA水平等于或高于对应于在群体中RARAmRNA水平的预先确定的截止值的RARAmRNA水平；和/或vi.所述RARAmRNA水平对应于出现频率排序，所述出现...

【专利技术属性】
技术研发人员：MW陈，C柯林斯，ML伊顿，MG冈瑟，N柯，J洛佩兹，MR麦基翁，DA奥兰多，
申请(专利权)人：希洛斯医药品股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US