用于减少非特异性扩增产物的方法和组合物技术

通过在扩增多个不同核苷酸区域时减少非特异性扩增产物(例如引物二聚体)，扩增靶特异性扩增产物或改善靶特异性扩增产物的扩增的方法、组合物、系统和试剂盒。本文描述的方法、组合物、系统和试剂盒可包含识别并结合和/或切割异常DNA结构的一种或多种解离酶或包括使用识别并结合和/或切割异常DNA结构的一种或多种解离酶。

Methods and compositions for reducing nonspecific amplification products

A method, composition, system and kit for amplifying target specific amplification products or improving target specific amplification products by reducing nonspecific amplification products (such as primer two MER) are amplified by amplifying multiple nucleotide regions. The methods, compositions, systems and kits described in this paper can contain one or more dissociation enzymes that identify and combine and / or cut out the abnormal DNA structure, or include one or more dissociation enzymes that recognize, combine and / or cut out the abnormal DNA structure.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于减少非特异性扩增产物的方法和组合物相关申请的交叉引用本专利申请要求以下临时专利申请中的每一项的优先权：美国临时专利申请号62/114,788，标题为“用于在多重PCR中消除非特异性扩增产物的方法”，并于2015年2月11日提交；和美国临时专利申请号62/150,600，标题为“用于减少非特异性扩增产物的方法和组合物”，并于2015年4月21日提交。这些临时申请的每一项都通过引用全文并入本文。通过引用并入本说明书中提及的所有出版物和专利申请都以如同每个单独的出版物或专利申请被具体和单独地指出通过引用并入的相同程度，通过引用全文并入本文。
本文所述的方法、组合物、系统和试剂盒涉及核苷酸序列的扩增。特别地，本文所述的方法、组合物、系统和试剂盒涉及在扩增多个不同核苷酸区域时，例如在包括下一代测序(NGS)的多重PCR期间，减少非特异性扩增产物(例如引物二聚体)。
技术介绍
在单重(uniplex)PCR反应(以下称为单重PCR)中，反应通常含有模板DNA、位于单一扩增位点侧面的两个引物、热稳定DNA聚合酶、dNTP和缓冲液。所得扩增产物(扩增子)通常是靶DNA片段。偶然的非特异性扩增产物本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种从模板依赖性引物延伸反应中减少非特异性扩增产物的方法，所述方法包括：使用多对靶特异性引物扩增多个靶核酸，其中所述扩增产生多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物；引入识别异常DNA结构的解离酶，并用所述解离酶切割所述非特异性扩增产物以产生多个切割的非特异性扩增产物，同时保持实质部分的所述多个靶特异性扩增产物，其中所述解离酶是以下中的一种：T4核酸内切酶VII或T7核酸内切酶I。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.02.11 US 62/114,788;2015.04.21 US 62/150,6001.一种从模板依赖性引物延伸反应中减少非特异性扩增产物的方法，所述方法包括：使用多对靶特异性引物扩增多个靶核酸，其中所述扩增产生多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物；引入识别异常DNA结构的解离酶，并用所述解离酶切割所述非特异性扩增产物以产生多个切割的非特异性扩增产物，同时保持实质部分的所述多个靶特异性扩增产物，其中所述解离酶是以下中的一种：T4核酸内切酶VII或T7核酸内切酶I。2.权利要求1所述的方法，其还包括除去所述切割的非特异性扩增产物，留下所述实质部分的所述多个靶特异性扩增产物。3.权利要求1所述的方法，其还包括分析所述靶特异性扩增产物。4.权利要求3所述的方法，其中分析包括下一代测序反应。5.权利要求1所述的方法，其中扩增包括进行多重聚合酶链反应(PCR)。6.权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸包含DNA或RNA。7.权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸是基因组DNA或cDNA。8.权利要求1所述的方法，其中所述靶特异性引物包含至少10对靶特异性引物。9.权利要求1所述的方法，其中所述靶特异性引物包含10对和1000对之间的靶特异性引物。10.权利要求1所述的方法，其中所述靶特异性引物包含1,000至约100,000对靶特异性引物。11.权利要求1所述的方法，其中所述靶特异性引物包含超过100,000个靶特异性引物。12.权利要求1所述的方法，其中所述解离酶识别包含以下中的至少一种的异常DNA结构：Holliday结构或连接、支链DNA、Y结构、十字形、异源双链环、大体积加合物、单链悬垂、DNA错配或非完全匹配的DNA。13.权利要求1所述的方法，其中所述解离酶是T4核酸内切酶VII。14.权利要求1所述的方法，其还包括用核酸外切酶切割所述非特异性扩增产物。15.权利要求1所述的方法，其还包括在对所述多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物进行末端修复后，用包含λ核酸外切酶或大肠杆菌核酸外切酶I中的至少一种的核酸外切酶切割所述非特异性扩增产物。16.权利要求1所述的方法，其还包括对所述多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物进行末端修复。17.权利要求1所述的方法，其还包括在引入所述解离酶之前，对所述多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物进行末端修复。18.权利要求1所述的方法，其还包括在引入所述解离酶之后，将衔接子连接至所述实质部分的所述多个靶特异性扩增产物。19.权利要求18所述的方法，其中所述衔接子包含至少三个连续的硫代磷酸酯。20.权利要求1所述的方法，其中用所述解离酶切割所述非特异性扩增产物包括在16℃和37℃之间，将所述非特异性扩增产物和所述多个靶特异性扩增产物暴露于约0.2U和1000U之间的解离酶0.5分钟和60分钟之间。21.权利要求1所述的方法，其中所述实质部分的所述多个靶特异性扩增产物包含大于50％的所述多个靶特异性扩增产物。22.一种从模板依赖性引物延伸反应中减少非特异性扩增产物的方法，所述方法包括：使用多对靶特异性引物扩增多个靶核酸以形成包含多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物的混合物；将识别异常DNA结构的解离酶引入所述混合物中，并用所述解离酶切割所述多个非特异性扩增产物以产生多个切割的非特异性扩增产物，同时保持实质部分的所述多个靶特异性扩增产物，其中所述解离酶是以下中的一种：T4核酸内切酶VII或T7核酸内切酶I；和除去所述切割的非特异性扩增产物，留下所述实质部分的所述多个靶特异性扩增产物。23.一种从模板依赖性引物延伸反应中减少非特异性扩增产物的方法，所述方法包括：使用多对靶特异性引物扩增多个靶核酸以形成包含多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物的混合物；将T4核酸内切酶VII引入所述混合物中，其中所述T4核酸内切酶VII识别所述非特异性扩增产物上的异常DNA结构；用所述T4核酸内切酶VII切割所述多个非特异性扩增产物以产生多个切割的非特异性扩增产物，同时保持多于50％的所述多个靶特异性扩增产物；和除去所述切割的非特异性扩增产物，留下实质部分的所述多个靶特异性扩增产物。24.一种从模板依赖性引物延伸反应中减少非特异性扩增产物的方法，所述方法包括：使用多对靶特异性引物扩增多个靶核酸以形成包含多个靶特异性扩增产物和多个非特异性扩增产物的混合物；将识别异常DNA结构的解离酶引入所述混合物中，并用所述解离酶切割所述多个非特异性扩增产物以产生多个切割的非特异性扩增产物，同时保持实质部分的所述多个靶特异性扩增产物，其中所述解离酶是以下中的...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘至东，
申请(专利权)人：佰隆基因公司，
类型：发明
国别省市：美国,US