B型流感病毒全基因组测序方法技术

技术编号：16830904 阅读：83 留言：0更新日期：2017-12-19 15:59

本发明专利技术公开了一种B型流感病毒全基因组测序方法，该方法针对B型流感病毒PB2,PB1,PA,HA,NP,NA,MP和NS基因保守区域设计了覆盖基因全长(开放读码框)14对共28条寡核苷酸引物序列，如SEQ ID No.1～SEQ ID No.28所示，并在正反向扩增引物的两端增加了M13正反向引物序列，简化了基因扩增后的测序反应步骤。同时公开了待检样本的处理、RT‑PCR反应体系及反应条件、测序反应体系和反应条件。本发明专利技术可以实现对我国大陆流行的B型流感病毒全基因组扩增,从而获得B型流感病毒的全基因组序列信息，操作简单、应用方便，为我国流行的B型流感病毒病原学研究及分子进化分析提供了可行的技术方法。

Genome sequencing of influenza B virus

The invention discloses a B type influenza virus genome sequencing method, the method for B type influenza virus PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP and NS genes conserved region was designed to cover the full-length gene (ORF) 14 of a total of 28 oligonucleotide primer sequences, such as SEQ ID No.1 ~ SEQ ID No.28 shows, and increase the M13 forward and reverse primer sequences at the ends of forward and reverse primers, simplify the sequencing reaction steps after gene amplification. At the same time to sample processing, RT PCR reaction system and reaction conditions, the sequencing reaction system and reaction conditions are disclosed. The invention can realize the B type A influenza virus on the mainland of China popular whole genome amplification, so as to obtain the whole genome sequence of influenza virus type B, simple operation, convenient application, provides a feasible method for influenza B virus pathogens prevalent in China analysis and molecular evolution.

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【技术实现步骤摘要】
B型流感病毒全基因组测序方法
本专利技术属于生物
，涉及一种RT-PCR扩增技术，尤其涉及一种流感病毒RT-PCR全基因组测序方法及其应用。
技术介绍
流感是以一种由A型、B型或C型流感病毒引起的急性呼吸道疾病，呈季节性流行或局部暴发特征。流感病毒属于正粘病毒科，是一种单链负义RNA病毒，基因组分节段。其中A型流感病毒常引起世界范围内的流感大流行，而B型则是季节型流行趋势。与A型流感不同，人类是B型流感病毒的唯一宿主，B型流感病毒也不分HA和NA亚型，而是划分为抗原不同的两个分支，即Victoria分支和Yamagata分支。每年B型流感病毒一个或两个分支，与季节性H1N1或季节性H3N2亚型流感病毒共流行，每年全球大概由8％的人感染流感病毒，约2％的人是由B型流感病毒感染引起的，发病率仅次于季节性H3N2亚型流感病毒。有研究报道结果显示，流感病毒感染引起的死亡中有29％是由B型流感病毒导致的。通过测序获得病毒的基因组信息有利于掌握病毒的流行趋势和变异情况，以Sanger双脱氧链终止法为基础的一代测序方法进行测序则需要在病毒基因序列的保守区域设计设计扩增引物，通过边扩增边设计测序引物的方法，其缺点在于基因扩增引物只是针对某些地区的某些毒株序列设计的，通用性不强，需要不断重新设计扩增引物。一个基因就有多个测序引物，一个流感病毒基因组的测序引物多达几十条，不方便操作。二代测序技术虽然不依赖于引物，但是周期相对较长，测病原微生物基因组成本较高，且需要专门生物信息学人员对序列进行拼接和分析。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是，针对现有技术不足，提出一种...
B型流感病毒全基因组测序方法

【技术保护点】
一种B型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为31～44bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。

【技术特征摘要】
1.一种B型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物包括长度为31～44bp的用于扩增不同基因的寡核苷酸片段。2.根据权利要求1所述的B型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，用于扩增不同基因中，所述基因包括PB1、PB2、PA、HA、NA、NP、MP和NS。3.根据权利要求1所述的B型流感病毒全基因组扩增引物，其特征在于，所述引物为14对，具体包括：FluB-PB1-F1和FluB-PB1-R1460、FluB-PB1-F1320和FluB-PB1-R2369、FluB-PB2-F1和FluB-PB2-1268、FluB-PB2-F1119和FluB-PB2-R2397、FluB-PA-F1和FluB-PA-R1230、FluB-PA-F1126和FluB-PA-2308、FluB-HA-F1和FluB-HA-R1464、FluB-HA-F1330和FluB-HA-R1892、FluB-NP-F1和FluB-NP-R1245、FluB-NP-F934和FluB-NP-R1844、FluB-NA-F1和FluB-NA-R891、FluB-NA-F733和FluB-NA-R1557、FluB-MP-F1和FluB-MP-R1196、FluB-NS-F1...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晓丹，朱兆奎，赵百慧，
申请(专利权)人：上海伯杰医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31

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