H3N2亚型流感病毒全基因组测序方法技术

本发明专利技术公开了一种H3N2亚型流感病毒全基因组测序方法，该方法针对季节性H3N2亚型流感病毒PB2,PB1,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)16对共32条寡核苷酸引物序列，如SEQ ID No.1～SEQ ID No.32所示，并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列，简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT‑PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明专利技术可以实现对我国大陆流行的H3N2亚型流感病毒全基因组扩增,从而获得H3N2亚型流感病毒的全基因组序列信息，操作简单、应用方便，为我国流行的季节性H3N2亚型流感病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

Genome sequencing of H3N2 subtype influenza virus

The invention discloses a H3N2 influenza virus genome sequencing method, the method for seasonal influenza virus subtype H3N2 PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP and NS genes conserved region was designed to cover the full-length gene (ORF) 16 of a total of 32 oligonucleotide primer sequences. Such as SEQ ID No.1 ~ SEQ ID No.32 shows, and increase the M13 forward and reverse primer sequences at the ends of forward and reverse primers, simplify the sequencing reaction steps after gene amplification. At the same time to sample processing, RT PCR reaction system and reaction conditions, the sequencing reaction system and reaction conditions are disclosed. The invention can realize on the mainland of China popular H3N2 subtype influenza virus whole genome amplification, so as to obtain the whole genome sequence of H3N2 subtype influenza virus, simple operation, convenient application, provides a feasible method for China's popular seasonal influenza H3N2 virus etiology analysis and molecular evolution.

【技术实现步骤摘要】
H3N2亚型流感病毒全基因组测序方法
本专利技术属于生物
，涉及一种RT-PCR扩增技术，尤其涉及一种流感病毒RT-PCR全基因组测序方法及其应用。
技术介绍
流感病毒属于正粘病毒科，目前已有三种型别，分别是A型流感病毒，B型流感病毒和C型流感病毒。A型流感病毒最为常见。A型流感病毒可根据表面蛋白血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)进一步划分为17个HA亚型和10个NA亚型。水禽是A型流感病毒的天然宿主，H1至H16，N1至N9亚型的流感病毒均可以在水禽中发现。流感病毒通过表面蛋白HA和NA的点突变以及不同亚型病毒之间的基因重配而发生抗原漂变，产生新型流感病毒，其中一些跨越宿主屏障感染缺乏免疫保护的人类，并且获得在人之间传播的能力，引起流感大流行。目前已经发生过的四次流感大流行均是由A型流感病毒引起，其中暴发于1968年的香港流感是由H3N2亚型流感病毒引起的。流感病毒引起的临床症状主要包括，咳嗽、发烧、咽痛、头痛、流涕等等。潜伏期1-4天，症状持续期3-4天，临床结果根据感染的流感病毒，已有的免疫力、病人的身体状况不同而不同，通常情况下心脏或肺部疾病、免疫缺陷病人、肾脏衰竭病人本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种H3N2亚型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为36～41bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。

【技术特征摘要】
1.一种H3N2亚型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为36～41bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。2.根据权利要求1所述的H3N2亚型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，用于扩增不同基因中，所述基因包括PB1、PB2、PA、HA、NA、NP、MP和NS。3.根据权利要求1所述的H3N2亚型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物为16对，具体包括：H3N2-PB1-F1和H3N2-PB1-R1056、H3N2-PB1-F859和H3N2-PB1-R1668、H3N2-PB1-F1520和H3N2-PB1-R2341、H3N2-PB2-F1和H3N2-PB2-R1074、H3N2-PB2-F953和H3N2-PB2-R1551、H3N2-PB2-F1426和H3N2-PB2-R2341、H3N2-PA-F2和H3N2-PA-R1384、H3N2-PA-F1123和H3N2-PA-2233、H3N2-HA-F2和H3N2-HA-R964、H3N2-HA-F868和H3N2-HA-R1788、H3N2-NP-F2和H3N2-NP-R812、H3N2-NP-F725和H3N2-NP-R1565、H3N2-NA-F1和H3N2-NA-R982、H3N2-NA-F879和H3N2-NA-R1465、H3N2-MP-F5和H3N2...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晓丹，朱兆奎，赵百慧，
申请(专利权)人：上海伯杰医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31