人ROS1融合基因检测方法技术

本发明专利技术公开的一种人ROS1融合基因检测方法，其在CD74 E6‑ROS1 E32，CD74 E6‑ROS1 E34，SLC34A2 E13‑ROS1 E32，SLC34A2 E4‑ROS1 E32，SLC34A2 E4‑ROS1 E34，SDC4 E2‑ROS1 E32，SDC4 E4‑ROS1 E32，SDC4 E4‑ROS1 E34，TPM3 E8‑ROS1 E35，EZR E10‑ROS1 E34，LRIG3 E16‑ROS1 E35的ROS1融合partner基因的融合外显子上各设计一条引物，在ROS1的32、34、35外显子上各分别设计一条引物和Taqman‑MGB探针；检测反应分3管进行，融合到ROS1的E32、E34、E35的融合类型分别检测，同时设置一个内参反应。本发明专利技术采用实时荧光PCR方法,能够检出ROS1的以下11种融合类型。

Detection method of human ROS1 fusion gene

The invention discloses a human ROS1 fusion gene detection method, the CD74 E6 ROS1 E32, CD74 E6 ROS1 E34, SLC34A2 E13 ROS1 E32, SLC34A2 E4 ROS1 E32, SLC34A2 E4 ROS1 E34, SDC4 E2 ROS1 E32, SDC4 E4 ROS1 E32, SDC4 E4 ROS1 E34, TPM3 E8 ROS1 E35, EZR E10 ROS1 E34, LRIG3 E16 ROS1 fusion E35 ROS1 fusion gene partner exon designed primers, exon of each one primer design MGB and Taqman probes in ROS1 32, 34, 35 and 3; detection of reaction tube, ROS1 E32, E34 fusion, E35 fusion type were detected, and set a reference response. The present invention uses real time fluorescence PCR method to detect the following 11 types of fusion of ROS1.

【技术实现步骤摘要】
人ROS1融合基因检测方法
本专利技术涉及生物检测
,特别涉及一种人ROS1融合基因检测方法。
技术介绍
ROS1基因编码一种受体酪氨酸激酶，在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中，ROS1重排的阳性率大约为1～2％,当ROS1与CD74、SLC34A2、SDC4等基因发生融合后，会持续激活ROS1酪氨酸激酶区及其下游JAK/STAT、PI3K/AKT、RAS/MAPK等信号通路，进而引起肿瘤的发生。2011年，美国食品和药品管理局(FDA)批准克唑替尼用于治疗非小细胞肺癌(NSCLC)。克唑替尼是一种小分子酪氨酸激酶受体抑制剂，靶向分子包括ALK、肝细胞生长因子受体(HGFR，c-Met)和ROS1。克唑替尼(Crizotinib)对于ROS1融合阳性的非小细胞肺癌(NSCLC)患者也有显著疗效，因此ALK融合阴性时，检测ROS1基因的融合状态可以筛选能够从克唑替尼治疗中获益的患者。目前对人ROS1融合基因的检测方法主要有：荧光原位杂交(fluorescenceinsituhybridization,FISH)、免疫组化(Immunohistochemistry，IHC)、荧光定本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种人ROS1融合基因检测方法，其特征在于，在CD74 E6‑ROS1 E32，CD74 E6‑ROS1 E34，SLC34A2 E13‑ROS1 E32，SLC34A2 E4‑ROS1 E32，SLC34A2 E4‑ROS1 E34，SDC4 E2‑ROS1 E32，SDC4 E4‑ROS1 E32，SDC4 E4‑ROS1 E34，TPM3 E8‑ROS1 E35，EZR E10‑ROS1 E34，LRIG3 E16‑ROS1 E35的ROS1融合partner基因的融合外显子上各设计一条引物，在ROS1的32、34、35外显子上各分别设计一条引物和Taqman‑MGB探针；检测反应分3管...

【技术特征摘要】
1.一种人ROS1融合基因检测方法，其特征在于，在CD74E6-ROS1E32，CD74E6-ROS1E34，SLC34A2E13-ROS1E32，SLC34A2E4-ROS1E32，SLC34A2E4-ROS1E34，SDC4E2-ROS1E32，SDC4E4-ROS1E32，SDC4E4-ROS1E34，TPM3E8-ROS1E35，EZRE10-ROS1E34，LRIG3E16-ROS1E35的ROS1融合partner基因的融合外显子上各设计一条引物，在ROS1的32、34、35外显子上各分别设计一条引物和Taqman-MGB探针；检测反应分3管进行，融合到ROS1的E32、E34、E35的融合类型分别检测，同时设置一个内参反应。2.如权利要求1所述的一种人ROS1融合基因检测方法，其特征在于，所述引物和探针如下：3.如权利要求1或2所述的一种人ROS1融合基因检测方法，其特征在于，具体步骤如下：(1)、RNA提取；RNA提取使用天根石蜡包埋组织切片总RNA提取试剂盒；具体操作步骤如下：(1.1)将石蜡样品切成5-10μm厚的片状；(1.2)迅速将2-8张切片置于1.5mlRNase-Free的离心管中，加入1ml二甲苯，剧烈涡旋10sec；(1.3)室温，12,000rpm(～13,400×g)离心2min；(1.4)用枪头吸除上清，小心不要吸到沉淀；(1.5)加入1ml无水乙醇于沉淀中，涡旋混匀；(1.6)室温，12000rpm(～13,400×g)离心2min；(1.7)用枪头吸除上清；(1.8)打开管盖，室温或37℃放置10min直至残余的乙醇挥发完全；(1.9)加入200μl裂解液RF以及10μlProteinaseK于沉淀中，彻底涡旋混匀；(1.10)55℃孵育15min之后80℃孵育15min；(1.11)室温，12,000rpm(～13,400×g)离心5min，转移上清入新的RNase-Free离心管中；(1.12)加入220μl的缓冲液RB，涡旋混匀；(1.13)加入660μl的无水乙醇，涡旋混匀；(1.14)转移700μl溶液和沉淀入吸附柱CR3中，12,000rpm(～13,400×g)离心1min，弃掉收集管中的废液，将吸附柱放回收集管中；(1.15)重复步骤(1.13)，直到所有的溶液和沉淀完全通过吸附柱CR3，弃废液，将吸附柱CR3放回收集管中；(1.16)DNaseI工作液的配制：取10μlDNaseI储存液放入新的RNase-Free离心管中，加入70μlRDD溶液，...

【专利技术属性】
技术研发人员：汪元涛，朱月艳，孙子奎，
申请(专利权)人：上海派森诺生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31