使用周期蛋白依赖性激酶7(CDK7)的非共价抑制剂治疗生物标志物鉴定的患者中的癌症的方法技术

技术编号:29596526 阅读:21 留言:0更新日期:2021-08-06 19:59
本发明专利技术涉及鉴定患有多种类型癌症的患者的方法,当单独施用或使用或与第二治疗剂(例如,另一种抗癌疗法)组合时这些患者更可能对用符合结构式(I)、(Ia)、其种类或其指定形式(如本文所述)的CDK7抑制剂的治疗有响应。基于某些生物标志物(例如,RB1或E2F途径的另一成员)的一个或多个特征(例如,基因拷贝数或表达水平)来鉴定患者。此外,本发明专利技术涉及用符合结构式(I)、(Ia)、其种类或其指定形式的化合物单独或与第二治疗剂组合治疗经鉴定的患者的方法。在另一方面,本发明专利技术的特征在于包括用于治疗如本文所述鉴定的患者的说明书的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用周期蛋白依赖性激酶7(CDK7)的非共价抑制剂治疗生物标志物鉴定的患者中的癌症的方法相关申请的交叉引用本申请要求2018年11月1日提交的美国临时申请62/754,398;2019年7月22日提交的美国临时申请62/877,189;2019年10月16日提交的美国临时申请62/915,983和2019年10月29日提交的美国临时申请62/927,469的申请日权益。这些在先申请中的每一个的内容均通过引用整体并入本文。
技术介绍
医疗保健的长期发展已经到了开始实现生物标志物分析前景的时间点。当医生可以将患者(即使是那些具有许多相似生理特征并表现出给定疾病的共同症状的患者)分成更具体的组时,他们可以更好地定制治疗并优化每位患者的结果。然而,开发分子诊断方法具有挑战性,而且很少有商业应用。
技术实现思路
本专利技术的特征尤其在于用于鉴定用本文所述的非共价CDK7抑制剂治疗的癌症患者的诊断方法(即,选择用于治疗的患者的诊断方法)和用这种抑制剂单独或与一种或多种另外的治疗剂(例如,第二抗癌剂)组合治疗鉴定的患者的方法,如下文进一步描述的。所述诊断方法包括鉴定患有癌症的患者的步骤,该患者可能对结构式(I)、(Ia)表示的非共价CDK7抑制剂、其种类或其指定形式的治疗响应良好,如下所示和进一步描述。所述治疗方法包括将这种非共价CDK7抑制剂施用于已鉴定患者的步骤,所述患者的响应可以是,例如,显著的肿瘤生长抑制(TGI;例如,超过约80-90%TGI和/或停止治疗后的一段时间内持续的肿瘤抑制)。因此,本专利技术涵盖其中患者仅被诊断为治疗的良好候选者(即,鉴定为治疗)的方法、其中已被确定为治疗的良好候选者(例如,先前鉴定的)的患者被治疗的方法,以及要求患者如本文所述被诊断和治疗的方法。鉴定患者以进行治疗的诊断方法包括通过确定、已经确定或接收关于生物标志物状态的信息来分析从患者获得的生物样品中的一种或多种本文所述生物标志物的步骤。在各种实施方案中,分析生物标志物以确定:它是否存在和/或以什么量存在(例如,分析遗传缺失或扩增(例如,拷贝数变异(CNV));它的位置(例如,染色体易位);它的序列(即,分析可以包括确定基因是否以野生型形式存在或包括突变);它是否包括表观遗传修饰(例如,组蛋白和/或DNA甲基化或组蛋白乙酰化);它是否与超级增强子(SE)或具有一定强度的SE相关;其表达水平(例如,由转录RNA(例如,初级RNA或mRNA)的水平证明);和/或是否通过生物标志物基因编码的蛋白质具有异常水平的表达或活性(在有疑问的情况下,由本文所述的生物标志物基因编码的蛋白质也可用作生物标志物)。可以通过检查刚刚列出的任何一个或多个特征来评估生物标志物的状态,当我们提到“分析一个/该生物标志物”时,我们的意思是分析这些特征中的一个或多个(即,序列、拷贝数、与SE的关联、RNA表达水平等,如上所述)。例如,当我们提到分析生物标志物RB1时,我们的意思是分析或确定RB1基因是否,例如,在生物样品中不存在、含有突变(例如,使患者易患癌症的突变)、易位、具有CNV(拷贝数改变(CNA)),带有表观遗传修饰、与超级增强子(SE)相关、过度表达或表达不足(通过例如,其RNA(例如,初级RNA或mRNA)的水平证明),和/或编码表达或活性水平高于或低于预定阈值水平的蛋白质。正如这暗示的那样,分析的每个特征可以被确定为等于或高于预定阈值水平或者等于或低于预定阈值水平,如下文进一步描述的。更具体地,在本专利技术的方法中,可以通过确定、已经确定和/或接收信息,即该生物标志物的状态(如由刚刚描述的特征(例如,RNA水平)所证明的)等于或高于(例如,高于)预定阈值水平,来分析选自以下基因的生物标志物:BRAF、c-myc(也称为MYC)、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CDK17、CDK18、CDK19、CCNA1、CCNB1、ESR-1、FGFR1、PIK3CA或编码E2F途径成员的某些基因(E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1或CCNE2;另见下表)或由其编码的蛋白质。或者或此外,可以通过确定、已经确定和/或接收信息,即该生物标志物的状态等于或低于(例如,低于)预定阈值水平,来分析选自以下基因的生物标志物:Bcl2-样1、CDK7、CDK9、CDKN2A和RB(也称为RB1或另一种E2F途径成员,例如RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C和FBXW7),或由其编码的蛋白质。由刚刚在本方法中作为有用生物标志物列出的基因编码的蛋白质是本领域已知的。例如,BRAF编码B-Raf;c-myc编码MYC,CCNE1编码周期蛋白E1(参见Koff等,Cell66:1217-1228,1991);FGFR1编码FGFR1,一种具有酪氨酸激酶活性的细胞表面膜受体;RB编码pRB,它与活化剂E2F的活化剂域结合;Bcl2-样1编码BCL-XL,一种线粒体中的跨膜蛋白;CDK7编码CDK7;CDK9编码CDK9;PIK3CA编码p110α蛋白(I类PI3-激酶的催化亚单位),以及CDKN2A编码p16和p14arf。在智人和除智人以外的物种中,本文描述为生物标志物的基因和蛋白质的别名、染色体位置、剪接变体和同源物也是已知的。本专利技术的治疗方法和相应的“用途”包括施用或使用式(I)的化合物,所述式(I)的化合物中的任何一个可包含在药学上可接受的组合物中并,例如,通过本文所述的途径和方案施用于本文所述鉴定的患者。可用于本方法的化合物具有结构式(I):或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或其同位素形式,其中R1为甲基或乙基;R2为甲基或乙基;R3为5-甲基哌啶-3-基、5,5-二甲基哌啶-3-基、6-甲基哌啶-3-基,或6,6-二甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代;且R4为-CF3或氯。更具体地,在式(I)的化合物中或在其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体、同位素形式或其他指定形式中(i)R1为甲基且R2为甲基或(ii)R1为甲基且R2为乙基。在其他实施方案中,R1为乙基且R2为乙基。在这些实施方案中的任何一个的某些方面,R4为-CF3。在这些实施方案中的任何一个的其他方面,R4为氯。在任何前述实施方案的各个方面中,R3为5-甲基哌啶-3-基、R3为5,5-二甲基哌啶-3-基、R3为6-甲基-哌啶-3-基,或R3为6,6-二甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。式(I)的化合物可以具有结构式(Ia):且本专利技术涵盖式(Ia)化合物的药学上可接受的盐、溶剂化物(例如,水合物)、互变异构体、同位素形式或其他指定形式,其中R3为更具体地,在式(Ia)的化合物中或在其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体、同位素形式或其他指定形式中(i)R1为甲基且R2为甲基或(ii)R1为甲基且R2为乙基。在其本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.结构式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式在治疗经选择的患者的癌症中的用途,该式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式任选地在药物组合物中:/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181101 US 62/754,398;20190722 US 62/877,189;20191.结构式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式在治疗经选择的患者的癌症中的用途,该式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式任选地在药物组合物中:



其中:
R1为甲基或乙基;
R2为甲基或乙基;
R3为5-甲基哌啶-3-基、5,5-二甲基哌啶-3-基、6-甲基哌啶-3-基或6,6-二甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代;且
R4为-CF3或氯,
其中该患者已被确定患有癌症,在该癌症中:
(a)选自RB1、RBL1、RBL2、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CDKN2D、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C和FBWX7的基因发生突变,遗传缺失,含有表观遗传改变,易位,以等于或低于预定阈值的水平转录,或编码的蛋白质以等于或低于预定阈值的水平被翻译或相对于参考标准具有降低的活性;
(b)选自E2F1、E2F2、E2F3、E2F4、E2F5、E2F6、E2F7、E2F8、CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、CCNA1、CCNB1、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CCNE2和BRAF的基因发生突变,遗传获得或扩增,含有表观遗传改变,易位,以等于或高于预定阈值的水平转录,或编码的蛋白质以等于或高于预定阈值的水平被翻译或相对于参考标准具有增加的活性;或
(c)基因Bcl2-样1发生突变,含有表观遗传改变,易位,以等于或低于预定阈值的水平转录,或编码的BCL-XL蛋白以等于或低于预定阈值的水平被翻译或相对于参考标准具有降低的活性。


2.权利要求1的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中(i)R1为甲基且R2为甲基或(ii)R1为甲基且R2为乙基。


3.权利要求1或2的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R4为-CF3。


4.权利要求1或2的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R4为氯。


5.权利要求1至4中任一项的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3为5-甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。


6.权利要求1至4中任一项的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3为5,5-二甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。


7.权利要求1至4中任一项的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3为6-甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。


8.权利要求1至4中任一项的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3为6,6-二甲基哌啶-3-基,其中R3中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。


9.权利要求1的化合物的用途,其中所述化合物具有结构式(Ia):



或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式,其中R3为





10.权利要求9的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式的用途,其中(i)R1为甲基且R2为甲基或(ii)R1为甲基且R2为乙基。


11.权利要求9或权利要求10的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R4为-CF3。


12.权利要求9或权利要求10的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R4为氯。


13.权利要求9-12任一项的化合物的用途,其中所述化合物为:

或者是任何一种前述化合物的药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式。


14.权利要求13的化合物的用途,其中所述化合物为或其药学上可接受的盐,或其药学上可接受的溶剂化物、互变异构体或同位素形式。


15.前述权利要求中任一项的化合物、其药学上可接受的盐或其药学上可接受的溶剂合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3中的一个或多个氢原子被氘替代。


16.前述权利要求中任一项的化合物、其药学上可接受的盐、或其药学上可接受的溶剂合物、互变异构体或同位素形式的用途,其中R3中的氢原子均未被氘替代。


17.前述权利要求任一项的化合物的溶剂化物的用途。


18.权利要求17的溶剂化物的用途,其中所述溶剂化物是水合物。


19.前述权利要求任一项的化合物、其药学上可接受的盐或其药学上可接受的溶剂化物、互变异构体或同位素形式,任选地在药物组合物中的用途,其中所述癌症是血癌,优选急性髓性白血病(AML)、乳腺癌,优选三阴性乳腺癌(TNBC)或激素受体阳性(HR+)乳腺癌、尤文氏肉瘤、输卵管癌、胃肠道癌,优选结直肠癌、神经胶质瘤、肺癌,优选非小细胞肺癌、黑色素瘤、骨肉瘤、卵巢癌,优选高级别浆液性卵巢癌、上皮性卵巢癌或透明细胞卵巢癌、胰腺癌、原发性腹膜癌、前列腺癌、视网膜母细胞瘤或头部或颈部鳞状细胞癌。


20.权利要求19的化合物、其药学上可接受的盐或其药学上可接受的溶剂化物、互变异构体或同位素形式,任选地在药物组合物中的用途,其中所述患者已被确定患有癌症,其中基因Bcl2-样1发生突变,含有表观遗传改变,易位,以等于或低于预定阈值的水平转录,或编码的BCL-XL蛋白以等于或低于预定阈值的水平被翻译或相对于参考标准具有降低的活性,优选地,其中所述癌症中Bcl2-样1mRNA的水平等于或低于预定阈值水平。


21.权利要求19或权利要求20的化合物、其药学上可接受的盐,或其药学上可接受的溶剂合物、互变异构体或同位素形式,任选地在药物组合物中的用途,其中所述患者已经接受、目前正在接受或开处方以Bcl-2抑制剂,优选APG-1252、APG-2575、BP1002(普瑞柏生)、称为奥利默森的反义寡核苷酸(G3139)、S55746/BCL201或维奈托克治疗。


22.权利要求21的化合物、其药学上可接受的盐,或其药学上可接受的溶剂化物、互变异构体或同位素形式的用途,其中所述Bcl2抑制剂是维奈托克和/或其中所述患者患有乳腺癌,优选三阴性乳腺癌(TNBC);血癌...

【专利技术属性】
技术研发人员:JG霍奇森LH约翰尼森
申请(专利权)人:希洛斯医药品股份有限公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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