一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法技术

本发明专利技术提供了一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法，其主要是针对于幽门螺杆菌对抗生素的耐药性以及宿主药物代谢酶类型的检测。本方法主要包括：设计覆盖VacA、23SrRNA、gyrA、CYP2C19*2、CYP2C19*3基因待测区域的特异性引物，形成Primer Pool；提取宿主和幽门螺杆菌基因组进行扩增；进行PGM文库制备、纯化、定量、测序；计算出耐药比例和药物代谢酶类型。本发明专利技术利用多重PCR技术实现多位点的同时扩增，结合PGM测序，有利于指导临床关于幽门螺杆菌的检测和根除。

Method for guiding Helicobacter pylori eradication medication based on PGM high throughput sequencing technology

The invention provides a treatment method of PGM high-throughput sequencing technology guidance based on the eradication of Helicobacter pylori, which is mainly for the detection of Helicobacter pylori resistance to antibiotics and host drug metabolizing enzyme type. This method mainly includes: VacA, 23SrRNA, gyrA cover design, CYP2C19*2, gene specific primers for CYP2C19*3 testing region, the formation of Primer Pool; extraction of host and Helicobacter pylori genomic DNA; PGM library preparation, purification, quantification, sequencing; calculate the rates of drug resistance and drug metabolizing enzyme type. The invention utilizes multiplex PCR technology to realize simultaneous amplification of multi loci, and combines PGM sequencing to guide the detection and eradication of Helicobacter pylori in clinic.

【技术实现步骤摘要】
一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法
本专利技术涉及分子生物学检测领域，具体涉及一种基于PGM高通量测序仪检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因的方法。
技术介绍
幽门螺杆菌(HelicobacterPylori，简称HP)是一种定植在胃粘膜上皮与粘液之间的革兰氏阴性螺旋状杆菌。自Marshall和Warren首次用微需氧技术分离出幽门螺杆菌后，人们相继发现幽门螺杆菌与慢性胃炎、消化道溃疡、胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤(MALT)密切相关，幽门螺杆菌感染也是胃癌发生的重要诱因之一。随着抗生素的广泛使用，幽门螺杆菌对抗生素的耐药性逐年增加，传统的幽门螺杆菌治疗方案的根除率也在降低。目前幽门螺杆菌根除治疗失败的原因包括抗生素的选择不当、患者依从性差和PPI代谢差异等，其中细菌耐药，尤其是克拉霉素耐药是最主要的原因。克拉霉素的耐药机制为细菌23SrRNA核苷酸可变区V区突变导致核糖体构象发生改变，使克拉霉素与幽门螺杆菌的亲和力降低，从而不能够有效的阻止细菌进行蛋白质合成，产生耐药性。常见的突变有A2142G、A2143G、A2143C本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法，其特征在于，两步法扩增建库结合PGM测序，可检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因。

【技术特征摘要】
1.一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法，其特征在于，两步法扩增建库结合PGM测序，可检测幽门螺杆菌特异性基因、幽门螺杆菌耐药基因和宿主药物代谢酶CYP2C19基因。2.如权利要求1所述，一种基于PGM高通量测序技术指导幽门螺杆菌根除用药的方法，其特征在于，设计覆盖VacA、23SrRNA、gyrA、CYP2C19*2、CYP2C19*3基因待测区域的第一步扩增特异引物，并在两端加上接头，其扩增产物在180-220bp。3.如权利要求2所述，将各正向引物的5’端加上GCGTGTCTCCGACTCAG-bracode-GAT，各反向引物5’端加上CCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT，并将引物按照比例混合，形成PrimerPool。4.如权利要求3所述，PrimerPool中这些引物的混合比例为：23SrRNA∶CYP2C19*2∶CYP2C19*3∶gyrA∶VacA＝2∶1∶1∶1.2∶1.5。5.如权利要求1所述，一种...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨比特，许佩松，杨宁敏，
申请(专利权)人：杭州致远医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33